<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR628405.8	1	CTCCCCTTAACTCAATATCATTAATAATAATAATAATAATAATAATAATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	182575	CTCCCCTTAACTCAATATCATTAATAATAATAATAATAATAATAATAATT	182624

CR628405.8	51	AGTACTACTAATAATAATGTGTTCTGTAAGCACTGAATCAAATAATAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	182625	AGTACTACTAATAATAATGTGTTCTGTAAGCACTGAATCAAATAATAAAA	182674

CR628405.8	101	ACATAGTAAAAGATACTTATTATAACATATATTATTGCATTAGATACATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	182675	ACATAGTAAAAGATACTTATTATAACATATATTATTGCATTAGATACATA	182724

CR628405.8	151	CTCAACTGCCACTTTATTAGGTACATCTTACTAGTACAAGGTTGGAACCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	182725	CTCAACTGCCACTTTATTAGGTACATCTTACTAGTACAAGGTTGGAACCC	182774

CR628405.8	201	CTTTTGCCTTCAGAACTGCCGTAATTCTTCGTGGCATAGATTCAACAAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	182775	CTTTTGCCTTCAGAACTGCCGTAATTCTTCGTGGCATAGATTCAACAAGC	182824

CR628405.8	251	TACTGGAAAAGAGATTTTGGTCCATATTGGCATGATAGCCTCACGCAGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	182825	TACTGGAAAAGAGATTTTGGTCCATATTGGCATGATAGCCTCACGCAGTT	182874

CR628405.8	301	GCTGCAGATTTGTCGGCTGTACATTATTGATGCTCTATTGGATTGAGTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	182875	GCTGCAGATTTGTCGGCTGTACATTATTGATGCTCTATTGGATTGAGTTC	182924

CR628405.8	351	TGGTGACAGTGGAGGCCATTTGAGTAAAATGCTCAATGTTCAATTGGTAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	182925	TGGTGACAGTGGAGGCCATTTGAGTAAAATGCTCAATGTTCAATTGGTAC	182974

CR628405.8	401	TAATCAGCCCAAAGTGTGCCAAGAAAATTCAACCCACACCAATATACCAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	182975	TAATCAGCCCAAAGTGTGCCAAGAAAATTCAACCCACACCAATATACCAC	183024

CR628405.8	451	CCACCCCAGCCTGATCCATTGATACAAGGCAGGATGAATCCATGTTTTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183025	CCACCCCAGCCTGATCCATTGATACAAGGCAGGATGAATCCATGTTTTTA	183074

CR628405.8	501	TGTTGTTGATGCCAAATTCTGACCCTACCATCCGAATGTCGCAATCTTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183075	TGTTGTTGATGCCAAATTCTGACCCTACCATCCGAATGTCGCAATCTTCT	183124

CR628405.8	551	AGTGTGCAATTTTGGTGAACCTGTGTAAATTGTAGCCTCAGTTTCCTGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183125	AGTGTGCAATTTTGGTGAACCTGTGTAAATTGTAGCCTCAGTTTCCTGTT	183174

CR628405.8	601	CTTAGCTGACAGCAATGGCACCCAGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183175	CTTAGCTGACAGCAATGGCACCCAGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCA	183224

CR628405.8	651	TACACCTCAAGGTTGCACGTGTTATGCATTGAGAGATGCTCTTTTGCATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183225	TACACCTCAAGGTTGCACGTGTTATGCATTGAGAGATGCTCTTTTGCATA	183274

CR628405.8	701	CCTCGGTTCTTACGAGTAGTTATTTTAGTTGAGCCTGGTTTATACTTCTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183275	CCTCGGTTCTTACGAGTAGTTATTTTAGTTGAGCCTGGTTTATACTTCTT	183324

CR628405.8	751	CGTCAAGTGATCAGCGTGACCCACGGCACATCCAACGTGCGTAGCTGTGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183325	CGTCAAGTGATCAGCGTGACCCACGGCACATCCAACGTGCGTAGCTGTGC	183374

CR628405.8	801	ATTTATCTGTGTTCCTCTGCAATAGCACTTCTGAAACGCTTGTTGGCAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183375	ATTTATCTGTGTTCCTCTGCAATAGCACTTCTGAAACGCTTGTTGGCAGT	183424

CR628405.8	851	GAGATGTTTATGTTTCTCTGTGTCGAGTTTCTTTACTGGTGTTTTGTTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183425	GAGATGTTTATGTTTCTCTGTGTCGAGTTTCTTTACTGGTGTTTTGTTTA	183474

CR628405.8	901	TTCTGAACGCTTCCTTTATGTACAAGTGGCTCAAATTAGCTAATTTTGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183475	TTCTGAACGCTTCCTTTATGTACAAGTGGCTCAAATTAGCTAATTTTGAG	183524

CR628405.8	951	GCAGGAACCTTTAACCAAGAGGTAAACACAAAACAAAATTTTCCATCCGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183525	GCAGGAACCTTTAACCAAGAGGTAAACACAAAACAAAATTTTCCATCCGG	183574

CR628405.8	1001	AGCTCCTTCACGGGACTCCACACTTGTAAACAATCACTCCATCGTGCTCG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183575	AGCTCCTTCACGGGACTCCACACTTGTAAACAATCACTCCATCGTGCTCG	183624

CR628405.8	1051	CGCGGCTCTCGGTCCCACCCTGACTCGTTAGCGATACCAAGCCGACCAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183625	CGCGGCTCTCGGTCCCACCCTGACTCGTTAGCGATACCAAGCCGACCAAT	183674

