<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005354.11	2000	GAATTCCATCTGTTTCTTATCCACATTAATGTCAGTGAAATGCCTTAACT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1	GAATTCCATCTGTTTCTTATCCACATTAATGTCAGTGAAATGCCTTAACT	50

C  BX005354.11	1950	CAGAGTTAGAGTTCTGATGATAGATTGATTACAGCATGATCCAATCACTG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	51	CAGAGTTAGAGTTCTGATGATAGATTGATTACAGCATGATCCAATCACTG	100

C  BX005354.11	1900	CTATTTTCTTACACTAGTAGACTGTCTATTTCAATGGCTAATATCAGGAG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	101	CTATTTTCTTACACTAGTAGACTGTCTATTTCAATGGCTAATATCAGGAG	150

C  BX005354.11	1850	AATTTCTAATAACCAATGCTGTTGTTGTACTGTAATCCACACGAGTCCAG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	151	AATTTCTAATAACCAATGCTGTTGTTGTACTGTAATCCACACGAGTCCAG	200

C  BX005354.11	1800	CTGCGCTCTCATAGCGGGAAAATGAAAACAAAACCTTAGTTGCAGCACAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	201	CTGCGCTCTCATAGCGGGAAAATGAAAACAAAACCTTAGTTGCAGCACAT	250

C  BX005354.11	1750	TTAAAAACGCAACACTGACAACCCGTATCTCTAAACAATTCTTTTCCCAC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	251	TTAAAAACGCAACACTGACAACCCGTATCTCTAAACAATTCTTTTCCCAC	300

C  BX005354.11	1700	TTGTTTTGGCAACACTGTACAAGTATAAACAGTCTTCGAAGTTATCATGC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	301	TTGTTTTGGCAACACTGTACAAGTATAAACAGTCTTCGAAGTTATCATGC	350

C  BX005354.11	1650	ATATTAATGAAGTTGCACCGTATTCACAATAGAGCACGCTGATTGGTGTG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	351	ATATTAATGAAGTTGCACCGTATTCACAATAGAGCACGCTGATTGGTGTG	400

C  BX005354.11	1600	AACTAAGTCTTACTCATGAATGAATGCAGCACACTCAGAGACATCACGAA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	401	AACTAAGTCTTACTCATGAATGAATGCAGCACACTCAGAGACATCACGAA	450

C  BX005354.11	1550	GTACTCCAAGGTATAGACAGCCAGTCTACACTATCAAACACATGCAAGTA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	451	GTACTCCAAGGTATAGACAGCCAGTCTACACTATCAAACACATGCAAGTA	500

C  BX005354.11	1500	TCTAATCGGCGTGATGCAGCAAAAATTCATTTCAAACCGGAAGAACGAAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	501	TCTAATCGGCGTGATGCAGCAAAAATTCATTTCAAACCGGAAGAACGAAA	550

C  BX005354.11	1450	TTTGCTCGAAAATCGCAAAAACAACCAATTTTTAATTTTTTGTGTTATAC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	551	TTTGCTCGAAAATCGCAAAAACAACCAATTTTTAATTTTTTGTGTTATAC	600

C  BX005354.11	1400	ATGTCCTAATAGTGTTTTAAGCAGCATGTGTTTTTGTGTTTCGTGACCAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	601	ATGTCCTAATAGTGTTTTAAGCAGCATGTGTTTTTGTGTTTCGTGACCAT	650

C  BX005354.11	1350	TTAAAGATCCAACCCAGTAAAAATGCAATGCCTATAGTTCACAGGGCATC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	651	TTAAAGATCCAACCCAGTAAAAATGCAATGCCTATAGTTCACAGGGCATC	700

C  BX005354.11	1300	AACACAAGTAGTTCAAGCAAAACAGCACAGAAGGCAGAAGTGCAGATCTG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	701	AACACAAGTAGTTCAAGCAAAACAGCACAGAAGGCAGAAGTGCAGATCTG	750

