<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248305.13	1	GGCCAACATGACAAAACCCTGTCTCTACTAAAAACAAAAAATTAGCTAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38161	GGCCAACATGACAAAACCCTGTCTCTACTAAAAACAAAAAATTAGCTAGG	38210

BX248305.13	51	CATGGTGGTCGGCGCCTGTAATCTTAACTACCTGGGAGGCTGAGGCAGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38211	CATGGTGGTCGGCGCCTGTAATCTTAACTACCTGGGAGGCTGAGGCAGGA	38260

BX248305.13	101	GAATTGCTGGAACCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38261	GAATTGCTGGAACCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCA	38310

BX248305.13	151	TTGCACTCCAGTCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38311	TTGCACTCCAGTCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAA	38360

BX248305.13	201	ATTGCATCGAAATCAAATTCCAGTTATCAAAATATTAATAAAAACTTTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38361	ATTGCATCGAAATCAAATTCCAGTTATCAAAATATTAATAAAAACTTTCA	38410

BX248305.13	251	ATAGAGTAAATTGAAACTGTCCCAAGATTGACAAGAATTGCATGCTGGGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38411	ATAGAGTAAATTGAAACTGTCCCAAGATTGACAAGAATTGCATGCTGGGA	38460

BX248305.13	301	TCTGGGCAGAAATATAGTTATAATTAAGCATAAACCAGGCTGCACTTTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38461	TCTGGGCAGAAATATAGTTATAATTAAGCATAAACCAGGCTGCACTTTGG	38510

BX248305.13	351	CTCACTGCTCTATTCCTGCAAGTCTCCAGATCCTGACCATCTGCATCCCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38511	CTCACTGCTCTATTCCTGCAAGTCTCCAGATCCTGACCATCTGCATCCCC	38560

BX248305.13	401	GTTGTGCTAACATTAGGATGAGAATGTCTCTATATTATGATCCATTGTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38561	GTTGTGCTAACATTAGGATGAGAATGTCTCTATATTATGATCCATTGTCT	38610

BX248305.13	451	CTATATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGCCAGGCACGGTGACTTACGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38611	CTATATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGCCAGGCACGGTGACTTACGCC	38660

BX248305.13	501	TGTAATCCTGACACTTTGGGAGGCTGAGGAGGGCGGATCACGAGGTCAAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38661	TGTAATCCTGACACTTTGGGAGGCTGAGGAGGGCGGATCACGAGGTCAAG	38710

BX248305.13	551	AAATCCAGACCATCCTGGCCAACATGGCAAAACCCTGTCTCTACTAAACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38711	AAATCCAGACCATCCTGGCCAACATGGCAAAACCCTGTCTCTACTAAACA	38760

BX248305.13	601	TACAAAAAAATTAGCTGGGCTTGGTGGCGCGCATCTGTAGTCCCAGCTAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38761	TACAAAAAAATTAGCTGGGCTTGGTGGCGCGCATCTGTAGTCCCAGCTAC	38810

BX248305.13	651	TCAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATCTCTTGAACCCATGAGGCAGAGGTTGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38811	TCAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATCTCTTGAACCCATGAGGCAGAGGTTGC	38860

BX248305.13	701	AGTGAGCCAAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAAGCAAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38861	AGTGAGCCAAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAAGCAAGA	38910

BX248305.13	751	CTCTATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCAGCACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38911	CTCTATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCAGCACT	38960

BX248305.13	801	GTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	38961	GTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGAT	39010

BX248305.13	851	CACGAGGTCAAGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATAGTGAAACCCCAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39011	CACGAGGTCAAGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATAGTGAAACCCCAT	39060

BX248305.13	901	CTCTACTAAAAATACAAAAAAATAATGGCATGAACCCAGGAAGTGGAGCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39061	CTCTACTAAAAATACAAAAAAATAATGGCATGAACCCAGGAAGTGGAGCT	39110

BX248305.13	951	TGCAGTAAGCTGAGATCCTGTCACTGCACACCAGCCTGGGCGACAGAGCG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39111	TGCAGTAAGCTGAGATCCTGTCACTGCACACCAGCCTGGGCGACAGAGCG	39160

BX248305.13	1001	AGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAATTGCTGGACGTGGTGGCGGGTGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39161	AGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAATTGCTGGACGTGGTGGCGGGTGC	39210

