<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX293565.25	1	GTGTTCACTAGAATAAAGAAACAAACAGGTTTGTGATGAATGAAAGGGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187328	GTGTTCACTAGAATAAAGAAACAAACAGGTTTGTGATGAATGAAAGGGTT	187377

BX293565.25	51	AGTAAATTCATTCATTCATTTTCTATTCGCCACAGCGGAATGAACCACCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187378	AGTAAATTCATTCATTCATTTTCTATTCGCCACAGCGGAATGAACCACCA	187427

BX293565.25	101	ACTTATCCAGCAAATGTTTTATGCAGTGGATGTCCTTCCAGCTGCAACGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187428	ACTTATCCAGCAAATGTTTTATGCAGTGGATGTCCTTCCAGCTGCAACGC	187477

BX293565.25	151	AGTTCTGGGAAACATCCATACACTCTCATTCACACACACACATACACTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187478	AGTTCTGGGAAACATCCATACACTCTCATTCACACACACACATACACTGA	187527

BX293565.25	201	CAATTTTATCTTACCTAATTCACCTATTCAATAGTTCTGCTGTTTTTTGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187528	CAATTTTATCTTACCTAATTCACCTATTCAATAGTTCTGCTGTTTTTTGC	187577

BX293565.25	251	TGGGCAAAAACCAGCAGACTGAGGAACAGCTCTTTCCCCAGAGCTGTCTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187578	TGGGCAAAAACCAGCAGACTGAGGAACAGCTCTTTCCCCAGAGCTGTCTC	187627

BX293565.25	301	CCTTTTGAACTCTGCCCCTCACTGTCTCTTTTGCCCCCCTATTACACCCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187628	CCTTTTGAACTCTGCCCCTCACTGTCTCTTTTGCCCCCCTATTACACCCA	187677

BX293565.25	351	CCACTCTCCTCTAAGTTTTGCTCTTCACAATCACTGCACTATTCAACATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187678	CCACTCTCCTCTAAGTTTTGCTCTTCACAATCACTGCACTATTCAACATG	187727

BX293565.25	401	TGCACATTTAAAAATTGTACATATTCATTGCACTACATTGCACTGATTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187728	TGCACATTTAAAAATTGTACATATTCATTGCACTACATTGCACTGATTCA	187777

BX293565.25	451	CTTATTTGAACTGTACATACCCACAGCATATGGACATCTGTAGTTATATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187778	CTTATTTGAACTGTACATACCCACAGCATATGGACATCTGTAGTTATATA	187827

BX293565.25	501	CACACTGATACATTTGTAATTATGTTTATCTATCTGCACACTTCTAATTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187828	CACACTGATACATTTGTAATTATGTTTATCTATCTGCACACTTCTAATTA	187877

BX293565.25	551	TTAATAGCAAACTGTACATATATTCATTTATTGCAAATCTCTGTTCATAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187878	TTAATAGCAAACTGTACATATATTCATTTATTGCAAATCTCTGTTCATAG	187927

BX293565.25	601	CTAATACAACCTATACATAATGATCATAGTACAATCATCTGTAAACATCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187928	CTAATACAACCTATACATAATGATCATAGTACAATCATCTGTAAACATCA	187977

BX293565.25	651	CCATAGTTTTTCTATAACTGCACTTTATAACTTGTATACCTGTATCCTGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	187978	CCATAGTTTTTCTATAACTGCACTTTATAACTTGTATACCTGTATCCTGC	188027

BX293565.25	701	GCTTGCTACTATTGCACTGCTGGTTAGACCTAAACTGCAATTCGTTGCCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188028	GCTTGCTACTATTGCACTGCTGGTTAGACCTAAACTGCAATTCGTTGCCT	188077

BX293565.25	751	TGTATTGTACATGTGTAATGACAATAAAGTTGAATCTAATCTAATCTAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188078	TGTATTGTACATGTGTAATGACAATAAAGTTGAATCTAATCTAATCTAAT	188127

BX293565.25	801	CTATAGCGCATGTCTTTTGGACTTGTGGGGAAAACACATCTTTAACATCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188128	CTATAGCGCATGTCTTTTGGACTTGTGGGGAAAACACATCTTTAACATCT	188177

BX293565.25	851	CTCTGTTAAACAGCACTTGGTAAACATTTTAAAAAGAAGGCTAATAATTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188178	CTCTGTTAAACAGCACTTGGTAAACATTTTAAAAAGAAGGCTAATAATTT	188227

BX293565.25	901	TGCCTTCATTGGTAAGTTGTACACTAAAGATAAACATAAAAACTGTGCAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188228	TGCCTTCATTGGTAAGTTGTACACTAAAGATAAACATAAAAACTGTGCAT	188277

BX293565.25	951	CAAAATATTTATTTACTCCAAAAATTATTAAAATGCATTTTAAAAGTGGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188278	CAAAATATTTATTTACTCCAAAAATTATTAAAATGCATTTTAAAAGTGGG	188327

BX293565.25	1001	TCAAAATAGGCCAAACTTATGGGGCACACATATCAATTTTAGCATCTGGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188328	TCAAAATAGGCCAAACTTATGGGGCACACATATCAATTTTAGCATCTGGG	188377

BX293565.25	1051	CCAAATATTGGCATCTGGGCCAAATATTGACATCTGGTCCATGTCTTACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188378	CCAAATATTGGCATCTGGGCCAAATATTGACATCTGGTCCATGTCTTACA	188427

