<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248519.7	1	CTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCCCTCTCTCCCCTGCAACACACACAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40439	CTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCCCTCTCTCCCCTGCAACACACACAC	40488

BX248519.7	51	ACACACACACACACACACACACGCACGCATGCACGCACCACACACTCTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40489	ACACACACACACACACACACACGCACGCATGCACGCACCACACACTCTGA	40538

BX248519.7	101	CGACCTTTAAAGGCTTCCTGTGGCTGGATGAAATCTAGAGGCTTTACCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40539	CGACCTTTAAAGGCTTCCTGTGGCTGGATGAAATCTAGAGGCTTTACCCT	40588

BX248519.7	151	TCTTGCATGGCCCTGCATGACCTGGCCCCTGCCCTCCTCTCTGACCTCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40589	TCTTGCATGGCCCTGCATGACCTGGCCCCTGCCCTCCTCTCTGACCTCAT	40638

BX248519.7	201	CTCCCACCCGCCTCCCAGTCTCTCTCTCTGCTCCAGCCACACTGGCCTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40639	CTCCCACCCGCCTCCCAGTCTCTCTCTCTGCTCCAGCCACACTGGCCTTC	40688

BX248519.7	251	TGTTTGTCGTCAACACCCCCAGCTTGGTTCCGCCTTCCAGCCTTTGCAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40689	TGTTTGTCGTCAACACCCCCAGCTTGGTTCCGCCTTCCAGCCTTTGCAGT	40738

BX248519.7	301	AGCTGCTCCCTTTACCTGAAATGCTTTGCTCCCAAACTTTTACCTGGTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40739	AGCTGCTCCCTTTACCTGAAATGCTTTGCTCCCAAACTTTTACCTGGTCA	40788

BX248519.7	351	CTATTTTTTGTCATTTGGGTCTCAGCTCCAGTGCCACCCAAACACTCAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40789	CTATTTTTTGTCATTTGGGTCTCAGCTCCAGTGCCACCCAAACACTCAAA	40838

BX248519.7	401	GAGGATTTTGCTGACTACTGTATTTAAAAGTAGCTCCCTGCCACTCTTAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40839	GAGGATTTTGCTGACTACTGTATTTAAAAGTAGCTCCCTGCCACTCTTAC	40888

BX248519.7	451	AACATCAGCCTGTCTTATTTTCTCATAGTACCAATTTCTTCTTCAGTTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40889	AACATCAGCCTGTCTTATTTTCTCATAGTACCAATTTCTTCTTCAGTTTC	40938

BX248519.7	501	TTTCTTTTCCGTCTGGCCTCACTGGAATACAAGCTCCACAGGTGCTGGTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40939	TTTCTTTTCCGTCTGGCCTCACTGGAATACAAGCTCCACAGGTGCTGGTA	40988

BX248519.7	551	CCTTCTCTGATCCCTTTGCCTCCATGTCCCTCCTGCCTTAGGACAATGCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	40989	CCTTCTCTGATCCCTTTGCCTCCATGTCCCTCCTGCCTTAGGACAATGCC	41038

BX248519.7	601	CAGCATGTGTTAGGCACGCAGATACTCACTAAATGGAGGAATGGATGAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41039	CAGCATGTGTTAGGCACGCAGATACTCACTAAATGGAGGAATGGATGAAT	41088

BX248519.7	651	AATTCATAAAGCAGGATAAAGTTCAACTTTAGGCTTGTGGCTCAGATTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41089	AATTCATAAAGCAGGATAAAGTTCAACTTTAGGCTTGTGGCTCAGATTGG	41138

BX248519.7	701	ACTTACATTTAGAGTCAGATTTAAGTTTAGTGTTAGGAGTGGTGGTAAAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41139	ACTTACATTTAGAGTCAGATTTAAGTTTAGTGTTAGGAGTGGTGGTAAAC	41188

BX248519.7	751	TGGTTTCAAGATTAGCCCTAGAAACAGGGTTGGGTTGGGGTAGAGGAGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41189	TGGTTTCAAGATTAGCCCTAGAAACAGGGTTGGGTTGGGGTAGAGGAGAA	41238

BX248519.7	801	GTTTTATTTAGGGGGTTATTAATTGGGATGTGTTTAGATTTAAGGTTAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41239	GTTTTATTTAGGGGGTTATTAATTGGGATGTGTTTAGATTTAAGGTTAGG	41288

BX248519.7	851	GTTACAGTTGGGGTTGAGTTTGAGTTGTGATTTGGGTTGAGGTTAAATTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41289	GTTACAGTTGGGGTTGAGTTTGAGTTGTGATTTGGGTTGAGGTTAAATTT	41338

BX248519.7	901	GGGTTAGGGTTGATGTTGGTATTAAATCCCAATTCAGGTTTTGAGGCTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41339	GGGTTAGGGTTGATGTTGGTATTAAATCCCAATTCAGGTTTTGAGGCTAA	41388

BX248519.7	951	GTTCAAGTTTGAAGCTAATGTCATTTCAGTCTCATTTGGAGGCTTCAGAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41389	GTTCAAGTTTGAAGCTAATGTCATTTCAGTCTCATTTGGAGGCTTCAGAG	41438

