<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
BX247881.6 1 AAGCTTTTTAAGACCATTTTCACTTTGAAAGATACAGAAACATTTGTTTT 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 134725 AAGCTTTTTAAGACCATTTTCACTTTGAAAGATACAGAAACATTTGTTTT 134774 BX247881.6 51 CGACACTGTAACAGGGTGATTTACTAAAAAGAGTCAACTTAGCTTCAAAT 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 134775 CGACACTGTAACAGGGTGATTTACTAAAAAGAGTCAACTTAGCTTCAAAT 134824 BX247881.6 101 GCTACTGTAAAGTTGATCATTTTTTATTCTTATTTTTTTTTTGTTTATTT 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 134825 GCTACTGTAAAGTTGATCATTTTTTATTCTTATTTTTTTTTTGTTTATTT 134874 BX247881.6 151 ACTACATATTTTTAAAGGGTTGGTTTAACCAAAGATGAAAAATGTGTTTT 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 134875 ACTACATATTTTTAAAGGGTTGGTTTAACCAAAGATGAAAAATGTGTTTT 134924 BX247881.6 201 TATTTGAGCGGAATGGTGGCTAAGTGGATACCATAATTGCCTCAGCAAGA 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 134925 TATTTGAGCGGAATGGTGGCTAAGTGGATACCATAATTGCCTCAGCAAGA 134974 BX247881.6 251 TGGTTCCAGCAAGAGTCTCAGCTGGTCGTTTGGAGTTTGCATGTTTCCCA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 134975 TGGTTCCAGCAAGAGTCTCAGCTGGTCGTTTGGAGTTTGCATGTTTCCCA 135024 BX247881.6 301 GTGTTTGCGTAGGTTTCCACCAGTTTCCCCAACAGCCCAAAGACCTGTGG 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135025 GTGTTTGCGTAGGTTTCCACCAGTTTCCCCAACAGCCCAAAGACCTGTGG 135074 BX247881.6 351 TATAGGTGAATTGGATAAAGTAAATTGACCATAGTGTGTAAATGGGAAAG 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135075 TATAGGTGAATTGGATAAAGTAAATTGACCATAGTGTGTAAATGGGAAAG 135124 BX247881.6 401 TGTGTGGGTGTTTCCCAGCACTCAGAGCTGAGTTGCGGCTGGAAGGGCAT 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135125 TGTGTGGGTGTTTCCCAGCACTCAGAGCTGAGTTGCGGCTGGAAGGGCAT 135174 BX247881.6 451 CTGCTGTGTTAGAGATTTATCAGAGTAGTTGGTGGTTCATTCTGCTGTGG 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135175 CTGCTGTGTTAGAGATTTATCAGAGTAGTTGGTGGTTCATTCTGCTGTGG 135224 BX247881.6 501 TGAGGAAAGTGAGTGTTATTTATTCAGCTTCATGCCATTATAGTCTCCTG 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135225 TGAGGAAAGTGAGTGTTATTTATTCAGCTTCATGCCATTATAGTCTCCTG 135274 BX247881.6 551 TAACCCCTGTTCATCTTTGGAACACAAATTAAGATATTTTAGATGAAATC 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135275 TAACCCCTGTTCATCTTTGGAACACAAATTAAGATATTTTAGATGAAATC 135324 BX247881.6 601 CAAGAGCTATATTTAAGCTCTATTTTGGGCAATTTTTGCAATGTCACAGA 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135325 CAAGAGCTATATTTAAGCTCTATTTTGGGCAATTTTTGCAATGTCACAGA 135374 BX247881.6 651 TGTGTTTCTGGAGTTTGTGTTTGCTCAATGGAATTTTTTTTTTGCTTGCC 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135375 TGTGTTTCTGGAGTTTGTGTTTGCTCAATGGAATTTTTTTTTTGCTTGCC 135424 BX247881.6 701 ACAAAAAACAAAAAAAAATTTAGTTATTTCTTAGCGCCATACCTTAATGC 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135425 ACAAAAAACAAAAAAAAATTTAGTTATTTCTTAGCGCCATACCTTAATGC 135474 BX247881.6 751 GTCAAAACAAGAAAACTAGTTGTATTCACTTTTTTCAACATAACATTTCT 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135475 GTCAAAACAAGAAAACTAGTTGTATTCACTTTTTTCAACATAACATTTCT 135524 BX247881.6 801 