<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX663511.8	1	CCTGATTGTGTATGAAGCCTTTTGTTGTCTTACGGAGGAATGGAATAGAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	112535	CCTGATTGTGTATGAAGCCTTTTGTTGTCTTACGGAGGAATGGAATAGAG	112584

BX663511.8	51	AGAGAGAGAGGGCTTGTCTTTCAAAATGAGAGTAAGTGAGGGAAACAGTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	112585	AGAGAGAGAGGGCTTGTCTTTCAAAATGAGAGTAAGTGAGGGAAACAGTC	112634

BX663511.8	101	CTTAATTGCAGGAATGGAGACAGAAAGGAGACACCCATGAGAATACTGAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	112635	CTTAATTGCAGGAATGGAGACAGAAAGGAGACACCCATGAGAATACTGAG	112684

BX663511.8	151	CACACAAGAGTGACAATATGATAGATAGCCTATGCTCTCACTTTCTTCTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	112685	CACACAAGAGTGACAATATGATAGATAGCCTATGCTCTCACTTTCTTCTC	112734

BX663511.8	201	AGTCTGCCAGGCTCTTTCTTTCCATCTAGAGACCTGTTGATTGATAGTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	112735	AGTCTGCCAGGCTCTTTCTTTCCATCTAGAGACCTGTTGATTGATAGTAA	112784

BX663511.8	251	TGCATACTAATCTCATTAGTAGTTGTAGGTATTGATTACTAAAGTGGGAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	112785	TGCATACTAATCTCATTAGTAGTTGTAGGTATTGATTACTAAAGTGGGAT	112834

BX663511.8	301	TCTCTCAAATACACATATCCATATGTGTTGTTCACAAATAAAAAATTAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	112835	TCTCTCAAATACACATATCCATATGTGTTGTTCACAAATAAAAAATTAAC	112884

BX663511.8	351	CGTTTACTTCAGTGTGAGTCATTGATCTATGTTCTGAGAACTTTTGATGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	112885	CGTTTACTTCAGTGTGAGTCATTGATCTATGTTCTGAGAACTTTTGATGT	112934

BX663511.8	401	TGAAAATTAAGTCTGACTTTTATTGACATTTTTGGTGTTGTGAAACAATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	112935	TGAAAATTAAGTCTGACTTTTATTGACATTTTTGGTGTTGTGAAACAATG	112984

BX663511.8	451	TACAGTACAAAAAATCTGTATATGCTGTAGAAATAAATTCATTTGATCAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	112985	TACAGTACAAAAAATCTGTATATGCTGTAGAAATAAATTCATTTGATCAT	113034

BX663511.8	501	TTTTGGTTATATAACTCACCCATACAATGAACATAGAATACAAAAATGTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113035	TTTTGGTTATATAACTCACCCATACAATGAACATAGAATACAAAAATGTC	113084

BX663511.8	551	AATAAAAGTCAACATCAAAAAAAAAAAAAAAGTTTCAACATCAAAAGTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113085	AATAAAAGTCAACATCAAAAAAAAAAAAAAAGTTTCAACATCAAAAGTCA	113134

BX663511.8	601	TTTTTGGCAAAGATCAAGGCCCCATATTGGAATCTGAAAGTGTAAATAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113135	TTTTTGGCAAAGATCAAGGCCCCATATTGGAATCTGAAAGTGTAAATAAA	113184

BX663511.8	651	TCATGAGCCACATGGAACAATATGTGAAAACAATAATAATAAAGATGTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113185	TCATGAGCCACATGGAACAATATGTGAAAACAATAATAATAAAGATGTTA	113234

BX663511.8	701	AAAAAATGAAAGAATTTAATATTAAACTTAAGAAACATGCAAATGTTTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113235	AAAAAATGAAAGAATTTAATATTAAACTTAAGAAACATGCAAATGTTTAA	113284