BX248519.7	1001	ATTTCACTAGTTTCTCCACAAAGACCACTATAAAGACTGTATTTCCCTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41439	ATTTCACTAGTTTCTCCACAAAGACCACTATAAAGACTGTATTTCCCTGA	41488

BX248519.7	1051	GTCTGGGGCACAAGACTCCAGTCATCAGCTCTCCCACCCAGGGAAAGTCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41489	GTCTGGGGCACAAGACTCCAGTCATCAGCTCTCCCACCCAGGGAAAGTCC	41538

BX248519.7	1101	CAAACCAACTGCTGGCCTGCCCAAGAAAGAAACCAAATTCATACAACCTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41539	CAAACCAACTGCTGGCCTGCCCAAGAAAGAAACCAAATTCATACAACCTC	41588

BX248519.7	1151	CGAAACTGAGATTGAAACCAAGATTGGCCCATCTCAAGGAGCATCCTTCG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41589	CGAAACTGAGATTGAAACCAAGATTGGCCCATCTCAAGGAGCATCCTTCG	41638

BX248519.7	1201	CATATCTCACATGCACGTGACACTGAGCCTCAGCCCAGTCTTACCCTTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41639	CATATCTCACATGCACGTGACACTGAGCCTCAGCCCAGTCTTACCCTTCC	41688

BX248519.7	1251	TTCCTCTGTGTCTCTCATGTCTCCCCATCACCCTTCTTGCCTTCCCTTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41689	TTCCTCTGTGTCTCTCATGTCTCCCCATCACCCTTCTTGCCTTCCCTTTT	41738

BX248519.7	1301	TTGTCTTTCAATGTCCCATTCTTCCTCTTTAATTTAAATTTCTCTCTGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41739	TTGTCTTTCAATGTCCCATTCTTCCTCTTTAATTTAAATTTCTCTCTGTG	41788

BX248519.7	1351	TCTCACTGTTAATTGCAATACCTTTTTTTGTTTGCTTGTTTTGTTTTGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41789	TCTCACTGTTAATTGCAATACCTTTTTTTGTTTGCTTGTTTTGTTTTGTT	41838

BX248519.7	1401	TTGTTTTTTGGTTTGTTTGTTTGAAATGGAGTCTCACTTTGTTGCCCAGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41839	TTGTTTTTTGGTTTGTTTGTTTGAAATGGAGTCTCACTTTGTTGCCCAGG	41888

BX248519.7	1451	CTGGAGGGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41889	CTGGAGGGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGG	41938

BX248519.7	1501	TTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCTTCCCTAGTAGCTAGGATTACAGGCG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41939	TTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCTTCCCTAGTAGCTAGGATTACAGGCG	41988

BX248519.7	1551	CGTGCCACCATGCTCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGCAGTGATGGAGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	41989	CGTGCCACCATGCTCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGCAGTGATGGAGTT	42038

BX248519.7	1601	TCACCGTATTAGCCAGGATTGTCTCTATCTCCTGACCTTGTGATCTGCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	42039	TCACCGTATTAGCCAGGATTGTCTCTATCTCCTGACCTTGTGATCTGCTC	42088

BX248519.7	1651	GCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATGACAGGCATGTGCCACTGCTCCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	42089	GCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATGACAGGCATGTGCCACTGCTCCTG	42138

BX248519.7	1701	GCCTTGTAATAACATTTTATATTTTAATATAGCTCAGCTGGGGTCCCAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	42139	GCCTTGTAATAACATTTTATATTTTAATATAGCTCAGCTGGGGTCCCAGT	42188

BX248519.7	1751	CCATCAGCTCATACCATTAGAGAAGCAGAAAGAGACAACAGGAAGCAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	42189	CCATCAGCTCATACCATTAGAGAAGCAGAAAGAGACAACAGGAAGCAAAA	42238

BX248519.7	1801	AGGACCCTGAGAGAAAGGGCAACACAGAGAAAAAGAAAGGAGCAGGGGCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	42239	AGGACCCTGAGAGAAAGGGCAACACAGAGAAAAAGAAAGGAGCAGGGGCT	42288

BX248519.7	1851	AAAAGGGAAACCCACACTGACACAAGAGATAATAAGGTTAAAAGAATGAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	42289	AAAAGGGAAACCCACACTGACACAAGAGATAATAAGGTTAAAAGAATGAG	42338

BX248519.7	1901	AAGAAGGTTGGGCGCAGTGGCTCACGCCCATAATCCCAGCACTTTGGGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	42339	AAGAAGGTTGGGCGCAGTGGCTCACGCCCATAATCCCAGCACTTTGGGAG	42388

BX248519.7	1951	GCCAAGGCTGGTGGGTCACCTGTGGTCAGGAATTCAAGACCAACCTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248516.6	42389	GCCAAGGCTGGTGGGTCACCTGTGGTCAGGAATTCAAGACCAACCTGGCC	42438

Overview

Query
BX248519.7 - 40160 bps
Hit
BX248516.6 - 42438 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link