<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2005 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  BX004764.8	2005	GTGAGAATCTGACATTTTTTATATAATATAATATAATATAATATAATATA	1956
			||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1	GTGAGAATCTGACATTTTTT-----ATATAATATAATATAATATAATATA	45

C  BX004764.8	1955	ATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATA	1906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	46	ATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATA	95

C  BX004764.8	1905	ATATAATATAATATAATATAATATAATAATATTCTCCAATTATTCCATCT	1856
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	96	ATATAATATAATATAATATAATATAATAATATTCTCCAATTATTCCATCT	145

C  BX004764.8	1855	TAAGTCAGTGTTTCAGACCAGAAGCACAGTGAATTTTTGGAAATGTTTGG	1806
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	146	TAAGTCAGTGTTTCAGACCAGAAGCACAGTGAATTTTTGGAAATGTTTGG	195

C  BX004764.8	1805	AGTAAATAATATCTAAAAATAAATTTAACTAATTGTTGCAAGATTTAACA	1756
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	196	AGTAAATAATATCTAAAAATAAATTTAACTAATTGTTGCAAGATTTAACA	245

C  BX004764.8	1755	ATTAACAAAAACATGAATAAATTAATTCCTATTGTATTAAAATAAATAAT	1706
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	246	ATTAACAAAAACATGAATAAATTAATTCCTATTGTATTAAAATAAATAAT	295

C  BX004764.8	1705	CCCACATTAATACGTATAAAAAACAAATTCAAGTGTAAAATAATGAACAA	1656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	296	CCCACATTAATACGTATAAAAAACAAATTCAAGTGTAAAATAATGAACAA	345

C  BX004764.8	1655	TATTATACAAAAAAGCAATTATTAGAACATAAAAAAAGGGTCAGAACTAT	1606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	346	TATTATACAAAAAAGCAATTATTAGAACATAAAAAAAGGGTCAGAACTAT	395

C  BX004764.8	1605	AAAGTGTATTTGAAACTAAATATTTTACAAAATAATGTCGAATACATTTA	1556
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	396	AAAGTGTATTTGAAACTAAATATTTTACAAAATAATGTCGAATACATTTA	445

C  BX004764.8	1555	TATTATACATTTCCCTATTACAAATGAGATTTTCAAAAAATAAAAAGAAA	1506
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	446	TATTATACATTTCCCTATTACAAATGAGATTTTCAAAAAATAAAAAGAAA	495

C  BX004764.8	1505	TATATAGATGTTTATGTGTAAAAAATATTGATGCCTTTGTATCGAGGTTA	1456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	496	TATATAGATGTTTATGTGTAAAAAATATTGATGCCTTTGTATCGAGGTTA	545

C  BX004764.8	1455	TTAGTTACTGAAAACGAACGAAAAAATTAAAACTAAAATGTAAAATAATT	1406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	546	TTAGTTACTGAAAACGAACGAAAAAATTAAAACTAAAATGTAAAATAATT	595

C  BX004764.8	1405	GTTAACTGAAAAATAAAAATGAGCTTTAAAAAAACTAGAACTAACTGAAA	1356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	596	GTTAACTGAAAAATAAAAATGAGCTTTAAAAAAACTAGAACTAACTGAAA	645

C  BX004764.8	1355	CTGTATTGTGTACATTCAAATCTAACTGAAACCAACTTCGTCTTTGTAAA	1306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	646	CTGTATTGTGTACATTCAAATCTAACTGAAACCAACTTCGTCTTTGTAAA	695

C  BX004764.8	1305	TGTATTTAATATACACTGTACATTAAACTTTTTAAAAATAAACCTATTCA	1256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	696	TGTATTTAATATACACTGTACATTAAACTTTTTAAAAATAAACCTATTCA	745

C  BX004764.8	1255	CTTCGTGCTGCCCGGTGTTTGACCTGTACGGCACTTCAGAGTCTGTAATC	1206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	746	CTTCGTGCTGCCCGGTGTTTGACCTGTACGGCACTTCAGAGTCTGTAATC	795

C  BX004764.8	1205	CTGATGCTATTGGCAAGATCAAGCCGGTCCCCCTCCAGTCAACCTCGCTT	1156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	796	CTGATGCTATTGGCAAGATCAAGCCGGTCCCCCTCCAGTCAACCTCGCTT	845

C  BX004764.8	1155	TTGCTCCCGCGAGAAAGTGGAAGTGGACATGACAGCAGCACGGAGAGAGC	1106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	846	TTGCTCCCGCGAGAAAGTGGAAGTGGACATGACAGCAGCACGGAGAGAGC	895

C  BX004764.8	1105	ATTAAATACAGAAACTTAAAATTATTAATTTAACACATGTGTTCCCAATA	1056
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	896	ATTAAATACAGAAACTTAAAATTATTAATTTAACACATGTGTTCCCAATA	945

C  BX004764.8	1055	ATGTGTTTTATTTCTGTATTAGTGACCGCGATCAAATTTTTCTTCCGAGT	1006
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	946	ATGTGTTTTATTTCTGTATTAGTGACCGCGATCAAATTTTTCTTCCGAGT	995

C  BX004764.8	1005	GGACCTAATAACTAGAATAAACTAGTTCACCAAATCGATCTGAATCTTTT	956
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	996	GGACCTAATAACTAGAATAAACTAGTTCACCAAATCGATCTGAATCTTTT	1045

C  BX004764.8	955	GAAACAATTTGCCAGTAAGCACTCTTATCCACAAACGATTTACTTTTTAA	906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1046	GAAACAATTTGCCAGTAAGCACTCTTATCCACAAACGATTTACTTTTTAA	1095

