<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR628332.6	96995	GAATTCTCGAATCGATCCACCTTGTGTGCCCTCGCCATAGTATCGAGATC	97044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1	GAATTCTCGAATCGATCCACCTTGTGTGCCCTCGCCATAGTATCGAGATC	50

CR628332.6	97045	GGTCAATAACAGATTCATCTGAGTCTGAATGGGAAGAGTCAAATTTTTCT	97094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	51	GGTCAATAACAGATTCATCTGAGTCTGAATGGGAAGAGTCAAATTTTTCT	100

CR628332.6	97095	GACAAAAGCATTTTATCTGCAAACTTGTATGAGTCTCCCCTTGTTTCAGA	97144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	101	GACAAAAGCATTTTATCTGCAAACTTGTATGAGTCTCCCCTTGTTTCAGA	150

CR628332.6	97145	GGACTCATCATCTTGGTATTCCAATGATTGGTGACCAAGTAATTTTAAGG	97194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	151	GGACTCATCATCTTGGTATTCCAATGATTGGTGACCAAGTAATTTTAAGG	200

CR628332.6	97195	ACTTATCGTCCTCCACAGAGACAGGCATGTGCATTCTAGAATCTAGATAG	97244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	201	ACTTATCGTCCTCCACAGAGACAGGCATGTGCATTCTAGAATCTAGATAG	250

CR628332.6	97245	CAAGGAAGAGATTCTTCAGGCTCTATGCAATTATGTTGCCCAACACCCAT	97294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	251	CAAGGAAGAGATTCTTCAGGCTCTATGCAATTATGTTGCCCAACACCCAT	300

CR628332.6	97295	CCCATTTTGTAGTTCTTTCATGCTACTTTTGCCTTGATATATATACATTT	97344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	301	CCCATTTTGTAGTTCTTTCATGCTACTTTTGCCTTGATATATATACATTT	350

CR628332.6	97345	CCTTCTCAGGGTGATTTTTTGTTTCTCTGATAATCACTTCAGTTGGTTCA	97394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	351	CCTTCTCAGGGTGATTTTTTGTTTCTCTGATAATCACTTCAGTTGGTTCA	400

CR628332.6	97395	GCTTTGTTGCCTTTCTCAATGTGAACCTCAATAATGCGCTCAACTTTGGG	97444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	401	GCTTTGTTGCCTTTCTCAATGTGAACCTCAATAATGCGCTCAACTTTGGG	450

CR628332.6	97445	CATTGGGTCTAGAGGCCTAGCAGATGGGTCTGCTCCTTCGCTGTTGCTTT	97494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	451	CATTGGGTCTAGAGGCCTAGCAGATGGGTCTGCTCCTTCGCTGTTGCTTT	500

CR628332.6	97495	TGTGTTCAAACAATCCTGTTAACTCTCTGGATGGGTCCTTCCCAGACTGG	97544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	501	TGTGTTCAAACAATCCTGTTAACTCTCTGGATGGGTCCTTCCCAGACTGG	550

CR628332.6	97545	AAGGCCTTCATTATATCTCGTACAGACATGGTCTCCTCCATTCTCTCAGA	97594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	551	AAGGCCTTCATTATATCTCGTACAGACATGGTCTCCTCCATTCTCTCAGA	600

CR628332.6	97595	TGCCACCTCTTTAGTGGGAGGTTTGTGGTATACCATTCTTGTAGTTGTTG	97644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	601	TGCCACCTCTTTAGTGGGAGGTTTGTGGTATACCATTCTTGTAGTTGTTG	650

CR628332.6	97645	TTATGTGAGTTTCCTCTTTGACCCGCATGCCTTTGCCCATCACATCCTCC	97694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	651	TTATGTGAGTTTCCTCTTTGACCCGCATGCCTTTGCCCATCACATCCTCC	700

CR628332.6	97695	TCTGCATTGACTCTGGCTTGGTAAGCTTTAACTCTTTCTTTGATTGATCC	97744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	701	TCTGCATTGACTCTGGCTTGGTAAGCTTTAACTCTTTCTTTGATTGATCC	750

