<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX004810.8	1	GGCCATAGTTCTAAAACTAACGAACAAACTTAGTAAGGAAAAAAAAAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4494	GGCCATAGTTCTAAAACTAACGAACAAACTTAGTAAGGAAAAAAAAAAAA	4543

BX004810.8	51	CAAGAATGAAAAAAACAAATGAAACTTCACACAGGAATTCCCCAAGGCCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4544	CAAGAATGAAAAAAACAAATGAAACTTCACACAGGAATTCCCCAAGGCCA	4593

BX004810.8	101	CTGATTCATATTACAGGTGTGGAAAGGCATCCTGCTAATTCCTAAAATCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4594	CTGATTCATATTACAGGTGTGGAAAGGCATCCTGCTAATTCCTAAAATCT	4643

BX004810.8	151	TTCTCAACACCAGGGGACACTCTCCCTTTGGATTTCTATGTCTAGAGACC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4644	TTCTCAACACCAGGGGACACTCTCCCTTTGGATTTCTATGTCTAGAGACC	4693

BX004810.8	201	TGTGGCTCATTAAAAGGCAGACTGATTTTTCAGAAAGAGAGAAAGAGGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4694	TGTGGCTCATTAAAAGGCAGACTGATTTTTCAGAAAGAGAGAAAGAGGTT	4743

BX004810.8	251	TTTAAAGATGAGTTTATGCTGCAATCCCAACATGAACTATTACTTCAAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4744	TTTAAAGATGAGTTTATGCTGCAATCCCAACATGAACTATTACTTCAAAT	4793

BX004810.8	301	ATGTTTTAACTTTTATAATCACTGGGAATATAAACATGAATAGCTTCCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4794	ATGTTTTAACTTTTATAATCACTGGGAATATAAACATGAATAGCTTCCTT	4843

BX004810.8	351	AACTGTGAATCAGAACACTCAATCAGGTAAGAGAATGAACTAGGAGACAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4844	AACTGTGAATCAGAACACTCAATCAGGTAAGAGAATGAACTAGGAGACAG	4893

BX004810.8	401	GCTGTGAAGTTACACATAATCTCAATATGTTAATGAATGATCTATCTACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4894	GCTGTGAAGTTACACATAATCTCAATATGTTAATGAATGATCTATCTACT	4943

BX004810.8	451	TGCTAGTATTAAACACCCAGTATCTAGATCTCATTTTCTATCTAATGGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4944	TGCTAGTATTAAACACCCAGTATCTAGATCTCATTTTCTATCTAATGGTG	4993

BX004810.8	501	GACTCCTCATTGTGTTTGTGAGATATGAAGGCCCTTGACTTACCATGTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	4994	GACTCCTCATTGTGTTTGTGAGATATGAAGGCCCTTGACTTACCATGTTT	5043

BX004810.8	551	TTATTGCCATACCTTGTTCTCAATTCAACATATCTAGTTCTCTAGACATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5044	TTATTGCCATACCTTGTTCTCAATTCAACATATCTAGTTCTCTAGACATT	5093

BX004810.8	601	ATCCAAAGCAAACATGTGATTTCTAAATGGTGAAATTTCAGTGAAGGAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5094	ATCCAAAGCAAACATGTGATTTCTAAATGGTGAAATTTCAGTGAAGGAAA	5143

BX004810.8	651	CGATTTACTACAGACCACTCTGACTGCTAATTTTCTCAGAAGCTAGGAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5144	CGATTTACTACAGACCACTCTGACTGCTAATTTTCTCAGAAGCTAGGAAT	5193

BX004810.8	701	ATATGTTTTACCATATGGATTTTTGGGACAATTTTGTTTTCTGGGTCCAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5194	ATATGTTTTACCATATGGATTTTTGGGACAATTTTGTTTTCTGGGTCCAA	5243

BX004810.8	751	GAACCAAAAATTATATTTGAAATATAATTTGTATTTTAAACAGGAGTGGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5244	GAACCAAAAATTATATTTGAAATATAATTTGTATTTTAAACAGGAGTGGT	5293

BX004810.8	801	AATTTTTAAATATACAAAATATACATGGTCATTCAAGAAAGTTATTGTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5294	AATTTTTAAATATACAAAATATACATGGTCATTCAAGAAAGTTATTGTGA	5343

BX004810.8	851	ATTATTTGAAGGCAGTCCTTCATGGAGGTATAGTAAAAGTTAGATTGTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5344	ATTATTTGAAGGCAGTCCTTCATGGAGGTATAGTAAAAGTTAGATTGTTT	5393

BX004810.8	901	TTCAAAACTTCTTCCCAGCTATGAAGCCAAAAAACCCATGGGCTCTCTAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5394	TTCAAAACTTCTTCCCAGCTATGAAGCCAAAAAACCCATGGGCTCTCTAG	5443

BX004810.8	951	AAGTGTTCCCTTGTTCATTATTTTTTTTTACCCTAGTCACATCAAATTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5444	AAGTGTTCCCTTGTTCATTATTTTTTTTTACCCTAGTCACATCAAATTAT	5493

