<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR391980.17	1	CAAACCTTTCTGTCTTGTGTTTTTACTTCAAACAAAGCTATTAATCACCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	231660	CAAACCTTTCTGTCTTGTGTTTTTACTTCAAACAAAGCTATTAATCACCT	231709

CR391980.17	51	TAATCGCCCTCAATTAACCTGCGCCACCAGATGCTCTCGGCACGTCAAAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	231710	TAATCGCCCTCAATTAACCTGCGCCACCAGATGCTCTCGGCACGTCAAAC	231759

CR391980.17	101	CCTGAACTGTTCCAGCCAGCCAAACAGAACATAAATCAACCAGTGGAGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	231760	CCTGAACTGTTCCAGCCAGCCAAACAGAACATAAATCAACCAGTGGAGCA	231809

CR391980.17	151	ATTTGCACCAGCAATTCCACATAATGTTTTCGGAAGCTGGATAACAAAAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	231810	ATTTGCACCAGCAATTCCACATAATGTTTTCGGAAGCTGGATAACAAAAC	231859

CR391980.17	201	ATTAACAACATGGAAACAGGCACCTGGGGGACGGTCTACTTGCCACAAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	231860	ATTAACAACATGGAAACAGGCACCTGGGGGACGGTCTACTTGCCACAAGA	231909

CR391980.17	251	GAAAGTGATGAAATGAATAAAGATGGAGGGGTAGAAAGCATTCTCTAAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	231910	GAAAGTGATGAAATGAATAAAGATGGAGGGGTAGAAAGCATTCTCTAAGT	231959

CR391980.17	301	TAAGATTGGAACGTTTTTGCTCTACCCGTCCCGAGTGGTGCATGGAAGTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	231960	TAAGATTGGAACGTTTTTGCTCTACCCGTCCCGAGTGGTGCATGGAAGTT	232009

CR391980.17	351	TACTGTGCTCCTAGCAGCTCTGACCAACACAACTTTACCAGGTTTCACGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232010	TACTGTGCTCCTAGCAGCTCTGACCAACACAACTTTACCAGGTTTCACGC	232059

CR391980.17	401	ACTGGGGTTCTGCCAAATGTTTGAAATCTTAGACCAAAGTACTTGCTTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232060	ACTGGGGTTCTGCCAAATGTTTGAAATCTTAGACCAAAGTACTTGCTTTG	232109

CR391980.17	451	AACATGCTCTTACACATGGGTCTATCTTGTTTCACCGTTACGAAGCCTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232110	AACATGCTCTTACACATGGGTCTATCTTGTTTCACCGTTACGAAGCCTAA	232159

CR391980.17	501	AACATTCTGGTCATGACTGGATTGTTGACAGGTGCGACAGGCAGGCTCTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232160	AACATTCTGGTCATGACTGGATTGTTGACAGGTGCGACAGGCAGGCTCTT	232209

CR391980.17	551	ATCTGCGGTGAAAGAATTGATGCCATTGTGACATTTATGACACTGCATCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232210	ATCTGCGGTGAAAGAATTGATGCCATTGTGACATTTATGACACTGCATCC	232259

CR391980.17	601	GATTACAGCAAGGAAAACATATTAAATGCATATCAGAATGCATGAATTTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232260	GATTACAGCAAGGAAAACATATTAAATGCATATCAGAATGCATGAATTTG	232309

CR391980.17	651	TTCACAAAAAAAATACAAGACCAGCAGCACCTAATTGTACCCAAAGGAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232310	TTCACAAAAAAAATACAAGACCAGCAGCACCTAATTGTACCCAAAGGAGT	232359

CR391980.17	701	ACCTGAAATGGTTGTATTTCAAAGCATTATATTATAATTTATATGTGTTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232360	ACCTGAAATGGTTGTATTTCAAAGCATTATATTATAATTTATATGTGTTA	232409

CR391980.17	751	AGTGCATCATAGAAACATGCTGAGGAAATATTTCTCTTGAGTGTTGAGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232410	AGTGCATCATAGAAACATGCTGAGGAAATATTTCTCTTGAGTGTTGAGGA	232459

CR391980.17	801	AATCTCCACTTTGACCTGTGTGATGACAGATATTTGTGAGGGAAACTTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232460	AATCTCCACTTTGACCTGTGTGATGACAGATATTTGTGAGGGAAACTTGA	232509

CR391980.17	851	GCCGAAAGCTGTTTCTTGGATGGATCGTTTGCAGACAAATGGAAGGTTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232510	GCCGAAAGCTGTTTCTTGGATGGATCGTTTGCAGACAAATGGAAGGTTGT	232559

CR391980.17	901	TTGTCTTTCAAACAAAGATTCGAAAGTTCAGTCAATATGGCATTATTTGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232560	TTGTCTTTCAAACAAAGATTCGAAAGTTCAGTCAATATGGCATTATTTGT	232609

CR391980.17	951	GAAAGTCTATTAACACAAAATTCAGCATACATACACAATAATGTATGCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232610	GAAAGTCTATTAACACAAAATTCAGCATACATACACAATAATGTATGCCT	232659

CR391980.17	1001	TTGTTAAACAGTTACTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232660	TTGTTAAACAGTTACTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT	232709

