<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX004877.10	1	AAGCTTTATTGACCTCAGAGGTACCCTATAATCCGATTGGTATACATAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66235	AAGCTTTATTGACCTCAGAGGTACCCTATAATCCGATTGGTATACATAAA	66284

BX004877.10	51	TGGACAGTAACTTAATAAAGCTGTGAAACGGCTCACAGAAAACTGCAGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66285	TGGACAGTAACTTAATAAAGCTGTGAAACGGCTCACAGAAAACTGCAGAG	66334

BX004877.10	101	ACGCACATACATACAGATAGAGATAAGTGTTGTTAGATCATGCTGACAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66335	ACGCACATACATACAGATAGAGATAAGTGTTGTTAGATCATGCTGACAGG	66384

BX004877.10	151	ATTGAGGTGGAGAGGGAAAAAAGAACAGGAGGAAAGACAGAGCGGACAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66385	ATTGAGGTGGAGAGGGAAAAAAGAACAGGAGGAAAGACAGAGCGGACAAA	66434

BX004877.10	201	GGGAAGAGATGGATGTGACTAAAGGAAAAAGAAGCAATCAATCCCTCATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66435	GGGAAGAGATGGATGTGACTAAAGGAAAAAGAAGCAATCAATCCCTCATC	66484

BX004877.10	251	AAGATCTTTAACAGAAGTCATTTTCTATTATCCCAGCTTAAAATTTAGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66485	AAGATCTTTAACAGAAGTCATTTTCTATTATCCCAGCTTAAAATTTAGAG	66534

BX004877.10	301	CCATCTATAAGTAACCCATTTGTAGGTTGATTTCCCTACAGAGCAAACAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66535	CCATCTATAAGTAACCCATTTGTAGGTTGATTTCCCTACAGAGCAAACAC	66584

BX004877.10	351	TTGGCAACTTTTAAAACACTAATCTGTTAGTGAACATGAGCTAAAGACTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66585	TTGGCAACTTTTAAAACACTAATCTGTTAGTGAACATGAGCTAAAGACTC	66634

BX004877.10	401	CACAACATTGACTTATCTAGTGGTGCAAGTTTGAGTTGGGAACTGCTAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66635	CACAACATTGACTTATCTAGTGGTGCAAGTTTGAGTTGGGAACTGCTAGA	66684

BX004877.10	451	TGAGACACTGCAGGTAAAATCTGCTTTAATGCACCTGTCAATTTCGAGAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66685	TGAGACACTGCAGGTAAAATCTGCTTTAATGCACCTGTCAATTTCGAGAT	66734

BX004877.10	501	TTTGGGCTTTTTGGCTTTACCTGAAAAGCATTCTCTCTTAGTCTAATGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66735	TTTGGGCTTTTTGGCTTTACCTGAAAAGCATTCTCTCTTAGTCTAATGGA	66784

BX004877.10	551	TATATAAAAATCAAAATACAGTTTTAAGTGTTTCTTTTATCGCACTTAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66785	TATATAAAAATCAAAATACAGTTTTAAGTGTTTCTTTTATCGCACTTAAT	66834

BX004877.10	601	CTACTTACTCTGTTGATTTCAGTTACAAAAACAGATTTTTAAATAAATAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66835	CTACTTACTCTGTTGATTTCAGTTACAAAAACAGATTTTTAAATAAATAG	66884

BX004877.10	651	TTTTTAAAATTAAAATTAAAATGACCTCATCATTTACTCTTCCTTATGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66885	TTTTTAAAATTAAAATTAAAATGACCTCATCATTTACTCTTCCTTATGTG	66934

BX004877.10	701	GTTTTGAACCTTTATGAGTTTCTTTCATTTGCCAAACACAAAATAATACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66935	GTTTTGAACCTTTATGAGTTTCTTTCATTTGCCAAACACAAAATAATACA	66984

