<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR352254.6	1	TTTTAAAGGAATATGTAATTTAAGATTGATTGGGATATTTTGTGTAGGTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	156982	TTTTAAAGGAATATGTAATTTAAGATTGATTGGGATATTTTGTGTAGGTC	157031

CR352254.6	51	AGCACATCTGGATGAAATACAATAAACCAAAATCACAAGCACTGATAGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157032	AGCACATCTGGATGAAATACAATAAACCAAAATCACAAGCACTGATAGAT	157081

CR352254.6	101	GCGGTAGCAAAGGAACAAATGAAATAAACGGTGCTTTACAGTTTTCTGGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157082	GCGGTAGCAAAGGAACAAATGAAATAAACGGTGCTTTACAGTTTTCTGGG	157131

CR352254.6	151	AGTCTGGAAGTATTCAGGTACATAAACTGAATTATCACAATGTAAAATAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157132	AGTCTGGAAGTATTCAGGTACATAAACTGAATTATCACAATGTAAAATAA	157181

CR352254.6	201	CACTGCACTGTATAAGCTTTATTAAGATTTCATTAAGTCACAAACAATAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157182	CACTGCACTGTATAAGCTTTATTAAGATTTCATTAAGTCACAAACAATAC	157231

CR352254.6	251	AAACTGTTGTGCCCAAAATGTTTAAAACCTTCTTGGAATGCTTTCACAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157232	AAACTGTTGTGCCCAAAATGTTTAAAACCTTCTTGGAATGCTTTCACAGA	157281

CR352254.6	301	CACAGACCATAAAATATATGCAATTTTTGGTACATTTGTGGAGTTACTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157282	CACAGACCATAAAATATATGCAATTTTTGGTACATTTGTGGAGTTACTTC	157331

CR352254.6	351	AAAGTGGAACAATAAATCACGTTATTTTTTAGGTCTCACTTTATATTAAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157332	AAAGTGGAACAATAAATCACGTTATTTTTTAGGTCTCACTTTATATTAAG	157381

CR352254.6	401	TGGCCTTAACTGATATTTACTTACACAAGAATGAATAGTTTGTTACAATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157382	TGGCCTTAACTGATATTTACTTACACAAGAATGAATAGTTTGTTACAATG	157431

CR352254.6	451	TACTTATTGTGTAAATACATTTATCTACTGTGTACTTATGCTTGAATAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157432	TACTTATTGTGTAAATACATTTATCTACTGTGTACTTATGCTTGAATAAA	157481

CR352254.6	501	TACCTGTATGTAACTACACCTGTATTTAACTTCTGTAATTACATTTGTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157482	TACCTGTATGTAACTACACCTGTATTTAACTTCTGTAATTACATTTGTAA	157531

CR352254.6	551	ATACACTGCTGACCATCCCTTACACCTTAACCCACCCTTAAACCTACCCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157532	ATACACTGCTGACCATCCCTTACACCTTAACCCACCCTTAAACCTACCCA	157581

CR352254.6	601	CACCACCAAACCTGTTCATAACCCAACTCCTATCCCAACTTAAGAGCACC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157582	CACCACCAAACCTGTTCATAACCCAACTCCTATCCCAACTTAAGAGCACC	157631

CR352254.6	651	ACAAGTGTACTCAAATATATTTTGAACAAAATAAGTACAAGTATTTATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157632	ACAAGTGTACTCAAATATATTTTGAACAAAATAAGTACAAGTATTTATTT	157681

CR352254.6	701	TTTGATACAAGTACATAGTAGTTAAGGACACTTAATATAAAGTGGGACCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157682	TTTGATACAAGTACATAGTAGTTAAGGACACTTAATATAAAGTGGGACCT	157731

CR352254.6	751	TTGTTTTTTCAATATTTACTAGACTATAATCCTGACTCCACAATTCAGAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157732	TTGTTTTTTCAATATTTACTAGACTATAATCCTGACTCCACAATTCAGAT	157781

CR352254.6	801	CCTGCAATGTGTCTATTGCAAATGCTCTTATTGCGATATCGAAGCTGAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157782	CCTGCAATGTGTCTATTGCAAATGCTCTTATTGCGATATCGAAGCTGAAA	157831

CR352254.6	851	CGATATATTGTGCAGCCCTAATACAAACTAATAGATTTAAATGCACTAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157832	CGATATATTGTGCAGCCCTAATACAAACTAATAGATTTAAATGCACTAAC	157881

CR352254.6	901	TGATAAAAGCACTGCGTTCTGCATTGCATACTGTGATGTTCTAAGTGACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157882	TGATAAAAGCACTGCGTTCTGCATTGCATACTGTGATGTTCTAAGTGACA	157931

CR352254.6	951	AAATAAAGGAAACTGAACTGATTGAACCTTATATTACTAAATACAGCAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157932	AAATAAAGGAAACTGAACTGATTGAACCTTATATTACTAAATACAGCAGA	157981

CR352254.6	1001	AAAGTGTAATACTTAAAAGGGATAGTTCACCCAAAACTGAAAACTGAAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	157982	AAAGTGTAATACTTAAAAGGGATAGTTCACCCAAAACTGAAAACTGAAAT	158031

CR352254.6	1051	CATTTGTTTACACACCCTTCATTTGTCTCAAACCCTGTTTACTTTTCTTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158032	CATTTGTTTACACACCCTTCATTTGTCTCAAACCCTGTTTACTTTTCTTC	158081

