<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR925699.6	2000	GAATTCTTTGCAAGCTATTCAAGTCATCTGGTGAAATTGCATTCATATCG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1	GAATTCTTTGCAAGCTATTCAAGTCATCTGGTGAAATTGCATTCATATCG	50

C  CR925699.6	1950	CAGTGAACGAAAATATTACAATGTCAGTTTTTGCTACCATCACATATCAC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	51	CAGTGAACGAAAATATTACAATGTCAGTTTTTGCTACCATCACATATCAC	100

C  CR925699.6	1900	TTGGTTTGATAAAGTACTTTAAAGGTATGGTATGTATGTTAGCAGCATCC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	101	TTGGTTTGATAAAGTACTTTAAAGGTATGGTATGTATGTTAGCAGCATCC	150

C  CR925699.6	1850	CTTTTAAAGAGGAGCGAGCTGTTGGCTGATGGAGACCAGAGTCATCAGCG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	151	CTTTTAAAGAGGAGCGAGCTGTTGGCTGATGGAGACCAGAGTCATCAGCG	200

C  CR925699.6	1800	TTTCCCAAGCATTTATATCTTCTGTACACCCGCAGTCCATCAGTAAAAAC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	201	TTTCCCAAGCATTTATATCTTCTGTACACCCGCAGTCCATCAGTAAAAAC	250

C  CR925699.6	1750	CTTGAAGGGTTAGTCTAGTCCTTGCATCATTTTAAAGCCATAAAACATAC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	251	CTTGAAGGGTTAGTCTAGTCCTTGCATCATTTTAAAGCCATAAAACATAC	300

C  CR925699.6	1700	AATAAGAACACACAAAATAACATATACCCGAGTGATTTCTGCCATGTATG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	301	AATAAGAACACACAAAATAACATATACCCGAGTGATTTCTGCCATGTATG	350

C  CR925699.6	1650	CTTCAAACATTTAATAACGGCTTTTTATTCAGGGCAGTTGATAATCAGAA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	351	CTTCAAACATTTAATAACGGCTTTTTATTCAGGGCAGTTGATAATCAGAA	400

C  CR925699.6	1600	CACAAAATGAGATATTTATGTACCTATAGAAGTGATTTGTGTCTTTGATG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	401	CACAAAATGAGATATTTATGTACCTATAGAAGTGATTTGTGTCTTTGATG	450

C  CR925699.6	1550	CTTTAAAAATGTAATAAAGTGGTCAGATTTAGACTTTTTATATAATAGTT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	451	CTTTAAAAATGTAATAAAGTGGTCAGATTTAGACTTTTTATATAATAGTT	500

C  CR925699.6	1500	TGAACAGTGTTAATAGCATTCAGATGTAATCATGGAACAAATTATTGGTC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	501	TGAACAGTGTTAATAGCATTCAGATGTAATCATGGAACAAATTATTGGTC	550

C  CR925699.6	1450	AGGATTAACCAATTAATAGAAAATCCTTAAGTGTTCTTTCATTTCTTACT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	551	AGGATTAACCAATTAATAGAAAATCCTTAAGTGTTCTTTCATTTCTTACT	600

C  CR925699.6	1400	CAAATACAGGTTTTGCATAAACACTGCAAGCAGCTATAGTGAAAAGGCTT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	601	CAAATACAGGTTTTGCATAAACACTGCAAGCAGCTATAGTGAAAAGGCTT	650

C  CR925699.6	1350	TGATTCTGGCATGTTGTTGTAGTGGATCTTACATTTGTTTCAAATGAATA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	651	TGATTCTGGCATGTTGTTGTAGTGGATCTTACATTTGTTTCAAATGAATA	700

C  CR925699.6	1300	CAAGGAAACATGTGGAGGACAAGATAGGAAACATCTGAGCCAGACTTCAA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	701	CAAGGAAACATGTGGAGGACAAGATAGGAAACATCTGAGCCAGACTTCAA	750

C  CR925699.6	1250	GCGTGTATGGGAGCAATTTAGCGGCTTATATGTGAAGAATACAAAAAAAT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	751	GCGTGTATGGGAGCAATTTAGCGGCTTATATGTGAAGAATACAAAAAAAT	800

C  CR925699.6	1200	TGATGTCATAGCTAACCTTTTCCAGCCCTGAAAGGCCACAGTTCCTCCCT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	801	TGATGTCATAGCTAACCTTTTCCAGCCCTGAAAGGCCACAGTTCCTCCCT	850

C  CR925699.6	1150	GGAAGTTACATAGTTAGTTGATCTTTACTGTGTGCGCATATACATCCTAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	851	GGAAGTTACATAGTTAGTTGATCTTTACTGTGTGCGCATATACATCCTAA	900

C  CR925699.6	1100	CTCACTCACTCACTCACTCACTCACACACAACCAAGCGTCACACCCACAC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	901	CTCACTCACTCACTCACTCACTCACACACAACCAAGCGTCACACCCACAC	950

C  CR925699.6	1050	CCAAAATAAGCATTGTCAACATATTGAGTATTTATCAACATAAAACACTC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	951	CCAAAATAAGCATTGTCAACATATTGAGTATTTATCAACATAAAACACTC	1000

C  CR925699.6	1000	CTCTACAACACACAAGTTACAAACTCTACCAACAAAAATATCTATATAAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1001	CTCTACAACACACAAGTTACAAACTCTACCAACAAAAATATCTATATAAT	1050

