<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR318669.18	1	ATAGAGACACGTGCAAACAAACATAGATACACGCACACACACATGAACAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207410	ATAGAGACACGTGCAAACAAACATAGATACACGCACACACACATGAACAC	207459

CR318669.18	51	ATTGACGTATATGGACGCACACACAGAACACAATGGCTCACAATAGAAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207460	ATTGACGTATATGGACGCACACACAGAACACAATGGCTCACAATAGAAGG	207509

CR318669.18	101	AATATTTTACATAATAAAAGGAGTTTTTGTTGTAACAAACACCTGAAATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207510	AATATTTTACATAATAAAAGGAGTTTTTGTTGTAACAAACACCTGAAATT	207559

CR318669.18	151	TATATTTTAGAAACGGCTCTGTCACAGCCAAACAACAGAAAACTGAATAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207560	TATATTTTAGAAACGGCTCTGTCACAGCCAAACAACAGAAAACTGAATAA	207609

CR318669.18	201	AGCACATGAGGTGCACCTGAGGTGATCATTGTCAGTGGTAAATGCTAGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207610	AGCACATGAGGTGCACCTGAGGTGATCATTGTCAGTGGTAAATGCTAGAG	207659

CR318669.18	251	GTGTGAACTTATAGTGGTCTCACGGTTCGGTTACGGTTATCATGCCATCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207660	GTGTGAACTTATAGTGGTCTCACGGTTCGGTTACGGTTATCATGCCATCG	207709

CR318669.18	301	ATTCGGTTCAATTCGATATCTCGGTGCATCACGGTGCATTGACGATGCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207710	ATTCGGTTCAATTCGATATCTCGGTGCATCACGGTGCATTGACGATGCTT	207759

CR318669.18	351	TCTATACACAGTGTTATATTTTTGGGGGAGGCTATAACAAGCTGTCTGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207760	TCTATACACAGTGTTATATTTTTGGGGGAGGCTATAACAAGCTGTCTGTA	207809

CR318669.18	401	TAAACAAACAGACACACAGCACCACACTGTCTCTCATTTACACACATACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207810	TAAACAAACAGACACACAGCACCACACTGTCTCTCATTTACACACATACA	207859

CR318669.18	451	CAAACACAGACAGCACCAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207860	CAAACACAGACAGCACCAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACA	207909

CR318669.18	501	AACAAACAAACAAACAAACATTCACACACTCACACACACACAAACACATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207910	AACAAACAAACAAACAAACATTCACACACTCACACACACACAAACACATT	207959

CR318669.18	551	TAAGCCCTCGCAATATAAATAAAAAAATAAATAAAAATATAAATAAAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	207960	TAAGCCCTCGCAATATAAATAAAAAAATAAATAAAAATATAAATAAAAAA	208009

CR318669.18	601	TTATATAAATATAAATATATATTTTTTTATTTAAAATAAAAAAATAAATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208010	TTATATAAATATAAATATATATTTTTTTATTTAAAATAAAAAAATAAATA	208059

CR318669.18	651	AATAAAAAGAAGCACTTTTACGACGGTCCCTTACTGAGAGCTTTGCTCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208060	AATAAAAAGAAGCACTTTTACGACGGTCCCTTACTGAGAGCTTTGCTCAG	208109

CR318669.18	701	CGCGAGCTCTCCGTAAACGCATATTGCGAGGGCTTAAACGGAGCAGTGGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208110	CGCGAGCTCTCCGTAAACGCATATTGCGAGGGCTTAAACGGAGCAGTGGT	208159

CR318669.18	751	CGTAATGTTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTGTGAAACATAACCAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208160	CGTAATGTTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTGTGAAACATAACCAG	208209

CR318669.18	801	CTTTGTCTTTTTGTAGAAAACACACTTTAGATCTTTTTAGGGTAAGAGGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208210	CTTTGTCTTTTTGTAGAAAACACACTTTAGATCTTTTTAGGGTAAGAGGT	208259

CR318669.18	851	TTTTGAGTTATTGCCAACTATCACTGAATGTGTCAGGGATATCGAAAACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208260	TTTTGAGTTATTGCCAACTATCACTGAATGTGTCAGGGATATCGAAAACA	208309

CR318669.18	901	AAACCAACTTAGCCATGCTCAATTCTGGCGCCCCTTGGATGTACAGCGCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208310	AAACCAACTTAGCCATGCTCAATTCTGGCGCCCCTTGGATGTACAGCGCC	208359

CR318669.18	951	CTTAGCATTTGCCTATACTGCCTATGCCACAGGCCGGCCCTGAGTTGGCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208360	CTTAGCATTTGCCTATACTGCCTATGCCACAGGCCGGCCCTGAGTTGGCT	208409

CR318669.18	1001	CCTGGAGTGTTGTAAATACCCGCACTCACCTCCCTCGCGACAGAGCCCTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208410	CCTGGAGTGTTGTAAATACCCGCACTCACCTCCCTCGCGACAGAGCCCTT	208459

CR318669.18	1051	ATGAGATAAATGACGTCAGTACATAATAACCGGTTATGATTATTACTGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208460	ATGAGATAAATGACGTCAGTACATAATAACCGGTTATGATTATTACTGAA	208509

