<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX247881.6	1	AAGCTTTTTAAGACCATTTTCACTTTGAAAGATACAGAAACATTTGTTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	134725	AAGCTTTTTAAGACCATTTTCACTTTGAAAGATACAGAAACATTTGTTTT	134774

BX247881.6	51	CGACACTGTAACAGGGTGATTTACTAAAAAGAGTCAACTTAGCTTCAAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	134775	CGACACTGTAACAGGGTGATTTACTAAAAAGAGTCAACTTAGCTTCAAAT	134824

BX247881.6	101	GCTACTGTAAAGTTGATCATTTTTTATTCTTATTTTTTTTTTGTTTATTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	134825	GCTACTGTAAAGTTGATCATTTTTTATTCTTATTTTTTTTTTGTTTATTT	134874

BX247881.6	151	ACTACATATTTTTAAAGGGTTGGTTTAACCAAAGATGAAAAATGTGTTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	134875	ACTACATATTTTTAAAGGGTTGGTTTAACCAAAGATGAAAAATGTGTTTT	134924

BX247881.6	201	TATTTGAGCGGAATGGTGGCTAAGTGGATACCATAATTGCCTCAGCAAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	134925	TATTTGAGCGGAATGGTGGCTAAGTGGATACCATAATTGCCTCAGCAAGA	134974

BX247881.6	251	TGGTTCCAGCAAGAGTCTCAGCTGGTCGTTTGGAGTTTGCATGTTTCCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	134975	TGGTTCCAGCAAGAGTCTCAGCTGGTCGTTTGGAGTTTGCATGTTTCCCA	135024

BX247881.6	301	GTGTTTGCGTAGGTTTCCACCAGTTTCCCCAACAGCCCAAAGACCTGTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135025	GTGTTTGCGTAGGTTTCCACCAGTTTCCCCAACAGCCCAAAGACCTGTGG	135074

BX247881.6	351	TATAGGTGAATTGGATAAAGTAAATTGACCATAGTGTGTAAATGGGAAAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135075	TATAGGTGAATTGGATAAAGTAAATTGACCATAGTGTGTAAATGGGAAAG	135124

BX247881.6	401	TGTGTGGGTGTTTCCCAGCACTCAGAGCTGAGTTGCGGCTGGAAGGGCAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135125	TGTGTGGGTGTTTCCCAGCACTCAGAGCTGAGTTGCGGCTGGAAGGGCAT	135174

BX247881.6	451	CTGCTGTGTTAGAGATTTATCAGAGTAGTTGGTGGTTCATTCTGCTGTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135175	CTGCTGTGTTAGAGATTTATCAGAGTAGTTGGTGGTTCATTCTGCTGTGG	135224

BX247881.6	501	TGAGGAAAGTGAGTGTTATTTATTCAGCTTCATGCCATTATAGTCTCCTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135225	TGAGGAAAGTGAGTGTTATTTATTCAGCTTCATGCCATTATAGTCTCCTG	135274

BX247881.6	551	TAACCCCTGTTCATCTTTGGAACACAAATTAAGATATTTTAGATGAAATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135275	TAACCCCTGTTCATCTTTGGAACACAAATTAAGATATTTTAGATGAAATC	135324

BX247881.6	601	CAAGAGCTATATTTAAGCTCTATTTTGGGCAATTTTTGCAATGTCACAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135325	CAAGAGCTATATTTAAGCTCTATTTTGGGCAATTTTTGCAATGTCACAGA	135374

BX247881.6	651	TGTGTTTCTGGAGTTTGTGTTTGCTCAATGGAATTTTTTTTTTGCTTGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135375	TGTGTTTCTGGAGTTTGTGTTTGCTCAATGGAATTTTTTTTTTGCTTGCC	135424

BX247881.6	701	ACAAAAAACAAAAAAAAATTTAGTTATTTCTTAGCGCCATACCTTAATGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135425	ACAAAAAACAAAAAAAAATTTAGTTATTTCTTAGCGCCATACCTTAATGC	135474

BX247881.6	751	GTCAAAACAAGAAAACTAGTTGTATTCACTTTTTTCAACATAACATTTCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135475	GTCAAAACAAGAAAACTAGTTGTATTCACTTTTTTCAACATAACATTTCT	135524

BX247881.6	801	TTTTCTTTTTTTTTTTTATAAAAACGACAAGTTTAACATTTTTAAAGGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135525	TTTTCTTTTTTTTTTTTATAAAAACGACAAGTTTAACATTTTTAAAGGTA	135574

BX247881.6	851	TATTTATTGTGGAGATAATTACATAAATAAAAATATATATTTGTTTGATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135575	TATTTATTGTGGAGATAATTACATAAATAAAAATATATATTTGTTTGATA	135624

BX247881.6	901	TTTGATAGAATATAACTCCTATTCAACCAAAAGCACTTCTTTTACAAAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135625	TTTGATAGAATATAACTCCTATTCAACCAAAAGCACTTCTTTTACAAAAC	135674

BX247881.6	951	CTCGAGTTTCATGCTTATTTTTAGAAATATTATGTCTACTCATCCTTTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135675	CTCGAGTTTCATGCTTATTTTTAGAAATATTATGTCTACTCATCCTTTAA	135724

BX247881.6	1001	TTCTGTAAATAGATTTTGTATGAATGGAAGATAACAAAAAGGGATATATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135725	TTCTGTAAATAGATTTTGTATGAATGGAAGATAACAAAAAGGGATATATT	135774

BX247881.6	1051	GCTCTGCTTTTGTCATGAGAAATGGTGTATTTGCTTTTCTTTCCCTGATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135775	GCTCTGCTTTTGTCATGAGAAATGGTGTATTTGCTTTTCTTTCCCTGATT	135824