TTTTCTTTTTTTTTTTTATAAAAACGACAAGTTTAACATTTTTAAAGGTA 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135525 TTTTCTTTTTTTTTTTTATAAAAACGACAAGTTTAACATTTTTAAAGGTA 135574 BX247881.6 851 TATTTATTGTGGAGATAATTACATAAATAAAAATATATATTTGTTTGATA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135575 TATTTATTGTGGAGATAATTACATAAATAAAAATATATATTTGTTTGATA 135624 BX247881.6 901 TTTGATAGAATATAACTCCTATTCAACCAAAAGCACTTCTTTTACAAAAC 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135625 TTTGATAGAATATAACTCCTATTCAACCAAAAGCACTTCTTTTACAAAAC 135674 BX247881.6 951 CTCGAGTTTCATGCTTATTTTTAGAAATATTATGTCTACTCATCCTTTAA 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135675 CTCGAGTTTCATGCTTATTTTTAGAAATATTATGTCTACTCATCCTTTAA 135724 BX247881.6 1001 TTCTGTAAATAGATTTTGTATGAATGGAAGATAACAAAAAGGGATATATT 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135725 TTCTGTAAATAGATTTTGTATGAATGGAAGATAACAAAAAGGGATATATT 135774 BX247881.6 1051 GCTCTGCTTTTGTCATGAGAAATGGTGTATTTGCTTTTCTTTCCCTGATT 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135775 GCTCTGCTTTTGTCATGAGAAATGGTGTATTTGCTTTTCTTTCCCTGATT 135824 BX247881.6 1101 TTATTAAGGTGAAGTGTGGGTGATGGATGGATGTCAGCCCAATTGGGTAG 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135825 TTATTAAGGTGAAGTGTGGGTGATGGATGGATGTCAGCCCAATTGGGTAG 135874 BX247881.6 1151 CTTTACTTGGACAGAGGAAAATTAAGACCTGTTTAAAATGATTTAAGACA 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135875 CTTTACTTGGACAGAGGAAAATTAAGACCTGTTTAAAATGATTTAAGACA 135924 BX247881.6 1201 TACAACACGATATTTCAGTCAATTTAAGACTTTTTAAGGCCTAAAATTTA 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135925 TACAACACGATATTTCAGTCAATTTAAGACTTTTTAAGGCCTAAAATTTA 135974 BX247881.6 1251 GTTTTTAAGATGTAAGACTTTAAGACCCCGCGGACACCCTGATAATCAGC 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 135975 GTTTTTAAGATGTAAGACTTTAAGACCCCGCGGACACCCTGATAATCAGC 136024 BX247881.6 1301 TAGTTAGAAGAGCTCCATGCAAAGAACTGTGTCAACACATCATTATGCAG 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136025 TAGTTAGAAGAGCTCCATGCAAAGAACTGTGTCAACACATCATTATGCAG 136074 BX247881.6 1351 TGTGCACTGCTACCTAGCCAATTCTCCTTTCTTGTTCTCTACCTGACCAC 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136075 TGTGCACTGCTACCTAGCCAATTCTCCTTTCTTGTTCTCTACCTGACCAC 136124 BX247881.6 1401 CGGAAACCTTTGTTTCACTTTAGAATGTACATTCAGAGTTATGCACAATG 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136125 CGGAAACCTTTGTTTCACTTTAGAATGTACATTCAGAGTTATGCACAATG 136174 BX247881.6 1451 ACATTGCCTGCAGCATTTTCTTACTAGAGAAGTGTGAAATAATATAAAAC 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136175 ACATTGCCTGCAGCATTTTCTTACTAGAGAAGTGTGAAATAATATAAAAC 136224 BX247881.6 1501 TGTAAATAATACAATAGAAAATCACATTTAACACACCAAATACCATTTGA 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136225 TGTAAATAATACAATAGAAAATCACATTTAACACACCAAATACCATTTGA 136274 BX247881.6 1551 ATAACACATATATGCTCCTTCAAACTGAAATATGACACGCTATCCTGTAG 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136275 ATAACACATATATGCTCCTTCAAACTGAAATATGACACGCTATCCTGTAG 136324 BX247881.6 1601 AGTGCACTTTGCAGAGTACTTATTGCCGAATTATAACAAACATCTGAAGT 