<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX679670.2	1	GAATTCTTCTTCTAGCTATTAATGTTACAAAGGCAAAGGCGTTTTCTATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133267	GAATTCTTCTTCTAGCTATTAATGTTACAAAGGCAAAGGCGTTTTCTATT	133316

BX679670.2	51	TCTTTGGCTACATGGATGTCCTCATTTGCTACTCCAAAAATAGCCATTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133317	TCTTTGGCTACATGGATGTCCTCATTTGCTACTCCAAAAATAGCCATTTC	133366

BX679670.2	101	CGGATTTGGTTGAATTCTTAAATTGAAGGCCGAGTTTAAAATTTCAAATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133367	CGGATTTGGTTGAATTCTTAAATTGAAGGCCGAGTTTAAAATTTCAAATA	133416

BX679670.2	151	TTGAAGACCAAAATCGTCTCAGTTTGTCACATGACCAGAACCTATGGGAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133417	TTGAAGACCAAAATCGTCTCAGTTTGTCACATGACCAGAACCTATGGGAT	133466

BX679670.2	201	AGGTCTGCCTTGCATGAGTTGCAACGATCGCATATTTCATCTATATTGGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133467	AGGTCTGCCTTGCATGAGTTGCAACGATCGCATATTTCATCTATATTGGG	133516

BX679670.2	251	GTAGATTTTAGCCAGTTTGGTTTTGTTATAGGGAATACGATAAAGAATAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133517	GTAGATTTTAGCCAGTTTGGTTTTGTTATAGGGAATACGATAAAGAATAT	133566

BX679670.2	301	TCATCTGAATCAGATTAAGACGCGCACATGATGAAGTCTTGTTTATAATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133567	TCATCTGAATCAGATTAAGACGCGCACATGATGAAGTCTTGTTTATAATT	133616

BX679670.2	351	TTAACTGCTTTATTCCAAGTTTCTTCAGAAATATTAATTCCTAGTTCTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133617	TTAACTGCTTTATTCCAAGTTTCTTCAGAAATATTAATTCCTAGTTCTTC	133666

BX679670.2	401	TATCCATTCCATTTTAATCTTCTCTAGTGTTGTGTTACGGAATGTCATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133667	TATCCATTCCATTTTAATCTTCTCTAGTGTTGTGTTACGGAATGTCATAA	133716

BX679670.2	451	TAAGGTTATACATTTTAGAAATGAGACCTTTGGGTTGTACAGGGGTCTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133717	TAAGGTTATACATTTTAGAAATGAGACCTTTGGGTTGTACAGGGGTCTTT	133766

BX679670.2	501	AAAATTAAGTCCAGATTCAGCAGGCGTTTGAGGAAATACAGAGCACTGGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133767	AAAATTAAGTCCAGATTCAGCAGGCGTTTGAGGAAATACAGAGCACTGGG	133816

BX679670.2	551	TCTGAACAAAGTGGCGAACCTGGAGGTATCGAAAAAAAGTCTGATTTTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133817	TCTGAACAAAGTGGCGAACCTGGAGGTATCGAAAAAAAGTCTGATTTTTG	133866

BX679670.2	601	AAGATTAAATTTTTTACTCATGTCATTGAAACTGGCAAAAATATTATCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133867	AAGATTAAATTTTTTACTCATGTCATTGAAACTGGCAAAAATATTATCAA	133916

BX679670.2	651	TGAAAAAATCTCTACATGTAAGTATGCTCAGGTCCTGCCATTTCTTAAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133917	TGAAAAAATCTCTACATGTAAGTATGCTCAGGTCCTGCCATTTCTTAAAA	133966

BX679670.2	701	GTAGCATCAAGCTTGGCTGCTGGAAAAAGATGATTATTACATATGGGGGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	133967	GTAGCATCAAGCTTGGCTGCTGGAAAAAGATGATTATTACATATGGGGGT	134016

BX679670.2	751	TTCTAAAGAAAAGTCTGTGTTGGTCCATAAATTAATTTAATGTATTGCAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134017	TTCTAAAGAAAAGTCTGTGTTGGTCCATAAATTAATTTAATGTATTGCAC	134066

BX679670.2	801	CTCTTTGTGATATAGATATTGCATATATTATTATTGCAGTAACTACAGTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134067	CTCTTTGTGATATAGATATTGCATATATTATTATTGCAGTAACTACAGTT	134116

BX679670.2	851	AAAGTCATAATTATTAGCCCCCCTGAATTATTAGCCACATGTTTATTCAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134117	AAAGTCATAATTATTAGCCCCCCTGAATTATTAGCCACATGTTTATTCAT	134166

BX679670.2	901	TCATACATTCGGCTTAGTCCCTATATTAATCTGGGGTCGCCACAGCAGAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134167	TCATACATTCGGCTTAGTCCCTATATTAATCTGGGGTCGCCACAGCAGAA	134216

BX679670.2	951	TGAAATGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACGCAGCAGATACCCTTCCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134217	TGAAATGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACGCAGCAGATACCCTTCCA	134266

BX679670.2	1001	GCTGCAACCCAACTATAGGAAATCCCCTGTTTTTTTTCCCCCCATTTTCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134267	GCTGCAACCCAACTATAGGAAATCCCCTGTTTTTTTTCCCCCCATTTTCT	134316