BX293565.25	1101	GACGGTGCCACCACTTCCAAACCTGGGCCATGTTTGAGCCACATGCTGTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188428	GACGGTGCCACCACTTCCAAACCTGGGCCATGTTTGAGCCACATGCTGTA	188477

BX293565.25	1151	TGCCAGAGCCGGATGAATGGCTGCTGTGCCAGCTTTATGTCAAATCTGGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188478	TGCCAGAGCCGGATGAATGGCTGCTGTGCCAGCTTTATGTCAAATCTGGG	188527

BX293565.25	1201	CCAGAATTCTTTGCTACCTGGGAATGAATTGCCAGACCAACACCCAGATC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188528	CCAGAATTCTTTGCTACCTGGGAATGAATTGCCAGACCAACACCCAGATC	188577

BX293565.25	1251	ATTACAAACACACATTATCTCTCTCTATATATATATATATTTTTTTTTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188578	ATTACAAACACACATTATCTCTCTCTATATATATATATATTTTTTTTTTT	188627

BX293565.25	1301	TTTTAAACAAATAAATAAAACAAATGATGTTTTATGGTAGCTTTAATCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188628	TTTTAAACAAATAAATAAAACAAATGATGTTTTATGGTAGCTTTAATCCA	188677

BX293565.25	1351	TCTTTTGTATGCTATATAACAGTTTATACGAACCATATGTAATTGAGGAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188678	TCTTTTGTATGCTATATAACAGTTTATACGAACCATATGTAATTGAGGAA	188727

BX293565.25	1401	AACCTTAATTAATGCGTAATTACCATCGCTACAATTTAAGGCTAACTACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188728	AACCTTAATTAATGCGTAATTACCATCGCTACAATTTAAGGCTAACTACA	188777

BX293565.25	1451	ATAACCATGATTTTCTTCTTCAGTAAAACCTTGTAAAAAGTGACATGTGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188778	ATAACCATGATTTTCTTCTTCAGTAAAACCTTGTAAAAAGTGACATGTGG	188827

BX293565.25	1501	AGTAACTTGACAACAAAATGGTTCCAGTCAGAACACAACGCACTACTTCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188828	AGTAACTTGACAACAAAATGGTTCCAGTCAGAACACAACGCACTACTTCA	188877

BX293565.25	1551	ATATCCTAACTGTATGATCTTGTAAATACATTTCCGATTAATATCACCTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188878	ATATCCTAACTGTATGATCTTGTAAATACATTTCCGATTAATATCACCTC	188927

BX293565.25	1601	TACCGATTGCATTCTGTATCTCAACTACACGGAAAAATCAACAATTGAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188928	TACCGATTGCATTCTGTATCTCAACTACACGGAAAAATCAACAATTGAAT	188977

BX293565.25	1651	GATAGCGTAAAACCTAAAACAGTAACTGCAAGACTTTACAACAGAAATTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	188978	GATAGCGTAAAACCTAAAACAGTAACTGCAAGACTTTACAACAGAAATTA	189027

BX293565.25	1701	TAAAGGCGTCCTGATTTTAGGGATGAGGCGCCACCTGCTGGCGGAAAAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	189028	TAAAGGCGTCCTGATTTTAGGGATGAGGCGCCACCTGCTGGCGGAAAAGT	189077

BX293565.25	1751	AACATTTTTAAAATGCACATATTACATTGTACTTTCTAGATTTCAGTGTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	189078	AACATTTTTAAAATGCACATATTACATTGTACTTTCTAGATTTCAGTGTC	189127

BX293565.25	1801	AACGTGAGTACATTAATAAAAGACGACAGACTTTTCTTTTAGAGGTTAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	189128	AACGTGAGTACATTAATAAAAGACGACAGACTTTTCTTTTAGAGGTTAAT	189177

BX293565.25	1851	TAACAGTTTTTCACCTTTAAACGTGAACAATGCACTGACGTCATTACGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	189178	TAACAGTTTTTCACCTTTAAACGTGAACAATGCACTGACGTCATTACGTA	189227

BX293565.25	1901	CGAAACGTAGAGCGCGCGCTTGGTATATATATTCATGAGCGTAGACGTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	189228	CGAAACGTAGAGCGCGCGCTTGGTATATATATTCATGAGCGTAGACGTCA	189277

BX293565.25	1951	TCGGTCTCTTTGACTGTGTCCGCCGTGGTAGGCGGCATGATAGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX255931.5	189278	TCGGTCTCTTTGACTGTGTCCGCCGTGGTAGGCGGCATGATAGTGAATTC	189327

Overview

Query
BX293565.25 - 160930 bps
Hit
BX255931.5 - 189327 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193820001200011873281893271
284.121814725004050511-112198126631
382.911293554333643690112201125571
482.43128418155804156221112237126631
583.081363763453334908-112264126471
686.671623405008650425-156766570951
786.671352734341843690156766570351
885.62136287155878156164156793570771
984.08198487155770156256157830583191
1084.922345584995250509-157832583751
1187.931182284491745144-158133583641
1285.521042239481795039163835640551
1380.661343545288353236-178711790721
1484.13139348433434369011161931165261
1585.522044674999950465-11162191166741
1688.2813223614854014877511163511165891
1785.611472804594446223-11599651602351
1883.242625571354314099-11605251610731
1988.02245384116115116498-11606841610671
2086.961662785911659393-11607091609841
2184.71462804550245781-11607931610731
2282.43135297529015319711844521847471
Short-link