BX663511.8	751	AGAGCCCCTTTTATGCATTACAAAAGGTCATATTTTGCTTTTGGGGTATC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113285	AGAGCCCCTTTTATGCATTACAAAAGGTCATATTTTGCTTTTGGGGTATC	113334

BX663511.8	801	CAGCAACAAGCTAATATGCATAAGTCAAAAAACACTTTTATTGTCTTATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113335	CAGCAACAAGCTAATATGCATAAGTCAAAAAACACTTTTATTGTCTTATA	113384

BX663511.8	851	ATATGCATTCAGTTTTACCTAATTATCCAAATGACTCTCATATGATTTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113385	ATATGCATTCAGTTTTACCTAATTATCCAAATGACTCTCATATGATTTGT	113434

BX663511.8	901	TCAGATCAATTTGGTCCCAAACCCCTCCTTTGCATGAGGCTAATCTGCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113435	TCAGATCAATTTGGTCCCAAACCCCTCCTTTGCATGAGGCTAATCTGCCA	113484

BX663511.8	951	ATCGGTGATTAGTCTGGTGACCCAGTTTGTTGTGTCTGGTTGAGTATGTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113485	ATCGGTGATTAGTCTGGTGACCCAGTTTGTTGTGTCTGGTTGAGTATGTT	113534

BX663511.8	1001	GAGTGTGAGACAGAGAGAATCGGCCACCAAAGTCATGAAGTAGCACAGAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113535	GAGTGTGAGACAGAGAGAATCGGCCACCAAAGTCATGAAGTAGCACAGAG	113584

BX663511.8	1051	TGTATCTGCGAGCCCAATGCAGGAGTGCATTAAAGCAATGCAGTTAATCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113585	TGTATCTGCGAGCCCAATGCAGGAGTGCATTAAAGCAATGCAGTTAATCA	113634

BX663511.8	1101	CCAACATATTACTTTACTCTTAAACCCAACCCCAATAACAACAACACACG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113635	CCAACATATTACTTTACTCTTAAACCCAACCCCAATAACAACAACACACG	113684

BX663511.8	1151	TTCAGTATTTAGAAAACTAACTGTGCCAGATGTGTAGGAACAGCTAATAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113685	TTCAGTATTTAGAAAACTAACTGTGCCAGATGTGTAGGAACAGCTAATAG	113734

BX663511.8	1201	TGGCCATAACAACGACAAATGGCAGAAGAACGTGAGCACAAAATGCATTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113735	TGGCCATAACAACGACAAATGGCAGAAGAACGTGAGCACAAAATGCATTT	113784

BX663511.8	1251	AAATCCGATCCGAAGATGCATATGTCACTTTTTCAGCTTGGTTTTGGACG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113785	AAATCCGATCCGAAGATGCATATGTCACTTTTTCAGCTTGGTTTTGGACG	113834

BX663511.8	1301	CAATATGTGATAGCCCCATACAGATTTAACCTGAGCACTTCATATTTGGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113835	CAATATGTGATAGCCCCATACAGATTTAACCTGAGCACTTCATATTTGGC	113884

BX663511.8	1351	GATGTCCCGTATCAATGTTGATACGTCCAGGCAAAAGATCTAAACAAAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113885	GATGTCCCGTATCAATGTTGATACGTCCAGGCAAAAGATCTAAACAAAGG	113934

BX663511.8	1401	ATGAATCATTCATCTGACTCTGAGCTGACTCAAAAGTTTAAGTCTGCTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113935	ATGAATCATTCATCTGACTCTGAGCTGACTCAAAAGTTTAAGTCTGCTTT	113984

BX663511.8	1451	ACTGACTGCATAAGTGGTAATTTTCAAAAGCCCATAATAGGGGCTCTTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	113985	ACTGACTGCATAAGTGGTAATTTTCAAAAGCCCATAATAGGGGCTCTTTA	114034