CR628332.6	97745	ACCAGGTGATCGGGGCTCACTGTCTGCACACCGCAAGAGAGGCTTTGTCA	97794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	751	ACCAGGTGATCGGGGCTCACTGTCTGCACACCGCAAGAGAGGCTTTGTCA	800

CR628332.6	97795	TTCTAGCATCCTCCAGTGCTTGCTCCTTAGAATCTTCAGGAGGTTCATAG	97844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	801	TTCTAGCATCCTCCAGTGCTTGCTCCTTAGAATCTTCAGGAGGTTCATAG	850

CR628332.6	97845	CTACGTATGACATGTACAACCTCAGTGCGTGTTTCAGTGATGACAGGGGG	97894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	851	CTACGTATGACATGTACAACCTCAGTGCGTGTTTCAGTGATGACAGGGGG	900

CR628332.6	97895	AATCTCCTGAAAGAGGCCTTTGGGCCCCATCCCCTCTGCACTTTGGGGAG	97944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	901	AATCTCCTGAAAGAGGCCTTTGGGCCCCATCCCCTCTGCACTTTGGGGAG	950

CR628332.6	97945	CTGAGGGTGTCCTCTCACTGCGGGTCTCAAATCCACTATCTGAAAGCGGA	97994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	951	CTGAGGGTGTCCTCTCACTGCGGGTCTCAAATCCACTATCTGAAAGCGGA	1000

CR628332.6	97995	CTCTTGTCTTGGTCATGAGAAACATCATCAGGAGAGTCCAGTGCTATTTC	98044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1001	CTCTTGTCTTGGTCATGAGAAACATCATCAGGAGAGTCCAGTGCTATTTC	1050

CR628332.6	98045	AGGGCCAAATAATGCATCAGCTAGTTTTGAAAGTTCTTTTTCAGAAGGTG	98094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1051	AGGGCCAAATAATGCATCAGCTAGTTTTGAAAGTTCTTTTTCAGAAGGTG	1100

CR628332.6	98095	AGGGACGCATATTTGTTGGAGGCATTTTGAGTTTGTGCTCCTGTAATGCC	98144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1101	AGGGACGCATATTTGTTGGAGGCATTTTGAGTTTGTGCTCCTGTAATGCC	1150

CR628332.6	98145	ATTGCAGGTTTCAGGACACGTTTCTGTTTTTCCTCTCCATCTCTCCTTGC	98194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1151	ATTGCAGGTTTCAGGACACGTTTCTGTTTTTCCTCTCCATCTCTCCTTGC	1200

CR628332.6	98195	CTCCTCAGTTCTTTGTTTAGCCTCTGCTATTTTAGAAAGAGAACTTGTGC	98244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1201	CTCCTCAGTTCTTTGTTTAGCCTCTGCTATTTTAGAAAGAGAACTTGTGC	1250

CR628332.6	98245	CAATGTCATTGGTTAAATAATCAACAACTTTTGCAAGGTTAAAATCTCTG	98294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1251	CAATGTCATTGGTTAAATAATCAACAACTTTTGCAAGGTTAAAATCTCTG	1300

CR628332.6	98295	TCAGATACAGCTTTTGTTTTGACTTGAGGAGCTACTGTTTCATATCGAGG	98344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1301	TCAGATACAGCTTTTGTTTTGACTTGAGGAGCTACTGTTTCATATCGAGG	1350

CR628332.6	98345	GGGGCATCTCCATTCATTTTGTGGATTATCTTCAATGTCATCCTCTAGGA	98394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1351	GGGGCATCTCCATTCATTTTGTGGATTATCTTCAATGTCATCCTCTAGGA	1400

CR628332.6	98395	CGTCCTTTTTGTGGTTTTTAATATTTGCCTTACTCTCTCTTAAAACATCC	98444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1401	CGTCCTTTTTGTGGTTTTTAATATTTGCCTTACTCTCTCTTAAAACATCC	1450