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136325 AGTGCACTTTGCAGAGTACTTATTGCCGAATTATAACAAACATCTGAAGT 136374 BX247881.6 1651 TAAAAGAGAAACATTCAAAATGTACAGCATGGTCAGGGGACGAGGAGGAG 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136375 TAAAAGAGAAACATTCAAAATGTACAGCATGGTCAGGGGACGAGGAGGAG 136424 BX247881.6 1701 CAAAATTGAAAAACGTTGGATTACGTCAACAGGCTTATAAACTTAAAAAA 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136425 CAAAATTGAAAAACGTTGGATTACGTCAACAGGCTTATAAACTTAAAAAA 136474 BX247881.6 1751 GGTAAAGGCATCTAACCTCTTTTTAAAGTGCAAAATCAATCCTGTTAAAA 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136475 GGTAAAGGCATCTAACCTCTTTTTAAAGTGCAAAATCAATCCTGTTAAAA 136524 BX247881.6 1801 TATTAACAATGAAAAAAATATTTTAATGCGTGTACTTCCATAGATAATAA 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136525 TATTAACAATGAAAAAAATATTTTAATGCGTGTACTTCCATAGATAATAA 136574 BX247881.6 1851 AATTAGTAGCAACCTCAAATACGCACCAAAAAACCTGGCCTCGGCTTGTG 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136575 AATTAGTAGCAACCTCAAATACGCACCAAAAAACCTGGCCTCGGCTTGTG 136624 BX247881.6 1901 CGCATTTAGAGTAAACATGTCATGCTGTGAAACCTCCCAGTTCAACAAAT 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136625 CGCATTTAGAGTAAACATGTCATGCTGTGAAACCTCCCAGTTCAACAAAT 136674 BX247881.6 1951 CAAAGCAGAAGTTTGTGGCACTGTATCCATCAAAGCCATGGTTTAGCATA 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX324180.4 136675 CAAAGCAGAAGTTTGTGGCACTGTATCCATCAAAGCCATGGTTTAGCATA 136724
Overview
- Query
- BX247881.6 - 219382 bps
- Hit
- BX324180.4 - 136724 bps
- Total alignments
- 21
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1926 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 134725 | 136724 | 1 |
| 2 | 80.99 | 123 | 453 | 76001 | 76453 | -1 | 32919 | 33386 | 1 |
| 3 | 82.86 | 136 | 400 | 102554 | 102953 | 1 | 32919 | 33338 | 1 |
| 4 | 80.35 | 100 | 345 | 102953 | 103297 | -1 | 32954 | 33289 | 1 |
| 5 | 79.56 | 106 | 331 | 33607 | 33937 | 1 | 47307 | 47624 | 1 |
| 6 | 76.34 | 143 | 660 | 61245 | 61904 | -1 | 76853 | 77507 | 1 |
| 7 | 90.96 | 121 | 177 | 212301 | 212477 | 1 | 88126 | 88302 | 1 |
| 8 | 89.32 | 112 | 182 | 28836 | 29017 | 1 | 88128 | 88305 | 1 |
| 9 | 93.41 | 68 | 91 | 189913 | 190003 | 1 | 88309 | 88399 | 1 |
| 10 | 93.65 | 49 | 63 | 212503 | 212565 | 1 | 88309 | 88371 | 1 |
| 11 | 84.54 | 151 | 308 | 190530 | 190837 | 1 | 88401 | 88717 | 1 |
| 12 | 90.22 | 178 | 267 | 212569 | 212835 | 1 | 88785 | 89050 | 1 |
| 13 | 86.52 | 49 | 89 | 14574 | 14662 | 1 | 102369 | 102457 | 1 |
| 14 | 87.57 | 198 | 372 | 14727 | 15098 | 1 | 102533 | 102894 | 1 |
| 15 | 81.18 | 244 | 625 | 161623 | 162247 | -1 | 107456 | 108077 | 1 |
| 16 | 84.06 | 119 | 264 | 42959 | 43222 | 1 | 107635 | 107910 | 1 |
| 17 | 94.12 | 82 | 104 | 209977 | 210080 | 1 | 111277 | 111378 | 1 |
| 18 | 89.53 | 55 | 86 | 199405 | 199490 | -1 | 119537 | 119622 | 1 |
| 19 | 81.23 | 95 | 312 | 103052 | 103363 | 1 | 122723 | 123031 | 1 |
| 20 | 86.44 | 125 | 271 | 76214 | 76484 | 1 | 122758 | 123030 | 1 |
| 21 | 88.93 | 132 | 238 | 102522 | 102759 | -1 | 122796 | 123030 | 1 |