BX004877.10	751	TTTTTTAGAATGCTGGTTACTGGGACACAACCACTTCTGGAGTATAAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	66985	TTTTTTAGAATGCTGGTTACTGGGACACAACCACTTCTGGAGTATAAAAA	67034

BX004877.10	801	ATACAATGGAAGTCGATGGGTCCCAGCAATCAGCATTTTTCAAAAGCTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67035	ATACAATGGAAGTCGATGGGTCCCAGCAATCAGCATTTTTCAAAAGCTTG	67084

BX004877.10	851	TCTTGCGTGTTCAACAGAAGAAAAAAAAAATTTTTTAAGGTCAACTGTCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67085	TCTTGCGTGTTCAACAGAAGAAAAAAAAAATTTTTTAAGGTCAACTGTCC	67134

BX004877.10	901	CTTTTTTTGCAGTGAGCCATAAAACACAGATGTACACTACCAGGCAAAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67135	CTTTTTTTGCAGTGAGCCATAAAACACAGATGTACACTACCAGGCAAAAG	67184

BX004877.10	951	TCTTGTGGCCTATCCAGGTTTTAGAAACAACAAATAATAACTTGACTTCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67185	TCTTGTGGCCTATCCAGGTTTTAGAAACAACAAATAATAACTTGACTTCT	67234

BX004877.10	1001	AGTTGGTCATTTGGCATCATAAGTGGCTAATATAGAAGACAAAGGCCTCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67235	AGTTGGTCATTTGGCATCATAAGTGGCTAATATAGAAGACAAAGGCCTCT	67284

BX004877.10	1051	AGATTACACTTATTTTACCAAAATAAAACATGATCATGCCTTAATTTTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67285	AGATTACACTTATTTTACCAAAATAAAACATGATCATGCCTTAATTTTTA	67334

BX004877.10	1101	ATTATTTCATTAAAACAGTAAGAGTTGACTTTGCTTAGACAGAAGTCTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67335	ATTATTTCATTAAAACAGTAAGAGTTGACTTTGCTTAGACAGAAGTCTTG	67384

BX004877.10	1151	TCGCTTGCCAGAAATAATGTACAGTATTATTTGGATTATAAGATTTGTTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67385	TCGCTTGCCAGAAATAATGTACAGTATTATTTGGATTATAAGATTTGTTG	67434

BX004877.10	1201	GATTCATCTTTAATGCTTCCTCCATCTTACCCCAGACATGCTCAATAATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67435	GATTCATCTTTAATGCTTCCTCCATCTTACCCCAGACATGCTCAATAATG	67484

BX004877.10	1251	TTCATTTTGGTGACTGGGCTGGCCAATCCCGGAGCACCTTGACCTTGTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67485	TTCATTTTGGTGACTGGGCTGGCCAATCCCGGAGCACCTTGACCTTGTTT	67534

BX004877.10	1301	GCTTTCAGGAACTTTGATGTGGAGACTGAAGTATGACAAGGAGCGCTATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67535	GCTTTCAGGAACTTTGATGTGGAGACTGAAGTATGACAAGGAGCGCTATC	67584

BX004877.10	1351	CTGCCTAAGAATTTGCCCTCTCCTCTGGTTTGTAATGTTATGGGCAGCAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67585	CTGCCTAAGAATTTGCCCTCTCCTCTGGTTTGTAATGTTATGGGCAGCAC	67634

BX004877.10	1401	AAATGTCTTGATACCTCAGGCTGTTGATGTTGCCATGCATTCTGCAGATC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67635	AAATGTCTTGATACCTCAGGCTGTTGATGTTGCCATGCATTCTGCAGATC	67684

BX004877.10	1451	TCTCTCATGCCCCCATACTGAAAGTAACCCTAAACAATTTTTTTTTACCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67685	TCTCTCATGCCCCCATACTGAAAGTAACCCTAAACAATTTTTTTTTACCA	67734