BX247881.6	1101	TTATTAAGGTGAAGTGTGGGTGATGGATGGATGTCAGCCCAATTGGGTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135825	TTATTAAGGTGAAGTGTGGGTGATGGATGGATGTCAGCCCAATTGGGTAG	135874

BX247881.6	1151	CTTTACTTGGACAGAGGAAAATTAAGACCTGTTTAAAATGATTTAAGACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135875	CTTTACTTGGACAGAGGAAAATTAAGACCTGTTTAAAATGATTTAAGACA	135924

BX247881.6	1201	TACAACACGATATTTCAGTCAATTTAAGACTTTTTAAGGCCTAAAATTTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135925	TACAACACGATATTTCAGTCAATTTAAGACTTTTTAAGGCCTAAAATTTA	135974

BX247881.6	1251	GTTTTTAAGATGTAAGACTTTAAGACCCCGCGGACACCCTGATAATCAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	135975	GTTTTTAAGATGTAAGACTTTAAGACCCCGCGGACACCCTGATAATCAGC	136024

BX247881.6	1301	TAGTTAGAAGAGCTCCATGCAAAGAACTGTGTCAACACATCATTATGCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136025	TAGTTAGAAGAGCTCCATGCAAAGAACTGTGTCAACACATCATTATGCAG	136074

BX247881.6	1351	TGTGCACTGCTACCTAGCCAATTCTCCTTTCTTGTTCTCTACCTGACCAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136075	TGTGCACTGCTACCTAGCCAATTCTCCTTTCTTGTTCTCTACCTGACCAC	136124

BX247881.6	1401	CGGAAACCTTTGTTTCACTTTAGAATGTACATTCAGAGTTATGCACAATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136125	CGGAAACCTTTGTTTCACTTTAGAATGTACATTCAGAGTTATGCACAATG	136174

BX247881.6	1451	ACATTGCCTGCAGCATTTTCTTACTAGAGAAGTGTGAAATAATATAAAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136175	ACATTGCCTGCAGCATTTTCTTACTAGAGAAGTGTGAAATAATATAAAAC	136224

BX247881.6	1501	TGTAAATAATACAATAGAAAATCACATTTAACACACCAAATACCATTTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136225	TGTAAATAATACAATAGAAAATCACATTTAACACACCAAATACCATTTGA	136274

BX247881.6	1551	ATAACACATATATGCTCCTTCAAACTGAAATATGACACGCTATCCTGTAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136275	ATAACACATATATGCTCCTTCAAACTGAAATATGACACGCTATCCTGTAG	136324

BX247881.6	1601	AGTGCACTTTGCAGAGTACTTATTGCCGAATTATAACAAACATCTGAAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136325	AGTGCACTTTGCAGAGTACTTATTGCCGAATTATAACAAACATCTGAAGT	136374

BX247881.6	1651	TAAAAGAGAAACATTCAAAATGTACAGCATGGTCAGGGGACGAGGAGGAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136375	TAAAAGAGAAACATTCAAAATGTACAGCATGGTCAGGGGACGAGGAGGAG	136424

BX247881.6	1701	CAAAATTGAAAAACGTTGGATTACGTCAACAGGCTTATAAACTTAAAAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136425	CAAAATTGAAAAACGTTGGATTACGTCAACAGGCTTATAAACTTAAAAAA	136474

BX247881.6	1751	GGTAAAGGCATCTAACCTCTTTTTAAAGTGCAAAATCAATCCTGTTAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136475	GGTAAAGGCATCTAACCTCTTTTTAAAGTGCAAAATCAATCCTGTTAAAA	136524

BX247881.6	1801	TATTAACAATGAAAAAAATATTTTAATGCGTGTACTTCCATAGATAATAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136525	TATTAACAATGAAAAAAATATTTTAATGCGTGTACTTCCATAGATAATAA	136574

BX247881.6	1851	AATTAGTAGCAACCTCAAATACGCACCAAAAAACCTGGCCTCGGCTTGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136575	AATTAGTAGCAACCTCAAATACGCACCAAAAAACCTGGCCTCGGCTTGTG	136624

BX247881.6	1901	CGCATTTAGAGTAAACATGTCATGCTGTGAAACCTCCCAGTTCAACAAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136625	CGCATTTAGAGTAAACATGTCATGCTGTGAAACCTCCCAGTTCAACAAAT	136674

BX247881.6	1951	CAAAGCAGAAGTTTGTGGCACTGTATCCATCAAAGCCATGGTTTAGCATA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324180.4	136675	CAAAGCAGAAGTTTGTGGCACTGTATCCATCAAAGCCATGGTTTAGCATA	136724

Overview

Query
BX247881.6 - 219382 bps
Hit
BX324180.4 - 136724 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192620001200011347251367241
280.991234537600176453-132919333861
382.86136400102554102953132919333381
480.35100345102953103297-132954332891
579.561063313360733937147307476241
676.341436606124561904-176853775071
790.96121177212301212477188126883021
889.321121822883629017188128883051
993.416891189913190003188309883991
1093.654963212503212565188309883711
1184.54151308190530190837188401887171
1290.22178267212569212835188785890501
1386.524989145741466211023691024571
1487.57198372147271509811025331028941
1581.18244625161623162247-11074561080771
1684.06119264429594322211076351079101
1794.128210420997721008011112771113781
1889.535586199405199490-11195371196221
1981.239531210305210336311227231230311
2086.44125271762147648411227581230301
2188.93132238102522102759-11227961230301
Short-link