<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005403.15	1	TTGTGCAGTGTTCATTTCACATAGATACATTTAAGTGCATAGACTATATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56026	TTGTGCAGTGTTCATTTCACATAGATACATTTAAGTGCATAGACTATATA	56075

BX005403.15	51	ATACAACCCTTACACTTGTCTCCTTAAAACAAAACTAAAATGATCTTAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56076	ATACAACCCTTACACTTGTCTCCTTAAAACAAAACTAAAATGATCTTAGT	56125

BX005403.15	101	GTCATCCATTTCCAAACGTTATGTGTGTATGTGTTATATGTGTTTTGATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56126	GTCATCCATTTCCAAACGTTATGTGTGTATGTGTTATATGTGTTTTGATT	56175

BX005403.15	151	TTTTTTAAGTCAATACAATAAAAAAAATGCCAGCATAGTAGAAGAACCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56176	TTTTTTAAGTCAATACAATAAAAAAAATGCCAGCATAGTAGAAGAACCCT	56225

BX005403.15	201	TGTAATAATGAAGATTTGAGTGCTGAAAATACAAATGTTTTATAATATTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56226	TGTAATAATGAAGATTTGAGTGCTGAAAATACAAATGTTTTATAATATTA	56275

BX005403.15	251	AAAGTAGAATTTTACATTTGTTGTGCATTGCTTGCAGGTGATTTTAAAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56276	AAAGTAGAATTTTACATTTGTTGTGCATTGCTTGCAGGTGATTTTAAAGA	56325

BX005403.15	301	TGGATAAACAGGGTAATGGATTGGAGATTGAGCAGTGTCACCTGGGCCGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56326	TGGATAAACAGGGTAATGGATTGGAGATTGAGCAGTGTCACCTGGGCCGA	56375

BX005403.15	351	TGCAAATCTCTTGGCAACATCTTCACAGAGGAGAAGTTTCGATATATGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56376	TGCAAATCTCTTGGCAACATCTTCACAGAGGAGAAGTTTCGATATATGTG	56425

BX005403.15	401	CATCCTCTCTGGCTGTGACTACTTGCAGTCTCTGTATGGTATTGGTCTGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56426	CATCCTCTCTGGCTGTGACTACTTGCAGTCTCTGTATGGTATTGGTCTGG	56475

BX005403.15	451	GAAAAGCATGCAAGCTGCTCAGGATGGCAAATAACCCTGATATCCTGAAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56476	GAAAAGCATGCAAGCTGCTCAGGATGGCAAATAACCCTGATATCCTGAAG	56525

BX005403.15	501	GTGAGAATAAGAAATCTGGTTATAAATATAGACATGGTACAATAACATGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56526	GTGAGAATAAGAAATCTGGTTATAAATATAGACATGGTACAATAACATGA	56575

BX005403.15	551	AGTTGTTGAAATATTTCTAAAACAACATGTTTTATGACATCCTTTTCATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56576	AGTTGTTGAAATATTTCTAAAACAACATGTTTTATGACATCCTTTTCATT	56625

BX005403.15	601	TTGGTAATATTTCTTTAAGACACACTGCTATGTTTATGCACCTTTAACCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56626	TTGGTAATATTTCTTTAAGACACACTGCTATGTTTATGCACCTTTAACCA	56675

BX005403.15	651	CCTTTAAATCTTTGCTTTTTAATCTATTGAATTACTCACAAATGTGCTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56676	CCTTTAAATCTTTGCTTTTTAATCTATTGAATTACTCACAAATGTGCTTA	56725

BX005403.15	701	ATTTCTGTTCCATCTGTTCAGTCAATCCGAAATATATTATAGAAACAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56726	ATTTCTGTTCCATCTGTTCAGTCAATCCGAAATATATTATAGAAACAAAA	56775

BX005403.15	751	CATTTAATAAAAAAAAGGTTTATCCTAAAACTATATAAATGTTCCACACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56776	CATTTAATAAAAAAAAGGTTTATCCTAAAACTATATAAATGTTCCACACA	56825

BX005403.15	801	GGTGATCAAGAAGATGGGGCAGTATTTGAAGATGGACATTTCAGTTCCAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56826	GGTGATCAAGAAGATGGGGCAGTATTTGAAGATGGACATTTCAGTTCCAG	56875

BX005403.15	851	AAGAATACATTGAGGGTTTCACAAAAGCCAACAACACATTTTTGTATCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56876	AAGAATACATTGAGGGTTTCACAAAAGCCAACAACACATTTTTGTATCAG	56925

BX005403.15	901	CTGGTCTTTGACCCCTTGAGGAGAAAGGTGGTACCTTTGAACCCTTATCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56926	CTGGTCTTTGACCCCTTGAGGAGAAAGGTGGTACCTTTGAACCCTTATCC	56975

BX005403.15	951	AGATCACATTAATCCTGCTGCCCTCAGCTATGCTGGAACGTATCTTTCAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	56976	AGATCACATTAATCCTGCTGCCCTCAGCTATGCTGGAACGTATCTTTCAC	57025

BX005403.15	1001	GCAATCATAAACAGAAACTGTTCAACTTAAATAAATAAAAATGTATAGGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57026	GCAATCATAAACAGAAACTGTTCAACTTAAATAAATAAAAATGTATAGGT	57075

BX005403.15	1051	ATTACAGATGTTGGAGCTGTTTTCAAATGTCTATGTTTATGTTACAACAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57076	ATTACAGATGTTGGAGCTGTTTTCAAATGTCTATGTTTATGTTACAACAT	57125

BX005403.15	1101	ACAAATTGTCTGTCTGCAAATTTAACTTAACCAATTTATTCAGTAACGTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57126	ACAAATTGTCTGTCTGCAAATTTAACTTAACCAATTTATTCAGTAACGTA	57175

