<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR751601.8	2000	AAGCTTGATGAGGACAAATGATGTTCCTGTCAGCTTGCCAAAAAATTACC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1	AAGCTTGATGAGGACAAATGATGTTCCTGTCAGCTTGCCAAAAAATTACC	50

C  CR751601.8	1950	TCATGCTGTCTCCAAGCAATCGGCCCACTCCATCATTGAGATTTGTGCTT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	51	TCATGCTGTCTCCAAGCAATCGGCCCACTCCATCATTGAGATTTGTGCTT	100

C  CR751601.8	1900	TTCTATAGTATTTTTTTAACACTGGAAAAAAAAGCTGCTCATCTGTTCCT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	101	TTCTATAGTATTTTTTTAACACTGGAAAAAAAAGCTGCTCATCTGTTCCT	150

C  CR751601.8	1850	CTTTAGATCTGGCAATGAAAAATAATAGTAACAGTTATAGGGGATTTTTC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	151	CTTTAGATCTGGCAATGAAAAATAATAGTAACAGTTATAGGGGATTTTTC	200

C  CR751601.8	1800	TGCGCACTACCCCCAGAGCGTGAGCTTTACACATTGTGATATTTTCCTCA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	201	TGCGCACTACCCCCAGAGCGTGAGCTTTACACATTGTGATATTTTCCTCA	250

C  CR751601.8	1750	TATAAATACGTTTGTGTGGGTGTTAATGTGACTGACTGTATTGCTCATGG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	251	TATAAATACGTTTGTGTGGGTGTTAATGTGACTGACTGTATTGCTCATGG	300

C  CR751601.8	1700	CCATTGACCTGTCAGCCATATGCTCTCAGCTGGCGGCCCTGTTGGAGAGC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	301	CCATTGACCTGTCAGCCATATGCTCTCAGCTGGCGGCCCTGTTGGAGAGC	350

C  CR751601.8	1650	AGCTCCCCTGCTCCGCTCTGTGCCACACAGGCTGGGGAGTCCAGAGGGCT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	351	AGCTCCCCTGCTCCGCTCTGTGCCACACAGGCTGGGGAGTCCAGAGGGCT	400

C  CR751601.8	1600	GTTTATTTGGTGTTTTCACCTGCTTTGTTTTTGCTGATCGCAGTAGTGAC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	401	GTTTATTTGGTGTTTTCACCTGCTTTGTTTTTGCTGATCGCAGTAGTGAC	450

C  CR751601.8	1550	TGTCCTGGAAAACAGAAGAATAGTGGTCAGCTTACTCATCTTATTCAGTT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	451	TGTCCTGGAAAACAGAAGAATAGTGGTCAGCTTACTCATCTTATTCAGTT	500

C  CR751601.8	1500	CTGTGCGCATCCACCATGCGGACAAGGAAATCAGACATGCTCACATGCCA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	501	CTGTGCGCATCCACCATGCGGACAAGGAAATCAGACATGCTCACATGCCA	550

C  CR751601.8	1450	CAAAGGCTCTCGCCGCATTGTCTAGAAGCTCTCCCTGCTGCTTCAGTTTA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	551	CAAAGGCTCTCGCCGCATTGTCTAGAAGCTCTCCCTGCTGCTTCAGTTTA	600

C  CR751601.8	1400	AGGGCTAACATCCCAATGAATTTGAGAGCCTTTTTATAGCTAGCCTGCAC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	601	AGGGCTAACATCCCAATGAATTTGAGAGCCTTTTTATAGCTAGCCTGCAC	650

C  CR751601.8	1350	AGTCATTCCTCTTTTGTGCCGTTAACTCCTAGTGTGAAGCTTCAATGTAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	651	AGTCATTCCTCTTTTGTGCCGTTAACTCCTAGTGTGAAGCTTCAATGTAA	700

C  CR751601.8	1300	GTACACTGTAAAAATGGTAAATTTCTCAAGGTAACTGATTGCAAACAATT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	701	GTACACTGTAAAAATGGTAAATTTCTCAAGGTAACTGATTGCAAACAATT	750

C  CR751601.8	1250	TATATGGGCTGAATTTAAACAAACATATTAAATTTAGTAACGTTCAACTT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	751	TATATGGGCTGAATTTAAACAAACATATTAAATTTAGTAACGTTCAACTT	800

C  CR751601.8	1200	ATTTGTTTGTTTAAATTCAGCCCATATAACTAATTTGCAACCAGTTACCT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	801	ATTTGTTTGTTTAAATTCAGCCCATATAACTAATTTGCAACCAGTTACCT	850

C  CR751601.8	1150	TAAAAAAATGGAGTAAATCCAATGACTGTTACTTTTTTTTTTTGTGTAGT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	851	TAAAAAAATGGAGTAAATCCAATGACTGTTACTTTTTTTTTTTGTGTAGT	900

C  CR751601.8	1100	TGTGTTCTGCGCCGACCGGAGTTAAAACTCCCACACGAGATCAAAGAATC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	901	TGTGTTCTGCGCCGACCGGAGTTAAAACTCCCACACGAGATCAAAGAATC	950

C  CR751601.8	1050	TGCATGCATCACAATCAATAACGGAGAGTGCTGATCCACGAGCCTCTGAC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	951	TGCATGCATCACAATCAATAACGGAGAGTGCTGATCCACGAGCCTCTGAC	1000

