<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL844220.3	1	GGCCAGGCTGGCCTTGAACTTCTGACCTCAGGTGATCAGCCCACCTTGGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	50929	GGCCAGGCTGGCCTTGAACTTCTGACCTCAGGTGATCAGCCCACCTTGGC	50978

AL844220.3	51	CTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCTGGCCATGTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	50979	CTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCTGGCCATGTG	51028

AL844220.3	101	TTGTTATAAGGCAGTAAATTTGTGGTAATTTTTGTGGAGTAATGGATAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51029	TTGTTATAAGGCAGTAAATTTGTGGTAATTTTTGTGGAGTAATGGATAAT	51078

AL844220.3	151	GAATACAATTGTATATTAGTCATTTTTGTATAAGCCTCACTTCTTTGGGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51079	GAATACAATTGTATATTAGTCATTTTTGTATAAGCCTCACTTCTTTGGGT	51128

AL844220.3	201	GAGCAGGGATCATATTCTGTCTGTGTCCTCATGTCTAGAACAGTGTCTGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51129	GAGCAGGGATCATATTCTGTCTGTGTCCTCATGTCTAGAACAGTGTCTGG	51178

AL844220.3	251	CTCATAGCTGGTGTCCAGTAAAATTTTAAATGTATGTATAAGTGAACTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51179	CTCATAGCTGGTGTCCAGTAAAATTTTAAATGTATGTATAAGTGAACTAA	51228

AL844220.3	301	TAAGAAAGCATAAGGAAGGGCTCTTCTCAATCCTCTGATTAAAAAGAGCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51229	TAAGAAAGCATAAGGAAGGGCTCTTCTCAATCCTCTGATTAAAAAGAGCC	51278

AL844220.3	351	ATCAATTACCTTATAATCAGTATTTATTGAGCCTTTGCCAAAGTAGTCAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51279	ATCAATTACCTTATAATCAGTATTTATTGAGCCTTTGCCAAAGTAGTCAA	51328

AL844220.3	401	TACCATACTGAGAGGTATAAGGAATAAAACATGGCCACAATTATAAAACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51329	TACCATACTGAGAGGTATAAGGAATAAAACATGGCCACAATTATAAAACA	51378

AL844220.3	451	AGCCACGTGGTGGTGCAAAGAGTGAAAACTACAGGGTCAGACTTGAGTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51379	AGCCACGTGGTGGTGCAAAGAGTGAAAACTACAGGGTCAGACTTGAGTTT	51428

AL844220.3	501	AGGTCTTGGTCCTGACACCTAATGCCTCTGTAACCTTGGGCAAATTACTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51429	AGGTCTTGGTCCTGACACCTAATGCCTCTGTAACCTTGGGCAAATTACTT	51478

AL844220.3	551	AGCCTCTCTGAACCTCTGTACTCCCCCCTCTAAAATAAGGGTTATGGTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51479	AGCCTCTCTGAACCTCTGTACTCCCCCCTCTAAAATAAGGGTTATGGTAC	51528

AL844220.3	601	CTGTGGCCTGGGATTGTTGTCAAAATTAAATACATGCTGAGTGTCTGCTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51529	CTGTGGCCTGGGATTGTTGTCAAAATTAAATACATGCTGAGTGTCTGCTA	51578

AL844220.3	651	AAGTGTCTAAAACGTAAACATTCAAATATGTTCATTTTATCTTTTTTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51579	AAGTGTCTAAAACGTAAACATTCAAATATGTTCATTTTATCTTTTTTTTT	51628

AL844220.3	701	TTTTTGGTGTATTCTGGCTTTATTGTTATTTTTTTTAAATTATACTTTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51629	TTTTTGGTGTATTCTGGCTTTATTGTTATTTTTTTTAAATTATACTTTAA	51678

AL844220.3	751	GTTCTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTTGTTACATATGTATACAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51679	GTTCTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTTGTTACATATGTATACAT	51728

AL844220.3	801	GTGCCATGTTGGTGTGCTGCACCCATTAACTTGTCATTTACATTGGGTAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51729	GTGCCATGTTGGTGTGCTGCACCCATTAACTTGTCATTTACATTGGGTAT	51778

AL844220.3	851	TTCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCAAAACAGGCCCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51779	TTCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCAAAACAGGCCCTG	51828

AL844220.3	901	GTGTGTGATGTTCCCCACCCTGTGTCCAAGTGATCTCATTGTTCAATTCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51829	GTGTGTGATGTTCCCCACCCTGTGTCCAAGTGATCTCATTGTTCAATTCC	51878

AL844220.3	951	CACCAATGAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTTTTCTGTCCTTGCGATAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51879	CACCAATGAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTTTTCTGTCCTTGCGATAGT	51928

AL844220.3	1001	TTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCAACCATGTCCCTAAAAAGGACAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51929	TTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCAACCATGTCCCTAAAAAGGACAT	51978

AL844220.3	1051	GAACTCATCCTTTTTCATTTCATCTTTTTTTAAAAAAACCACTTCCCCTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	51979	GAACTCATCCTTTTTCATTTCATCTTTTTTTAAAAAAACCACTTCCCCTT	52028

