<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL929337.9	1	GAATTCAAAAAACAGTATGCGAGAAGTACCCGGATGACTTACTACTTCCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	173984	GAATTCAAAAAACAGTATGCGAGAAGTACCCGGATGACTTACTACTTCCG	174033

AL929337.9	51	GCAAGATTCTGGAGTGCGCATCCCATGCATGCTGCGCTATCCCATGATGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174034	GCAAGATTCTGGAGTGCGCATCCCATGCATGCTGCGCTATCCCATGATGC	174083

AL929337.9	101	CCCGCAAGCGAATTCATGAATGGGAGTAAAGCAACGTAAAATACGCAGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174084	CCCGCAAGCGAATTCATGAATGGGAGTAAAGCAACGTAAAATACGCAGGT	174133

AL929337.9	151	ACGTCACGTGACTATGTCAAAATGGCGGATGTAGTACGTCCAAATACCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174134	ACGTCACGTGACTATGTCAAAATGGCGGATGTAGTACGTCCAAATACCAT	174183

AL929337.9	201	TCATACTTTTCACATTTATACTGTATAGAGCAGTGGTTCTCAAACTGTGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174184	TCATACTTTTCACATTTATACTGTATAGAGCAGTGGTTCTCAAACTGTGG	174233

AL929337.9	251	TACATGTACCACTGGTGGTACGCAGGCTTCCTTCTAGTGGTACGCAGAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174234	TACATGTACCACTGGTGGTACGCAGGCTTCCTTCTAGTGGTACGCAGAGG	174283

AL929337.9	301	AATGAAATATGTCATGTACATGCTACACACTTTTCAAAATTTACCAACAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174284	AATGAAATATGTCATGTACATGCTACACACTTTTCAAAATTTACCAACAA	174333

AL929337.9	351	TACTGGATATAATATGCCAAATAGGACATATAGCCTATATTTCTGAGGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174334	TACTGGATATAATATGCCAAATAGGACATATAGCCTATATTTCTGAGGTA	174383

AL929337.9	401	TTCTGCCACGTTTTTTTAACTGTGCAGAGTTGTAGCTGCTTTACTGGGCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174384	TTCTGCCACGTTTTTTTAACTGTGCAGAGTTGTAGCTGCTTTACTGGGCC	174433

AL929337.9	451	TACTACGCTACTGTATTTCAATACTGCTCATTTTGTTGGTACTAGGAGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174434	TACTACGCTACTGTATTTCAATACTGCTCATTTTGTTGGTACTAGGAGAG	174483

AL929337.9	501	ACAATTTTTTTCTGAGGTTGTACTTGATGAAAAAAGTTTGAAAACCACTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174484	ACAATTTTTTTCTGAGGTTGTACTTGATGAAAAAAGTTTGAAAACCACTG	174533

AL929337.9	551	GTATAGAGTGTACTTTTCTAACGGCCGAGTAGTACGTTTAAATTTAAATG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174534	GTATAGAGTGTACTTTTCTAACGGCCGAGTAGTACGTTTAAATTTAAATG	174583

AL929337.9	601	CAGTACCAACTGAGTAGTAGGTGATTTCGGACGCAGCCTCTGTCTCTGCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174584	CAGTACCAACTGAGTAGTAGGTGATTTCGGACGCAGCCTCTGTCTCTGCT	174633

AL929337.9	651	AACCCTAACCTTTCGGTTAATTGTTAGTTGATTATTTTGAGCATCCCTAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174634	AACCCTAACCTTTCGGTTAATTGTTAGTTGATTATTTTGAGCATCCCTAT	174683

AL929337.9	701	TAGCCCTACATATTTCGTACTCCTCATTGTGTATGTGCAAGAACTGTCAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174684	TAGCCCTACATATTTCGTACTCCTCATTGTGTATGTGCAAGAACTGTCAA	174733

AL929337.9	751	CAACACTTCCTTAGACAATCTCAGAAACCCACAGAGATGTGCCTTTTTAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174734	CAACACTTCCTTAGACAATCTCAGAAACCCACAGAGATGTGCCTTTTTAA	174783

AL929337.9	801	GGCTTAAAAATAAATCAGGCAAATTCGGCTGGTGTTTTTAAATCTCCTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174784	GGCTTAAAAATAAATCAGGCAAATTCGGCTGGTGTTTTTAAATCTCCTAA	174833

AL929337.9	851	AATATCCAGGGGACGGCTTTAGCGTTTGCTTTTTTTAAATTTTTTTTTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174834	AATATCCAGGGGACGGCTTTAGCGTTTGCTTTTTTTAAATTTTTTTTTTA	174883

AL929337.9	901	TTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTGAGTTTTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174884	TTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTGAGTTTTTG	174933

AL929337.9	951	CATAATAGATTCTTTAATCTAAACATTTCAAAAAAACTTCACTAAACACC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174934	CATAATAGATTCTTTAATCTAAACATTTCAAAAAAACTTCACTAAACACC	174983

AL929337.9	1001	CAGAGATGACTAAATGACACCTAAACTAGCTGCTAAATATATGTACACCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	174984	CAGAGATGACTAAATGACACCTAAACTAGCTGCTAAATATATGTACACCA	175033

AL929337.9	1051	TTAAAAATGGTCAATCAACTCATTCGCCTTATTTTGATAATATACAACAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175034	TTAAAAATGGTCAATCAACTCATTCGCCTTATTTTGATAATATACAACAG	175083