BX004810.8	1001	ATTCTTTTCTCCTCAGTGGTTTCTAAAACCTTGAATGATACTCCTTTTAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5494	ATTCTTTTCTCCTCAGTGGTTTCTAAAACCTTGAATGATACTCCTTTTAT	5543

BX004810.8	1051	AGGAAGCACTCCAATGTCAGCATCTCTTTTCAATTTCTTTACAGTTCTAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5544	AGGAAGCACTCCAATGTCAGCATCTCTTTTCAATTTCTTTACAGTTCTAC	5593

BX004810.8	1101	TAGCTCTCTCAGTGCCTCTCACTTCTGTAAGTTCCCCACACATCCTGACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5594	TAGCTCTCTCAGTGCCTCTCACTTCTGTAAGTTCCCCACACATCCTGACT	5643

BX004810.8	1151	TCTTCCCTCCCAATATACAAGAGCTAATCCATTACAGCCTAATGAAAAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5644	TCTTCCCTCCCAATATACAAGAGCTAATCCATTACAGCCTAATGAAAAGA	5693

BX004810.8	1201	ACAAAGAAGAAGCTACTTCACAATATTATGTCTGCTTTTATTAGTAAACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5694	ACAAAGAAGAAGCTACTTCACAATATTATGTCTGCTTTTATTAGTAAACC	5743

BX004810.8	1251	TAATGAAGATAATACCAGTACTTTGCAAATTATGGAGAAAAAATTTTTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5744	TAATGAAGATAATACCAGTACTTTGCAAATTATGGAGAAAAAATTTTTCT	5793

BX004810.8	1301	AGAAAATGTAATGGATCTAGAAGAGAAGAAGGTGAATTTCACTTGAGGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5794	AGAAAATGTAATGGATCTAGAAGAGAAGAAGGTGAATTTCACTTGAGGTA	5843

BX004810.8	1351	GAATATTCCTTAATATCTGATGAGTGAGTTTATTTCAGGCAAAATAAAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5844	GAATATTCCTTAATATCTGATGAGTGAGTTTATTTCAGGCAAAATAAAAA	5893

BX004810.8	1401	CAGAACTTAAGAAAATAGATCACAAGAGAAGACAATTTCAAGAAGGCTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5894	CAGAACTTAAGAAAATAGATCACAAGAGAAGACAATTTCAAGAAGGCTGA	5943

BX004810.8	1451	ATATATATTTTGAGGAGAGGTTAGTATTGGTGAAAAAAGAAGAGAAACTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5944	ATATATATTTTGAGGAGAGGTTAGTATTGGTGAAAAAAGAAGAGAAACTA	5993

BX004810.8	1501	CTGAATCTATCAGAGGAAATACTATTCTTATCCAGGGATTCACAGATTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	5994	CTGAATCTATCAGAGGAAATACTATTCTTATCCAGGGATTCACAGATTTC	6043

BX004810.8	1551	CTAGGAAAGAAAGAGTCTAAGATCAACTGGTGAATAAAAGCACAATAACA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	6044	CTAGGAAAGAAAGAGTCTAAGATCAACTGGTGAATAAAAGCACAATAACA	6093

BX004810.8	1601	TTTGCAATGAAAAAAATAATTTGGGATTCTATTTCAAAAAATGTATAAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	6094	TTTGCAATGAAAAAAATAATTTGGGATTCTATTTCAAAAAATGTATAAAG	6143

BX004810.8	1651	GGTCAGATTATAGGAAGAAACTGAGCTCATCATCAGATATAATAGTGATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	6144	GGTCAGATTATAGGAAGAAACTGAGCTCATCATCAGATATAATAGTGATG	6193

BX004810.8	1701	AAATTTTAAATATTCAGGTTAATATGTGATTAATGTGGTCATGTTTCTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	6194	AAATTTTAAATATTCAGGTTAATATGTGATTAATGTGGTCATGTTTCTTA	6243

BX004810.8	1751	CCCCAGTAGGTCACTGCGACATTTCAGGGATGTGGGTCAGGAAGAGATCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	6244	CCCCAGTAGGTCACTGCGACATTTCAGGGATGTGGGTCAGGAAGAGATCA	6293

BX004810.8	1801	GTAAGAGAATATCTCTAATTCATTTACATTCTAAAATGAGGAAATGCAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	6294	GTAAGAGAATATCTCTAATTCATTTACATTCTAAAATGAGGAAATGCAAT	6343

BX004810.8	1851	TACTACTACTCTTTCAAGATTTAAAAAAAAAATCGTGGTTTTGATGCATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	6344	TACTACTACTCTTTCAAGATTTAAAAAAAAAATCGTGGTTTTGATGCATT	6393

BX004810.8	1901	GAAACCTGTCTTTTTATTTAAGTTAACATCCTACTGGTGGTTTCTTACTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	6394	GAAACCTGTCTTTTTATTTAAGTTAACATCCTACTGGTGGTTTCTTACTA	6443

BX004810.8	1951	GGCCAAGAGATAGCTATGTGGTATGCTTAAAAATTGCCCCCTGTGAGAGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX296534.5	6444	GGCCAAGAGATAGCTATGTGGTATGCTTAAAAATTGCCCCCTGTGAGAGC	6493

Overview

Query
BX004810.8 - 32573 bps
Hit
BX296534.5 - 6493 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link