<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248406.4	1	GGCCAGGCGTGGTGGCTCACAACTGTAATCCCAGTACTTTGGAAGGCCGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	85739	GGCCAGGCGTGGTGGCTCACAACTGTAATCCCAGTACTTTGGAAGGCCGA	85788

BX248406.4	51	GGTGGGTGGATCATAATGTCAGGAGATTGAGACCATCCTGGCTAACACAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	85789	GGTGGGTGGATCATAATGTCAGGAGATTGAGACCATCCTGGCTAACACAG	85838

BX248406.4	101	TGAAACCCTGTCTTTACTAAACATACAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	85839	TGAAACCCTGTCTTTACTAAACATACAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGC	85888

BX248406.4	151	GGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGATAATGGCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	85889	GGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGATAATGGCAT	85938

BX248406.4	201	GAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	85939	GAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTC	85988

BX248406.4	251	CAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAACAAACAAACGAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	85989	CAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAACAAACAAACGAAC	86038

BX248406.4	301	AAACAAAAATAACCACTGCTTCCTATATTACCTCATTCTCATGTGTGCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86039	AAACAAAAATAACCACTGCTTCCTATATTACCTCATTCTCATGTGTGCTT	86088

BX248406.4	351	TTTCAGGTACAAATTTCTAGAGATTAATTCAAACACAAGGAATTGCATCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86089	TTTCAGGTACAAATTTCTAGAGATTAATTCAAACACAAGGAATTGCATCT	86138

BX248406.4	401	GGAAATTTAGAAGCTGGAATTCTCTAATGATAGAGACTGCCTCTTAATTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86139	GGAAATTTAGAAGCTGGAATTCTCTAATGATAGAGACTGCCTCTTAATTC	86188

BX248406.4	451	TTGTCTGGCCAAGACTAGCATTGTCTTCAGTCAAGATGCAAATGTATACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86189	TTGTCTGGCCAAGACTAGCATTGTCTTCAGTCAAGATGCAAATGTATACT	86238

BX248406.4	501	TCCTCGCCCGTTTGTCGATAAGCTCAATCACATGTAGATAAGTCAACTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86239	TCCTCGCCCGTTTGTCGATAAGCTCAATCACATGTAGATAAGTCAACTTA	86288

BX248406.4	551	TCACGTAATATAAATGGTTGCAAAAGAAGGGTACCAGGGCTTTGGAATTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86289	TCACGTAATATAAATGGTTGCAAAAGAAGGGTACCAGGGCTTTGGAATTA	86338

BX248406.4	601	GGCAGAACTTAGTTTAAATTTTACTCTGCTATATCCTGGATGTCTGACTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86339	GGCAGAACTTAGTTTAAATTTTACTCTGCTATATCCTGGATGTCTGACTT	86388

BX248406.4	651	TGGGCAATTTTAATGGTCTCTCTGAATCTCAACATTTTAACCTACACAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86389	TGGGCAATTTTAATGGTCTCTCTGAATCTCAACATTTTAACCTACACAAT	86438

BX248406.4	701	ATGTTAAGCAAGTCTTATATCAACAAATAATTGAATAACATTAAAATTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86439	ATGTTAAGCAAGTCTTATATCAACAAATAATTGAATAACATTAAAATTAA	86488

BX248406.4	751	AGTTAGGTATGCTATCTATAAATCTAACAAGTTATAGAGATCTGTTACAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86489	AGTTAGGTATGCTATCTATAAATCTAACAAGTTATAGAGATCTGTTACAT	86538

BX248406.4	801	CAGGGTTTTACATTGAACTAAATGAAATTGATCAAAATTGTTTTTGATCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86539	CAGGGTTTTACATTGAACTAAATGAAATTGATCAAAATTGTTTTTGATCA	86588

BX248406.4	851	AAAACAGATGATTGTTGGTAATTTTAGGTAGTTTAATTTAATTTAACACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86589	AAAACAGATGATTGTTGGTAATTTTAGGTAGTTTAATTTAATTTAACACT	86638

BX248406.4	901	TCATTAAAAGACATTAGAGACTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86639	TCATTAAAAGACATTAGAGACTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCC	86688

BX248406.4	951	AGCACTTCGGGAGGCCAAGGCGGTGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86689	AGCACTTCGGGAGGCCAAGGCGGTGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCAAG	86738

BX248406.4	1001	ACCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCTTGTCTCTACTAAAATTACAAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86739	ACCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCTTGTCTCTACTAAAATTACAAAAA	86788

BX248406.4	1051	TTAGCCGGGCATGATGGTGTGAACGTGTAATCCCAGCTACTCAGGTGAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86789	TTAGCCGGGCATGATGGTGTGAACGTGTAATCCCAGCTACTCAGGTGAGT	86838