AL929337.9	1101	GCATGTCTAAACCCGGTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCAAAGTTTAGTTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175084	GCATGTCTAAACCCGGTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCAAAGTTTAGTTC	175133

AL929337.9	1151	CAACCCCAGTGAGACACACCTGGGCTGGCTAATCAAGCTTTTACTAGGCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175134	CAACCCCAGTGAGACACACCTGGGCTGGCTAATCAAGCTTTTACTAGGCT	175183

AL929337.9	1201	TTCTAAACATCCTTGCAGGTGTGCTGAGGCAAGTTAGAGCTAAAATCTGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175184	TTCTAAACATCCTTGCAGGTGTGCTGAGGCAAGTTAGAGCTAAAATCTGC	175233

AL929337.9	1251	AGGATGCTGGCCCTCCAGGACCGAGTTTGGACACCCCTAATCTACACTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175234	AGGATGCTGGCCCTCCAGGACCGAGTTTGGACACCCCTAATCTACACTTT	175283

AL929337.9	1301	ATACTAATAATTATTTAATTATTTTTAAAATAATATCTATTTTAGATATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175284	ATACTAATAATTATTTAATTATTTTTAAAATAATATCTATTTTAGATATA	175333

AL929337.9	1351	TTGTCTGTTTTTATTTATTTTTTTCTGTAATTTATTACTCATTTGCTGTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175334	TTGTCTGTTTTTATTTATTTTTTTCTGTAATTTATTACTCATTTGCTGTA	175383

AL929337.9	1401	TATGTTAATAATTTGATGATGTTTATATATTACATGAGTTATACATATCG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175384	TATGTTAATAATTTGATGATGTTTATATATTACATGAGTTATACATATCG	175433

AL929337.9	1451	GAAAAATGCTTTGGCAATACTGCACTAAATGTCATGCCAATAAACATTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175434	GAAAAATGCTTTGGCAATACTGCACTAAATGTCATGCCAATAAACATTTG	175483

AL929337.9	1501	CAACCTGAACTTAATAAATAAAAGTATTGTTAAAAATCACATAATTTTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175484	CAACCTGAACTTAATAAATAAAAGTATTGTTAAAAATCACATAATTTTTT	175533

AL929337.9	1551	GTCACATACATATAACCATTAATGTGCCATGAGTAAAGGATGTGTTTCAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175534	GTCACATACATATAACCATTAATGTGCCATGAGTAAAGGATGTGTTTCAA	175583

AL929337.9	1601	TCCGGCTACCAACACAAGTATATTTCAAACTCGAGGGAAGCACTGTAAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175584	TCCGGCTACCAACACAAGTATATTTCAAACTCGAGGGAAGCACTGTAAAA	175633

AL929337.9	1651	TTATAGATATTGCTATGGATTTAGTTGATAGTTATGTGTTTTTACAAAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175634	TTATAGATATTGCTATGGATTTAGTTGATAGTTATGTGTTTTTACAAAAT	175683

AL929337.9	1701	ATTTGTTTTGTTTAATAAACAACTGATTCCATTCCTTCCAAGCCATGATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175684	ATTTGTTTTGTTTAATAAACAACTGATTCCATTCCTTCCAAGCCATGATT	175733

AL929337.9	1751	CCATATGTTCATATACATTTTTATTGCACACAAAACCATTGCTAAAAACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175734	CCATATGTTCATATACATTTTTATTGCACACAAAACCATTGCTAAAAACT	175783

AL929337.9	1801	TCAGAAGATTTTATGATTCCTGATGTTGCTGATAGCATATTGTAGCACTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175784	TCAGAAGATTTTATGATTCCTGATGTTGCTGATAGCATATTGTAGCACTT	175833

AL929337.9	1851	GTTGATTTGACATATCAATCAAATCAATCCCAAACCAAAGTTTAGTTTCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175834	GTTGATTTGACATATCAATCAAATCAATCCCAAACCAAAGTTTAGTTTCT	175883

AL929337.9	1901	GTTTATAGTTTAGTTCATAGTTTCTGTTATAAACATATTGCATATTCATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175884	GTTTATAGTTTAGTTCATAGTTTCTGTTATAAACATATTGCATATTCATT	175933

AL929337.9	1951	TGTGTGAGTTTGTGCACCTACTTTACTTCCTGCCTGAGTATACAGGTGCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322604.9	175934	TGTGTGAGTTTGTGCACCTACTTTACTTCCTGCCTGAGTATACAGGTGCT	175983

Overview

Query
AL929337.9 - 176736 bps
Hit
BX322604.9 - 175983 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193020001200011739841759831
286.04123225172606172830-1851787381
386.99144247145947146193-135327355721
486.4322241087219130163785642041
585.33132264172596172859-174936751941
691.26187271104959105229174936751981
782.32133411119678120088193581939931
889.65152262156838157099193733939931
982.32132382620876246811158421162371
1086.9521142712853412896011158421162781
1186.61181363928349319611159011162661
1289.316127014826514853411160081162781
1383.43129353620576240911503461507131
1482.8517647712850412898011503461508231
1581.76162511137538138048-11503771508751
1684.26172421928309325011504331508451
1783.3618648012850012897911560351565151
1887.13161315156838157152-11560381563401
1988.66129228119833120060-11561071563441
2084.95195427928249325011561071565381
2185.71120244327593300211561091563531
2282.0514342014818814860711561351565741
2392.43234320231550-11587881591041
Short-link