<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1949 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL953891.10	1987	TTGTAAAATGTCTATAGTATCAATAACAAGTTCTAAAATTTTGGTATCAT	1938
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1	TTGTAAAATGTCTATAGTATCAATAACAAGTTCTAAAATTTTGGTATCAT	50

C  AL953891.10	1937	GGCAACTTTAACTTAACTAATGCACAATATTAAATGAAGTACTTGTCAAA	1888
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	51	GGCAACTTTAACTTAACTAATGCACAATATTAAATGAAGTACTTGTCAAA	100

C  AL953891.10	1887	ATGACCTTCTTGTTTGTATTGTATCCGCACTTTACTATTTATGATGAGAT	1838
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	101	ATGACCTTCTTGTTTGTATTGTATCCGCACTTTACTATTTATGATGAGAT	150

C  AL953891.10	1837	TCACAAGAGTACAGTATTCAGTAAGTGTGCCTATAATCAACAAAATTCTC	1788
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	151	TCACAAGAGTACAGTATTCAGTAAGTGTGCCTATAATCAACAAAATTCTC	200

C  AL953891.10	1787	ACCAGTGATCACAATTAAACTCATAACCTTATCAGAAGATGTTGTGACTT	1738
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	201	ACCAGTGATCACAATTAAACTCATAACCTTATCAGAAGATGTTGTGACTT	250

C  AL953891.10	1737	ATTATAACACACATGCTTATAATGTTGCCACCATAATTGACAAGTGTGTG	1688
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	251	ATTATAACACACATGCTTATAATGTTGCCACCATAATTGACAAGTGTGTG	300

C  AL953891.10	1687	AATGTCGGGTGAGTTCAATCCCTAATAGCATGTGCTAAAGGTGGTGTGAT	1638
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	301	AATGTCGGGTGAGTTCAATCCCTAATAGCATGTGCTAAAGGTGGTGTGAT	350

C  AL953891.10	1637	CACAGGGTGCACCATATATTCTCATTTACACAAATACATTACATTCATAA	1588
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	351	CACAGGGTGCACCATATATTCTCATTTACACAAATACATTACATTCATAA	400

C  AL953891.10	1587	AGCAGATCTATCACATCAATATGTACCAGGGGGTCAACATCGTGATAGAG	1538
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	401	AGCAGATCTATCACATCAATATGTACCAGGGGGTCAACATCGTGATAGAG	450

C  AL953891.10	1537	GTCAGGATGGCTAGACGAAGAAAATAAATAAATGCCAAGAGATGCCAAAC	1488
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	451	GTCAGGATGGCTAGACGAAGAAAATAAATAAATGCCAAGAGATGCCAAAC	500

C  AL953891.10	1487	AATGCTATAGTAACAACTGAAACAAGCCTGTTGACATTATGATTGGAACT	1438
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	501	AATGCTATAGTAACAACTGAAACAAGCCTGTTGACATTATGATTGGAACT	550

C  AL953891.10	1437	GAATCAGAGGATTGGGAACTTAAATTAAATCTAGTTATGCATGGTTTCCG	1388
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	551	GAATCAGAGGATTGGGAACTTAAATTAAATCTAGTTATGCATGGTTTCCG	600

C  AL953891.10	1387	CTACATTCATTCTTCCATGCCACACCCTAATTCGTTAAAACCATGGCTCC	1338
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	601	CTACATTCATTCTTCCATGCCACACCCTAATTCGTTAAAACCATGGCTCC	650

C  AL953891.10	1337	ACTACATTTCATTCCAAACCTTTAGTTGTTGCTGTTTTTTTATAGCGAGT	1288
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	651	ACTACATTTCATTCCAAACCTTTAGTTGTTGCTGTTTTTTTATAGCGAGT	700

C  AL953891.10	1287	TATAATTGCACCAAAATAAATTAAAATGTAGTTAAACTATAACAAAGCAA	1238
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	701	TATAATTGCACCAAAATAAATTAAAATGTAGTTAAACTATAACAAAGCAA	750

C  AL953891.10	1237	ACTTTTCTGTAATTGCATTATTTGTTCAACCCTTTAAGGTTAAATGCTGA	1188
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	751	ACTTTTCTGTAATTGCATTATTTGTTCAACCCTTTAAGGTTAAATGCTGA	800

C  AL953891.10	1187	CTGACTAACAGGGCTATGCGATGCGTGAGGCTAGCAAACAAGACATAACT	1138
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	801	CTGACTAACAGGGCTATGCGATGCGTGAGGCTAGCAAACAAGACATAACT	850

C  AL953891.10	1137	TTCAGTTACGATGACAACAGTTTCCGTAAGTATACTTTATTTATTGATAA	1088
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	851	TTCAGTTACGATGACAACAGTTTCCGTAAGTATACTTTATTTATTGATAA	900

C  AL953891.10	1087	AGTTCTATAGTTCTGCATAGAATAACTTTACCTTGCTAGAGTTTATAGCC	1038
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	901	AGTTCTATAGTTCTGCATAGAATAACTTTACCTTGCTAGAGTTTATAGCC	950

C  AL953891.10	1037	ATTTCATTTTACTTCAGTATGCATCAATGCCATTTTGTAGGTCTATTGAA	988
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	951	ATTTCATTTTACTTCAGTATGCATCAATGCCATTTTGTAGGTCTATTGAA	1000

C  AL953891.10	987	AACATTCATAAATATTCCTAGCACACTAATACATGTTAGAGACACTCATT	938
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1001	AACATTCATAAATATTCCTAGCACACTAATACATGTTAGAGACACTCATT	1050