C  BX005354.11	1250	CAGGCTGCTCTCATCTCTTTGTTTAGATCTACTACACATAAGTGCATTAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	751	CAGGCTGCTCTCATCTCTTTGTTTAGATCTACTACACATAAGTGCATTAA	800

C  BX005354.11	1200	TCTTCCAGGCTCAATCCTGTGAGTGCACGCGATCTGATGCTCTGTTTTGA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	801	TCTTCCAGGCTCAATCCTGTGAGTGCACGCGATCTGATGCTCTGTTTTGA	850

C  BX005354.11	1150	ATTCATCAGTCAGATTAAACACACAGAGCTGTGCTGCTGTTTTACATGCT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	851	ATTCATCAGTCAGATTAAACACACAGAGCTGTGCTGCTGTTTTACATGCT	900

C  BX005354.11	1100	GAGCTAATTGCTGAACTTTGACAGACTGATCTGCCACTGAAGAATGCAGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	901	GAGCTAATTGCTGAACTTTGACAGACTGATCTGCCACTGAAGAATGCAGA	950

C  BX005354.11	1050	GCTGACCTACAGTAGTTTACACCGTTTTTTTTTTTTTTTTTACAAGTGAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	951	GCTGACCTACAGTAGTTTACACCGTTTTTTTTTTTTTTTTTACAAGTGAA	1000

C  BX005354.11	1000	ATGACTGCTTCTACATTTATTAGTCACAAAAATAGCTGGAAGTTATTAGC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1001	ATGACTGCTTCTACATTTATTAGTCACAAAAATAGCTGGAAGTTATTAGC	1050

C  BX005354.11	950	TATAAACACTTTTCGCTTGCAAATAATGGTATGTTATGCAATTCATATAC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1051	TATAAACACTTTTCGCTTGCAAATAATGGTATGTTATGCAATTCATATAC	1100

C  BX005354.11	900	TTTCGGGAAGTATTAATAGTGTAAGAATGGCTATATCTCTCTCCACAATA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1101	TTTCGGGAAGTATTAATAGTGTAAGAATGGCTATATCTCTCTCCACAATA	1150

C  BX005354.11	850	ATAAACCCTGAGAATTGTTATGGAACTCCACACGAGACAAAACCACGAGA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1151	ATAAACCCTGAGAATTGTTATGGAACTCCACACGAGACAAAACCACGAGA	1200

C  BX005354.11	800	ATGGTCAGGCACTAAAACAATAAACTTTCTACTCTGCGAAGAAGATCAGC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1201	ATGGTCAGGCACTAAAACAATAAACTTTCTACTCTGCGAAGAAGATCAGC	1250

C  BX005354.11	750	TAAGAAACCAGTTGTTCAGGTTGTCTCGATCAAGCATCCTGAGCCCCCCT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1251	TAAGAAACCAGTTGTTCAGGTTGTCTCGATCAAGCATCCTGAGCCCCCCT	1300

C  BX005354.11	700	CTTTGCCATGGACTTTACCTTCTACACCAGAGCAGCTCCACACAGAATGT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1301	CTTTGCCATGGACTTTACCTTCTACACCAGAGCAGCTCCACACAGAATGT	1350

C  BX005354.11	650	CTAAGTTTTTAATATGGTGTATCTTGTGGCTCTATATTCCTTGTTTGGTG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1351	CTAAGTTTTTAATATGGTGTATCTTGTGGCTCTATATTCCTTGTTTGGTG	1400

C  BX005354.11	600	TCATTTTAAATGTCTCAGTGTGATTGGTAATGTTATCCTAATGTCACAGT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1401	TCATTTTAAATGTCTCAGTGTGATTGGTAATGTTATCCTAATGTCACAGT	1450

