<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX004979.8	1	AAGCTTGTGTTCTAGACTACACACAGACTTTTATTTGGTAACTTTAATAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	57594	AAGCTTGTGTTCTAGACTACACACAGACTTTTATTTGGTAACTTTAATAT	57643

BX004979.8	51	GGTCATAAAGTCATTCATTTACAGTCATGAGGTGATGGTTGAGGATTGGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	57644	GGTCATAAAGTCATTCATTTACAGTCATGAGGTGATGGTTGAGGATTGGC	57693

BX004979.8	101	AGAGATATGTGAATCTCTTTCTCCTGCTATGACAGTTTTCCCTCCCCCTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	57694	AGAGATATGTGAATCTCTTTCTCCTGCTATGACAGTTTTCCCTCCCCCTA	57743

BX004979.8	151	CTATTAATCCACCCACCATATTTAACGATAACGTCACAGTTTACAGTTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	57744	CTATTAATCCACCCACCATATTTAACGATAACGTCACAGTTTACAGTTTT	57793

BX004979.8	201	AAAACGTTCACAAATCAAACTGAAGGCTTTGAGGAGCGAGTGTGGATGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	57794	AAAACGTTCACAAATCAAACTGAAGGCTTTGAGGAGCGAGTGTGGATGAG	57843

BX004979.8	251	CCGAGCCAGTTGGAGACTCTGAAAGGAGGCCAGATCCTCCTGCAGCTACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	57844	CCGAGCCAGTTGGAGACTCTGAAAGGAGGCCAGATCCTCCTGCAGCTACT	57893

BX004979.8	301	TCTCCTGTGTCTGCAATGGATGAGGCTTGTGCTGTGGCTCAGTGGGGGGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	57894	TCTCCTGTGTCTGCAATGGATGAGGCTTGTGCTGTGGCTCAGTGGGGGGT	57943

BX004979.8	351	GAAATGTTACAAGCTCTTCAAAGCACATCCCAAACTGAACCTCACTGACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	57944	GAAATGTTACAAGCTCTTCAAAGCACATCCCAAACTGAACCTCACTGACT	57993

BX004979.8	401	GGCACCACAGATTTCACATCACAGGCCGACGCGGAGCGAGCCGCTGACTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	57994	GGCACCACAGATTTCACATCACAGGCCGACGCGGAGCGAGCCGCTGACTT	58043

BX004979.8	451	TGAAGTCTCCAGGAGGAACACAGACTGTCTGCTCTCGGCTTTAGGCAGTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58044	TGAAGTCTCCAGGAGGAACACAGACTGTCTGCTCTCGGCTTTAGGCAGTA	58093

BX004979.8	501	GACGCTGGTGGACAGCAGGAAGAGGAAAGAGAATTACCTTGTGTGATATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58094	GACGCTGGTGGACAGCAGGAAGAGGAAAGAGAATTACCTTGTGTGATATG	58143

BX004979.8	551	GGCACTAATGTTCTCCTAAATAGCACAGAAGTGTTTTCACTGAAAACCTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58144	GGCACTAATGTTCTCCTAAATAGCACAGAAGTGTTTTCACTGAAAACCTA	58193

BX004979.8	601	TGCACAAAGAGAAACTTTTACTAAAGTGTTCAGCTGAGAGTAAGGGCAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58194	TGCACAAAGAGAAACTTTTACTAAAGTGTTCAGCTGAGAGTAAGGGCAAG	58243

BX004979.8	651	GTTGACCTCTTTGCTTTGTGTGATATCAGCATGATAACTAACTATGCATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58244	GTTGACCTCTTTGCTTTGTGTGATATCAGCATGATAACTAACTATGCATA	58293

BX004979.8	701	CAATGATTGGTAGATGGGGAGGAGCGGAGTCTTTGCCGTACTCACACTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58294	CAATGATTGGTAGATGGGGAGGAGCGGAGTCTTTGCCGTACTCACACTAT	58343

BX004979.8	751	GTACAGTTGCCTCGAACCGGGCCAAAGCACGCTTGAGGAGGTCTGCTGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58344	GTACAGTTGCCTCGAACCGGGCCAAAGCACGCTTGAGGAGGTCTGCTGAA	58393

