<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR354391.7	1	CTTCAGAGCTTTCAATTTCTCTAAAAACAAACAGGCAAGGGAGAAAAAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	200548	CTTCAGAGCTTTCAATTTCTCTAAAAACAAACAGGCAAGGGAGAAAAAGA	200597

CR354391.7	51	ACTTAATCCCCAGTAAAACGCCAACAGATCTTGTTCACTATCAGATTGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	200598	ACTTAATCCCCAGTAAAACGCCAACAGATCTTGTTCACTATCAGATTGGA	200647

CR354391.7	101	GAACTTTCTTCATCAAGTTATTTCAGAAGAACTACATCCCTTCAGCTTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	200648	GAACTTTCTTCATCAAGTTATTTCAGAAGAACTACATCCCTTCAGCTTTG	200697

CR354391.7	151	GGCAGATTCCTGTGGCTATTCTCTCGCTTGCCCCCCGTCACTGACAGCGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	200698	GGCAGATTCCTGTGGCTATTCTCTCGCTTGCCCCCCGTCACTGACAGCGT	200747

CR354391.7	201	CTCCCTGGTCCGGCAAACTCCCACACTCTCTTTCTCTCTGGAGTTTACTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	200748	CTCCCTGGTCCGGCAAACTCCCACACTCTCTTTCTCTCTGGAGTTTACTG	200797

CR354391.7	251	AGACAATGATGGAGGAGGAATAGTGGAACTCATTGTGTCAGTGAGATGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	200798	AGACAATGATGGAGGAGGAATAGTGGAACTCATTGTGTCAGTGAGATGTT	200847

CR354391.7	301	TATTAATGAGTGTGTGTAAGAGAGAGAGAGAGATGCAAACCGGCCAAATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	200848	TATTAATGAGTGTGTGTAAGAGAGAGAGAGAGATGCAAACCGGCCAAATT	200897

CR354391.7	351	TAGGGGCTGTCCATACAAACAAGACTCTTAAGTCGGCTCAAAAGGAATCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	200898	TAGGGGCTGTCCATACAAACAAGACTCTTAAGTCGGCTCAAAAGGAATCC	200947

CR354391.7	401	AAGCATGCAGAATACTGGAGGGGGGATTTTTTGCACAGCAGTCAATTATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	200948	AAGCATGCAGAATACTGGAGGGGGGATTTTTTGCACAGCAGTCAATTATT	200997

CR354391.7	451	AATGCTTTCAGAGTCTGCTTTCAGAGTCTACAAAGACATTAGATGTATTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	200998	AATGCTTTCAGAGTCTGCTTTCAGAGTCTACAAAGACATTAGATGTATTC	201047

CR354391.7	501	ATATGTATGCTTACATTAGATGTAAAAAGATGTTTGCTGCAATATGACAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201048	ATATGTATGCTTACATTAGATGTAAAAAGATGTTTGCTGCAATATGACAA	201097

CR354391.7	551	AAACAGTGACAGATCTTTTCCTCCATATTTCCATAATTTCTTCTTTGGAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201098	AAACAGTGACAGATCTTTTCCTCCATATTTCCATAATTTCTTCTTTGGAC	201147

CR354391.7	601	CAGTAGTGGAGCAATGACAAAGTAAGCATGTAAATAAAAATGTAGATAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201148	CAGTAGTGGAGCAATGACAAAGTAAGCATGTAAATAAAAATGTAGATAAA	201197

CR354391.7	651	CCTAATAAAATCATTACTCCTCTAAAAGCAGTGTTGGGAAAAGTTACTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201198	CCTAATAAAATCATTACTCCTCTAAAAGCAGTGTTGGGAAAAGTTACTTT	201247

CR354391.7	701	TGAAAGTACTGCATTACAATATTGAGTTACTTCCCAAAAAAGTAACTACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201248	TGAAAGTACTGCATTACAATATTGAGTTACTTCCCAAAAAAGTAACTACT	201297

CR354391.7	751	TAACATTCCTTTTTTTGTAAACTTTATTTATTGAACACAAGTGAATAGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201298	TAACATTCCTTTTTTTGTAAACTTTATTTATTGAACACAAGTGAATAGCA	201347

CR354391.7	801	TTCGTTATAAACAAAATTTGATCCTTTTCCCCCTCTTAAACACTTATAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201348	TTCGTTATAAACAAAATTTGATCCTTTTCCCCCTCTTAAACACTTATAAC	201397

CR354391.7	851	TTACCTTTATAACTTATCACTTATAAACATTTAACCCCAAACCACTTCCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201398	TTACCTTTATAACTTATCACTTATAAACATTTAACCCCAAACCACTTCCA	201447

CR354391.7	901	CCCATCCAACCCATACTGTACATTCACATAGCCAGTCTCCCTGTTATAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201448	CCCATCCAACCCATACTGTACATTCACATAGCCAGTCTCCCTGTTATAAA	201497

CR354391.7	951	AAACATACAGTTAAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCCTTTAATTTTTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201498	AAACATACAGTTAAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCCTTTAATTTTTTTTT	201547

CR354391.7	1001	TTCGCAGTACATTTTCACAGCATGTCTGATAATAGTTTTCCTTCTGGAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201548	TTCGCAGTACATTTTCACAGCATGTCTGATAATAGTTTTCCTTCTGGAGA	201597

CR354391.7	1051	AAGTCATATTTGTTTTATTTTGGCAAGAATACAAGCAGTTTAAAATTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201598	AAGTCATATTTGTTTTATTTTGGCAAGAATACAAGCAGTTTAAAATTTTT	201647