CR391980.17	1051	CTATCTATCTATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232710	CTATCTATCTATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCC	232759

CR391980.17	1101	ATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232760	ATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCAT	232809

CR391980.17	1151	CCATCCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232810	CCATCCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT	232859

CR391980.17	1201	ATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTGTTTGATCAAACAATGACAGCTTT	1250
			||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232860	ATCTATCTATCTATCTATCT----GTGTTTGATCAAACAATGACAGCTTT	232905

CR391980.17	1251	TGTTACAGACCCCAATTAATTCAGCAATAATGTAAAGACATATTAGAGAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232906	TGTTACAGACCCCAATTAATTCAGCAATAATGTAAAGACATATTAGAGAG	232955

CR391980.17	1301	ATTTACAAACTTTTAAAACACACACTGATCATAGTAAGATCAAAAGAACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232956	ATTTACAAACTTTTAAAACACACACTGATCATAGTAAGATCAAAAGAACA	233005

CR391980.17	1351	CCACCAACATGTGTACTTAAATAGGAGATAATTATTCATTTATTCAGTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233006	CCACCAACATGTGTACTTAAATAGGAGATAATTATTCATTTATTCAGTCC	233055

CR391980.17	1401	TTTTATTTATCAGGGGTCGCCACAGCGGAACGAAGCGCCAACTTATCCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233056	TTTTATTTATCAGGGGTCGCCACAGCGGAACGAAGCGCCAACTTATCCAG	233105

CR391980.17	1451	CATATGTTTTACACAGCAGATTCTCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTGGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233106	CATATGTTTTACACAGCAGATTCTCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTGGGA	233155

CR391980.17	1501	AACACCCATACACACTCATTCACACTCATAATCTATGGTACATTTAGACT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233156	AACACCCATACACACTCATTCACACTCATAATCTATGGTACATTTAGACT	233205

CR391980.17	1551	ACTCAATTCACCTATGGCGCATGTCGTTGGACTGAGTGGGAAACAGGAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233206	ACTCAATTCACCTATGGCGCATGTCGTTGGACTGAGTGGGAAACAGGAGC	233255

CR391980.17	1601	ACCCGGAGGAAACCCTTGGCAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233256	ACCCGGAGGAAACCCTTGGCAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACA	233305

CR391980.17	1651	GAAATGCCAACTGGCCCAGCTGAAACTCAAACCTTTGTCCCCTTCATGTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233306	GAAATGCCAACTGGCCCAGCTGAAACTCAAACCTTTGTCCCCTTCATGTC	233355

CR391980.17	1701	AATTCATCTAATCTCTTAACATTTGTTAAGCACACATTGTAACAAGGTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233356	AATTCATCTAATCTCTTAACATTTGTTAAGCACACATTGTAACAAGGTTA	233405

CR391980.17	1751	TATGATACTTGTATTACAGTTCATAAAATAACAAATTTGGTAGTGTTAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233406	TATGATACTTGTATTACAGTTCATAAAATAACAAATTTGGTAGTGTTAAA	233455

CR391980.17	1801	CCTGTATACAAAACAGCTATATTTAACCTCATTTAACAAACACATCAGCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233456	CCTGTATACAAAACAGCTATATTTAACCTCATTTAACAAACACATCAGCC	233505

CR391980.17	1851	AGTGTCTGTTATTTCACATTTCCACCATGACGACAGGTTCTCATGCCAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233506	AGTGTCTGTTATTTCACATTTCCACCATGACGACAGGTTCTCATGCCAGA	233555

CR391980.17	1901	ACTGGCCTCAACTTAACAGTGGAGTAACTGTGACTCTCCTTTTCACTCAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233556	ACTGGCCTCAACTTAACAGTGGAGTAACTGTGACTCTCCTTTTCACTCAC	233605

CR391980.17	1951	ATCCAAAAGATGCAGTGACCAACAAATAAACTGCCCATATTGTGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	233606	ATCCAAAAGATGCAGTGACCAACAAATAAACTGCCCATATTGTGAAGCTT	233655

Compact alignment

skip 1200 bps 100% identity alignment

CR391980.17	1201	ATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTGTTTGATCAAACAATGACAGCTTT	1250
			||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||
BX293997.14	232860	ATCTATCTATCTATCTATCT----GTGTTTGATCAAACAATGACAGCTTT	232905

skip 750 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR391980.17 - 165702 bps
Hit
BX293997.14 - 233655 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.8194020001200012316602336551
286.531733071031210618116320166161
382.31144385100112100496117747181361
487.79164284137593137876117753180471
584.991833691026510633-130795311471
688.56195312161788162099-130842311471
783.141664357324173675-131956323941
878.992227119854499254135646363351
981.68186454143337143790136236366771
1089.15191308107274107581162998632921
1186.61162305161791162095162998633031
1296.111541782547325650-163978641571
1389.8367610382444225479-164285653461
1490.0266310009584696845164315653461
1586.28158305117114117418-11097451100501
1684.013548391961920457-11217081225511
1778.67195665110034110698-11609541616281
1882.22666089870399310-11612441618441
1982.2229367014297214364111917131923701
2084.77141295133799134093-11939311942321
2186.77198339102651060311939311942701
Short-link