BX004979.8	801	GGTGCGCAGCTGTCGTGCAGTGAGGGGTTTGCGTATTTAATACACAGCGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58394	GGTGCGCAGCTGTCGTGCAGTGAGGGGTTTGCGTATTTAATACACAGCGG	58443

BX004979.8	851	CAGTTTGTGTTCACTGAACAGTAAGAATGATTAATAAATCCATATGAAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58444	CAGTTTGTGTTCACTGAACAGTAAGAATGATTAATAAATCCATATGAAAC	58493

BX004979.8	901	AGTCCCTTAAAAGTTACGTCTCGCTTTCAGTTTCGGGCTGAAAGCCCAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58494	AGTCCCTTAAAAGTTACGTCTCGCTTTCAGTTTCGGGCTGAAAGCCCAAG	58543

BX004979.8	951	TGAACCGTGCTCAGGCCCACCTCTTCCAACCGGGCCAGGGCCGGCCAAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58544	TGAACCGTGCTCAGGCCCACCTCTTCCAACCGGGCCAGGGCCGGCCAAGT	58593

BX004979.8	1001	GAACCGTGCTTGAGCCCGATTCAGCGCACTCACACTTCTCAAACAATCCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58594	GAACCGTGCTTGAGCCCGATTCAGCGCACTCACACTTCTCAAACAATCCA	58643

BX004979.8	1051	TGAAACGGGCCTGGGCACGGTATAGATGGCGTTGTGTGAGTAGGCCGTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58644	TGAAACGGGCCTGGGCACGGTATAGATGGCGTTGTGTGAGTAGGCCGTTT	58693

BX004979.8	1101	GTCAGAGATTAGGGCCCCATTTACACTGATATGTTTTTGTTTTAAAACAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58694	GTCAGAGATTAGGGCCCCATTTACACTGATATGTTTTTGTTTTAAAACAG	58743

BX004979.8	1151	CATTTAAGAATAAAAACATTTAGAATTATGCAGCTACACGATGCTTCAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58744	CATTTAAGAATAAAAACATTTAGAATTATGCAGCTACACGATGCTTCAAG	58793

BX004979.8	1201	AGTTTTGGTGTCAGTAAAGTTGCTAATATTAAAATAAAAATAGGCAGTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58794	AGTTTTGGTGTCAGTAAAGTTGCTAATATTAAAATAAAAATAGGCAGTTC	58843

BX004979.8	1251	CTTATGACATGTTTTCTTTTTATTGTTAAGATAGTGAAACAGCATAGCCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58844	CTTATGACATGTTTTCTTTTTATTGTTAAGATAGTGAAACAGCATAGCCA	58893

BX004979.8	1301	GAGTCATATGAATGAGGTTTTAAAGTACCCTGTTCCCTTTGAAGATTTAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58894	GAGTCATATGAATGAGGTTTTAAAGTACCCTGTTCCCTTTGAAGATTTAC	58943

BX004979.8	1351	CTGACGTGTCCCCGGGAGTTTGTTTTCTATATCAAACTTGCAAAGTCTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58944	CTGACGTGTCCCCGGGAGTTTGTTTTCTATATCAAACTTGCAAAGTCTGA	58993

BX004979.8	1401	ACTTACAAGGAGAGGATGCAGGACTGAAATGTGTGTAGACTACTTAATAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	58994	ACTTACAAGGAGAGGATGCAGGACTGAAATGTGTGTAGACTACTTAATAT	59043

BX004979.8	1451	TGAGGAAAAAGCCCCAATCAGAAAAATGTTTGTAGCCACGCCTCCGTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59044	TGAGGAAAAAGCCCCAATCAGAAAAATGTTTGTAGCCACGCCTCCGTTTT	59093

BX004979.8	1501	CTGATGTCTCCGTTTACCCCCATCCACACTGAGATGGAGCAACAGCGTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59094	CTGATGTCTCCGTTTACCCCCATCCACACTGAGATGGAGCAACAGCGTTT	59143

