<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX957303.8	1	TCATTCAAATGATTTGTTTTGGTTGAATTATTTACACATTTTACAGTTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125357	TCATTCAAATGATTTGTTTTGGTTGAATTATTTACACATTTTACAGTTTT	125406

BX957303.8	51	GCAGAAAATATCACAGCCAAATACAAACTGTTTTTTGAGTTTGTGTTTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125407	GCAGAAAATATCACAGCCAAATACAAACTGTTTTTTGAGTTTGTGTTTTA	125456

BX957303.8	101	CACCTTGAAGAAGAATATTGTGTTTCACCAGTAAAATTATTTACTGGCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125457	CACCTTGAAGAAGAATATTGTGTTTCACCAGTAAAATTATTTACTGGCTG	125506

BX957303.8	151	GTATATCCTGCTAATAATTTAATGTAAATTTTACTTGACAGTTTTTGTAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125507	GTATATCCTGCTAATAATTTAATGTAAATTTTACTTGACAGTTTTTGTAG	125556

BX957303.8	201	GTATGAGGCTTAATAGACATAGAATGTTCTTTATTGAGCACATAGACATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125557	GTATGAGGCTTAATAGACATAGAATGTTCTTTATTGAGCACATAGACATG	125606

BX957303.8	251	TCAGTAAATTTGGTTGTGCTTTGTGCAGGACTCGTGGCGTAGGGTTGTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125607	TCAGTAAATTTGGTTGTGCTTTGTGCAGGACTCGTGGCGTAGGGTTGTGA	125656

BX957303.8	301	GTACAGGTGTGCAGCAGGGAATCCCCATGCCCAGTTTCACCACCGCACTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125657	GTACAGGTGTGCAGCAGGGAATCCCCATGCCCAGTTTCACCACCGCACTG	125706

BX957303.8	351	TCCTTCTATGACGGTTACAGACACGAGATGCTCCCAGCAAACCTGCTGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125707	TCCTTCTATGACGGTTACAGACACGAGATGCTCCCAGCAAACCTGCTGCA	125756

BX957303.8	401	GGTAAACCTCTAACAACCCATAAACTGCAAGAAAAGGTGTTCAGCCAAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125757	GGTAAACCTCTAACAACCCATAAACTGCAAGAAAAGGTGTTCAGCCAAAA	125806

BX957303.8	451	ATGGGAAAACTTTTTATGCGTCCTGCCTGTTTACTTTACTGAGAACACAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125807	ATGGGAAAACTTTTTATGCGTCCTGCCTGTTTACTTTACTGAGAACACAT	125856

BX957303.8	501	GAATCTGTAAACGGGTTACAAAGTGGAACTTTTCTTTTTGATTCTCTGCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125857	GAATCTGTAAACGGGTTACAAAGTGGAACTTTTCTTTTTGATTCTCTGCT	125906

BX957303.8	551	CGAGCCCAGACTTGACCCAATCCGACCCAACCCCTGGGCGTGGTCGGGCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125907	CGAGCCCAGACTTGACCCAATCCGACCCAACCCCTGGGCGTGGTCGGGCC	125956

BX957303.8	601	AATATTTCCTGCCACTATCTTTAGGCCAGGCCGGCCATGATCAAGAATTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	125957	AATATTTCCTGCCACTATCTTTAGGCCAGGCCGGCCATGATCAAGAATTT	126006

BX957303.8	651	GTGTTTTATGTTTGTTTACTCATAACTAGGCCCACACGGAATCTGCGCGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126007	GTGTTTTATGTTTGTTTACTCATAACTAGGCCCACACGGAATCTGCGCGC	126056

BX957303.8	701	ACAGAATTCCGCAGATTTTAAACCCATTATTGATTCTGTTTATTTACTTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126057	ACAGAATTCCGCAGATTTTAAACCCATTATTGATTCTGTTTATTTACTTG	126106

BX957303.8	751	AGTAAATGTGTAAATCTGAATTTATTCAGTTTTTATTCAGTAGTTATTAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126107	AGTAAATGTGTAAATCTGAATTTATTCAGTTTTTATTCAGTAGTTATTAC	126156

BX957303.8	801	TTTTTATTTAATATATTAAGGTGTAAGTTATGATACTCCGCTGGATACTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126157	TTTTTATTTAATATATTAAGGTGTAAGTTATGATACTCCGCTGGATACTC	126206

BX957303.8	851	CCAAAATAATTCCGCAGAAATCCGCAGATTTTTACTAAAATTCTCCGCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126207	CCAAAATAATTCCGCAGAAATCCGCAGATTTTTACTAAAATTCTCCGCAG	126256

BX957303.8	901	AAATAGCAAAAAACGTCCGCAGATTCCGTCTGGCCCTGCTCATAGCTTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126257	AAATAGCAAAAAACGTCCGCAGATTCCGTCTGGCCCTGCTCATAGCTTAA	126306

BX957303.8	951	TTAGCCTAATTAGGTAAAAAGCTATACCACAATTAAAAATATTCTATGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126307	TTAGCCTAATTAGGTAAAAAGCTATACCACAATTAAAAATATTCTATGAA	126356

BX957303.8	1001	TATTTTAGCAAAGTCGGTTTAAGCAACACATGTGTGGGTCTACAAACTTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126357	TATTTTAGCAAAGTCGGTTTAAGCAACACATGTGTGGGTCTACAAACTTC	126406

BX957303.8	1051	CACAATTCGCAGTCATGCGCAGCAATGCTCTAGCTCCTGCAACAGCATCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126407	CACAATTCGCAGTCATGCGCAGCAATGCTCTAGCTCCTGCAACAGCATCT	126456

