<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005322.8	1	AAGCTTGACACTAAATTAGGAGAAAAAAAAAAACACATCTTAAGAGAAGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	46566	AAGCTTGACACTAAATTAGGAGAAAAAAAAAAACACATCTTAAGAGAAGT	46615

BX005322.8	51	TTAAATTGTATTGCAGATTTTGGGGCATCTGAATTCAACTGTTTGGTTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	46616	TTAAATTGTATTGCAGATTTTGGGGCATCTGAATTCAACTGTTTGGTTTA	46665

BX005322.8	101	TTTTGGTTTGTATTTGTCAAAATGCAATTGGATTTATATGTGGAGGGTAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	46666	TTTTGGTTTGTATTTGTCAAAATGCAATTGGATTTATATGTGGAGGGTAA	46715

BX005322.8	151	CTGAAATCTATGAGCAAAATATGGAATTGAATTATGTAATACCATACCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	46716	CTGAAATCTATGAGCAAAATATGGAATTGAATTATGTAATACCATACCAT	46765

BX005322.8	201	GACACTATCATCTGCACCGCTGCAGCCCTCCTACTGTTAAATCCAGGATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	46766	GACACTATCATCTGCACCGCTGCAGCCCTCCTACTGTTAAATCCAGGATC	46815

BX005322.8	251	AACAAGGACACTGGTCCAGATTCAGAACCGTGTCCATCACAGGAGCATTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	46816	AACAAGGACACTGGTCCAGATTCAGAACCGTGTCCATCACAGGAGCATTA	46865

BX005322.8	301	AGTTTCTATGTGGGTGTTTGCAGTGCCTCAGTACATATCCATCCTATGAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	46866	AGTTTCTATGTGGGTGTTTGCAGTGCCTCAGTACATATCCATCCTATGAA	46915

BX005322.8	351	ACATTCGCTAGTCTGCTGTACTTCCGATCAGCTTCTGAAGAGCCGCTGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	46916	ACATTCGCTAGTCTGCTGTACTTCCGATCAGCTTCTGAAGAGCCGCTGCA	46965

BX005322.8	401	CAAAAGACAATGTGATAATATTTGACTCCTCATAAGCTGTTTCTCCTTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	46966	CAAAAGACAATGTGATAATATTTGACTCCTCATAAGCTGTTTCTCCTTTT	47015

BX005322.8	451	GTTTTGACAAAATTCGAACAAAAATGTCGACTTTGTTGCGAGACCTCTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47016	GTTTTGACAAAATTCGAACAAAAATGTCGACTTTGTTGCGAGACCTCTTT	47065

BX005322.8	501	CCATCAATTATGAGAGATGGATATTGTGTGATTGATCAAATTCTCCTCTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47066	CCATCAATTATGAGAGATGGATATTGTGTGATTGATCAAATTCTCCTCTG	47115

BX005322.8	551	TAATCGATTCAGTATTGACGTGAAATAACTGGTTGTGAGTGAATCAGATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47116	TAATCGATTCAGTATTGACGTGAAATAACTGGTTGTGAGTGAATCAGATC	47165

BX005322.8	601	AGTGTAATGATGATGATCCTTTTGTTCGTAGACAGTCAGCTGACCAATGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47166	AGTGTAATGATGATGATCCTTTTGTTCGTAGACAGTCAGCTGACCAATGG	47215

BX005322.8	651	CAAGTGTTTGTTGTGTATGTAAATGATCCATTTTTCTGTGGGCAGCACAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47216	CAAGTGTTTGTTGTGTATGTAAATGATCCATTTTTCTGTGGGCAGCACAA	47265

BX005322.8	701	TCAGACTCTGCAGGGAGATGGAGATGTGTACATGTTCTTTAAATACTGTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47266	TCAGACTCTGCAGGGAGATGGAGATGTGTACATGTTCTTTAAATACTGTA	47315

BX005322.8	751	ATTATTATAAGTTTATTATTTAAAAAAATAATTTATAGAAGATATGCATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47316	ATTATTATAAGTTTATTATTTAAAAAAATAATTTATAGAAGATATGCATG	47365

BX005322.8	801	ACATTTACATAGCACAAATTTACATTCTCAGCCTAGTTTGGACCATTTAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47366	ACATTTACATAGCACAAATTTACATTCTCAGCCTAGTTTGGACCATTTAT	47415

BX005322.8	851	ACATTAATTTGTATTCAAGAAATAAGCATGTTGGTTTTGTTTCATACTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47416	ACATTAATTTGTATTCAAGAAATAAGCATGTTGGTTTTGTTTCATACTTA	47465

BX005322.8	901	AATATGCAGTCTCTCGCCTTGCTCTGCAGAATGAGCTGCGAAGTCTTAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47466	AATATGCAGTCTCTCGCCTTGCTCTGCAGAATGAGCTGCGAAGTCTTAGT	47515

BX005322.8	951	ATGAATTAATATAAATTAATTTGTCATCAATGTTGTGAGAAACAGGCCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47516	ATGAATTAATATAAATTAATTTGTCATCAATGTTGTGAGAAACAGGCCTT	47565

BX005322.8	1001	TGTTTCCCTCGATGCCCTTTCATAGGATGAGTTTTATTTAAAAAGAAGAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47566	TGTTTCCCTCGATGCCCTTTCATAGGATGAGTTTTATTTAAAAAGAAGAC	47615

