<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX942843.5	1	TTGTGCTATGCATCATTGCGACGTGTAGTTAAATTTTTTGAGAGGTGCGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179166	TTGTGCTATGCATCATTGCGACGTGTAGTTAAATTTTTTGAGAGGTGCGC	179215

BX942843.5	51	ATAAGCACATCAACGGCCACAGGCAAGAGCTATGCATCCACGCGTAGGCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179216	ATAAGCACATCAACGGCCACAGGCAAGAGCTATGCATCCACGCGTAGGCC	179265

BX942843.5	101	GCGCCATAGCATACGCGCACATTTGACGCAGAAGTATAAATCAGCATTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179266	GCGCCATAGCATACGCGCACATTTGACGCAGAAGTATAAATCAGCATTCA	179315

BX942843.5	151	CTTGTTCTAAGTTCAGGCGAGGGACTGTTTAATAAGTAAACCTTAACCTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179316	CTTGTTCTAAGTTCAGGCGAGGGACTGTTTAATAAGTAAACCTTAACCTA	179365

BX942843.5	201	AAGTTGACAGCAACAGTTTTTATTGATATTGTGTAATCTGAGATTGTACG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179366	AAGTTGACAGCAACAGTTTTTATTGATATTGTGTAATCTGAGATTGTACG	179415

BX942843.5	251	ATTTCATACAAATTAGCAACTAAATCAAAAAGAATTGCCATGAGATAGCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179416	ATTTCATACAAATTAGCAACTAAATCAAAAAGAATTGCCATGAGATAGCG	179465

BX942843.5	301	TTGGTCTGTCATAGCCTTTATAGTCTGTTCTTCATGGAAGCTTTAACAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179466	TTGGTCTGTCATAGCCTTTATAGTCTGTTCTTCATGGAAGCTTTAACAGA	179515

BX942843.5	351	AACACATGCCGCATGTTCACCTCTGACGTATTTAGCCAGTTGACGACTAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179516	AACACATGCCGCATGTTCACCTCTGACGTATTTAGCCAGTTGACGACTAT	179565

BX942843.5	401	ATAAAAGTTTGGATTATTTTAAAATATAATGTTTTTTACATATAATGTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179566	ATAAAAGTTTGGATTATTTTAAAATATAATGTTTTTTACATATAATGTAA	179615

BX942843.5	451	CGCAGTGGCGCAGTGGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179616	CGCAGTGGCGCAGTGGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTG	179665

BX942843.5	501	GTTCGAGTCTCGGCTCTGTCAGTTGGCGTTTCTTTGTGGAGTTTGTATGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179666	GTTCGAGTCTCGGCTCTGTCAGTTGGCGTTTCTTTGTGGAGTTTGTATGT	179715

BX942843.5	551	TCTCCCTGCGTTCGCGTGAGTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCTCCACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179716	TCTCCCTGCGTTCGCGTGAGTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCTCCACA	179765

BX942843.5	601	GTCCAAAGATATGCGGTACAGGTGAATTGGCTAGGCTAAATTGTCCATAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179766	GTCCAAAGATATGCGGTACAGGTGAATTGGCTAGGCTAAATTGTCCATAG	179815

BX942843.5	651	TGTATGAGTGTGTTTGGATGTGTGTGGATGAGATGAGTAGCGGTTGGAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179816	TGTATGAGTGTGTTTGGATGTGTGTGGATGAGATGAGTAGCGGTTGGAAG	179865

BX942843.5	701	GGGATCCGCTGTGTAAAAATGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179866	GGGATCCGCTGTGTAAAAATGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCACT	179915

BX942843.5	751	GTGGCGACCCCTGATTAGATAATGAATGAATGAATAATGTTGCATTAGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179916	GTGGCGACCCCTGATTAGATAATGAATGAATGAATAATGTTGCATTAGTT	179965

BX942843.5	801	AAAGTCTTATTATATATTATTTTATAAGTGATGAGTAATTAATTGGTTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	179966	AAAGTCTTATTATATATTATTTTATAAGTGATGAGTAATTAATTGGTTAA	180015

BX942843.5	851	TTGAAAGTTATTTTAAATGATCATCGATGACAGGATTTTGTAGAAATTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180016	TTGAAAGTTATTTTAAATGATCATCGATGACAGGATTTTGTAGAAATTGA	180065

BX942843.5	901	CATCCCTAAAAGTAGATAAATAAAACTGATCTCACAGTGCCCTAATATAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180066	CATCCCTAAAAGTAGATAAATAAAACTGATCTCACAGTGCCCTAATATAC	180115

BX942843.5	951	TACAATCTCAAGCAAAAAAACGAAGGTCAGTAAATAAAATGACTTTCACC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180116	TACAATCTCAAGCAAAAAAACGAAGGTCAGTAAATAAAATGACTTTCACC	180165

BX942843.5	1001	AAGGTGCAAAACTAACCCTGGCCTGAAGAACACTTTTTCTGCCCAGAAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180166	AAGGTGCAAAACTAACCCTGGCCTGAAGAACACTTTTTCTGCCCAGAAAT	180215

