<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX284616.13	221574	AATGGCAAACTATTGAATAGTTCAAATTAACTTTAATTAATATTCTTATG	221623
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1	AATGGCAAACTATTGAATAGTTCAAATTAACTTTAATTAATATTCTTATG	50

BX284616.13	221624	AATAAATATGATGTGCTCTTTTGAAGACTGTACTTGCATCGTGATGACAT	221673
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	51	AATAAATATGATGTGCTCTTTTGAAGACTGTACTTGCATCGTGATGACAT	100

BX284616.13	221674	TATATTGTCCTTCTGGCATTATATAATTAGTGCCATAAAATGACAGTAAT	221723
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	101	TATATTGTCCTTCTGGCATTATATAATTAGTGCCATAAAATGACAGTAAT	150

BX284616.13	221724	ATTGTTTATCGCAACATATTTTGGTGCAATATATTGTACAACAAATATTG	221773
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	151	ATTGTTTATCGCAACATATTTTGGTGCAATATATTGTACAACAAATATTG	200

BX284616.13	221774	ATATCATGACAGGTCTAGGTACAGCTTCTCAATGAGCCACTAATATGAAA	221823
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	201	ATATCATGACAGGTCTAGGTACAGCTTCTCAATGAGCCACTAATATGAAA	250

BX284616.13	221824	TGTTAGGAAGGGAAAATTAATTGAAGGCAGCCATTATAATTCACAAAACT	221873
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	251	TGTTAGGAAGGGAAAATTAATTGAAGGCAGCCATTATAATTCACAAAACT	300

BX284616.13	221874	ATAACTGGGGTGCTTGTATTTAGTGTACATAAAGACAGGCACAAAGTCTT	221923
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	301	ATAACTGGGGTGCTTGTATTTAGTGTACATAAAGACAGGCACAAAGTCTT	350

BX284616.13	221924	TAAAGACCACATGGTCTATATCTTGGCAACAGACAAGCAATATCTATAAT	221973
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	351	TAAAGACCACATGGTCTATATCTTGGCAACAGACAAGCAATATCTATAAT	400

BX284616.13	221974	ATACAGTTGAAATCAATATTATTCACCCTCCTGTAATTTTTTTATTCTTT	222023
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	401	ATACAGTTGAAATCAATATTATTCACCCTCCTGTAATTTTTTTATTCTTT	450

BX284616.13	222024	TGCAAATATTGAGCAAATGATGTTTAACAGAACAAGAAATTTTTCACAGT	222073
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	451	TGCAAATATTGAGCAAATGATGTTTAACAGAACAAGAAATTTTTCACAGT	500

BX284616.13	222074	ATTTCCTACAAAACTTTTCTTATTATTTGTTTTATTTTGGATAGAATAAA	222123
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	501	ATTTCCTACAAAACTTTTCTTATTATTTGTTTTATTTTGGATAGAATAAA	550

BX284616.13	222124	ATCAGTTTTTAAATTTTTAAAAACCATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCC	222173
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	551	ATCAGTTTTTAAATTTTTAAAAACCATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCC	600

BX284616.13	222174	CCTTTAGCAATATCTTTTTTTTTTTTCGATTGTCTACAAAAAAAAACATC	222223
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	601	CCTTTAGCAATATCTTTTTTTTTTTTCGATTGTCTACAAAAAAAAACATC	650

BX284616.13	222224	ATTATATAATGACTTGCCTATTTAACCTAATTAACCTAGTTAGGCCTTTA	222273
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	651	ATTATATAATGACTTGCCTATTTAACCTAATTAACCTAGTTAGGCCTTTA	700

BX284616.13	222274	AATTGCACTTAAAACTAGTATCTTGAAAAAATATGTACATGTACTGTCAT	222323
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	701	AATTGCACTTAAAACTAGTATCTTGAAAAAATATGTACATGTACTGTCAT	750

BX284616.13	222324	CATGGCAAAGATAAAACAAATTAGTTACTACAGATAATAAACTATTATGT	222373
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	751	CATGGCAAAGATAAAACAAATTAGTTACTACAGATAATAAACTATTATGT	800

BX284616.13	222374	TTAGATTTGTGTTGGGGGAAAAAATCTTGGGGGGGGTATAAAGGGGGCTA	222423
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	801	TTAGATTTGTGTTGGGGGAAAAAATCTTGGGGGGGGTATAAAGGGGGCTA	850

BX284616.13	222424	ATAATTCAGGAGGGCAAATAATTCTGACTTGAACTGCATATAATAAACTA	222473
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	851	ATAATTCAGGAGGGCAAATAATTCTGACTTGAACTGCATATAATAAACTA	900

BX284616.13	222474	ATGTTCAATTTTATATTTAAACCATTCGCATGAAATCCAAAAACAGGTGG	222523
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	901	ATGTTCAATTTTATATTTAAACCATTCGCATGAAATCCAAAAACAGGTGG	950

BX284616.13	222524	TAGAATCTGGATCCTGTAGTAGCCATGCCAGTTAATGCACATTTAACCAT	222573
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	951	TAGAATCTGGATCCTGTAGTAGCCATGCCAGTTAATGCACATTTAACCAT	1000

BX284616.13	222574	CTTGACCAGAGGCTGAAAGAGAATAATGGGAAATCAGACGTTTATCCTCA	222623
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1001	CTTGACCAGAGGCTGAAAGAGAATAATGGGAAATCAGACGTTTATCCTCA	1050

BX284616.13	222624	CGAGAAGCTGACGTTGTTAGATCTGTCTTTGCATCATATTACCCTACTTA	222673
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1051	CGAGAAGCTGACGTTGTTAGATCTGTCTTTGCATCATATTACCCTACTTA	1100