C  CR751601.8	1000	TCTCTCTTTCTGTGTGCCGTGGGAGTCTGTGGGTGCTTTTAACGGAGCTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1001	TCTCTCTTTCTGTGTGCCGTGGGAGTCTGTGGGTGCTTTTAACGGAGCTT	1050

C  CR751601.8	950	TTTGAGTGCTTGTAATTTTAGACCTTTTTTGGCTTTTACCTCTGCTGTGG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1051	TTTGAGTGCTTGTAATTTTAGACCTTTTTTGGCTTTTACCTCTGCTGTGG	1100

C  CR751601.8	900	ACTCACTCGTGAGCGTATACAGCGATTGCAGACCTAGAATATTCTATGCA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1101	ACTCACTCGTGAGCGTATACAGCGATTGCAGACCTAGAATATTCTATGCA	1150

C  CR751601.8	850	CAGAGTTGCTCGCGTTCATCGCCTTTTGTTAATTTCGAGAGATGTGCCGG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1151	CAGAGTTGCTCGCGTTCATCGCCTTTTGTTAATTTCGAGAGATGTGCCGG	1200

C  CR751601.8	800	GGCTCTGACCTGCTGCTAAAAATGGCTGCGGTAAATTAAAACGTAATTAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1201	GGCTCTGACCTGCTGCTAAAAATGGCTGCGGTAAATTAAAACGTAATTAA	1250

C  CR751601.8	750	CTGACAGATGGGAAAAGTATATTTGCGTCAATATGCCCCTTTATCAGATT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1251	CTGACAGATGGGAAAAGTATATTTGCGTCAATATGCCCCTTTATCAGATT	1300

C  CR751601.8	700	TCATTTAGTGACGAGGTGTCTGTTAATTATGCCTTTAGAGTTCAGGCCAG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1301	TCATTTAGTGACGAGGTGTCTGTTAATTATGCCTTTAGAGTTCAGGCCAG	1350

C  CR751601.8	650	TGTGTTCTGCACAGCCTGACCTGTGACGTCCAATTTGTGAATGGATGATT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1351	TGTGTTCTGCACAGCCTGACCTGTGACGTCCAATTTGTGAATGGATGATT	1400

C  CR751601.8	600	TCCTTTCAATGAACTGATTCATGAATCGCTAGTAATCGATTATAGTTATT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1401	TCCTTTCAATGAACTGATTCATGAATCGCTAGTAATCGATTATAGTTATT	1450

C  CR751601.8	550	CTCCCTGAGAGCAAGAGGTTTTTTCAAGTGAGACTGAATGAGATGAGAAT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1451	CTCCCTGAGAGCAAGAGGTTTTTTCAAGTGAGACTGAATGAGATGAGAAT	1500

C  CR751601.8	500	CATTAATGTGTTCATTTGCTATATTAAAATTTGAAACATGGAAATGTATG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1501	CATTAATGTGTTCATTTGCTATATTAAAATTTGAAACATGGAAATGTATG	1550

C  CR751601.8	450	CAAATTACATATATGACTTGCAAGTTTATATTTGGATTTTACACACCGAA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1551	CAAATTACATATATGACTTGCAAGTTTATATTTGGATTTTACACACCGAA	1600

C  CR751601.8	400	CAAATATACACAGTTGGAGTCAGAACTATTAGCCTACCTTTGATTTTTTT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1601	CAAATATACACAGTTGGAGTCAGAACTATTAGCCTACCTTTGATTTTTTT	1650

C  CR751601.8	350	TTTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACAGATGAAGGACATTTTT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1651	TTTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACAGATGAAGGACATTTTT	1700

C  CR751601.8	300	ACAGTATGTTTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCGTAATTGTTTG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1701	ACAGTATGTTTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCGTAATTGTTTG	1750

C  CR751601.8	250	ATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTAAATTTTTTAAAAAACATTTTAAG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1751	ATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTAAATTTTTTAAAAAACATTTTAAG	1800

C  CR751601.8	200	ATCAAAATTATTAGCTCCTTTAAGCTATATATATATATATATATATATAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1801	ATCAAAATTATTAGCTCCTTTAAGCTATATATATATATATATATATATAT	1850

C  CR751601.8	150	ATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTATAGTCTAC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1851	ATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTATAGTCTAC	1900

C  CR751601.8	100	AGAACAAACCATTGTTATACAATAACTTGCGTAGTTACCCTAACCCGCCT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1901	AGAACAAACCATTGTTATACAATAACTTGCGTAGTTACCCTAACCCGCCT	1950

C  CR751601.8	50	GGTTAACCTAATTTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323998.7	1951	GGTTAACCTAATTTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGT	2000

Overview

Query
CR751601.8 - 141943 bps
Hit
BX323998.7 - 172349 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001949200012000-1120001
276.6713291408214410119953202641
391.2891249854998672130631307551
478.061726675826858934-140285409631
581.61453652330023664-148035484091
680.462186464151642161-154444550881
786.64106184106254106437-168271684571
884.62781554937249526168304684591
989.72711074920149307-169059691651
1085.851172208396884187189011892291
1187.791863032337223674-198587988891
1283.94380853833348418611045841054111
1386.74198346670056735011051481054941
1486.992023469572096065-11051481054931
1590.84911309854998678-11188761190061
1684.52106220769067712511190341192591
1785.410122417339611247851250101
1888.21153247589875923311356441358891
1994.77100172551215529211381081382791
2088.83118179635086368611629681631461
2187.42178295581415843511667701670631
2289.32168254589995925211674301676821
Short-link