BX942843.5	1051	GGAGGAGAAAAAAAATCTATAGCAATTCTACAGCTTTGTGTAGTCTAATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180216	GGAGGAGAAAAAAAATCTATAGCAATTCTACAGCTTTGTGTAGTCTAATA	180265

BX942843.5	1101	ATGTCCCGCCAGCACCCACATATTTCATCTCCCTTATGGGACTGTTAAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180266	ATGTCCCGCCAGCACCCACATATTTCATCTCCCTTATGGGACTGTTAAAT	180315

BX942843.5	1151	ACAATCAAACTCAATCCGGTGTGTTTTTAATAAAGCGGTGCCATCACATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180316	ACAATCAAACTCAATCCGGTGTGTTTTTAATAAAGCGGTGCCATCACATT	180365

BX942843.5	1201	CAGTTACCCAGGTCAGGTTCTCGGCTCGCTCTCCTCCTCCTCTGCTTTAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180366	CAGTTACCCAGGTCAGGTTCTCGGCTCGCTCTCCTCCTCCTCTGCTTTAA	180415

BX942843.5	1251	CATTCACCAGACAAATGAACAGCTTAACGTCACTTTGTCTTGACGCGTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180416	CATTCACCAGACAAATGAACAGCTTAACGTCACTTTGTCTTGACGCGTCT	180465

BX942843.5	1301	CTTCCAATCCAGCCTCCCAAACATCTCATAGCAGGCTGTTGGGTTACACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180466	CTTCCAATCCAGCCTCCCAAACATCTCATAGCAGGCTGTTGGGTTACACT	180515

BX942843.5	1351	AATCACTCTCAGTATGGGAGAAACAGCTCCAGAAATACATGCTCATGACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180516	AATCACTCTCAGTATGGGAGAAACAGCTCCAGAAATACATGCTCATGACT	180565

BX942843.5	1401	GCACTACACAGGCATAAATCAAAGGCATCATTTTATCCAGCCGCTCGGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180566	GCACTACACAGGCATAAATCAAAGGCATCATTTTATCCAGCCGCTCGGTG	180615

BX942843.5	1451	ATTGTGATGTGTTTGTATGGAGGGGGAAGGGGAAACATCAGCAGGCAGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180616	ATTGTGATGTGTTTGTATGGAGGGGGAAGGGGAAACATCAGCAGGCAGGA	180665

BX942843.5	1501	CTGAGAGGAAAGGATGGTTGCTTGGAAACCCTAGGCGAGAGAGAGATGGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180666	CTGAGAGGAAAGGATGGTTGCTTGGAAACCCTAGGCGAGAGAGAGATGGA	180715

BX942843.5	1551	GACAGAGAGAGAGAGAAACAGAAAGAGAGAGGAAGGATGGGAAGAACAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180716	GACAGAGAGAGAGAGAAACAGAAAGAGAGAGGAAGGATGGGAAGAACAAG	180765

BX942843.5	1601	CGAAGGGGTGAGGAGAGTATACATATAGAATTGACCAAAGCATTGTTTTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180766	CGAAGGGGTGAGGAGAGTATACATATAGAATTGACCAAAGCATTGTTTTG	180815

BX942843.5	1651	CTTTGATTTGAGGAAAAACAAGTGATGTGGTGTATTGCATTACATGTATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180816	CTTTGATTTGAGGAAAAACAAGTGATGTGGTGTATTGCATTACATGTATA	180865

BX942843.5	1701	TGTCAAATCACAGCGTTTAATACAAACACAAGCACAGTATGGCAAGACGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180866	TGTCAAATCACAGCGTTTAATACAAACACAAGCACAGTATGGCAAGACGT	180915

BX942843.5	1751	TTAACATTAAATTTACAAAGTTTTAGATGCTACTTTTTTCTGTTAAGTAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180916	TTAACATTAAATTTACAAAGTTTTAGATGCTACTTTTTTCTGTTAAGTAC	180965

BX942843.5	1801	TACTTATTTACAGTACAAAGTCCCTTTAAGGCAAGTCATTTCACTTGGCG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	180966	TACTTATTTACAGTACAAAGTCCCTTTAAGGCAAGTCATTTCACTTGGCG	181015

BX942843.5	1851	GCAATCTTTGAATGGCAAGCTACTATTTTTTTGAATAGGGAAACATCAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	181016	GCAATCTTTGAATGGCAAGCTACTATTTTTTTGAATAGGGAAACATCAAA	181065

BX942843.5	1901	TTCTCCTAAAGGTCAATTCCATGCAAATGTCAACCTTGCCCTAAATAATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	181066	TTCTCCTAAAGGTCAATTCCATGCAAATGTCAACCTTGCCCTAAATAATT	181115

BX942843.5	1951	AAGTTTTTACCAAAACAGCAAAACCCTTTCTAGGTTTTTTGTGTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324121.9	181116	AAGTTTTTACCAAAACAGCAAAACCCTTTCTAGGTTTTTTGTGTAAGCTT	181165

Overview

Query
BX942843.5 - 3994 bps
Hit
BX324121.9 - 181165 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197020001200011791661811651
287.59184308453760-1578960941
382.055915725882744111509116641
484.06149316452767-11716601719791
Short-link