BX679670.2	1051	GAATAACACATGTCTAAACATATTAGCTTTATTAACTCATTTCTAATAAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134317	GAATAACACATGTCTAAACATATTAGCTTTATTAACTCATTTCTAATAAC	134366

BX679670.2	1101	TGAATTATTTAATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTAGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134367	TGAATTATTTAATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTAGAT	134416

BX679670.2	1151	ATTTTTCAAGACACTTCTATATAGATTCAAGTGACATTTAAAGGCTTAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134417	ATTTTTCAAGACACTTCTATATAGATTCAAGTGACATTTAAAGGCTTAAC	134466

BX679670.2	1201	TAGGTTAGTTAGGTTAACTAGACAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134467	TAGGTTAGTTAGGTTAACTAGACAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTG	134516

BX679670.2	1251	TATAACAATGGTTTGTTCTGTAGATATATAGCTTAAAGGGGCTATTAATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134517	TATAACAATGGTTTGTTCTGTAGATATATAGCTTAAAGGGGCTATTAATT	134566

BX679670.2	1301	TTGACCTTAAAATGTTTATTAAAAAATAAAAAAACTGCTTTTATTCAAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134567	TTGACCTTAAAATGTTTATTAAAAAATAAAAAAACTGCTTTTATTCAAGT	134616

BX679670.2	1351	CGAAATAAGACTTTCTCCAGAATAAAAAATATTATCAGACATACTAATGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134617	CGAAATAAGACTTTCTCCAGAATAAAAAATATTATCAGACATACTAATGC	134666

BX679670.2	1401	TAATAATTCTGACAACTGTATATATTATTGGCTTCACCTTATTCACCTTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134667	TAATAATTCTGACAACTGTATATATTATTGGCTTCACCTTATTCACCTTC	134716

BX679670.2	1451	TTTGCCTCTATATATATTAAAAAATTATGTATCATAATATTATTAATTAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134717	TTTGCCTCTATATATATTAAAAAATTATGTATCATAATATTATTAATTAC	134766

BX679670.2	1501	TCCACCAGTCCTAAAAAAATGATCAAGTGAGCAGACAACAATAAAAAAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134767	TCCACCAGTCCTAAAAAAATGATCAAGTGAGCAGACAACAATAAAAAAGC	134816

BX679670.2	1551	ATTACTTTAAGCAATTTAGAAATGTGCTGTAAAAGTTAAACTTTGCTCTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134817	ATTACTTTAAGCAATTTAGAAATGTGCTGTAAAAGTTAAACTTTGCTCTT	134866

BX679670.2	1601	GTTGTTATTATTATTTTCTTGTGCATAAATGATGTCTAGTTTCAGACCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134867	GTTGTTATTATTATTTTCTTGTGCATAAATGATGTCTAGTTTCAGACCCC	134916

BX679670.2	1651	GCTATGATTATTTATGCAGTAACATTAGCATCAGTTTGAATGACTTTGTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134917	GCTATGATTATTTATGCAGTAACATTAGCATCAGTTTGAATGACTTTGTT	134966

BX679670.2	1701	TTGCTGACGCATGCTAGTGAAACCTGAGTGTCTGGACTTAAGGCTAAGAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	134967	TTGCTGACGCATGCTAGTGAAACCTGAGTGTCTGGACTTAAGGCTAAGAA	135016

BX679670.2	1751	GGTGAAGTCTTTGTCATTGGGTCAGTATTGTATGTGTTTGTATATATACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	135017	GGTGAAGTCTTTGTCATTGGGTCAGTATTGTATGTGTTTGTATATATACA	135066

BX679670.2	1801	CACCCATGCAGACACAATCCTGTCTCTACTTTAACGTAGCATAAATTAAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	135067	CACCCATGCAGACACAATCCTGTCTCTACTTTAACGTAGCATAAATTAAG	135116

BX679670.2	1851	TTGGCACACTGGAGCCTTGACTCGGACATTGTAAACTTTGCATGATCAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	135117	TTGGCACACTGGAGCCTTGACTCGGACATTGTAAACTTTGCATGATCAAG	135166

BX679670.2	1901	TTGTGTGTTGTGTGACTTCCCTGGCAGTGTTTTTGTTTGTGTTGTATAGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	135167	TTGTGTGTTGTGTGACTTCCCTGGCAGTGTTTTTGTTTGTGTTGTATAGC	135216

BX679670.2	1951	AGACATGCTGGGCTGTGACCACTAGTAAACACGCACTCGCTCGTCATCCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323589.10	135217	AGACATGCTGGGCTGTGACCACTAGTAAACACGCACTCGCTCGTCATCCT	135266

Overview

Query
BX679670.2 - 150298 bps
Hit
BX323589.10 - 135266 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192120001200011332671352661
290.19901531023741025261348836401
385.54781535404554197126890270551
488.05991571795318109126891270491
579.821054317792378353-129922303721
683.441784626544465905129952304101
782.6310130410551358-130056303601
883.1211531872817598130063303761
982.771212718852688796-155017552831
1085.191322615400454264-155018552871
1184.69106215123740123954-167192674001
1287.83721153554435658167314674281
1381.53164384123172123555-167956683341
1489.225999106392106490-174015741161
1584.361423246544465767-182314826391
1686.0610520672817486-182322825291
1782.44611947792778120-190648908351
1885.86514813221513236211201161202701
1980.6579240540045424311275931278401
2079.5979245885268877011275971278361
2187.38631035800958111-11341771342791
22859421210047310068411343211345401
Short-link