BX248406.4	1101	GAGACACAAGACTTGCTGGAACCTGGGAGTCGGAGGTTGCAGTGAGTCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86839	GAGACACAAGACTTGCTGGAACCTGGGAGTCGGAGGTTGCAGTGAGTCCA	86888

BX248406.4	1151	GATCGTGCCACTGTACTCCAGCCTCCAGACAGTGAGATTCTGTCAAAAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86889	GATCGTGCCACTGTACTCCAGCCTCCAGACAGTGAGATTCTGTCAAAAAA	86938

BX248406.4	1201	TAATAATAATAATTAGAGATACCTACGTAAATGGAAATATATACTATATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86939	TAATAATAATAATTAGAGATACCTACGTAAATGGAAATATATACTATATT	86988

BX248406.4	1251	CATGAATAAAATATCCAAAAAATAAACACAATTTTTCTCTGAGTTAATCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	86989	CATGAATAAAATATCCAAAAAATAAACACAATTTTTCTCTGAGTTAATCT	87038

BX248406.4	1301	ATAGAGCCAATGCAGTTCTACTCAAAATCCTAACATAATATTGTGCAATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87039	ATAGAGCCAATGCAGTTCTACTCAAAATCCTAACATAATATTGTGCAATC	87088

BX248406.4	1351	ACTATGCTGATTATAAATAATTATAGAAAAGCAATTGTTTAAGACTAGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87089	ACTATGCTGATTATAAATAATTATAGAAAAGCAATTGTTTAAGACTAGCC	87138

BX248406.4	1401	TACAAGTTAGTTACACATGCAAATAAACAGTTTGGTTTCTTTACTAGTTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87139	TACAAGTTAGTTACACATGCAAATAAACAGTTTGGTTTCTTTACTAGTTA	87188

BX248406.4	1451	TACATAGAAAGAAACAGGTTGGTAAGATTTTGCCCAGCTAGTCCTCAATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87189	TACATAGAAAGAAACAGGTTGGTAAGATTTTGCCCAGCTAGTCCTCAATT	87238

BX248406.4	1501	TATTATCAGACTTAAGTATAAATAGGAGAATTGTATTGATGCATGGATAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87239	TATTATCAGACTTAAGTATAAATAGGAGAATTGTATTGATGCATGGATAG	87288

BX248406.4	1551	ACCTATAGACAAATGAACAGAAACAGCAGGCCCAGAACCAACTCACTCAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87289	ACCTATAGACAAATGAACAGAAACAGCAGGCCCAGAACCAACTCACTCAT	87338

BX248406.4	1601	ATGTAAAATCATATTTATGTTGGAGTTGGCATTGGAATTTACTTATGAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87339	ATGTAAAATCATATTTATGTTGGAGTTGGCATTGGAATTTACTTATGAAA	87388

BX248406.4	1651	TAGTGCAGTAAGTCATCCTGAGAGAATTTGTTATCCAGACAGAAAACTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87389	TAGTGCAGTAAGTCATCCTGAGAGAATTTGTTATCCAGACAGAAAACTCA	87438

BX248406.4	1701	ACGTTGGATTCATACAACACAGTATCCACAAAAATCAATTCAATTCAGAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87439	ACGTTGGATTCATACAACACAGTATCCACAAAAATCAATTCAATTCAGAC	87488

BX248406.4	1751	TAATCAAATGTGAACAGGAACCATGATGAACTATCATCTTATCCCAGTTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87489	TAATCAAATGTGAACAGGAACCATGATGAACTATCATCTTATCCCAGTTG	87538

BX248406.4	1801	GAATGCCTACTATCAAAAAGGCAAAAAAAAAAAAAAAATGCTGGTAAGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87539	GAATGCCTACTATCAAAAAGGCAAAAAAAAAAAAAAAATGCTGGTAAGGA	87588

BX248406.4	1851	GGAGGGTAAAAGGGAACTTTTATACACCATTAGTAGGAATGTAAATTAGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87589	GGAGGGTAAAAGGGAACTTTTATACACCATTAGTAGGAATGTAAATTAGT	87638

BX248406.4	1901	ACAGCCATTATGGGAAACTGTATGGAGGTTTCTCAAAAAACTAAAAATAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87639	ACAGCCATTATGGGAAACTGTATGGAGGTTTCTCAAAAAACTAAAAATAG	87688

BX248406.4	1951	AGCTATCATATCATCCAGCAATCCCATTACAGAATATTTAGCCAAAGGAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296568.4	87689	AGCTATCATATCATCCAGCAATCCCATTACAGAATATTTAGCCAAAGGAA	87738

Overview

Query
BX248406.4 - 124787 bps
Hit
BX296568.4 - 87738 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link