CR628405.8	1101	TACAGAGCTTGCTCAACGCGTCGTTGCGATGTGTAGTTAAATCTTTTAAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183675	TACAGAGCTTGCTCAACGCGTCGTTGCGATGTGTAGTTAAATCTTTTAAG	183724

CR628405.8	1151	GTGCGCATCAGCGACGCCGACCGCCACGGCGTAGGGCTATGCGTCAACAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183725	GTGCGCATCAGCGACGCCGACCGCCACGGCGTAGGGCTATGCGTCAACAC	183774

CR628405.8	1201	ATATGTTGTGTCGTAGCATACGCGTGCGCTTGACACATAACTATTAATCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183775	ATATGTTGTGTCGTAGCATACGCGTGCGCTTGACACATAACTATTAATCA	183824

CR628405.8	1251	GCCTTTACTGTTGCCTTTCTATCAGCTTGAACCAGTCTGGCCATTCTCCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183825	GCCTTTACTGTTGCCTTTCTATCAGCTTGAACCAGTCTGGCCATTCTCCT	183874

CR628405.8	1301	TTGACTTCTGGCATCAGCAAGGTATTTGTGCCTACAAAACTGGCACTCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183875	TTGACTTCTGGCATCAGCAAGGTATTTGTGCCTACAAAACTGGCACTCAG	183924

CR628405.8	1351	TGGATATTTCCTCTTTTTTGGACCATTCTTTGTAAACCCTAGAGATGGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183925	TGGATATTTCCTCTTTTTTGGACCATTCTTTGTAAACCCTAGAGATGGTT	183974

CR628405.8	1401	GTGTGTTAAAATCACGGTAGATCAGCAGTTTCTGAAATACTCAGACCGGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	183975	GTGTGTTAAAATCACGGTAGATCAGCAGTTTCTGAAATACTCAGACCGGC	184024

CR628405.8	1451	CCGTCTGGCACCAACAACCATGTCACGCTCAGAGTTACTTAAATCACCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184025	CCGTCTGGCACCAACAACCATGTCACGCTCAGAGTTACTTAAATCACCTT	184074

CR628405.8	1501	TCTTCCCCATTCTGATGCTCAGTTAGAACTGCAGCAGATTGTCTTGACCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184075	TCTTCCCCATTCTGATGCTCAGTTAGAACTGCAGCAGATTGTCTTGACCA	184124

CR628405.8	1551	TATCTACATGCCTTTATGCATTGAGTTGCTGCCAGGATTAGATTAGGCTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184125	TATCTACATGCCTTTATGCATTGAGTTGCTGCCAGGATTAGATTAGGCTG	184174

CR628405.8	1601	ATTAGAAATTTGCGTTAATGAGCAGTTGTAGAGGTGTACCTATTAAAGTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184175	ATTAGAAATTTGCGTTAATGAGCAGTTGTAGAGGTGTACCTATTAAAGTG	184224

CR628405.8	1651	GCCAGTGAGTGTATATACAGTACGTATGATATATACATTATATATGACAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184225	GCCAGTGAGTGTATATACAGTACGTATGATATATACATTATATATGACAT	184274

CR628405.8	1701	CAATTATTGTTATAACATGCAATAAATATACAGTACATATATCATCAATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184275	CAATTATTGTTATAACATGCAATAAATATACAGTACATATATCATCAATT	184324

CR628405.8	1751	TTTATTGGTAAGAATATGTTTTGAGAGTATTTTTTATAGATTTTTTTTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184325	TTTATTGGTAAGAATATGTTTTGAGAGTATTTTTTATAGATTTTTTTTAA	184374

CR628405.8	1801	TAAAAAACAAATTAAAAGTAAACTTACTGTTTTTTTATAGCTGTTTTTAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184375	TAAAAAACAAATTAAAAGTAAACTTACTGTTTTTTTATAGCTGTTTTTAT	184424

CR628405.8	1851	TTATTTATTTTTTACAAAGTTATCAAAGCTACAAAGTTATTAAATCCCCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184425	TTATTTATTTTTTACAAAGTTATCAAAGCTACAAAGTTATTAAATCCCCA	184474

CR628405.8	1901	GTGAACCCCAATAGGTAACTTCTGTTCTATAAAAGCTACTTGCCAAAGGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184475	GTGAACCCCAATAGGTAACTTCTGTTCTATAAAAGCTACTTGCCAAAGGC	184524

CR628405.8	1951	TTTGCACAGTATTTGATTTGATCAGAGAAGAGTTGACCTTTACAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294666.6	184525	TTTGCACAGTATTTGATTTGATCAGAGAAGAGTTGACCTTTACAGAATTC	184574

Overview

Query
CR628405.8 - 75121 bps
Hit
BX294666.6 - 184574 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196320001200011825751845741
292.56083201732025518219001
378.4610232312591581-1533656461
485.8990163543705-1567558371
583.975821055175726-114221144321
684.856823154965726-114481147111
785.817914213101451-120169203091
81008511455215634-155022551351
988.781302042555025753-161114613181
1085.83661206941769536164381645001
1191.366932576725859-164407644981
1282.32742113569935909170877710741
1387.472223793326933647-11150351154331
1491.351321862850328688-11154941156781
1594.552853552781128165-11161411164891
1683.481032178503871911162421164591
1788.831071742557525748-11363161364851
1897.5654123482734839511384941386161
1999.12561139845995711384981386101
2085.42731452024420388-11469531470961
2180.675514912551403-11505321506811
Short-link