<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005435.16	1	GAATTCCTTTAAAGACTCTCCAGATAAAAATCTTTATTTTATAAAATTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89211	GAATTCCTTTAAAGACTCTCCAGATAAAAATCTTTATTTTATAAAATTAT	89260

BX005435.16	51	TGATTAATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATATAATTAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89261	TGATTAATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATATAATTAGG	89310

BX005435.16	101	GATCACCACAGTGGAATGAACCACCACGTTAAAATTTGAAATTTGCAAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89311	GATCACCACAGTGGAATGAACCACCACGTTAAAATTTGAAATTTGCAAAT	89360

BX005435.16	151	GTTCGCAGTTAGGTTGCTATTGCACAGGGTAAATGCAGGAATCCATAAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89361	GTTCGCAGTTAGGTTGCTATTGCACAGGGTAAATGCAGGAATCCATAAGT	89410

BX005435.16	201	AAATTTCAATACTTTTTAAAGACTTTTTAAAGACCTCATCGTCAATTAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89411	AAATTTCAATACTTTTTAAAGACTTTTTAAAGACCTCATCGTCAATTAAT	89460

BX005435.16	251	ATTAAACCATTAACTTAATAAACAGTTGTAGTTAAATAAATCAATGGAGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89461	ATTAAACCATTAACTTAATAAACAGTTGTAGTTAAATAAATCAATGGAGC	89510

BX005435.16	301	ACAACCATGCAACAGAACTCAGATAAGTTCAGAAGAAACAAAGCTTGAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89511	ACAACCATGCAACAGAACTCAGATAAGTTCAGAAGAAACAAAGCTTGAAA	89560

BX005435.16	351	TAATAAATTAAGTTGTTTTCAGCGACAGACGAAGGTGAAAACTTCAAGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89561	TAATAAATTAAGTTGTTTTCAGCGACAGACGAAGGTGAAAACTTCAAGAC	89610

BX005435.16	401	GAAGATAACTGGAGTGAAAAACTTTGGTTATTTATAATGCTTCCGTATTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89611	GAAGATAACTGGAGTGAAAAACTTTGGTTATTTATAATGCTTCCGTATTC	89660

BX005435.16	451	ATCTAATAGAGCAGATTACAGAGCTAATGAGGTGGCAGTTGTGTTGGTCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89661	ATCTAATAGAGCAGATTACAGAGCTAATGAGGTGGCAGTTGTGTTGGTCA	89710

BX005435.16	501	TAAGCACGGGATCCTCTCAAAATTAGTTTATAAATAAACCACACTTATTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89711	TAAGCACGGGATCCTCTCAAAATTAGTTTATAAATAAACCACACTTATTT	89760

BX005435.16	551	TCCCCAAATTGAAACTTTTAAACAGTAGTATAGTGCTGATAAGACGCCTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89761	TCCCCAAATTGAAACTTTTAAACAGTAGTATAGTGCTGATAAGACGCCTC	89810

BX005435.16	601	TGCTTTGCATTAAAAAAACTTTCTATATTAATTGAAGCCTGGTGTGGTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89811	TGCTTTGCATTAAAAAAACTTTCTATATTAATTGAAGCCTGGTGTGGTGT	89860

BX005435.16	651	TTTACTGCATGTGTGTACACGTACCTGAGGTAACTGCCAAAATACGCAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89861	TTTACTGCATGTGTGTACACGTACCTGAGGTAACTGCCAAAATACGCAAC	89910

BX005435.16	701	AATGTTTGAGTGTTTACAGTCTTTCATCATAATAATCTCCTGCTGCACCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89911	AATGTTTGAGTGTTTACAGTCTTTCATCATAATAATCTCCTGCTGCACCA	89960

BX005435.16	751	CGTCAAAGTCCTCCCCTGCAAAAGTCAATACACAAACTAATTAAGCAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	89961	CGTCAAAGTCCTCCCCTGCAAAAGTCAATACACAAACTAATTAAGCAAAA	90010

BX005435.16	801	ACAAAAATGAAATAATCAAAAGTAAGTGAGTGATCACACACAGCCCGTAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90011	ACAAAAATGAAATAATCAAAAGTAAGTGAGTGATCACACACAGCCCGTAT	90060

BX005435.16	851	TTGTAGAGTACAGCACAGTGACATATGCGTGAACACACCATAGCTGTAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90061	TTGTAGAGTACAGCACAGTGACATATGCGTGAACACACCATAGCTGTAAT	90110

BX005435.16	901	ATTTAACCACTGAAGTATAGATGGACAGTGATAGAGCACAATCTACAGGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90111	ATTTAACCACTGAAGTATAGATGGACAGTGATAGAGCACAATCTACAGGT	90160

BX005435.16	951	GGTTAAACAGCAGTGTGTGTGCAGCAGCTCACCTGGCTCCAGTTTGATGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90161	GGTTAAACAGCAGTGTGTGTGCAGCAGCTCACCTGGCTCCAGTTTGATGA	90210

BX005435.16	1001	CTTTGATAGCAGCCAGTTCTCCAGTGCTGACATTACGAGCCTGGAAAAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90211	CTTTGATAGCAGCCAGTTCTCCAGTGCTGACATTACGAGCCTGGAAAAAG	90260

BX005435.16	1051	GAAAGCATTACAAGATGTGAGTCCATTAGGTGTAAGATAACACATTCTGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90261	GAAAGCATTACAAGATGTGAGTCCATTAGGTGTAAGATAACACATTCTGG	90310