BX957303.8	1101	CCTCTACTGGCACACATTCACACTGCACTTCAGCAGAGCTGAAGCAGCGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126457	CCTCTACTGGCACACATTCACACTGCACTTCAGCAGAGCTGAAGCAGCGC	126506

BX957303.8	1151	GTATGTAGAGCAGAAACAGTGCATAAACATCAGTGGATTTTACCGATGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126507	GTATGTAGAGCAGAAACAGTGCATAAACATCAGTGGATTTTACCGATGCA	126556

BX957303.8	1201	TTTATTGGGTAAAATGGCTACTATATACTGTCATTGCATGTGTTTTTGGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126557	TTTATTGGGTAAAATGGCTACTATATACTGTCATTGCATGTGTTTTTGGT	126606

BX957303.8	1251	CATTACCAATGCACTGTCACTTTAAAAGCATCAAAAACAGATCCAGCACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126607	CATTACCAATGCACTGTCACTTTAAAAGCATCAAAAACAGATCCAGCACC	126656

BX957303.8	1301	AAAATGATTGCGCACCGCTACTTCAACACCACTTATGCTCAGCACTGATG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126657	AAAATGATTGCGCACCGCTACTTCAACACCACTTATGCTCAGCACTGATG	126706

BX957303.8	1351	CACTTCTTCTGTGTGCGGTATGAAAGCTCTAATCTGGTAACATGGACGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126707	CACTTCTTCTGTGTGCGGTATGAAAGCTCTAATCTGGTAACATGGACGCC	126756

BX957303.8	1401	GAAAAAACAGGTGCTGCTCGCCCGTGCGATGTGAAAGAGGTAATGGCAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126757	GAAAAAACAGGTGCTGCTCGCCCGTGCGATGTGAAAGAGGTAATGGCAAA	126806

BX957303.8	1451	CACCGGAGACTTCCATGCTGAACAGACACATGAAGCAGGCATGCCATGGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126807	CACCGGAGACTTCCATGCTGAACAGACACATGAAGCAGGCATGCCATGGC	126856

BX957303.8	1501	AGAAAGGATGTTTTTAGAATTATATTTAAGAACGTCTTTATAACTTATTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126857	AGAAAGGATGTTTTTAGAATTATATTTAAGAACGTCTTTATAACTTATTA	126906

BX957303.8	1551	AAAATAGTCTGGTTTGAATCTGGCTCATTAGTACAGTTAATGTGTCGGAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126907	AAAATAGTCTGGTTTGAATCTGGCTCATTAGTACAGTTAATGTGTCGGAC	126956

BX957303.8	1601	CGGGTCAGGCTCAGACACAAGGTGCACAGGCTCGGGTTTGGTTTTTTTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	126957	CGGGTCAGGCTCAGACACAAGGTGCACAGGCTCGGGTTTGGTTTTTTTTT	127006

BX957303.8	1651	TTTTTTTTTTTGGGTTCAATCTAAGCTCTAGTGTAAACAACCGAAAACAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	127007	TTTTTTTTTTTGGGTTCAATCTAAGCTCTAGTGTAAACAACCGAAAACAA	127056

BX957303.8	1701	AAGTCTATGAAAACAAACAATAAAGTCATGTGCTTGTATGATATGTGTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	127057	AAGTCTATGAAAACAAACAATAAAGTCATGTGCTTGTATGATATGTGTTT	127106

BX957303.8	1751	ATGGGAGCCTAGATTAAAGCAAGACACAACAATGATAGTTTTGTTGTTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	127107	ATGGGAGCCTAGATTAAAGCAAGACACAACAATGATAGTTTTGTTGTTGC	127156

BX957303.8	1801	TTAAGTCTTTGCTAACAATCCATCGGCAAAGTGTGGCTTTACTTTAAATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	127157	TTAAGTCTTTGCTAACAATCCATCGGCAAAGTGTGGCTTTACTTTAAATT	127206

BX957303.8	1851	ACAACCAAAAGCAGAGACACAACTTGCATGCAAAATATAAATGCACACCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	127207	ACAACCAAAAGCAGAGACACAACTTGCATGCAAAATATAAATGCACACCA	127256

BX957303.8	1901	TCTCTTACTAAAATAACCATATTATCATCAGAAAAATTGGATCCAGACGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	127257	TCTCTTACTAAAATAACCATATTATCATCAGAAAAATTGGATCCAGACGT	127306

BX957303.8	1951	TATATTATTGGAAAAATAAGGTGTTATGGGGCACTACTTTCCAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324148.9	127307	TATATTATTGGAAAAATAAGGTGTTATGGGGCACTACTTTCCAAGAATTC	127356

Overview

Query
BX957303.8 - 110532 bps
Hit
BX324148.9 - 127356 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196420001200011253571273561
292.5588025216252951789279711
385.561763556460264956123311236771
489.21312064217442379123459236711
581.56581458121981363-123507236471
688.328314136503790123541236771
790.37781354744347577-124584247181
810056757479874872131920319941
993.91551167475774872131954320681
1090.27771134589346005132779328911
1196.4372849134491427-132780328631
1283.631955054839048894160122606401
1385.3417740830353442160146605681
1485.41382644772347986184244845101
1588.37771269139091515-184410845381
1687.581622957136371657-188691889881
1785.42044406831168750188691891351
1884.8416136830703437188760891351
1910058787479874875-191325914021
20100641017865678756191354914541
2180.625215710145210160811184541186131
2293.29116150645826473111236531238011
2396.24117133819078203911236691238011
Short-link