CR352254.6	1101	TGTCGAACAAAAAAGAAGATATTTTGAAAAATGTTAGAAATGTGTAACCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158082	TGTCGAACAAAAAAGAAGATATTTTGAAAAATGTTAGAAATGTGTAACCA	158131

CR352254.6	1151	TTGACTTTTCATAGAATTTGTTTATCTTACTATGGATTTCCAACATTTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158132	TTGACTTTTCATAGAATTTGTTTATCTTACTATGGATTTCCAACATTTTT	158181

CR352254.6	1201	CAAAATATCTTCTTTTGTGTCCAACAGAAAAAGTAAACTCATAGACATTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158182	CAAAATATCTTCTTTTGTGTCCAACAGAAAAAGTAAACTCATAGACATTT	158231

CR352254.6	1251	GGAACCCCTTAAGGGCGAGTACTTTTTCATATTTGGGTCAAGTGTGCCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158232	GGAACCCCTTAAGGGCGAGTACTTTTTCATATTTGGGTCAAGTGTGCCTT	158281

CR352254.6	1301	TTATAATGCCTTTTATTAAAAAGATAATTGCAAATAGAACATTAACAAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158282	TTATAATGCCTTTTATTAAAAAGATAATTGCAAATAGAACATTAACAAGC	158331

CR352254.6	1351	TGCGAAGCACTCCAATAGATTTAAATGCACCAATGACCTTTATATTACTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158332	TGCGAAGCACTCCAATAGATTTAAATGCACCAATGACCTTTATATTACTA	158381

CR352254.6	1401	AATACAGCAGAAAAGTGTAATACTTAAAAGGATTGTTCACCCGAAACTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158382	AATACAGCAGAAAAGTGTAATACTTAAAAGGATTGTTCACCCGAAACTGA	158431

CR352254.6	1451	AAACTGTGTCATTTGTTTACACAAACCCTGTTTACTTGTTTTTCTGTTGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158432	AAACTGTGTCATTTGTTTACACAAACCCTGTTTACTTGTTTTTCTGTTGA	158481

CR352254.6	1501	ACAAAATTTTGAAAATTTTGAGATATTTTTAAAACTGTTGTAAACGTGTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158482	ACAAAATTTTGAAAATTTTGAGATATTTTTAAAACTGTTGTAAACGTGTA	158531

CR352254.6	1551	ACCATAGACCTCCATAGAATTTGTTTTCTTTCTATGGAACTCAATGGTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158532	ACCATAGACCTCCATAGAATTTGTTTTCTTTCTATGGAACTCAATGGTAA	158581

CR352254.6	1601	TATGTTTGTAACATTTTTTAAAATATCTCCTTTTGTGTCCAACAGGAAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158582	TATGTTTGTAACATTTTTTAAAATATCTCCTTTTGTGTCCAACAGGAAAA	158631

CR352254.6	1651	AGAAAACTCTGAGATTTGGAACCTATTGGTGTGAGTGAATTTCATTTTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158632	AGAAAACTCTGAGATTTGGAACCTATTGGTGTGAGTGAATTTCATTTTTG	158681

CR352254.6	1701	GGTGAGGTGTCCCTTTCATAATGCATCTTATGAAAAAGTTAATTGTAAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158682	GGTGAGGTGTCCCTTTCATAATGCATCTTATGAAAAAGTTAATTGTAAAT	158731

CR352254.6	1751	AGAACATTTACAAGCTCTGAAGAAATCTAATAGATTTAAATGCACTGATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158732	AGAACATTTACAAGCTCTGAAGAAATCTAATAGATTTAAATGCACTGATA	158781

CR352254.6	1801	AATCATATGTACTACTAAATACCACAGAAAAGCTTAATACTTAGAGAGAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158782	AATCATATGTACTACTAAATACCACAGAAAAGCTTAATACTTAGAGAGAC	158831

CR352254.6	1851	AGTTCACCCAAAAATGAAAACTGTCATTATTTAGTCACCCTTCATTTGTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158832	AGTTCACCCAAAAATGAAAACTGTCATTATTTAGTCACCCTTCATTTGTC	158881

CR352254.6	1901	ACAAACCCTGTATCTTTAAGTTTCTTTTTTTCTGCTGAACACAAAAGGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158882	ACAAACCCTGTATCTTTAAGTTTCTTTTTTTCTGCTGAACACAAAAGGAG	158931

CR352254.6	1951	ATATTTTTAAAAATGTTGGAAATGTGTACCCATTGACTTCCATAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322565.11	158932	ATATTTTTAAAAATGTTGGAAATGTGTACCCATTGACTTCCATAGAATTC	158981

Overview

Query
CR352254.6 - 16353 bps
Hit
BX322565.11 - 158981 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189420001200011569821589811
282.38122112278124981291831261
386.4741591455414712-1303931851
497.473679918292601529553731
572.293731449795292-1936396761
673.034026748415107-1941096761
786.3417347074779-1986199331
897.59388391809262123834239161
997.67398691779262-123843239281
1085.541152391470014938-126135263761
1182.121424421448014921135752361761
1297.53378191829262165276653561
1397.37377691829257-176671767461
1485.72499823942491182706828031
1596.5136869178926311058341059191
1698.7238789180925711098011098781
1797.47367991799257-11098051098831
1890.35631917151211603711152361161571
1982.221383971452414920-11462221466091
2087.9821136838274911548011551661
2189.1961111124531256311551701552801
2293.0257841390147311579601580451
2380.08842651610187411581731584381
2492.865986979106411583711584541
2580822661192145711585911588551
Short-link