BX004877.10	1501	CCAAACTTGACTGATTTCTGTGAGAATATTAGGTCCACGCAGGTTCCAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67735	CCAAACTTGACTGATTTCTGTGAGAATATTAGGTCCACGCAGGTTCCAAT	67784

BX004877.10	1551	AGGACTTCTGCAATATTTGTGATGACTGGGATGCAGTTCATTCCTTCTGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67785	AGGACTTCTGCAATATTTGTGATGACTGGGATGCAGTTCATTCCTTCTGC	67834

BX004877.10	1601	CATTTTTCCAAAAGATCAACTAGAAGTCAAGTTATTATTTGTTCCTCTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67835	CATTTTTCCAAAAGATCAACTAGAAGTCAAGTTATTATTTGTTCCTCTTA	67884

BX004877.10	1651	CAACTGGGATCAATGACAAGATTTCTGTCAGGTTGTTTTATTCATGTGTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67885	CAACTGGGATCAATGACAAGATTTCTGTCAGGTTGTTTTATTCATGTGTG	67934

BX004877.10	1701	TTTACTGAAGGTTTTTACAAAAGGGATGTTAACACAAAATTTGTAAATTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67935	TTTACTGAAGGTTTTTACAAAAGGGATGTTAACACAAAATTTGTAAATTG	67984

BX004877.10	1751	ATCCTTTACAACAAGCTATTTTAATGCTTTTAATATAGCATTTATAACCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	67985	ATCCTTTACAACAAGCTATTTTAATGCTTTTAATATAGCATTTATAACCT	68034

BX004877.10	1801	TTGACTCTAATATGTACAATACATAGAAAAAAAATGAAACAAGAATTTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	68035	TTGACTCTAATATGTACAATACATAGAAAAAAAATGAAACAAGAATTTTA	68084

BX004877.10	1851	AAATTGACTTCAATCAATGTTCAGCTTTTGTGCTAGAAATGTATGCAAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	68085	AAATTGACTTCAATCAATGTTCAGCTTTTGTGCTAGAAATGTATGCAAAT	68134

BX004877.10	1901	AAGAAAATATTTAATGTCAATTCATAACCTTTTAGAAAACTTGTTGTAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	68135	AAGAAAATATTTAATGTCAATTCATAACCTTTTAGAAAACTTGTTGTAAA	68184

BX004877.10	1951	GTTTGCCATTCTAACGATGTAGGAGTAAATGAGGAGGTAATTTTCATTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322796.12	68185	GTTTGCCATTCTAACGATGTAGGAGTAAATGAGGAGGTAATTTTCATTTT	68234

Overview

Query
BX004877.10 - 249239 bps
Hit
BX322796.12 - 68234 bps
Total alignments
37
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001932200012000166235682341
283.111827690928912031354538281
392.86338384331844131646865511
495.833473171145171217-1647065411
510030627599576056-1647665371
694.6730754821048284-1647765511
710030618078780847-1647765371
8100306180780808401647765371
994.7431768433884413-1647865531
1094.593074125921125994-1647865511
111003361238769238829-1647865381
1294.81317748210482861647865541
1394.8131772206902207661647865541
1410033612387822388421647865381
1597.333075171138171212118629187031
161003981125920126000-118636187161
1710041844818948272-118637187201
1898.8640888433984426-118637187241
1998.813884220685220768-118637187201
2098.8640884819748284118637187241
2110032657599076054118637187011
2210041848434184424118637187201
2398.813884220685220768118637187201
2410032668078180846118638187031
251003572238770238841118638187091
261003981125920126000118641187211
271003572238770238841-118648187191
2810032668078180846-118654187191
291003368171145171212-118654187211
3010032657599076054-118656187201
3187.41871438134781489-121496216381
3298.154054108642108695121613216661
3383.16891981553815735-133375335701
3477.1848192107794107985133489336721
3596.3936851547515559-143858439401
3610033399116691204-164781648191
3787.84155252234910235161167424676781
Short-link