C  AL953891.10	937	ACATAAACGCACTAAAATGCATTTTAGCAGTGTTTATTTGAGGGCGTACA	888
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1051	ACATAAACGCACTAAAATGCATTTTAGCAGTGTTTATTTGAGGGCGTACA	1100

C  AL953891.10	887	AGAAGTTCCATGCATGAAGAGACGAAATCAGCGCACAAGCAAAGACATTC	838
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1101	AGAAGTTCCATGCATGAAGAGACGAAATCAGCGCACAAGCAAAGACATTC	1150

C  AL953891.10	837	GCATGCTTGTATTACATGAATGCGATCTCGACTTGTAAAACTTAGCTCAC	788
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1151	GCATGCTTGTATTACATGAATGCGATCTCGACTTGTAAAACTTAGCTCAC	1200

C  AL953891.10	787	AACATTTGTCATTGAAATACCACTATAGGTAGTGGAAAGATCTGTGTAAA	738
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1201	AACATTTGTCATTGAAATACCACTATAGGTAGTGGAAAGATCTGTGTAAA	1250

C  AL953891.10	737	AGGCCTGCTGCCACAGCTGAAAAAAATAAATAAATTCATAGAAAAAACAG	688
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1251	AGGCCTGCTGCCACAGCTGAAAAAAATAAATAAATTCATAGAAAAAACAG	1300

C  AL953891.10	687	TGATATGGGTACAATACCTAACCATAATGTGTATCGTTTAAATAGGGCTG	638
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1301	TGATATGGGTACAATACCTAACCATAATGTGTATCGTTTAAATAGGGCTG	1350

C  AL953891.10	637	GGTGATTAATTGGAAAGTAATCGAAATTGACATTCAAAACCAATAATTCA	588
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1351	GGTGATTAATTGGAAAGTAATCGAAATTGACATTCAAAACCAATAATTCA	1400

C  AL953891.10	587	TCAAATTTTTCCAGGTCAGTTTTTTCAGTTACTTACCTTACCGCATGTAG	538
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1401	TCAAATTTTTCCAGGTCAGTTTTTTCAGTTACTTACCTTACCGCATGTAG	1450

C  AL953891.10	537	AGTCATGTGACCCTCTATTTGTAACTATTGTGTTACTTTGCACTACGTTG	488
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1451	AGTCATGTGACCCTCTATTTGTAACTATTGTGTTACTTTGCACTACGTTG	1500

C  AL953891.10	487	ACGATTGACGAAGCTGCGCCAGAGATGCCTTGAGACGGCATACTTTACAT	438
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1501	ACGATTGACGAAGCTGCGCCAGAGATGCCTTGAGACGGCATACTTTACAT	1550

C  AL953891.10	437	TACATTAAAACATTTGTTTATTAAAACATTTTATTACATATATAGTATTT	388
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1551	TACATTAAAACATTTGTTTATTAAAACATTTTATTACATATATAGTATTT	1600

C  AL953891.10	387	TATATTATTATAATATTCCTTTCTACTTTTAATATAAAAACATCAAAAAT	338
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1601	TATATTATTATAATATTCCTTTCTACTTTTAATATAAAAACATCAAAAAT	1650

C  AL953891.10	337	AATTTATTTTGTTTCCAAAAGTGCATGATATTTATTTTCACTCTTTTATA	288
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1651	AATTTATTTTGTTTCCAAAAGTGCATGATATTTATTTTCACTCTTTTATA	1700

C  AL953891.10	287	AAAAAGAAATGAAGGTTGGTTTTAGGCAATGTGTGTTTTAATGCCAATGT	238
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1701	AAAAAGAAATGAAGGTTGGTTTTAGGCAATGTGTGTTTTAATGCCAATGT	1750

C  AL953891.10	237	TGATGTCGAGAGAGTAGATAGTGTGTGTTTCTTTCAATTATTTAAAACTC	188
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1751	TGATGTCGAGAGAGTAGATAGTGTGTGTTTCTTTCAATTATTTAAAACTC	1800

C  AL953891.10	187	ATGTAAAAAAATAAATACATAAAATTGTTCATTAATCGTAATTGAGTTGA	138
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1801	ATGTAAAAAAATAAATACATAAAATTGTTCATTAATCGTAATTGAGTTGA	1850

C  AL953891.10	137	AATATTCAATTAATCAAGATTTTGATTTTGGACCTATTCGCCCAGCACTA	88
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1851	AATATTCAATTAATCAAGATTTTGATTTTGGACCTATTCGCCCAGCACTA	1900

C  AL953891.10	87	TGTTTAGTTTAGTCTAGATTCAGAAGTCTCACGGCTGCATTTATTTGAG	39
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323580.6	1901	TGTTTAGTTTAGTCTAGATTCAGAAGTCTCACGGCTGCATTTATTTGAG	1949

Overview

Query
AL953891.10 - 242282 bps
Hit
BX323580.6 - 98167 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1949 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018611949391987-1119491
287.523465793419334771-1437649681
387.91133213179300179512-1440046141
496.19721059633596439-1922393271
580.491435054384444348-116063165591
686.6780183221295221477116075162541
785.26198473208820209292-116127166011
885.974152128114128265-116220163751
979.0855192111574111765-128967291621
1081.672045693880939377-129061296221
1190.675375111136111210-129526296001
1281.671334282067221099-130817312471
1381.9675190182694182883-136081362741
1479.7786260174852175111149656499121
1582.5158146112898113043169460696021
1697.2491077613876244-175997761031
1781.571191201849202039176663768621
1882.181323289282993156177992783221
1979.2985296210607210902177992783001
2091.78107146201894202039-177993781381
2184.62129277143155143431-178017783021
Short-link