<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX927354.14	2000	AAGCTTGTTCAGTTTAGAAAATGTGTGCACAAGAAACATGATGCCTGAAA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1	AAGCTTGTTCAGTTTAGAAAATGTGTGCACAAGAAACATGATGCCTGAAA	50

C  BX927354.14	1950	ACCTGATGCTGAATAACAAGCAGCTAAAATCTAAATTAGGAGGTAATATT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	51	ACCTGATGCTGAATAACAAGCAGCTAAAATCTAAATTAGGAGGTAATATT	100

C  BX927354.14	1900	TTGTTTCTTTTCGTGTGTGCATGTGTACTGGTATTACTTTACTCCATATT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	101	TTGTTTCTTTTCGTGTGTGCATGTGTACTGGTATTACTTTACTCCATATT	150

C  BX927354.14	1850	TACCCCATATTTCTCTTGGACAGCATGAGTTTGTTTGTTTGACCCCTGCC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	151	TACCCCATATTTCTCTTGGACAGCATGAGTTTGTTTGTTTGACCCCTGCC	200

C  BX927354.14	1800	CACCCAGAACTACTTTATAGTTAAAGATAAAGTGATCAAAAAAATCTTCA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	201	CACCCAGAACTACTTTATAGTTAAAGATAAAGTGATCAAAAAAATCTTCA	250

C  BX927354.14	1750	AATAGAAAACCACAATATTTCAGATCTCTGTGTTTGCTTTACTCATTTTT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	251	AATAGAAAACCACAATATTTCAGATCTCTGTGTTTGCTTTACTCATTTTT	300

C  BX927354.14	1700	TTTCTGTTGGCAGGCATGGATTTATTTCATTATTGCTTTGGTTTTGTAGA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	301	TTTCTGTTGGCAGGCATGGATTTATTTCATTATTGCTTTGGTTTTGTAGA	350

C  BX927354.14	1650	GAGGTTCACATTTTCTCATTCCTCTTTCATTTGGAGATATCCGTTTTACA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	351	GAGGTTCACATTTTCTCATTCCTCTTTCATTTGGAGATATCCGTTTTACA	400

C  BX927354.14	1600	CTGCTACAACACAGGATTGTGCATTATAAAGACTCAATACACAACCAAAC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	401	CTGCTACAACACAGGATTGTGCATTATAAAGACTCAATACACAACCAAAC	450

C  BX927354.14	1550	ATTTAAAAAGCTGCCTATGTTGCCCTGTAACTGTCTTTAAGTCAGACTGT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	451	ATTTAAAAAGCTGCCTATGTTGCCCTGTAACTGTCTTTAAGTCAGACTGT	500

C  BX927354.14	1500	AGGATGAAACAGGGTTCATTGACAGAAAGCAAATACCCTGTAAATGACAT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	501	AGGATGAAACAGGGTTCATTGACAGAAAGCAAATACCCTGTAAATGACAT	550

C  BX927354.14	1450	TATAATGAAGAGAAGAAATATGGCCAGAAACCAACATGGCTCTGTAAATT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	551	TATAATGAAGAGAAGAAATATGGCCAGAAACCAACATGGCTCTGTAAATT	600

C  BX927354.14	1400	GTATAGTTTAAACAAAGTGGAAGGAGACTTTTAAATTATAAAGCTTCACC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	601	GTATAGTTTAAACAAAGTGGAAGGAGACTTTTAAATTATAAAGCTTCACC	650

C  BX927354.14	1350	ACAGGTTTCATTGAATGCAATTTATAATTGTCTTGAAGTTGTTGTTGATC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	651	ACAGGTTTCATTGAATGCAATTTATAATTGTCTTGAAGTTGTTGTTGATC	700

C  BX927354.14	1300	TTTAGAACCGTCTCCTGTAATTTCACTCTTTTTTTTTTCTCAGCCATCAA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	701	TTTAGAACCGTCTCCTGTAATTTCACTCTTTTTTTTTTCTCAGCCATCAA	750

C  BX927354.14	1250	GCGCATCCTGGAGCCTAAATATAGAGGAAGTAGAATCAGTGACTGTATTT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	751	GCGCATCCTGGAGCCTAAATATAGAGGAAGTAGAATCAGTGACTGTATTT	800