BX248305.13	1051	CTGCAATCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGGGTATCACTTGAATCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39211	CTGCAATCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGGGTATCACTTGAATCC	39260

BX248305.13	1101	GGAAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCTACTGCACACCAGCCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39261	GGAAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCTACTGCACACCAGCCC	39310

BX248305.13	1151	GGGCGACAGTGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATAATTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39311	GGGCGACAGTGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATAATTA	39360

BX248305.13	1201	GTCACCATGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGTCTGTAATCCCAGCACTTTAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39361	GTCACCATGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGTCTGTAATCCCAGCACTTTAG	39410

BX248305.13	1251	GAGGGCAAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGATCAGCCAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39411	GAGGGCAAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGATCAGCCAG	39460

BX248305.13	1301	AGCCAACATGATGAAACTCCTTCTCTCCTAAAAAATACAAAACTTAGCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39461	AGCCAACATGATGAAACTCCTTCTCTCCTAAAAAATACAAAACTTAGCTG	39510

BX248305.13	1351	GGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAACCCCAGCTACTCCGGAGGCTGAGGCAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39511	GGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAACCCCAGCTACTCCGGAGGCTGAGGCAG	39560

BX248305.13	1401	GAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGAGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39561	GAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGAGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATG	39610

BX248305.13	1451	TCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGAGAGACTCCATCTCAAAAAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39611	TCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGAGAGACTCCATCTCAAAAAAAA	39660

BX248305.13	1501	AAAAAAAAAAAACCTAAGGCGTGGTGGCACATGCCTGTCGTCCCAGCTAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39661	AAAAAAAAAAAACCTAAGGCGTGGTGGCACATGCCTGTCGTCCCAGCTAC	39710

BX248305.13	1551	TCAGGAGGCTAGGGTGGGAGGATCACTTGAGCCTGGAGGTTGAGGCTGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39711	TCAGGAGGCTAGGGTGGGAGGATCACTTGAGCCTGGAGGTTGAGGCTGCA	39760

BX248305.13	1601	GTGAGCCATGACCATGCCACTGCACTCCAGGCTGGGCAACAGAACAAGAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39761	GTGAGCCATGACCATGCCACTGCACTCCAGGCTGGGCAACAGAACAAGAC	39810

BX248305.13	1651	GCTGACTCAAAAGGAAGAAAAGAAAGAGAAGAAAAGTCTATCTGGGTATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39811	GCTGACTCAAAAGGAAGAAAAGAAAGAGAAGAAAAGTCTATCTGGGTATG	39860

BX248305.13	1701	ATGATGACTCCTAATATCTTCTCTCTGGTGGTTGATCTGGTCATTTGATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39861	ATGATGACTCCTAATATCTTCTCTCTGGTGGTTGATCTGGTCATTTGATA	39910

BX248305.13	1751	AGATCTCTAGGCAGGAGGTCTTAAGACAATTGCACTTCTTTTGCAAAGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39911	AGATCTCTAGGCAGGAGGTCTTAAGACAATTGCACTTCTTTTGCAAAGAA	39960

BX248305.13	1801	GTTTTTTCAGTCAGATAAGGAAATTCCAGAAAGTGTGGTAGGACAATTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	39961	GTTTTTTCAGTCAGATAAGGAAATTCCAGAAAGTGTGGTAGGACAATTCT	40010

BX248305.13	1851	AAGGCAGCTTCTAAGGCCTCTCAGCATTTCAAAGCACCAGTCTTTGGGGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	40011	AAGGCAGCTTCTAAGGCCTCTCAGCATTTCAAAGCACCAGTCTTTGGGGT	40060

BX248305.13	1901	ATCACTTTCTGAGCCCCAGCATCTTCTTGCATGTCTATTCTTTTCCCCTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	40061	ATCACTTTCTGAGCCCCAGCATCTTCTTGCATGTCTATTCTTTTCCCCTC	40110

BX248305.13	1951	ATCTCTGTTTCCTTCTCAGAAGGCCCTGAGTTTCCTTCTCCACCCGCTTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248519.7	40111	ATCTCTGTTTCCTTCTCAGAAGGCCCTGAGTTTCCTTCTCCACCCGCTTG	40160

Overview

Query
BX248305.13 - 16685 bps
Hit
BX248519.7 - 40160 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link