<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX276125.6	52431	AAGCTTCTTTCTCATTATGTAGTTATAATAATATACTACGTGGCCTTGCA	52480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1	AAGCTTCTTTCTCATTATGTAGTTATAATAATATACTACGTGGCCTTGCA	50

BX276125.6	52481	TTGTTTATGACACTTCTCAAGTGTGTTTAGTTGTAAGACGTAGTAAAAAC	52530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	51	TTGTTTATGACACTTCTCAAGTGTGTTTAGTTGTAAGACGTAGTAAAAAC	100

BX276125.6	52531	AAAGTTGTCAGCGATTCTTGTTATTGTAAAGTCATGCAGTATGAAAGCAT	52580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	101	AAAGTTGTCAGCGATTCTTGTTATTGTAAAGTCATGCAGTATGAAAGCAT	150

BX276125.6	52581	CTTCGCCGATCCATCCTGTAGTGTAAACAGCAGCAATGGAATGCTACCTC	52630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	151	CTTCGCCGATCCATCCTGTAGTGTAAACAGCAGCAATGGAATGCTACCTC	200

BX276125.6	52631	AGATAGTCATGCGTGGAAACATCTGTGACACAACTACTTTAAAAATCGTG	52680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	201	AGATAGTCATGCGTGGAAACATCTGTGACACAACTACTTTAAAAATCGTG	250

BX276125.6	52681	TAGTCTGAACTCAGCATTTGGTTTTAAGAACTCTCCCGAAAAAATTTTTC	52730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	251	TAGTCTGAACTCAGCATTTGGTTTTAAGAACTCTCCCGAAAAAATTTTTC	300

BX276125.6	52731	CAAATGAAATGCCTGTATTACTGCATCCAATCAGCTCACAGTAGAAAAAC	52780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	301	CAAATGAAATGCCTGTATTACTGCATCCAATCAGCTCACAGTAGAAAAAC	350

BX276125.6	52781	ACAAGCCACGCCCACTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTCCACATGAAC	52830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	351	ACAAGCCACGCCCACTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTCCACATGAAC	400

BX276125.6	52831	CAGAAACTTAAACTCATTTTTATACAATTTATTGTATGAAACAATACTCT	52880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	401	CAGAAACTTAAACTCATTTTTATACAATTTATTGTATGAAACAATACTCT	450

BX276125.6	52881	CTGTGGCCTAAAAAGACTGAAGATGTCTGGGTTTAGTTGACAGTTGGTTC	52930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	451	CTGTGGCCTAAAAAGACTGAAGATGTCTGGGTTTAGTTGACAGTTGGTTC	500

BX276125.6	52931	GGTGTAAGAAAGTTTGATTTTGATTATAGAATTATAATTTTTTTTATAGG	52980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	501	GGTGTAAGAAAGTTTGATTTTGATTATAGAATTATAATTTTTTTTATAGG	550

BX276125.6	52981	CAAGATTTAAAATGCAGCACTCATTTTGCACAGTTTACTGTGAAATACAC	53030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	551	CAAGATTTAAAATGCAGCACTCATTTTGCACAGTTTACTGTGAAATACAC	600

BX276125.6	53031	TCTCTGTGCACGTCTGGGCTTGAAGAAGATTGACGACCCCTGCTTAAGCG	53080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	601	TCTCTGTGCACGTCTGGGCTTGAAGAAGATTGACGACCCCTGCTTAAGCG	650

BX276125.6	53081	AATCGTTTGTTTGATTATAAACTGGGAGACTACACATGAAAGTTTGAATA	53130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	651	AATCGTTTGTTTGATTATAAACTGGGAGACTACACATGAAAGTTTGAATA	700

BX276125.6	53131	TAAACTTTAATAATGGCTCGGAAATGTATTGCTATAAGAATTAAACTAGA	53180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	701	TAAACTTTAATAATGGCTCGGAAATGTATTGCTATAAGAATTAAACTAGA	750

BX276125.6	53181	GCTCTTCTGATGTAATATTCTTCTGTGAGATTTCGTCAGATTGTGCTCAT	53230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	751	GCTCTTCTGATGTAATATTCTTCTGTGAGATTTCGTCAGATTGTGCTCAT	800

BX276125.6	53231	TATCTTAAAAAACACAAATGTGCGCAGCTGAAATAACCTTTTCTTCTGTC	53280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	801	TATCTTAAAAAACACAAATGTGCGCAGCTGAAATAACCTTTTCTTCTGTC	850

BX276125.6	53281	ATGATCCCTATTTTTAGACTAGAAAAAAAGCATGTTGGATCAGATCATTT	53330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	851	ATGATCCCTATTTTTAGACTAGAAAAAAAGCATGTTGGATCAGATCATTT	900

BX276125.6	53331	TTGTACACACTGGCAAGCTCTACTCATTAAAAGTGTGCCCAGTAATTTCT	53380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	901	TTGTACACACTGGCAAGCTCTACTCATTAAAAGTGTGCCCAGTAATTTCT	950

BX276125.6	53381	TGCTCATTAAAAAAGTTTTACACGGAGAAATTAACAGTGTTGTGATTTAG	53430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	951	TGCTCATTAAAAAAGTTTTACACGGAGAAATTAACAGTGTTGTGATTTAG	1000

BX276125.6	53431	CCTTGCATTCATATTAGTTGATTAATGGGGGTGAGATCACATGATCAGCC	53480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1001	CCTTGCATTCATATTAGTTGATTAATGGGGGTGAGATCACATGATCAGCC	1050

BX276125.6	53481	AAAAAACTACTCGTTCTATCTGAGTAACCCCATGGACATTTTTATTAGTG	53530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1051	AAAAAACTACTCGTTCTATCTGAGTAACCCCATGGACATTTTTATTAGTG	1100