C  BX927354.14	1200	AATGCCCTGTGAAATACAAGAATTAAACTTTTGCTCTTTACTTGAAATCT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	801	AATGCCCTGTGAAATACAAGAATTAAACTTTTGCTCTTTACTTGAAATCT	850

C  BX927354.14	1150	TCCCCATCTAGAAGTTTCTTGTAGGTGTTAATTTCCGCTTCCAGTTTCAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	851	TCCCCATCTAGAAGTTTCTTGTAGGTGTTAATTTCCGCTTCCAGTTTCAT	900

C  BX927354.14	1100	CTTCATATTAAGGAGTGCTTCATATTCCTGTCCCTGTTCTGTGATATTTG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	901	CTTCATATTAAGGAGTGCTTCATATTCCTGTCCCTGTTCTGTGATATTTG	950

C  BX927354.14	1050	CCCTCAGCTGTGCCAGCTCAGCTTCAAGTTGAATTATGATGTTATTTAAC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	951	CCCTCAGCTGTGCCAGCTCAGCTTCAAGTTGAATTATGATGTTATTTAAC	1000

C  BX927354.14	1000	TTCTCCATCTCTCCATTTGAACGTATCTCAGTGTTTCGTAGAGTATCTTC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1001	TTCTCCATCTCTCCATTTGAACGTATCTCAGTGTTTCGTAGAGTATCTTC	1050

C  BX927354.14	950	AAGTGACGCTTTCTAGAAAAAAAGAAAAGATTTCAGATCGATTCAACAAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1051	AAGTGACGCTTTCTAGAAAAAAAGAAAAGATTTCAGATCGATTCAACAAA	1100

C  BX927354.14	900	CTTGATGATGATCTAAAACTATGGTGTGTTAGAGCACTTTACCAGGTTTT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1101	CTTGATGATGATCTAAAACTATGGTGTGTTAGAGCACTTTACCAGGTTTT	1150

C  BX927354.14	850	GTTGTGATGCAAGCTCTATTTCTAGTGTTTGAATCTGTCGGCGTAGGTCA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1151	GTTGTGATGCAAGCTCTATTTCTAGTGTTTGAATCTGTCGGCGTAGGTCA	1200

C  BX927354.14	800	TTACACTCCATCTGAGCACCTTGTAATGCCTCTGTGTTCTGAGCCACCTG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1201	TTACACTCCATCTGAGCACCTTGTAATGCCTCTGTGTTCTGAGCCACCTG	1250

C  BX927354.14	750	CACCTGAACATCTGCTATCTGAGGAGAGAGAGACTCATTTTCAGCTCATT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1251	CACCTGAACATCTGCTATCTGAGGAGAGAGAGACTCATTTTCAGCTCATT	1300

C  BX927354.14	700	TAAAACAAGTCATAGAAATCGTACTGTCACAGTCAGGGGTTTCATACCTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1301	TAAAACAAGTCATAGAAATCGTACTGTCACAGTCAGGGGTTTCATACCTG	1350

C  BX927354.14	650	GGTTTCGTGCCACATTTTGAGTTCCTCTGCATTTTTGAGAGCCTGTTTCT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1351	GGTTTCGTGCCACATTTTGAGTTCCTCTGCATTTTTGAGAGCCTGTTTCT	1400

C  BX927354.14	600	CATAGTTAGCTCTCATGTCTTCCATCACTTGAGACATATCCTGGCCCTTG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1401	CATAGTTAGCTCTCATGTCTTCCATCACTTGAGACATATCCTGGCCCTTG	1450

C  BX927354.14	550	GGTGCATCAACATCCACCTGAACGCCTGACTGAGATATCTGGCTCCGTAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1451	GGTGCATCAACATCCACCTGAACGCCTGACTGAGATATCTGGCTCCGTAG	1500

C  BX927354.14	500	CTCATCAACTTCCTGTCAAAGTTAAATAGATTTGTATTATTTTAAAAAAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1501	CTCATCAACTTCCTGTCAAAGTTAAATAGATTTGTATTATTTTAAAAAAA	1550

