<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248580.4	1	ATCCAGTGTATGTTTTTAGGTTTGAGGTTACCATAAGGATTACAAATACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120322	ATCCAGTGTATGTTTTTAGGTTTGAGGTTACCATAAGGATTACAAATACT	120371

BX248580.4	51	ATTTTGTAACCCATTATTTTAACCTGGTAACACTGTTTGCATTAACAAAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120372	ATTTTGTAACCCATTATTTTAACCTGGTAACACTGTTTGCATTAACAAAC	120421

BX248580.4	101	AAAAAACTAATAAAAACTCTACATCTTAACTTCATCCCCCCACTTTTTAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120422	AAAAAACTAATAAAAACTCTACATCTTAACTTCATCCCCCCACTTTTTAA	120471

BX248580.4	151	CTTTTTGTTGTTTCTAATTTTATCTTATTTTTCTGACTGGTCTTGAAAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120472	CTTTTTGTTGTTTCTAATTTTATCTTATTTTTCTGACTGGTCTTGAAAAG	120521

BX248580.4	201	TTGTAGTTACTATTTTTGATTGGTTTATCATTTATTCTTTCTACTTACAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120522	TTGTAGTTACTATTTTTGATTGGTTTATCATTTATTCTTTCTACTTACAC	120571

BX248580.4	251	ACCACAGTTACAATGTTATCACACTTTGGGTTTTTCTGTGTACTTACTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120572	ACCACAGTTACAATGTTATCACACTTTGGGTTTTTCTGTGTACTTACTCT	120621

BX248580.4	301	TAACAGTGAGTTTTTTACCTTTAGATGATTCTTTGTTGCTCATTAATGTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120622	TAACAGTGAGTTTTTTACCTTTAGATGATTCTTTGTTGCTCATTAATGTC	120671

BX248580.4	351	TGTTTCTTTCTGACCAAAGTACTCCCTTAAGCGTTTCTTATGGGACCAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120672	TGTTTCTTTCTGACCAAAGTACTCCCTTAAGCGTTTCTTATGGGACCAGT	120721

BX248580.4	401	CTAGTGTTGATGAAATCCCTCAGCTTTTGTTTGTCTGGGGAAGTCTTTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120722	CTAGTGTTGATGAAATCCCTCAGCTTTTGTTTGTCTGGGGAAGTCTTTGT	120771

BX248580.4	451	TTATTCTTCATGTTTGAAGGATATTTTTGCTGGATATACTATTCTAGGGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120772	TTATTCTTCATGTTTGAAGGATATTTTTGCTGGATATACTATTCTAGGGT	120821

BX248580.4	501	AAAAGGTTTTTTCCCTTCAGCACTTTAACATATGTCATGTCACTCTCTCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120822	AAAAGGTTTTTTCCCTTCAGCACTTTAACATATGTCATGTCACTCTCTCC	120871

BX248580.4	551	TGGCTTGTAAGGTTTCCACTGAAAAATATACTGCCAGATGTATTGGAGCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120872	TGGCTTGTAAGGTTTCCACTGAAAAATATACTGCCAGATGTATTGGAGCT	120921

BX248580.4	601	CCATTGTATGTTATCTGTTTCTTTTCTCTTGCTGCTTTTAGGATCCTTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120922	CCATTGTATGTTATCTGTTTCTTTTCTCTTGCTGCTTTTAGGATCCTTTC	120971

BX248580.4	651	TTTACCCTTGTCCTGTGGGAGTTTGATTATTAAATGCCTTGAGGTAATCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	120972	TTTACCCTTGTCCTGTGGGAGTTTGATTATTAAATGCCTTGAGGTAATCT	121021

BX248580.4	701	TTGGGTTAAATTGGCCTGGTGTTCTATAACCTTCTTGTACTTGGATATAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121022	TTGGGTTAAATTGGCCTGGTGTTCTATAACCTTCTTGTACTTGGATATAA	121071

BX248580.4	751	ATATCTTTCTGTAGGTTTAGGAAGTTCTATGTTATTATCCCTTTCAACAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121072	ATATCTTTCTGTAGGTTTAGGAAGTTCTATGTTATTATCCCTTTCAACAA	121121

BX248580.4	801	ACTTTCTATTCCTATCTCTTTCTCTATCTCTTCTTTAAGGCCAATAACTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121122	ACTTTCTATTCCTATCTCTTTCTCTATCTCTTCTTTAAGGCCAATAACTC	121171

BX248580.4	851	CTAGATTTGCCCTTAAGAAGTTATTTTCTAGATCCTGTGGGCATGCATCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121172	CTAGATTTGCCCTTAAGAAGTTATTTTCTAGATCCTGTGGGCATGCATCA	121221

BX248580.4	901	TTGTTTTTTATTTTTTGTCTCCTCTGAATGTGTATTTTTCTTTCTTTCTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121222	TTGTTTTTTATTTTTTGTCTCCTCTGAATGTGTATTTTTCTTTCTTTCTT	121271