BX005322.8	1051	CCTGTGATGTTACTGTTAAACGTGATTTAAATACTTGACTTTGAAACATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47616	CCTGTGATGTTACTGTTAAACGTGATTTAAATACTTGACTTTGAAACATA	47665

BX005322.8	1101	TCACAGCAAAGAACTGTAGTCATATTTCATTCCTCCATCTTTTGAGAACG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47666	TCACAGCAAAGAACTGTAGTCATATTTCATTCCTCCATCTTTTGAGAACG	47715

BX005322.8	1151	GGATGTGCCTACGACATTAACGCACACATTTTTATGGCCAAATTGGAAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47716	GGATGTGCCTACGACATTAACGCACACATTTTTATGGCCAAATTGGAAAG	47765

BX005322.8	1201	ACGAGACAGAGTTTCTGTTTTCTAATGTGGTTCTTTGTAACAATCCGTAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47766	ACGAGACAGAGTTTCTGTTTTCTAATGTGGTTCTTTGTAACAATCCGTAC	47815

BX005322.8	1251	CATGCAATCGATCTGAATGTATTCTGTGCTGGCCTTTTCATTCCCAGAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47816	CATGCAATCGATCTGAATGTATTCTGTGCTGGCCTTTTCATTCCCAGAAT	47865

BX005322.8	1301	CTCTTTCGCATTAAAGCTACATCAGCTCAGAGCCGAGACAGACCCTGTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47866	CTCTTTCGCATTAAAGCTACATCAGCTCAGAGCCGAGACAGACCCTGTTT	47915

BX005322.8	1351	TATATGTACAACTGAAACTGAAGATTACGCACTTTACTGTCTTCTATAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47916	TATATGTACAACTGAAACTGAAGATTACGCACTTTACTGTCTTCTATAAA	47965

BX005322.8	1401	GTGTAACTTGTCAAATAAAACAAGATTATTCTGGAATGAGTTTGCACTTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	47966	GTGTAACTTGTCAAATAAAACAAGATTATTCTGGAATGAGTTTGCACTTC	48015

BX005322.8	1451	TGGTTTTCATTATGGAAAAGCTGTTTGCTTAAGCGCATGTATTTGCTGTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48016	TGGTTTTCATTATGGAAAAGCTGTTTGCTTAAGCGCATGTATTTGCTGTT	48065

BX005322.8	1501	CTCTCTTTGCAGTGACTGCTCTACAACTTTTACAAGCATGTTCCCTGGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48066	CTCTCTTTGCAGTGACTGCTCTACAACTTTTACAAGCATGTTCCCTGGAG	48115

BX005322.8	1551	GATTCCTGCTGAAGTTCAACAAGAATAGTGTCAGAAATCCTGTAGGAAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48116	GATTCCTGCTGAAGTTCAACAAGAATAGTGTCAGAAATCCTGTAGGAAAG	48165

BX005322.8	1601	TGCAGGTATGTGGTGTGAGATCTTGCGGGAGTTTCTTTTTTTTTTGTAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48166	TGCAGGTATGTGGTGTGAGATCTTGCGGGAGTTTCTTTTTTTTTTGTAAG	48215

BX005322.8	1651	GGTTAATGACTAATTAATAAAGCACTTAATGATATAGAATAATGCAGAAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48216	GGTTAATGACTAATTAATAAAGCACTTAATGATATAGAATAATGCAGAAG	48265

BX005322.8	1701	TACAAAAGACAGCAAAATATATAACACTGTTCTAGTTTTGTTGTTGGGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48266	TACAAAAGACAGCAAAATATATAACACTGTTCTAGTTTTGTTGTTGGGGT	48315

BX005322.8	1751	GTCCAAAAGTCGGTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCTGAATTAAGCTCCAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48316	GTCCAAAAGTCGGTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCTGAATTAAGCTCCAA	48365

BX005322.8	1801	CGTACTTCAACACACCTGCCAGGAAGTTTCTAATATAGAGTTTGTGTGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48366	CGTACTTCAACACACCTGCCAGGAAGTTTCTAATATAGAGTTTGTGTGTG	48415

BX005322.8	1851	TGAAATTCTGTCGTACAGCGCTGCGAAAAGGGGCGGGATTGAACAAGATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48416	TGAAATTCTGTCGTACAGCGCTGCGAAAAGGGGCGGGATTGAACAAGATT	48465

BX005322.8	1901	TTTAGACATTTAAAAAAGCGAGCGATTGCTCCATCTTTTAAATTACTTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48466	TTTAGACATTTAAAAAAGCGAGCGATTGCTCCATCTTTTAAATTACTTTC	48515

BX005322.8	1951	CAGAGAGGTCATGTTTTGATCCTCCATTGGTCTCACGCAGTCAAGTGATG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX469892.6	48516	CAGAGAGGTCATGTTTTGATCCTCCATTGGTCTCACGCAGTCAAGTGATG	48565

Overview

Query
BX005322.8 - 65266 bps
Hit
BX469892.6 - 48565 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001949200012000146566485651
282.821473266455264877-124847251721
386.551021714542145591127722278921
482.8937764179941874127817278921
582.61531154167141785130420305341
692.771251663522235387-130441306061
785.59571144115541268-130536306531
810031641325513318-142399424621
910035724723447305-142399424701
1010035715632856398-142400424701
1110035714723347303142400424701
1210038725635956430142400424711
1310031631325513317142401424631
Short-link