<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX088590.7	163791	ACGTGAAAGTTCCAGGACCAGGGCTGGAACTCCAGCCACAGCAGTGACCA	163840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1	ACGTGAAAGTTCCAGGACCAGGGCTGGAACTCCAGCCACAGCAGTGACCA	50

BX088590.7	163841	CACTGGATCTTTAACCCAGTGAGCCACTGGGGACCTCCAATTAGTGACTG	163890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	51	CACTGGATCTTTAACCCAGTGAGCCACTGGGGACCTCCAATTAGTGACTG	100

BX088590.7	163891	CTTTTACAGCTTAACTTTTTCACAAAGTAAATTTCAAATTTAAATTTAAA	163940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	101	CTTTTACAGCTTAACTTTTTCACAAAGTAAATTTCAAATTTAAATTTAAA	150

BX088590.7	163941	CACTTCAAGAATTTTAATTTAAATTTTTTAAAATTTAAGCACTTCAGAGG	163990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	151	CACTTCAAGAATTTTAATTTAAATTTTTTAAAATTTAAGCACTTCAGAGG	200

BX088590.7	163991	AATTGGTTTGTCAGATATTGTTTTGGATTCTAAGATAGCACTGGAGCTAA	164040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	201	AATTGGTTTGTCAGATATTGTTTTGGATTCTAAGATAGCACTGGAGCTAA	250

BX088590.7	164041	CAGTCCAGCTCAGACTGTAGGACCATCACAACTAGAAAGTACCTCAGCCT	164090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	251	CAGTCCAGCTCAGACTGTAGGACCATCACAACTAGAAAGTACCTCAGCCT	300

BX088590.7	164091	CCAGCACTAAATGTTTGGGTATTTCAAGGACCACTATACAGAAGTTCCTT	164140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	301	CCAGCACTAAATGTTTGGGTATTTCAAGGACCACTATACAGAAGTTCCTT	350

BX088590.7	164141	TTATTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTATTTTTTTTTGACTGATTGCTG	164190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	351	TTATTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTATTTTTTTTTGACTGATTGCTG	400

BX088590.7	164191	GTAGACAATCTATAAGATTCGGAGTTTTTGTTCAGAAAGCTGGATCTGAA	164240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	401	GTAGACAATCTATAAGATTCGGAGTTTTTGTTCAGAAAGCTGGATCTGAA	450

BX088590.7	164241	TGAGAGTCCCTGGGGCCAATCACATTATCACAGTGACCCTATTTTTGTGG	164290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	451	TGAGAGTCCCTGGGGCCAATCACATTATCACAGTGACCCTATTTTTGTGG	500

BX088590.7	164291	CATGAACTTTAGAAATAACCATACTCTTCATGTCATCCTCAGTCTGCAGG	164340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	501	CATGAACTTTAGAAATAACCATACTCTTCATGTCATCCTCAGTCTGCAGG	550

BX088590.7	164341	GTCTCCCTTTGTCACCGATTCTTTGCCTTCCTTGGGTTTTGGCCAGATGG	164390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	551	GTCTCCCTTTGTCACCGATTCTTTGCCTTCCTTGGGTTTTGGCCAGATGG	600

BX088590.7	164391	CAACGCTGTGCTTCTCTTCAATTTGTAGAAACACTCTCATGGCTCTAAGC	164440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	601	CAACGCTGTGCTTCTCTTCAATTTGTAGAAACACTCTCATGGCTCTAAGC	650

BX088590.7	164441	CCCAGAAGTCTCGGGAGGGGAAGCCCAATTCCACGCCCATTGTGTCACAG	164490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	651	CCCAGAAGTCTCGGGAGGGGAAGCCCAATTCCACGCCCATTGTGTCACAG	700

BX088590.7	164491	TCTGCTGAGGCCCATGTGACATGGGACAGGCTGTGGTGGAATGAGGAGGC	164540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	701	TCTGCTGAGGCCCATGTGACATGGGACAGGCTGTGGTGGAATGAGGAGGC	750