BX248580.4	951	TTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCCTTCACCAGGCTAGAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121272	TTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCCTTCACCAGGCTAGAGT	121321

BX248580.4	1001	GCAATGGTGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121322	GCAATGGTGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGC	121371

BX248580.4	1051	AATTCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGAGCCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121372	AATTCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGAGCCA	121421

BX248580.4	1101	CCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTCTCTCCATGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121422	CCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTCTCTCCATGT	121471

BX248580.4	1151	TGGTCAGGCTGGTCTCAAACTGCCAACCTCAGGTGATCCGCCTACCTCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121472	TGGTCAGGCTGGTCTCAAACTGCCAACCTCAGGTGATCCGCCTACCTCAG	121521

BX248580.4	1201	CCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGTCGTGAGGTGAGCCACTGTGCCCAGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121522	CCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGTCGTGAGGTGAGCCACTGTGCCCAGC	121571

BX248580.4	1251	TTTGTTACTGTTAATAGTGCTGCAATGAACATACACTTGCATGTGTCTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121572	TTTGTTACTGTTAATAGTGCTGCAATGAACATACACTTGCATGTGTCTTT	121621

BX248580.4	1301	ATGGTGGAATGATTTATATTCCTTTAGGTAAATATCCAGTAATGGGATTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121622	ATGGTGGAATGATTTATATTCCTTTAGGTAAATATCCAGTAATGGGATTG	121671

BX248580.4	1351	GTGAGTCAAATGGTAGTTGTTTTTAGCTCTCTGAGGAATCACCACACTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121672	GTGAGTCAAATGGTAGTTGTTTTTAGCTCTCTGAGGAATCACCACACTGC	121721

BX248580.4	1401	TGTCCACAGTGATTGAACTAATTTACACTCCTAACAAGTGTATAAGTTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121722	TGTCCACAGTGATTGAACTAATTTACACTCCTAACAAGTGTATAAGTTCC	121771

BX248580.4	1451	TTTTCTCCATAACCTCACCAACATCTATTATTTTTTTACTTTTTTGTAGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121772	TTTTCTCCATAACCTCACCAACATCTATTATTTTTTTACTTTTTTGTAGC	121821

BX248580.4	1501	CATCCTGACTGGCAGATGATATCTCATCATGGTTTTGATTTTGCATTTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121822	CATCCTGACTGGCAGATGATATCTCATCATGGTTTTGATTTTGCATTTCT	121871

BX248580.4	1551	CTAATGATCAGTGATAATTGAGGTTTTCTTTAACACGCTAGTTGGCTGTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121872	CTAATGATCAGTGATAATTGAGGTTTTCTTTAACACGCTAGTTGGCTGTA	121921

BX248580.4	1601	TGTATGTCTTTTTTGAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCATTTTTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121922	TGTATGTCTTTTTTGAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCATTTTTTA	121971

BX248580.4	1651	ATGGAGTGGGTTTTTTTTTTCCTGTAACTGTGTTTAAATTCCTTATAGAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	121972	ATGGAGTGGGTTTTTTTTTTCCTGTAACTGTGTTTAAATTCCTTATAGAT	122021

BX248580.4	1701	GCTAGATATTAGCCCCTTGTCAGATGCATAGTTTGCAAAAATTTTCTGTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	122022	GCTAGATATTAGCCCCTTGTCAGATGCATAGTTTGCAAAAATTTTCTGTC	122071

BX248580.4	1751	ATTTGGTAGATTGTCTGCCCTGTTGTTTATTTTGCTATGAAAAAGCTCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	122072	ATTTGGTAGATTGTCTGCCCTGTTGTTTATTTTGCTATGAAAAAGCTCTT	122121

BX248580.4	1801	AAATCCAATTTGTCCATTTTTGCTTTTGTTACAATTGCTTTTGGTGTCTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	122122	AAATCCAATTTGTCCATTTTTGCTTTTGTTACAATTGCTTTTGGTGTCTT	122171

BX248580.4	1851	CATCATGAAATATTTGCCAGTTCCTATGTCCAGAATGGTATTGCCTAAGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	122172	CATCATGAAATATTTGCCAGTTCCTATGTCCAGAATGGTATTGCCTAAGT	122221

BX248580.4	1901	TATCTTCAGGATTTTTATAATTTTGGGTTTTAACTCTTTAAACCATCTTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	122222	TATCTTCAGGATTTTTATAATTTTGGGTTTTAACTCTTTAAACCATCTTA	122271

BX248580.4	1951	ATTTTTGTACATAGTAAAAGGGGTCCAGTTACGATCTTCTGCATATGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248419.4	122272	ATTTTTGTACATAGTAAAAGGGGTCCAGTTACGATCTTCTGCATATGGCC	122321

Overview

Query
BX248580.4 - 57170 bps
Hit
BX248419.4 - 122321 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link