CR354391.7	1101	AAAAAGCCATTTTAAGGTCAAAATTATTTGCCTCCTTAAGCTATATTTGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201648	AAAAAGCCATTTTAAGGTCAAAATTATTTGCCTCCTTAAGCTATATTTGT	201697

CR354391.7	1151	TCGATAGAACAAACAATCATTATACAATGACTTGCCTATTGCCTAATTAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201698	TCGATAGAACAAACAATCATTATACAATGACTTGCCTATTGCCTAATTAC	201747

CR354391.7	1201	CCTAACCTGTCTAATTAACCTAGTTAAGCCCTTAAATGTGACTTTAAGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201748	CCTAACCTGTCTAATTAACCTAGTTAAGCCCTTAAATGTGACTTTAAGCT	201797

CR354391.7	1251	GTATAAAAGTGTCTGACATAAGTGAAGTCATCTTTCGTTACTGTACTGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201798	GTATAAAAGTGTCTGACATAAGTGAAGTCATCTTTCGTTACTGTACTGTT	201847

CR354391.7	1301	GTTAAATAGAAAACATTTTACAAGGAACTTTTGTTGTAAATCTTGCACCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201848	GTTAAATAGAAAACATTTTACAAGGAACTTTTGTTGTAAATCTTGCACCT	201897

CR354391.7	1351	TATTCTTGAAGGAAATAATGACTAAATTTTAATAGTAATTAGGCTGTTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201898	TATTCTTGAAGGAAATAATGACTAAATTTTAATAGTAATTAGGCTGTTGT	201947

CR354391.7	1401	TGTTATCCATGAATTATTAAATGTGCTTTTTACAAGTGAGGCTAGAAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201948	TGTTATCCATGAATTATTAAATGTGCTTTTTACAAGTGAGGCTAGAAAAA	201997

CR354391.7	1451	TCATCAAGCTCTACATTATTATTATAATATTTTAATTGTTCTGTATTAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	201998	TCATCAAGCTCTACATTATTATTATAATATTTTAATTGTTCTGTATTAAA	202047

CR354391.7	1501	ATGGCCAAATTCTGACTGAGGAAAGTTGAATGTGCTGCCCAGGGGTGCAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	202048	ATGGCCAAATTCTGACTGAGGAAAGTTGAATGTGCTGCCCAGGGGTGCAT	202097

CR354391.7	1551	TTTCAATGGTTAACCAACTAAGGTCGCAAGTTCTATAGTAACAAACAGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	202098	TTTCAATGGTTAACCAACTAAGGTCGCAAGTTCTATAGTAACAAACAGTT	202147

CR354391.7	1601	CATTTGACGTTTCCCAAATCGTTCCAACGAACATTCGCAAACTGTATCAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	202148	CATTTGACGTTTCCCAAATCGTTCCAACGAACATTCGCAAACTGTATCAC	202197

CR354391.7	1651	AAACTTCTATGCTCGCAACTAAACCTCTGGAGCTGTAGTTAGAAACATAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	202198	AAACTTCTATGCTCGCAACTAAACCTCTGGAGCTGTAGTTAGAAACATAG	202247

CR354391.7	1701	TTCCTGACTGTGTTCTATTGTCAGTTATCCCCCTATGCCCTAATCATTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	202248	TTCCTGACTGTGTTCTATTGTCAGTTATCCCCCTATGCCCTAATCATTTA	202297

CR354391.7	1751	GAACACTCTAACATTTAAACTTGGAATGATTTTTTTTAAATAAAGCATTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	202298	GAACACTCTAACATTTAAACTTGGAATGATTTTTTTTAAATAAAGCATTA	202347

CR354391.7	1801	AAGTCATCTTTCTTAGATGTAATTTCCTTATCAAAGCATTTTTAAAGTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	202348	AAGTCATCTTTCTTAGATGTAATTTCCTTATCAAAGCATTTTTAAAGTTC	202397

CR354391.7	1851	AATTTTAGTGATCTTCATGTTTAAAATTGTGCTCAATTCGCAGTGCACTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	202398	AATTTTAGTGATCTTCATGTTTAAAATTGTGCTCAATTCGCAGTGCACTT	202447

CR354391.7	1901	TGAACACATTGGTGTCATTTTAAACACAGCCGTGGCTCATGAAGAAAGCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	202448	TGAACACATTGGTGTCATTTTAAACACAGCCGTGGCTCATGAAGAAAGCT	202497

CR354391.7	1951	ATAGGTGACGTGTTATCAAAAGCGGAATTTATGTTACGTCTCCAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX324115.8	202498	ATAGGTGACGTGTTATCAAAAGCGGAATTTATGTTACGTCTCCAAAGCTT	202547

Overview

Query
CR354391.7 - 92464 bps
Hit
BX324115.8 - 202547 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192920001200012005482025471
286.487317083567837361718373521
383.582304934337543867-121437219111
478.02813126211062421127670279921
585.482104716249762967127984284581
693.061682176301363229128582287971
798.1711057555475658-129884299881
8100891195744357561-129903300211
996.59778952885376-132273323601
1089.91751094288642994-158261583691
1188.99721098048780595-158261583691
1297.733103533916939521-159936602881
1397.173043535959859950-159936602881
1498.023133537728477636-159936602881
1585.42781448379783940-196871970141
1691.8471998407484172-197038971351
1783.974699944286343856-11009731019641
1884.184769928046481455-11009731019641
1985.25108212845918480211176671178761
2089.481111728379283963-11178591180291
2187.86751305288541711178951180341
22100791075744757553-11629971631031
2398.9971997555475652-11630041631021
Short-link