AL844220.3	1101	TTGAAATGAAATATGGAATGATAAAAAAATTTTAAATAAATTCCACTTCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52029	TTGAAATGAAATATGGAATGATAAAAAAATTTTAAATAAATTCCACTTCA	52078

AL844220.3	1151	CCATCCAGAAGTTTATAATTTAGCTGTGGAACTATGACTAAACAGCTACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52079	CCATCCAGAAGTTTATAATTTAGCTGTGGAACTATGACTAAACAGCTACA	52128

AL844220.3	1201	GAATAAGAAGAGAGCGTGTAACTGCACTGAATTAGGTATCACAGAGGCTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52129	GAATAAGAAGAGAGCGTGTAACTGCACTGAATTAGGTATCACAGAGGCTA	52178

AL844220.3	1251	AGTGCCCTGGGAATTCAGAGGAAAGAAACAGCGAGCCTGGGAAAGTCAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52179	AGTGCCCTGGGAATTCAGAGGAAAGAAACAGCGAGCCTGGGAAAGTCAGG	52228

AL844220.3	1301	GTAGGTTTTGTGGGGGAGGTGGGGATTGGACAAGTGGGAGAGGAAGGTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52229	GTAGGTTTTGTGGGGGAGGTGGGGATTGGACAAGTGGGAGAGGAAGGTGA	52278

AL844220.3	1351	GAACATTCTAGGTCACAATAACCACATGAATGAAAGCATAGAGGTAGGAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52279	GAACATTCTAGGTCACAATAACCACATGAATGAAAGCATAGAGGTAGGAA	52328

AL844220.3	1401	AAAGCCACGGTACCTTTGTAGGAGTGTGAGGAAACCAACCTGGTTAGGCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52329	AAAGCCACGGTACCTTTGTAGGAGTGTGAGGAAACCAACCTGGTTAGGCT	52378

AL844220.3	1451	GGAATGTTCAGGAATGGGGAAGACGAGAAGTCAACAGGCTAAATGGATGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52379	GGAATGTTCAGGAATGGGGAAGACGAGAAGTCAACAGGCTAAATGGATGA	52428

AL844220.3	1501	CACCAAGACATAGTGAGGTTTCTGAGTCAGGAATGAAGGGAGAAGTGGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52429	CACCAAGACATAGTGAGGTTTCTGAGTCAGGAATGAAGGGAGAAGTGGTG	52478

AL844220.3	1551	TTTAATGAAAGCCAGTCTGGATCGTTTGCACAAGAAGGACTGGGACAGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52479	TTTAATGAAAGCCAGTCTGGATCGTTTGCACAAGAAGGACTGGGACAGAG	52528

AL844220.3	1601	AGTTGGGGGCTGGAAGGAGAGGGGAGGAGAAAGAGCCTAGTGCAGATGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52529	AGTTGGGGGCTGGAAGGAGAGGGGAGGAGAAAGAGCCTAGTGCAGATGTT	52578

AL844220.3	1651	CAGAAAAAAGGTATAGTTATTTGGCAAGAAGCTGCAGATCTCAGAGAAAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52579	CAGAAAAAAGGTATAGTTATTTGGCAAGAAGCTGCAGATCTCAGAGAAAC	52628

AL844220.3	1701	ATAAGATCCCAAATCTAAGAGCAAGACATTAGCCAAGGAAAGAACACCCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52629	ATAAGATCCCAAATCTAAGAGCAAGACATTAGCCAAGGAAAGAACACCCC	52678

AL844220.3	1751	TGAAAGTGACAGCTAGCAATTTCTGCATCCCAGATGGAGTTAATGTCACC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52679	TGAAAGTGACAGCTAGCAATTTCTGCATCCCAGATGGAGTTAATGTCACC	52728

AL844220.3	1801	AAGAGAACTTGTACTAGGAGTAGGAGGAGACTGACAGCCCCCAGGGTCTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52729	AAGAGAACTTGTACTAGGAGTAGGAGGAGACTGACAGCCCCCAGGGTCTC	52778

AL844220.3	1851	TCCTCAGGAGAGAATTCAGTTATACTGAAGATGCCTTCCAGGCCCCCCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52779	TCCTCAGGAGAGAATTCAGTTATACTGAAGATGCCTTCCAGGCCCCCCTT	52828

AL844220.3	1901	GGTCCCTTCTGACGTCACCACAGATGATCAGGCCAGGGGTGGGAGTCTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52829	GGTCCCTTCTGACGTCACCACAGATGATCAGGCCAGGGGTGGGAGTCTGA	52878

AL844220.3	1951	ACAGCAGATAATTGGCCAAACAAGTCTATGAGGTCACCTGTCAAGGAAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322644.8	52879	ACAGCAGATAATTGGCCAAACAAGTCTATGAGGTCACCTGTCAAGGAAGA	52928

Overview

Query
AL844220.3 - 152298 bps
Hit
BX322644.8 - 52928 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link