CR628332.6	98445	TTGCTAAGTATTTCACTGACTTTGACCAGGTCCTGTTTTACTTTCTCTAC	98494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1451	TTGCTAAGTATTTCACTGACTTTGACCAGGTCCTGTTTTACTTTCTCTAC	1500

CR628332.6	98495	AATCTTGAAAGGCTCTTCATCCTCCACTTTATGTTCCTTAGAGTCAGAAT	98544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1501	AATCTTGAAAGGCTCTTCATCCTCCACTTTATGTTCCTTAGAGTCAGAAT	1550

CR628332.6	98545	GGTAACCTTTGGAGCTTGAATTTGTATCAGTTTGCAAAATTGCAGACATT	98594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1551	GGTAACCTTTGGAGCTTGAATTTGTATCAGTTTGCAAAATTGCAGACATT	1600

CR628332.6	98595	CTAATAAGGTCCTCCTTCATTTCAGCCACATCTTTTAGTATCTCCTGACT	98644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1601	CTAATAAGGTCCTCCTTCATTTCAGCCACATCTTTTAGTATCTCCTGACT	1650

CR628332.6	98645	GTTGGACAGAGGGGATGAAGAGGTAGCAGATTTTAGTGTTCCTGGGGACA	98694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1651	GTTGGACAGAGGGGATGAAGAGGTAGCAGATTTTAGTGTTCCTGGGGACA	1700

CR628332.6	98695	TGTGCAGGGGAGTCTTGACAGGAGACAGAGTTCTGGCAAAAGAGGACTGA	98744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1701	TGTGCAGGGGAGTCTTGACAGGAGACAGAGTTCTGGCAAAAGAGGACTGA	1750

CR628332.6	98745	TTCTGGGCATTTACTTCTTGGGGCATGACCTTTCTAGGAGACAGAAGAGC	98794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1751	TTCTGGGCATTTACTTCTTGGGGCATGACCTTTCTAGGAGACAGAAGAGC	1800

CR628332.6	98795	GGCTGTCGATTTGGAGACTTCTGGAAGCTTTTTAAACTGGTGTTCTGGTA	98844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1801	GGCTGTCGATTTGGAGACTTCTGGAAGCTTTTTAAACTGGTGTTCTGGTA	1850

CR628332.6	98845	AGACATTTATAACTGAATAGACAGGAACCGTAATAGTGCTGGAAGTTACA	98894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1851	AGACATTTATAACTGAATAGACAGGAACCGTAATAGTGCTGGAAGTTACA	1900

CR628332.6	98895	GACGTTGTGGAGTTGGGAGGTGATCTGAGGGAGGCATAGAGTGAGCTGGA	98944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1901	GACGTTGTGGAGTTGGGAGGTGATCTGAGGGAGGCATAGAGTGAGCTGGA	1950

CR628332.6	98945	GGCAGAGGAACGAATGGATTGGTAAGAGGATGAGGGAGTAGAGGAAACTG	98994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469921.4	1951	GGCAGAGGAACGAATGGATTGGTAAGAGGATGAGGGAGTAGAGGAAACTG	2000

Overview

Query
CR628332.6 - 98994 bps
Hit
BX469921.4 - 186820 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001975200096995989941120001
279.021524891693317421-114866153561
380.24832487380674053119610198621
486.481622923676437055-119614199091
588.583715748733387906-139875404521
686.9881451054110685139875400191
782.81501408861688755140548406751
886.12284857215272636148867493551
981.41561607837578534-149468496231
1089.4763951759017684-155639557331
1181.443789121656317474-155729566331
1284.584769521682217773-183073840191
1385.791011832696927151184614847961
1476.5374346738057415011058731062301
1583.48172449722037265111201981206511
1687.9154914444644536-11364681365581
1789.245692646346472511364681365601
1887.655081649526503211367051367851
1984.48183416651636557811369381373431
2078.3668245738267407011423771426211
2196.2542801777417853-11563221564011
2288.351562994751247810-11753811756891
Short-link