BX663511.8	1501	AGAATGTTCATATCAGTAAAATGTTGTATTTAATAATCAAATGAGTTTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	114035	AGAATGTTCATATCAGTAAAATGTTGTATTTAATAATCAAATGAGTTTTT	114084

BX663511.8	1551	ATTGTATGTTTTCAGCAAACTTAATTACACACCTTATTCAGAAGTTAGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	114085	ATTGTATGTTTTCAGCAAACTTAATTACACACCTTATTCAGAAGTTAGCA	114134

BX663511.8	1601	TTTTATGTTTCAATAATTGCGGTTCATAAACAAATCCCCCAAAAGTAAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	114135	TTTTATGTTTCAATAATTGCGGTTCATAAACAAATCCCCCAAAAGTAAAA	114184

BX663511.8	1651	TTTTCACAAACATTAACCAGCACAGCAGCTTTTAAAACTTCAAATATAAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	114185	TTTTCACAAACATTAACCAGCACAGCAGCTTTTAAAACTTCAAATATAAG	114234

BX663511.8	1701	AAAAAATCTTTCAAAATAAAATTGCTCTGTGATCAGTTAATTGCATTTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	114235	AAAAAATCTTTCAAAATAAAATTGCTCTGTGATCAGTTAATTGCATTTAA	114284

BX663511.8	1751	AATATATTAAAATAAAACTAATCAAACCGAGCACTATTAGTGAGCAAGAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	114285	AATATATTAAAATAAAACTAATCAAACCGAGCACTATTAGTGAGCAAGAG	114334

BX663511.8	1801	ACACTTCCAAAAATATCAATATTAAAATATTAATGCACATTTTCAATTAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	114335	ACACTTCCAAAAATATCAATATTAAAATATTAATGCACATTTTCAATTAT	114384

BX663511.8	1851	TATTTCAAAGTTCGTGTTATAGATGTTGTCAGTACATCAGTATTGAATAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	114385	TATTTCAAAGTTCGTGTTATAGATGTTGTCAGTACATCAGTATTGAATAT	114434

BX663511.8	1901	ATTTTGCTTAAAAGGGCATCTTTTGTACCCCTTTTTCAAGATTTAAGGTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	114435	ATTTTGCTTAAAAGGGCATCTTTTGTACCCCTTTTTCAAGATTTAAGGTT	114484

BX663511.8	1951	TCAAAACATCCATTAGATTATTTTTTATTGCTTTTAGAATATTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX294117.17	114485	TCAAAACATCCATTAGATTATTTTTTATTGCTTTTAGAATATTGGAATTC	114534

Overview

Query
BX663511.8 - 78433 bps
Hit
BX294117.17 - 114534 bps
Total alignments
36
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191420001200011125351145341
210037776185061926112095121711
310035726915669227112096121671
410039736915569227121149212211
598.8955906185361942121150212391
686.3252942544825541-122017221111
784.811503005845358752125397256921
885.57891875556255748-126141263411
989.0639645568455747129842299051
1010047906184961938131320314091
1110035726915669227131322313931
1210041771495415030-132627327031
1310037761486614941132628327031
1498.6834765644856523132628327031
1588.186911053105419-136000361091
1697.1434701486614935-147462475311
1797.1434705645456523-147462475311
1898.5336681496415031147462475291
1997.1434705645456523147462475311
2098.8543876184961935-154168542541
2110035726915669227-154179542501
2289.93951392540725545-171245713831
2398.6536741486614939-172327724001
2498.6536741486614939172327724001
2598.6135725645356524-172328723991
2698.6135725645356524172328723991
2798.3941621498615047173828738891
2898.8846896184561933192847929351
2910039746915469227192849929221
3098.738771486314939199359994351
3198.6837765644656521199360994351
3298.6737751486614940-199361994351
3310037705645656525-199366994351
3477.6277291584635875311066811069571
3586.8180143586175875911121661123091
3688.765187150961518211122061122941
Short-link