BX004979.8	1551	TAAAACCAAAACGGCCTCTCCAGCATTTTCAAAACACTCCATTTTCGGGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59144	TAAAACCAAAACGGCCTCTCCAGCATTTTCAAAACACTCCATTTTCGGGG	59193

BX004979.8	1601	CTCGAAAACTCCGGCGTAGTGTGGACAGATGGCGTAACCACAGCAAAACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59194	CTCGAAAACTCCGGCGTAGTGTGGACAGATGGCGTAACCACAGCAAAACT	59243

BX004979.8	1651	TATGCGTTTTAAAACTAAAACGTATTAGTGTAAACGGGGTCTAATTCATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59244	TATGCGTTTTAAAACTAAAACGTATTAGTGTAAACGGGGTCTAATTCATG	59293

BX004979.8	1701	GAACTATAGTGCAATATTATAGATCATTTTGAGGGATGTACACAAAAACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59294	GAACTATAGTGCAATATTATAGATCATTTTGAGGGATGTACACAAAAACA	59343

BX004979.8	1751	ATGTATTTCTTGTTTTACATTTTTAATTTCTACAGCTTCTGAGAATCCAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59344	ATGTATTTCTTGTTTTACATTTTTAATTTCTACAGCTTCTGAGAATCCAG	59393

BX004979.8	1801	AAAGAGCCACATATTCATAAATAATGTTATGATAGCTGTTTTAACATTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59394	AAAGAGCCACATATTCATAAATAATGTTATGATAGCTGTTTTAACATTGA	59443

BX004979.8	1851	CCGCGCATTCACACGAGGCTTCATCGTTAACGCTTGACTGAGGGCATTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59444	CCGCGCATTCACACGAGGCTTCATCGTTAACGCTTGACTGAGGGCATTTT	59493

BX004979.8	1901	TGAAGTTGACACGATCATCATAGCAGTGTCAGCCAATGAAATTAGTCTGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59494	TGAAGTTGACACGATCATCATAGCAGTGTCAGCCAATGAAATTAGTCTGC	59543

BX004979.8	1951	AATCGGCTACTGTCTGACCTGGGGTATTTGCATAAAGCGATCTGAGTGGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX322542.23	59544	AATCGGCTACTGTCTGACCTGGGGTATTTGCATAAAGCGATCTGAGTGGC	59593

Overview

Query
BX004979.8 - 186642 bps
Hit
BX322542.23 - 59593 bps
Total alignments
50
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001987200012000157594595931
21004850119589119638120691
395.31261501197091198581892371
494.363394083263433041-1607464811
584.5221140732634330401607564811
680.77471271263361264621709772261
796.674460163485163544-115371154301
81004661163484163544-115431154911
91004661163484163544-115495155551
101004661163484163544-115559156191
111004762163483163544-115623156841
1298.8844891127311361-121528216161
1398.8844895794558033-121528216161
1498.7387738273903121528216041
1598.8543873093231018121528216141
1698.8844891127311361121529216171
1798.8844895794558033121529216171
1898.8442861110311188-121530216151
1998.8442861110311188121530216151
2098.7238788489584972121530216071
2198.8543873093231018-121531216171
2298.7387738273903-121541216171
2384.16186453112445112897143418438781
2488.9924041968237241143456438731
2592.8649981124411341143913440101
2691.339925793858029-143919440101
2791.339925793858029143919440101
2892.0538881127211359-143923440101
2998.6544741109711170143937440101
301004661163484163544-145975460351
3184.022054073263433040-148641490471
3295.273454023263433035148641490421
3383.7244861547615561151181512661
3498.444464127392127455-155362554251
3582.54382151109611310-155366555771
3685.46492261110311328-155438556641
371004358127392127449-155438554951
3898.59377138353905-155498555681
3998.5737705793658005155499555681
4087.57381721113211303155500556681
4198.5737708490484973155500555691
4298.8144845793658019155585556681
4398.841831127211354-155586556681
4498.841835793858020-155586556681
4598.8242851110611190155586556701
4698.841833093331015155586556681
47100417838283905-155588556651
4897.7640903092731016-155590556781
49100377638283903155590556651
5010038798489484972-155591556691
Short-link