C  BX927354.14	450	TTTTCTTTATTGTTTCATTATACTACTATTATTATATTATAAGTATATTA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1551	TTTTCTTTATTGTTTCATTATACTACTATTATTATATTATAAGTATATTA	1600

C  BX927354.14	400	TTGTTTATTGTATATTATTATTATTATTATTATTGTATATTACAATTATT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1601	TTGTTTATTGTATATTATTATTATTATTATTATTGTATATTACAATTATT	1650

C  BX927354.14	350	GCATATTAATGTTCCTATGTTTCTCTATGTTCCTACACGTATTATGTTGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1651	GCATATTAATGTTCCTATGTTTCTCTATGTTCCTACACGTATTATGTTGT	1700

C  BX927354.14	300	CATTTTGTATTTGATTTGTCACCTTAAATTGTAAGAAATCTGAGATGAAG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1701	CATTTTGTATTTGATTTGTCACCTTAAATTGTAAGAAATCTGAGATGAAG	1750

C  BX927354.14	250	TTCAAAAGAAGTACTGTAAATTATACAGCAAAAATCAGTCCAAGGCACTG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1751	TTCAAAAGAAGTACTGTAAATTATACAGCAAAAATCAGTCCAAGGCACTG	1800

C  BX927354.14	200	GAAAATTGTGGAAAGAATTTATATATATATATATATAAAAAAATAAAAAC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1801	GAAAATTGTGGAAAGAATTTATATATATATATATATAAAAAAATAAAAAC	1850

C  BX927354.14	150	TTTACTGACAAACCATGTCAGTAAAGACTTTTTCATATATTTTTTCCCAC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1851	TTTACTGACAAACCATGTCAGTAAAGACTTTTTCATATATTTTTTCCCAC	1900

C  BX927354.14	100	ACTTTTCCAGTGACTTGGCCTGATTTTTGCTGCTAATTCTGATGAATCCC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1901	ACTTTTCCAGTGACTTGGCCTGATTTTTGCTGCTAATTCTGATGAATCCC	1950

C  BX927354.14	50	AAAATAATTAAGCTACCCCTGAGGTCTTTTTATTTGATTTAGGATTTTTA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323816.6	1951	AAAATAATTAAGCTACCCCTGAGGTCTTTTTATTTGATTTAGGATTTTTA	2000

Overview

Query
BX927354.14 - 36414 bps
Hit
BX323816.6 - 190532 bps
Total alignments
51
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001921200012000-1120001
296.8446951502315117-1291330071
395.96369923942492111201112991
496.5133861613716222111211112961
596.5133861613716222-111213112981
6100428724062492-111214113001
797.2232723243732508-135590356611
898.94419324002492135596356891
996.5133861613716222135605356901
1098.96439623972492-135612357071
1195.5632901613316222-135613357021
1298.7234783243732514135638357151
1390.361131671056710733-146077462421
1496.5937881613516222146919470061
15100428624072492146922470071
16100428624072492-146926470111
1795.5635901613316222-146933470221
1898.9459124022492147648477381
1998.89449024072496-147649477381
2095.5635901613716226147658477471
2196.5537871613616222-147660477461
2210037803243732516-173002730811
2398.84388623972482173012730971
2410036741614916222173021730941
25100377724072483-173021730971
2610036741614916222-173023730961
2798.8244851505915143-176698767821
2897.53378124082488183946840261
2997.59388324052487-183946840281
3010036731614916221183954840261
3110036731615016222-183954840261
3282.496418224882669187059872351
3310033682405247211169101169771
341003266161501621511169121169771
35100347024032472-11169121169811
3610032661615016215-11169121169771
3710039812408248811177191177991
381003674161491622211177191177921
39100398124072487-11177191177991
4097.5337811614216222-11177211178011
4187.5861451056910713-11390401391831
4296.553787161361622211431591432451
4310042862407249211431611432461
4496.5133861613716222-11431861432711
45100428624072492-11431871432721
4685.5958111221232223311840181841281
4710040822404248511862741863551
4898.86398823972484-11862771863641
491003674161491622211862781863511
5010036741614916222-11862821863551
511003780324373251611862951863741
Short-link