C  CR925699.6	950	AGTCTATCTCTAGCAATTAGAACTGTACTCAAATGTGAATAAATAAACAG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1051	AGTCTATCTCTAGCAATTAGAACTGTACTCAAATGTGAATAAATAAACAG	1100

C  CR925699.6	900	TATAGTTTTAAACAAAGCACGTATTATATAGCTTATTTAAATGTTGTAAA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1101	TATAGTTTTAAACAAAGCACGTATTATATAGCTTATTTAAATGTTGTAAA	1150

C  CR925699.6	850	TATGTAAGAAAACTATACAGATTAAGTAAACAAAAGGAGAAAAGGCGTAC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1151	TATGTAAGAAAACTATACAGATTAAGTAAACAAAAGGAGAAAAGGCGTAC	1200

C  CR925699.6	800	ATAAATCAAGCAAATGACTCTCAGGTGCGTTACAGTTAAAGTGGAAGATT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1201	ATAAATCAAGCAAATGACTCTCAGGTGCGTTACAGTTAAAGTGGAAGATT	1250

C  CR925699.6	750	ATTGTTTATAAATATCGGAGATGACTTACCTTTTAATGTAACAAAGAGTC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1251	ATTGTTTATAAATATCGGAGATGACTTACCTTTTAATGTAACAAAGAGTC	1300

C  CR925699.6	700	CCAAAATATAGTTGAAATGATAACTTCCTTCAGCAGATGATTGTGTCCGA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1301	CCAAAATATAGTTGAAATGATAACTTCCTTCAGCAGATGATTGTGTCCGA	1350

C  CR925699.6	650	AATCAACAGCTATTCCCCAGCGTCCTTCATATTACTGTGTACAAATGAGT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1351	AATCAACAGCTATTCCCCAGCGTCCTTCATATTACTGTGTACAAATGAGT	1400

C  CR925699.6	600	TAAACGCGTCTCTCTCCAAAAGCAGCGGTGAAACTTTCAGACTTCTGAGT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1401	TAAACGCGTCTCTCTCCAAAAGCAGCGGTGAAACTTTCAGACTTCTGAGT	1450

C  CR925699.6	550	TGAGAGTTGTGCGCGGAAGTGCGCATGCGCAAATTTATCCACACAAACAA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1451	TGAGAGTTGTGCGCGGAAGTGCGCATGCGCAAATTTATCCACACAAACAA	1500

C  CR925699.6	500	ACCGATCTAACACAGTTTACAAAGATTTAGCCAAAAAACAAAACAAACAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1501	ACCGATCTAACACAGTTTACAAAGATTTAGCCAAAAAACAAAACAAACAA	1550

C  CR925699.6	450	ACAACCACAAAAAAGTTCTAGCCAAATATGTTAAGGTTTGAATGAAAAAA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1551	ACAACCACAAAAAAGTTCTAGCCAAATATGTTAAGGTTTGAATGAAAAAA	1600

C  CR925699.6	400	ATAATAATAAGCTGATTGTTCACTATGGTTCCATTTCATTTAGCAATTAA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1601	ATAATAATAAGCTGATTGTTCACTATGGTTCCATTTCATTTAGCAATTAA	1650

C  CR925699.6	350	TTTCAGATTTGCAATTGCTATGAAAGTTATTTAAATTAAAGCGTCAATGG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1651	TTTCAGATTTGCAATTGCTATGAAAGTTATTTAAATTAAAGCGTCAATGG	1700

C  CR925699.6	300	GCTTCTTCATCTCTGATGACAAGTTATCATAAATTAATTTACAGATATTT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1701	GCTTCTTCATCTCTGATGACAAGTTATCATAAATTAATTTACAGATATTT	1750

C  CR925699.6	250	TAACGATCATATGTTTTAGTATGTTCCGACAAATGCACTATTCCAGTGTA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1751	TAACGATCATATGTTTTAGTATGTTCCGACAAATGCACTATTCCAGTGTA	1800

C  CR925699.6	200	ATAAAGTTCCACTGCGAAGTGCTTAAAAACTTGCTGAATGTCGCCCTCTT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1801	ATAAAGTTCCACTGCGAAGTGCTTAAAAACTTGCTGAATGTCGCCCTCTT	1850

C  CR925699.6	150	GTGGAAGTTTTAAGTAATGTATGTTTTATAATGTATATTAATATCATTGG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1851	GTGGAAGTTTTAAGTAATGTATGTTTTATAATGTATATTAATATCATTGG	1900

C  CR925699.6	100	CCAGTTGTTACCATTTTTTACGGTCTGTGGTTGTAACACTTCCAATTTGT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1901	CCAGTTGTTACCATTTTTTACGGTCTGTGGTTGTAACACTTCCAATTTGT	1950

C  CR925699.6	50	ACAATTAGAGATTAGTTAGATCAGCAGATTACCTGCACACATGCTCATAT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323015.6	1951	ACAATTAGAGATTAGTTAGATCAGCAGATTACCTGCACACATGCTCATAT	2000

Overview

Query
CR925699.6 - 150030 bps
Hit
BX323015.6 - 149284 bps
Total alignments
16
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001924200012000-1120001
298.7835814507145151134430345111
398.7835814507145151-134440345211
492.864085403902039559-139224397551
583.3492195141486141680139521397121
698.836824507145152148075481571
798.836824507045151-148075481571
889.4761971679216888148859489531
991132186136808136993159228594161
1084.231032057128071484161166613681
1197.7334864507145156-191862919491
1297.735864507145156191878919641
1398.83682450704515111021611022431
1498.836824507145152-11021611022431
151003062450794514011379991380601
1610030624507945140-11379991380601
Short-link