BX005403.15	1151	GGTGATGAGAAAGGGCTGCAAATGGCTCTTGGGAACCTGGACATTAACAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57176	GGTGATGAGAAAGGGCTGCAAATGGCTCTTGGGAACCTGGACATTAACAC	57225

BX005403.15	1201	AATGCAAAGAATAGATGACTTTAACCCTGACGCTCCTCAAACTCAGGTAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57226	AATGCAAAGAATAGATGACTTTAACCCTGACGCTCCTCAAACTCAGGTAA	57275

BX005403.15	1251	TCTGATTCTGTCTTTACTTGAATCTACATTTATTTTAATATCAAAGAACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57276	TCTGATTCTGTCTTTACTTGAATCTACATTTATTTTAATATCAAAGAACA	57325

BX005403.15	1301	ATTTTAGCACTAAGTATTATTATAGTTATTTGAAAGAGCTTTTTCTATAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57326	ATTTTAGCACTAAGTATTATTATAGTTATTTGAAAGAGCTTTTTCTATAT	57375

BX005403.15	1351	TTTGGTTTTAGTCATTTTATGTTTTGTCATTTTTTTTCAGCCACCTAAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57376	TTTGGTTTTAGTCATTTTATGTTTTGTCATTTTTTTTCAGCCACCTAAAG	57425

BX005403.15	1401	CTCCTCGCAGTAGTTCCTGGAATGACAGATGTGACAAAACTGCCACAACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57426	CTCCTCGCAGTAGTTCCTGGAATGACAGATGTGACAAAACTGCCACAACA	57475

BX005403.15	1451	CAGGCAAGCATTTGGAGCCAGAACTATGAACCAGGTTGCACCAAGCCACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57476	CAGGCAAGCATTTGGAGCCAGAACTATGAACCAGGTTGCACCAAGCCACA	57525

BX005403.15	1501	GTCTCCTACCTCCCCTAAAAGACCACCACCCACCCGGGGCAAAGAGAGGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57526	GTCTCCTACCTCCCCTAAAAGACCACCACCCACCCGGGGCAAAGAGAGGA	57575

BX005403.15	1551	TTGTTAGTGTGCAGAGTCTAAAGTTGCCCCAGAGAGAGTCACAGGTGAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57576	TTGTTAGTGTGCAGAGTCTAAAGTTGCCCCAGAGAGAGTCACAGGTGAAA	57625

BX005403.15	1601	AGACCCCGTGAAGGTAAACAGACTGCAGTGCAATGATTATGAATTTTGAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57626	AGACCCCGTGAAGGTAAACAGACTGCAGTGCAATGATTATGAATTTTGAC	57675

BX005403.15	1651	ACACGCCAAGCCATGTTTATATCTTATATTCTCTTTTGTTCTCTCCTGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57676	ACACGCCAAGCCATGTTTATATCTTATATTCTCTTTTGTTCTCTCCTGAA	57725

BX005403.15	1701	AGACACAAGTCTCTCTGTGGATGACCTGTTAGAACAGTACACGGCTGGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57726	AGACACAAGTCTCTCTGTGGATGACCTGTTAGAACAGTACACGGCTGGTG	57775

BX005403.15	1751	TAAAGAGACACTGTCCTGAAACTCAGCCCACAACTAAGCCGCTGACTAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57776	TAAAGAGACACTGTCCTGAAACTCAGCCCACAACTAAGCCGCTGACTAAT	57825

BX005403.15	1801	GATAACATGGTTTCTAAGGAGAATCATTGTGGCAGCACATCTGGACCATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57826	GATAACATGGTTTCTAAGGAGAATCATTGTGGCAGCACATCTGGACCATC	57875

BX005403.15	1851	TCGTCCTCGAAATCGCTTTGCAACCCTCTTGCAGTGGAGAAACCGATCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57876	TCGTCCTCGAAATCGCTTTGCAACCCTCTTGCAGTGGAGAAACCGATCAG	57925

BX005403.15	1901	AAGAGGGCACTGAAGAGCAGGGCACATGCAGCAGGTACTAGAGCATGATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57926	AAGAGGGCACTGAAGAGCAGGGCACATGCAGCAGGTACTAGAGCATGATG	57975

BX005403.15	1951	GGAAGTATAACGCAGCAATCACAAATTACTAAAGCGTACTGCCAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322571.5	57976	GGAAGTATAACGCAGCAATCACAAATTACTAAAGCGTACTGCCAAAGCTT	58025

Overview

Query
BX005403.15 - 74369 bps
Hit
BX322571.5 - 58025 bps
Total alignments
31
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001953200012000156026580251
286.11531081015010257135623357301
397.09681033861938721140406405081
490.35381133848638598-146369464821
597.12541044027640379146378464811
692.08321013848438584146381464811
795.9640992172221820-146385464831
895.9640992172321821146385464831
910038793424134319146385464631
1010038793424134319-146386464641
1198.9647964028440379-146386464811
1298.8442861555715642-146397464821
1398.8543871555715643146397464831
1498.7335794028340361148983490611
1598.7235781555815635-148984490611
1697.4432782173221809-148984490611
1797.5934834027940361-148984490661
1897.6235841556415647148984490671
1996.3931832174421826148984490661
2098.7335793424234320148984490621
2110037763424634321-148986490611
2210035723848338554148988490591
2310035723848338554-148990490611
2496.23381052173121835-154077541821
2510046944028340376154089541821
2698.9748974027940375-154090541861
2796401002172721826154091541901
2810038793424134319154091541691
2910042861555715642-154097541821
3098.9446941555715650154097541901
3198.841833423734319-154102541841
Short-link