BX088590.7	164541	AGACACGCCAAGGAGCCCTCAGAGCTATTTCCTGAGTGTTTATTATCACA	164590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	751	AGACACGCCAAGGAGCCCTCAGAGCTATTTCCTGAGTGTTTATTATCACA	800

BX088590.7	164591	TCAGCTCCATGTCTATGGACCTGAGATGTCACGGAGGGGCCTCTGATATA	164640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	801	TCAGCTCCATGTCTATGGACCTGAGATGTCACGGAGGGGCCTCTGATATA	850

BX088590.7	164641	ACCACAGACACTGGATAACTTGCTTCTATCCCTTCAGAACTCGAGTTCAT	164690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	851	ACCACAGACACTGGATAACTTGCTTCTATCCCTTCAGAACTCGAGTTCAT	900

BX088590.7	164691	CTTCAGGTTGTTTATACCGGGGAACACACCCCCCTGTGGGGTGCAACCTT	164740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	901	CTTCAGGTTGTTTATACCGGGGAACACACCCCCCTGTGGGGTGCAACCTT	950

BX088590.7	164741	CGCAGAGGTGGGGTTGCTGACTTGCTCCTGATTGGTCAGCTTCCTCTTGC	164790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	951	CGCAGAGGTGGGGTTGCTGACTTGCTCCTGATTGGTCAGCTTCCTCTTGC	1000

BX088590.7	164791	ACACAAAGCCCCCTACTGACCCTGTAGTGGGCAAACCGAACTCCTCATTT	164840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1001	ACACAAAGCCCCCTACTGACCCTGTAGTGGGCAAACCGAACTCCTCATTT	1050

BX088590.7	164841	CCAGCTCCACTATTACCTTAAAGTGAGGGACTCATCTTCCTCTCTCAAAG	164890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1051	CCAGCTCCACTATTACCTTAAAGTGAGGGACTCATCTTCCTCTCTCAAAG	1100

BX088590.7	164891	CCGGTTATCTGTTATCCCATGTCAGAAAAACACATTTGCAAAAGGAACAA	164940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1101	CCGGTTATCTGTTATCCCATGTCAGAAAAACACATTTGCAAAAGGAACAA	1150

BX088590.7	164941	TCAAAAAATTATTATTTTAAACAATATTTCAGAGCCGTAGGCATCTTCCA	164990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1151	TCAAAAAATTATTATTTTAAACAATATTTCAGAGCCGTAGGCATCTTCCA	1200

BX088590.7	164991	AACAACAGTGAGAGCCAGGCTTTTCTTGCCTGTAGTTCCAGAGCATCCAG	165040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1201	AACAACAGTGAGAGCCAGGCTTTTCTTGCCTGTAGTTCCAGAGCATCCAG	1250

BX088590.7	165041	GGTGAAGGAGGAGGGTGGAAGACAAGGACCAGCTTACCCTTCCTGAGAGG	165090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1251	GGTGAAGGAGGAGGGTGGAAGACAAGGACCAGCTTACCCTTCCTGAGAGG	1300

BX088590.7	165091	CCAGCAGCACTGGGGTCATACTTTTGAAGAGAGGCCACCATCCAACTCTG	165140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1301	CCAGCAGCACTGGGGTCATACTTTTGAAGAGAGGCCACCATCCAACTCTG	1350

BX088590.7	165141	AGCATCACTGCTAGAGGAATGGTGCCTATGCTCCATGAAATAAATAATTA	165190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1351	AGCATCACTGCTAGAGGAATGGTGCCTATGCTCCATGAAATAAATAATTA	1400

BX088590.7	165191	TTACCTTTCTGATGAGACCACCTAACTCTCAGATTTCCACCAGACCCCAA	165240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1401	TTACCTTTCTGATGAGACCACCTAACTCTCAGATTTCCACCAGACCCCAA	1450