C  BX005354.11	550	AATGATTTACAATCTCCTTTATATCAGCTAATTTGGGTTTTGACTTTGAT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1451	AATGATTTACAATCTCCTTTATATCAGCTAATTTGGGTTTTGACTTTGAT	1500

C  BX005354.11	500	AAGATCTTAGCCAGATGCTCCACTCCAGGGAAAATGGTCTTCACATCAAC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1501	AAGATCTTAGCCAGATGCTCCACTCCAGGGAAAATGGTCTTCACATCAAC	1550

C  BX005354.11	450	TCATGACCAGGCAAGAGTCTTGTGAGCTTTTCTTGTCTTGAATTTATGGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1551	TCATGACCAGGCAAGAGTCTTGTGAGCTTTTCTTGTCTTGAATTTATGGT	1600

C  BX005354.11	400	GATTTGAGAATTTAAGGGAAATGTGGAGAAGTGTCTGTGGGATCCTATAG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1601	GATTTGAGAATTTAAGGGAAATGTGGAGAAGTGTCTGTGGGATCCTATAG	1650

C  BX005354.11	350	CCAGGATACCCCGTTGCAGTGTATAAGTCTCCGAGCTCTGCATTAGGACT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1651	CCAGGATACCCCGTTGCAGTGTATAAGTCTCCGAGCTCTGCATTAGGACT	1700

C  BX005354.11	300	TATATGCTGCATTGTATTTCTACATGATCAGGTGTTAATCTCTAACTATT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1701	TATATGCTGCATTGTATTTCTACATGATCAGGTGTTAATCTCTAACTATT	1750

C  BX005354.11	250	AAATGTATCTGTGAGTAACTGATGTTGTGCAATCTGAATTGGCTTATTTT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1751	AAATGTATCTGTGAGTAACTGATGTTGTGCAATCTGAATTGGCTTATTTT	1800

C  BX005354.11	200	GTTTAATTATGTGAATGGGAATGGAAAATCTTTGCCTGACAGACAAATGT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1801	GTTTAATTATGTGAATGGGAATGGAAAATCTTTGCCTGACAGACAAATGT	1850

C  BX005354.11	150	AAAATTCTTGTTTAACTCTAATATCTGCTGATATCGCTTAAATCTAGTAG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1851	AAAATTCTTGTTTAACTCTAATATCTGCTGATATCGCTTAAATCTAGTAG	1900

C  BX005354.11	100	ATTGTTTAGGCTGATGTTTCCGCAGCTTATGACCAGGATTGGTCATACAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1901	ATTGTTTAGGCTGATGTTTCCGCAGCTTATGACCAGGATTGGTCATACAT	1950

C  BX005354.11	50	TCAGGCTCAATGGATGGAGCATGGGCACAGCATTTGAGACCTGTTGATTT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX284691.5	1951	TCAGGCTCAATGGATGGAGCATGGGCACAGCATTTGAGACCTGTTGATTT	2000

Overview

Query
BX005354.11 - 149165 bps
Hit
BX284691.5 - 174775 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001958200012000-1120001
282.64233567131922132488120601211761
386.582514619815498614120730211761
485.16226479141388141866121287217781
582.51126302132710133011121782220841
682.371253047387474177122594228881
782.361292951212912423-122595228891
882.31129298104819105116-122595228881
987.172193753711537489-123953243261
1082.791543636940969771141439418041
1192.8993412305327254501152076533121
1288.262724436798168423-158548589811
1383.492215408104581584-181172817101
1489.231321951070310897182082822761
1590.56316460123360123819-195579960441
1688.21154245554185566211039141041591
1789.271372111069810908-11067851069891
1889.43142219106265106483-11183821186081
1980.85137450810828153111200331204761
2088.17201337139742140078-11559661563031
2186.26244437981549859011560621565051
2290.32151217306843090011682971685131
2382.5214234812783012817711682981686461
2483.521683708820388572-11682981686491
Short-link