BX276125.6	53531	GAAACAACTAATTATAACAGCGTAAACAACCCTATTTCCACTGCACTGCT	53580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1101	GAAACAACTAATTATAACAGCGTAAACAACCCTATTTCCACTGCACTGCT	1150

BX276125.6	53581	AGAGTTAAACTTTTAATTTGCACAGTGCTGTATCTAGTATTTATATTTGA	53630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1151	AGAGTTAAACTTTTAATTTGCACAGTGCTGTATCTAGTATTTATATTTGA	1200

BX276125.6	53631	TGTCATTATTTTATTTCATATTAAATAAAAAAAACATTATTTTATCTGAA	53680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1201	TGTCATTATTTTATTTCATATTAAATAAAAAAAACATTATTTTATCTGAA	1250

BX276125.6	53681	AACAAAATCTAAAAGTTCAACTAAGATGGTAATTTCATTCGGTTTATGTT	53730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1251	AACAAAATCTAAAAGTTCAACTAAGATGGTAATTTCATTCGGTTTATGTT	1300

BX276125.6	53731	AGAGACATTTGCAGTGTTACAAATTCACTTTTTTCTTTGAGGAGTCCTAA	53780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1301	AGAGACATTTGCAGTGTTACAAATTCACTTTTTTCTTTGAGGAGTCCTAA	1350

BX276125.6	53781	AAAAAAATCAAACCAAATGAGTACTGTAAAATTCAAAAAGCTAAGGCAAC	53830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1351	AAAAAAATCAAACCAAATGAGTACTGTAAAATTCAAAAAGCTAAGGCAAC	1400

BX276125.6	53831	TCAAACCATTTGAGGAAAAAAAAAAATGTATATGAGTATTGTGCACTTAC	53880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1401	TCAAACCATTTGAGGAAAAAAAAAAATGTATATGAGTATTGTGCACTTAC	1450

BX276125.6	53881	TCCTTTTAAGTTGAAGTAATGAGGTATTTAATTAACTAATTTCCTTCAAC	53930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1451	TCCTTTTAAGTTGAAGTAATGAGGTATTTAATTAACTAATTTCCTTCAAC	1500

BX276125.6	53931	ACTGAGTTCAAAATTCAACACTGAGTTAAATGAATTAACCTTCAGTAAAT	53980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1501	ACTGAGTTCAAAATTCAACACTGAGTTAAATGAATTAACCTTCAGTAAAT	1550

BX276125.6	53981	TTTGAGTTAACTGCACTCATTTCATTTGATAAAGTTGACTGTCGGGTTTT	54030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1551	TTTGAGTTAACTGCACTCATTTCATTTGATAAAGTTGACTGTCGGGTTTT	1600

BX276125.6	54031	CCAGTGTACTAAAATATTTAACTGTAAAAACCTGATAATGAGAAAAAAAC	54080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1601	CCAGTGTACTAAAATATTTAACTGTAAAAACCTGATAATGAGAAAAAAAC	1650

BX276125.6	54081	ATTAATATTTGATTGTGATTATAGTCTCAATCAGCATATTATAATGAATT	54130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1651	ATTAATATTTGATTGTGATTATAGTCTCAATCAGCATATTATAATGAATT	1700

BX276125.6	54131	ATGAATACAATCCTGAAGTAGCAAAACTTTTAAATCAGTACAACAACAAA	54180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1701	ATGAATACAATCCTGAAGTAGCAAAACTTTTAAATCAGTACAACAACAAA	1750

BX276125.6	54181	AAATCCTTATTTTTTTCTTCTCATGTACTTTATCTCCTTTAGCTGATTGG	54230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1751	AAATCCTTATTTTTTTCTTCTCATGTACTTTATCTCCTTTAGCTGATTGG	1800

BX276125.6	54231	ACAGTAAAGAGTAGACAGGAAAGTGTGGGGTGAGGAGAGTGGGGGAGGCT	54280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1801	ACAGTAAAGAGTAGACAGGAAAGTGTGGGGTGAGGAGAGTGGGGGAGGCT	1850

BX276125.6	54281	CAGCATAGGATCTTGAGGCAAGAATTGAACTCAGGTCACCATGAACACCG	54330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1851	CAGCATAGGATCTTGAGGCAAGAATTGAACTCAGGTCACCATGAACACCG	1900

BX276125.6	54331	GAGTGCCATGTGTTGAAGAACTAACCACTACACCATTGGCACTGACATGT	54380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1901	GAGTGCCATGTGTTGAAGAACTAACCACTACACCATTGGCACTGACATGT	1950

BX276125.6	54381	ACTCAACTTTTGAAAACATCAGTTGCACTGACATAAAATGTCTGAAGTTG	54430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX284616.13	1951	ACTCAACTTTTGAAAACATCAGTTGCACTGACATAAAATGTCTGAAGTTG	2000

Overview

Query
BX276125.6 - 54430 bps
Hit
BX284616.13 - 223573 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001916200052431544301120001
284.4237811387713957123134232101
378.37892913767437964134541348221
482.71611344913849271-134608347401
581.11752071366413870-144402446181
685.381142114917549385144407446181
786.531602911362213912145759460551
887.191682834913849420-145765460451
989.1950743776437837150470505431
1082.034261042958310624179719807361
1181.0310427094729741-192597928701
1284.1754138496734981011040841042221
1397.475879494904956811041451042231
1484.842074034237463911145221149171
1583.871333334478845120-11302171305571
1683.5243924933149422-11707481708381
1780.61471354918849322-11708651709931
1892.6766107494924959811912771913851
1990.232253412473225072-11990581993951
2090.29921353533835472-12036272037601
Short-link