CR318669.18	1101	CCGTTACCGAATTGTCCACGTCTGCATCGCAGTGCACCGAAGAAACAATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208510	CCGTTACCGAATTGTCCACGTCTGCATCGCAGTGCACCGAAGAAACAATT	208559

CR318669.18	1151	AATTTTGACACCCCTAGTAAACGCTAATAATGTGAGTTTTAAAGCCATCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208560	AATTTTGACACCCCTAGTAAACGCTAATAATGTGAGTTTTAAAGCCATCT	208609

CR318669.18	1201	TACAGGACATTTATTGCCATACTACTGAAAGCAGCAGCAGATAGTTCACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208610	TACAGGACATTTATTGCCATACTACTGAAAGCAGCAGCAGATAGTTCACC	208659

CR318669.18	1251	TCAGATCTTGAAAATAAAACAAAGCCGTTTGAAATTGAACACTGTGACTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208660	TCAGATCTTGAAAATAAAACAAAGCCGTTTGAAATTGAACACTGTGACTC	208709

CR318669.18	1301	ATGTTAAAGAGGTTTAATATGTATTAAGTAGATTATAAACCTTACCATTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208710	ATGTTAAAGAGGTTTAATATGTATTAAGTAGATTATAAACCTTACCATTT	208759

CR318669.18	1351	CGTTGTGAGTACACTATTCTGTGCTTCTGATCGACTGTATTCACATTTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208760	CGTTGTGAGTACACTATTCTGTGCTTCTGATCGACTGTATTCACATTTCT	208809

CR318669.18	1401	ATCGTGTTTCGTCTGGTGCAAACAGCCAAATTGCTTATCACTGCGCATCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208810	ATCGTGTTTCGTCTGGTGCAAACAGCCAAATTGCTTATCACTGCGCATCT	208859

CR318669.18	1451	CGTCATGTAGCGTGTTGTCATGACACTGGTCACAATGTAACCTTCTCATC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208860	CGTCATGTAGCGTGTTGTCATGACACTGGTCACAATGTAACCTTCTCATC	208909

CR318669.18	1501	TAATGTTTACATTCGTAATATTTATATTAGTTGCTACTTAATAACCACCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208910	TAATGTTTACATTCGTAATATTTATATTAGTTGCTACTTAATAACCACCT	208959

CR318669.18	1551	CATGTGGAACTCTGAATCTGCATCTCATTTCGGAATCTGCAACTGTCCAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	208960	CATGTGGAACTCTGAATCTGCATCTCATTTCGGAATCTGCAACTGTCCAC	209009

CR318669.18	1601	CCGAGGTCGCATTTCGGTCACGGACGCATGGTTTCAGAGCCTTTATGACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	209010	CCGAGGTCGCATTTCGGTCACGGACGCATGGTTTCAGAGCCTTTATGACT	209059

CR318669.18	1651	GAATAAATGAAATATGCTGTTTTCCACCAAGGCAACCCAGGGTGCTAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	209060	GAATAAATGAAATATGCTGTTTTCCACCAAGGCAACCCAGGGTGCTAAAA	209109

CR318669.18	1701	TATAATTGGCTAAACTGGCATTGGGCGGGTTAAAGGACCAAAACAAAGAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	209110	TATAATTGGCTAAACTGGCATTGGGCGGGTTAAAGGACCAAAACAAAGAC	209159

CR318669.18	1751	AGCCGTTCGGGCACGTAACACACATTTTTAAAGCAGAATATCTGACTTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	209160	AGCCGTTCGGGCACGTAACACACATTTTTAAAGCAGAATATCTGACTTCA	209209

CR318669.18	1801	GCACTGTTTTTCAGATAAACAAGTATATTCGCTTGGCATGTTTCTTAAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	209210	GCACTGTTTTTCAGATAAACAAGTATATTCGCTTGGCATGTTTCTTAAAT	209259

CR318669.18	1851	ATCTGCAAACATATTATGGTATTTTTATACTTTAGAAGAGTCAAAAACGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	209260	ATCTGCAAACATATTATGGTATTTTTATACTTTAGAAGAGTCAAAAACGT	209309

CR318669.18	1901	CATTACAGCACCTTTAAACTAAAGTGTTGCAGTTTTTTTGTTCCTATATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	209310	CATTACAGCACCTTTAAACTAAAGTGTTGCAGTTTTTTTGTTCCTATATG	209359

CR318669.18	1951	AATATCAATGGCTGCTGGTTTCCACCATTCTTCAGAATATCTGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322662.12	209360	AATATCAATGGCTGCTGGTTTCCACCATTCTTCAGAATATCTGTGAATTC	209409

Overview

Query
CR318669.18 - 108170 bps
Hit
BX322662.12 - 209409 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195020001200012074102094091
294.4281710258066381687125643266451
395.3284110317031371343125645266491
485.422696131918519797167434680641
585.342104601925119710176560770231
691.814937021886819569179045797521
792.533544682259423061179045795121
892.992403201729317612186100864131
991.452173105092951238186165864681
10902433506496765316-11014931018421
1183.19198476484204889511034721039411
1290.122303461729517640-11170881174211
1390265384649336531611238541242331
1486.86226448890768952311575621580101
1587.812444678678187247-11575771580271
1692.942623441729317636-11718561721951
1789.331953125092851239-11815281818361
1892.112603501728717636-11815521819061
1987.68296490574475793611849991854851
2081.83210556808828143711863381868711
2190.56207308707797108611865651868711
Short-link