BX088590.7	165241	AATAGAAGCTGATAGCTATCACCAGAATTTCCCTGAATTCATAGCTCGAC	165290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1451	AATAGAAGCTGATAGCTATCACCAGAATTTCCCTGAATTCATAGCTCGAC	1500

BX088590.7	165291	TCTTGATGTCCTCTGGCAATAATGTATATTTTTATTTCCATGTATCTTCT	165340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1501	TCTTGATGTCCTCTGGCAATAATGTATATTTTTATTTCCATGTATCTTCT	1550

BX088590.7	165341	TTATTGTTTTCGCCTCCCTTCTTTCCAAGACTCTCTACTCCCCCTAACGA	165390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1551	TTATTGTTTTCGCCTCCCTTCTTTCCAAGACTCTCTACTCCCCCTAACGA	1600

BX088590.7	165391	AACCTCATACCTAAAGAGGGTTTTTATGTCATGATTATATTATCACAATA	165440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1601	AACCTCATACCTAAAGAGGGTTTTTATGTCATGATTATATTATCACAATA	1650

BX088590.7	165441	TATATTTAGGAATATATATATATCTTTTATGGCCGCCCCTGTGGCACATG	165490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1651	TATATTTAGGAATATATATATATCTTTTATGGCCGCCCCTGTGGCACATG	1700

BX088590.7	165491	GGAGTTCCCAGGCTAAGGGCTGAATTGGCGCTGTAGCTGCCGGCCCACGC	165540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1701	GGAGTTCCCAGGCTAAGGGCTGAATTGGCGCTGTAGCTGCCGGCCCACGC	1750

BX088590.7	165541	CACAGCCAGCACAACGCCAAATCCAGGGCGCATCTGTGACTTTCACTGGA	165590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1751	CACAGCCAGCACAACGCCAAATCCAGGGCGCATCTGTGACTTTCACTGGA	1800

BX088590.7	165591	GATTGCCGCAAGGCCTGATCCTTAACCCATTGAGCGAGGCCAGGCACCCT	165640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1801	GATTGCCGCAAGGCCTGATCCTTAACCCATTGAGCGAGGCCAGGCACCCT	1850

BX088590.7	165641	CACGGAGACGTTCAGTCCTTAACCCACCAAGCCACAGCAGGAACTCCTTT	165690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1851	CACGGAGACGTTCAGTCCTTAACCCACCAAGCCACAGCAGGAACTCCTTT	1900

BX088590.7	165691	TAGGACTATTTTAACGTGAGTGGTGCACGATTTCTCCCTATTTTAAAACT	165740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1901	TAGGACTATTTTAACGTGAGTGGTGCACGATTTCTCCCTATTTTAAAACT	1950

BX088590.7	165741	AAGGAAATGGAAACCTCAGAAACGAACAGACTTATCCAAAGAAGAAGCTT	165790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323846.2	1951	AAGGAAATGGAAACCTCAGAAACGAACAGACTTATCCAAAGAAGAAGCTT	2000

Overview

Query
BX088590.7 - 165790 bps
Hit
BX323846.2 - 80149 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198820001637911657901120001
291.1122531967825681431679071041
389.3117426139620398801679470551
488.71893096781368121133161334611
589.53174258103272103529-133176334331
691.671962643962039883133177334401
788.81742703838738656-133178334451
890.49186263160072160334133178334401
987.63178294116118116411144733450231
1093.251842372047320709-144735449711
1191.951742363842038655-144735449701
1290.111802623962239883144735449971
1393.632363006783168130144735450321
1490.11181262160073160334144735449971
1590.041862703838638655-160687609571
1691.631952633962239884160687609491
1793.971832336783168063160687609181
1891.45198269160073160341160687609551
1996.77323372131285131656-165290656611
2086.454879033289633798165369662611
2188.166231053114384115436-165394664401
2275.9141622255941161635166173684101
2390.37279467113921114387168019684851
2494.462042546783068083-170660709121
25951802216783068050-177170773891
Short-link