BX284616.13	222674	CCTGGTGTTTCCTCTGGAGGAGAGGATTCTGCTTGATCTACAGTTGCGTT	222723
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1101	CCTGGTGTTTCCTCTGGAGGAGAGGATTCTGCTTGATCTACAGTTGCGTT	1150

BX284616.13	222724	TTCTGTGAAAATAGAGATGTAATCATCATTAATTAAAACTCCATATGTTG	222773
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1151	TTCTGTGAAAATAGAGATGTAATCATCATTAATTAAAACTCCATATGTTG	1200

BX284616.13	222774	TTTCTAATTTTCAATTTCAACTTTAGTCATAAAGTTGCAAACAATATAGA	222823
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1201	TTTCTAATTTTCAATTTCAACTTTAGTCATAAAGTTGCAAACAATATAGA	1250

BX284616.13	222824	CACAGTCCATCACTTGACAGCAACGTTTCGGCATCTAGATGTGGTCATCC	222873
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1251	CACAGTCCATCACTTGACAGCAACGTTTCGGCATCTAGATGTGGTCATCC	1300

BX284616.13	222874	TGACGTAGGCATCTAGATCTGCTTAAGTTCAAACTGAGCATCAGAATAGG	222923
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1301	TGACGTAGGCATCTAGATCTGCTTAAGTTCAAACTGAGCATCAGAATAGG	1350

BX284616.13	222924	GAATAGGGAATAAAAGAGATTTTAACATGTTAACAAGAGATGTTGGTGCC	222973
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1351	GAATAGGGAATAAAAGAGATTTTAACATGTTAACAAGAGATGTTGGTGCC	1400

BX284616.13	222974	AAACGGGAAACTGCTGATCTACTGTGATGAACTTACAAAACTGTCTTTAG	223023
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1401	AAACGGGAAACTGCTGATCTACTGTGATGAACTTACAAAACTGTCTTTAG	1450

BX284616.13	223024	GGTTTACAGAGAATGGTCAGAAAAAAAGAGGACAAAGTGGCCTTGTTGTT	223073
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1451	GGTTTACAGAGAATGGTCAGAAAAAAAGAGGACAAAGTGGCCTTGTTGTT	1500

BX284616.13	223074	GCCAGATATCACTGGAGAAAGATCAGACAGTTTCAAGCCGATAGAAGCTG	223123
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1501	GCCAGATATCACTGGAGAAAGATCAGACAGTTTCAAGCCGATAGAAGCTG	1550

BX284616.13	223124	AAATAATCACCTTTTACAACTGCAGAAGAGCATCTCTGAACACACAACAT	223173
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1551	AAATAATCACCTTTTACAACTGCAGAAGAGCATCTCTGAACACACAACAT	1600

BX284616.13	223174	GCCAAAACTTGAAGCAGATGAACTACAGCATCAAAAGGGTCCATCCTGGG	223223
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1601	GCCAAAACTTGAAGCAGATGAACTACAGCATCAAAAGGGTCCATCCTGGG	1650

BX284616.13	223224	GTTTTTAATCAACAGTTTGTGCTTCTGCTGGTGATGTAATGGTTTGGGGT	223273
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1651	GTTTTTAATCAACAGTTTGTGCTTCTGCTGGTGATGTAATGGTTTGGGGT	1700

BX284616.13	223274	TTCATTTTTTTTTTGGCATGCCTAGAACAAGCTAAGCATCATTTAAGCTC	223323
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1701	TTCATTTTTTTTTTGGCATGCCTAGAACAAGCTAAGCATCATTTAAGCTC	1750

BX284616.13	223324	AACAGCCTACAAGTGTACTGTTGCAACCCAAATCCATCCGTACAGCGTCC	223373
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1751	AACAGCCTACAAGTGTACTGTTGCAACCCAAATCCATCCGTACAGCGTCC	1800

BX284616.13	223374	ATCTTGTGGAGGCTGCTATTAACACTCCACTGTCCGCAGATCTCAATCCA	223423
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1801	ATCTTGTGGAGGCTGCTATTAACACTCCACTGTCCGCAGATCTCAATCCA	1850

BX284616.13	223424	AAGCGAGGTTTATTTTCTCTGGTCTCTAATGATGGGTTAAACCTAGTATA	223473
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1851	AAGCGAGGTTTATTTTCTCTGGTCTCTAATGATGGGTTAAACCTAGTATA	1900

BX284616.13	223474	AAATGTTCTTAATTCACCTGCTGAATCCAGAAGATGCATGATTTGATTTT	223523
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1901	AAATGTTCTTAATTCACCTGCTGAATCCAGAAGATGCATGATTTGATTTT	1950

BX284616.13	223524	GTATTCTGTTCTGTGGTTTTTTCATTATGTATTTGGAAATGTCAAAGCTT	223573
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284622.3	1951	GTATTCTGTTCTGTGGTTTTTTCATTATGTATTTGGAAATGTCAAAGCTT	2000

Overview

Query
BX284616.13 - 223573 bps
Hit
BX284622.3 - 126451 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192520002215742235731120001
285.091773577527475630-1626366041
385.31122253104647104899-113955141991
482.861262914576546055113965142441
583.68130276205181205456136134364211
688.05158260188843189102-149880501471
789.262824322788428315-149888503151
887.152394265450354928149889503241
982.581534461640716852-154244546851
1081.22133452216879217330167486679271
1181.06322902200446201347-175894768011
1281.561363579249692852184727850731
1384.2618245510102110147511019371023811
1484.6919146418422718469011019371023871
1582.2916845019905819950711052081056421
1684.5624256918413318470111107571113131
1786.91241468164011686811107581112231
1883.9412531818650318682011109501112791
1987.2151298164071670411215161218121
2086.5414930418414018444311215161218121
Short-link