C  BX004764.8	905	CATGCTCCCCCTCTGATTCGAAATAAACCAATATATACTGAGTTATTAAG	856
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1096	CATGCTCCCCCTCTGATTCGAAATAAACCAATATATACTGAGTTATTAAG	1145

C  BX004764.8	855	TTATTAGAACAGTACACTGAGATCAGATTTGAGAAGCGGTAAACCGATAA	806
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1146	TTATTAGAACAGTACACTGAGATCAGATTTGAGAAGCGGTAAACCGATAA	1195

C  BX004764.8	805	TACTGCGCATGTGTGATTCAGTTAACCAAACACAAACAGTAAATGACGGC	756
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1196	TACTGCGCATGTGTGATTCAGTTAACCAAACACAAACAGTAAATGACGGC	1245

C  BX004764.8	755	CTGCTGTGACTCAACTAAACCAAGGGCATAAATGTGGTGTGGGTAAACCG	706
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1246	CTGCTGTGACTCAACTAAACCAAGGGCATAAATGTGGTGTGGGTAAACCG	1295

C  BX004764.8	705	AGGACTTAAATGAAATTAAATGTTTCATAAAAGAAAGTTAAAATGGAATT	656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1296	AGGACTTAAATGAAATTAAATGTTTCATAAAAGAAAGTTAAAATGGAATT	1345

C  BX004764.8	655	TAAATAAGTGAATCATGCTTCAGTTGGCTTGCAAAACCAAATTGTAAGAA	606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1346	TAAATAAGTGAATCATGCTTCAGTTGGCTTGCAAAACCAAATTGTAAGAA	1395

C  BX004764.8	605	ACTTTTCAGATCATAATTTTAACTGACTGAAATTATGATTGCTGACTACA	556
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1396	ACTTTTCAGATCATAATTTTAACTGACTGAAATTATGATTGCTGACTACA	1445

C  BX004764.8	555	TCATTTTGGTATGTTGAGTCCTAACATGGGAGGATGGTCACAAAAGATCC	506
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1446	TCATTTTGGTATGTTGAGTCCTAACATGGGAGGATGGTCACAAAAGATCC	1495

C  BX004764.8	505	GGTTCGCGTTAAAGATCTGAACTTCCTATCAGTACTGTGTATCTAACCTC	456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1496	GGTTCGCGTTAAAGATCTGAACTTCCTATCAGTACTGTGTATCTAACCTC	1545

C  BX004764.8	455	AGAAGTAGCCTGGCACACTAATTTACTTAAGACTGCTATCTTGTGGGCTG	406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1546	AGAAGTAGCCTGGCACACTAATTTACTTAAGACTGCTATCTTGTGGGCTG	1595

C  BX004764.8	405	TTGTATTTGAATTTAAGGATGGGTAGATGGTAGTGGTAGATGATAGTGGT	356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1596	TTGTATTTGAATTTAAGGATGGGTAGATGGTAGTGGTAGATGATAGTGGT	1645

C  BX004764.8	355	CATGTGTCCTCATGTGTCATCTAAGTGCGTCTAAACGTCACCGCTATATA	306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1646	CATGTGTCCTCATGTGTCATCTAAGTGCGTCTAAACGTCACCGCTATATA	1695

C  BX004764.8	305	AAGTACTGTATCTCTAAAGCATCATCACACTGGAAATCTGAAATAAATAA	256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1696	AAGTACTGTATCTCTAAAGCATCATCACACTGGAAATCTGAAATAAATAA	1745

C  BX004764.8	255	AAAAATATTATGACAATAAAATGCTTTAACCACTTTCTGAAATAAAGTAT	206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1746	AAAAATATTATGACAATAAAATGCTTTAACCACTTTCTGAAATAAAGTAT	1795

C  BX004764.8	205	ATATAGATGTAGATGGTCAGTTACAGCTGCTACAGCAACCTGAATAAATG	156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1796	ATATAGATGTAGATGGTCAGTTACAGCTGCTACAGCAACCTGAATAAATG	1845

C  BX004764.8	155	ACAGAACACTTACATTTACACACATACAAACACACACACACTCACACACA	106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1846	ACAGAACACTTACATTTACACACATACAAACACACACACACTCACACACA	1895

C  BX004764.8	105	CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	56
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1896	CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	1945

C  BX004764.8	55	CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTAGTTAA	6
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1946	CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTAGTTAA	1995

C  BX004764.8	5	AGCTT	1
			|||||
  BX323078.8	1996	AGCTT	2000

Compact alignment

C  BX004764.8	2005	GTGAGAATCTGACATTTTTTATATAATATAATATAATATAATATAATATA	1956
			||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||
  BX323078.8	1	GTGAGAATCTGACATTTTTT-----ATATAATATAATATAATATAATATA	45

skip 1955 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX004764.8 - 238651 bps
Hit
BX323078.8 - 174108 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2005 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.751863200512005-1120001
285.86192373157557157929-115147155211
396.921771953238732581115721159151
483.951994459335693800-119752201871
585.23212444168265168708-119757201891
689.335175203201203275-123437235111
786.0472130128917129046-123479236071
881.711283191705817376125599259261
986.721522571751017766126092263471
1085.03186363222446222808139991403641
1190.3573115191997192111-147017471301
1287.175124161648161771165250653731
1386.7361113178045178157168059681711
1488.2465119130707130825-168064681821
1591.6755847151071593-168097681801
1684.386512816164516177211261601262871
1710051694571745785-11517061517741
1877.6957231311963142611551171553491
1984.31654192476625184-11627561631881
2082.7167465130290130754-11628381632881
2192.96527116357516364511647511648211
2290.68218321213589213909-11672741675951
Short-link