BX005435.16	1101	TCCTGCAATTGCTTTACTCATTATTGCATCAGATATATGATAGATGTTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90311	TCCTGCAATTGCTTTACTCATTATTGCATCAGATATATGATAGATGTTTT	90360

BX005435.16	1151	GTGTGTTGCATGAGTACGTATTCAACTTAACTTAATAGAGAGGTGCGTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90361	GTGTGTTGCATGAGTACGTATTCAACTTAACTTAATAGAGAGGTGCGTAA	90410

BX005435.16	1201	TTTCTGCATTACTAGTGGTATTACAAAACAATTATCTACCAATGTTTGGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90411	TTTCTGCATTACTAGTGGTATTACAAAACAATTATCTACCAATGTTTGGT	90460

BX005435.16	1251	CATACAGATGGTCCCTCTGCAAATGAACACCACTGATTGGCTGTTGTTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90461	CATACAGATGGTCCCTCTGCAAATGAACACCACTGATTGGCTGTTGTTGA	90510

BX005435.16	1301	CTGCATGAACAAAAAGTAATACTATTTTTTTGTTTTTTAAAGAAAGTAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90511	CTGCATGAACAAAAAGTAATACTATTTTTTTGTTTTTTAAAGAAAGTAAC	90560

BX005435.16	1351	ACAAAAATAGCATATATTAGGGCTGCATGATATTGGAAAAAAACTTACAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90561	ACAAAAATAGCATATATTAGGGCTGCATGATATTGGAAAAAAACTTACAT	90610

BX005435.16	1401	TGCGATATTTTGGTTTGCTGTGATATACATTGCAATATGAATACAAATTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90611	TGCGATATTTTGGTTTGCTGTGATATACATTGCAATATGAATACAAATTC	90660

BX005435.16	1451	AGCATATGGTTTGAATAGCTCTATTTGGAAAGATTTCATAAGTTTATAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90661	AGCATATGGTTTGAATAGCTCTATTTGGAAAGATTTCATAAGTTTATAGA	90710

BX005435.16	1501	TCGACTGGGGTGATCAAGTCTTTTTCTATCCAGTTCATCTGCATAAATTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90711	TCGACTGGGGTGATCAAGTCTTTTTCTATCCAGTTCATCTGCATAAATTT	90760

BX005435.16	1551	GAATAAATCACAATCAAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90761	GAATAAATCACAATCAAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAC	90810

BX005435.16	1601	AAACAGTGATTTATGGTTTTCTGGAGTTTAATAGTATTAAATTGAACAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90811	AAACAGTGATTTATGGTTTTCTGGAGTTTAATAGTATTAAATTGAACAAT	90860

BX005435.16	1651	CAAACGTAAAATAACATATTCATCATTGTATAAATAATGAAAAAATAATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90861	CAAACGTAAAATAACATATTCATCATTGTATAAATAATGAAAAAATAATA	90910

BX005435.16	1701	ATATATAATCATATCTTTATCTTTTAATCTTTAATAAATAATAAAATCCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90911	ATATATAATCATATCTTTATCTTTTAATCTTTAATAAATAATAAAATCCT	90960

BX005435.16	1751	TCAATGTGTCTATTGCAGATACACACATTGCAATATTGATGCTCAAAGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	90961	TCAATGTGTCTATTGCAGATACACACATTGCAATATTGATGCTCAAAGGA	91010

BX005435.16	1801	TATACCGTTCAGCCCTAGCATATATGCACTTGTTTTTGCTCAAATAAAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	91011	TATACCGTTCAGCCCTAGCATATATGCACTTGTTTTTGCTCAAATAAAGA	91060

BX005435.16	1851	ACCGTATTTGACCAGTGTGGGATTTTAAGAGGCTTATGCTGGTTTAAAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	91061	ACCGTATTTGACCAGTGTGGGATTTTAAGAGGCTTATGCTGGTTTAAAGA	91110

BX005435.16	1901	CATACAGTAGTTCACACAAAAATGAACATTCTGTCATCATTTACTCATCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	91111	CATACAGTAGTTCACACAAAAATGAACATTCTGTCATCATTTACTCATCT	91160

BX005435.16	1951	TTTACTTGTTTGAAACCTTCATGAGTTTCTTTCTTCTGTTGAACACAAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323794.17	91161	TTTACTTGTTTGAAACCTTCATGAGTTTCTTTCTTCTGTTGAACACAAAA	91210

Overview

Query
BX005435.16 - 166247 bps
Hit
BX323794.17 - 91210 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001909200012000189211912101
284.7666154120897121050-1248326331
384.03143382151805152186-1402844281
498.61397269673697441441644871
5100398034960350391441944981
6100408350099501811441945011
784.5895193399941911713873251
884.05671518095181101115709158711
983.17481014637546475115760158601
1076.97391739966599837126883270471
1179.3947173122148122320126883270471
1285.571492978845588751-129889301861
1388.1279471165615166085-129889303671
1480.771203672861128977129994303781
1582.45851899018290370136611367981
1610039813495935039143815438951
1710039815009250172143815438951
1810039813495935039-143816438961
1910039815009250172-143816438961
2082.26127317153553153869-158782591081
2186.241884287206672493-160129605641
2282.81324035130251704160163605631
2389.2913019439984191171732719271
2491.51492006933969538-171733719321
2587.11112190160863161052176654768471
2696.9718019890829279-176655768521
2710044919668696776-183092831821
Short-link