<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX247947.4	1	GGCCACAAAAGTTTCAATGAAGGTAAGTTCTTATGGAAATTCATATGCCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33284	GGCCACAAAAGTTTCAATGAAGGTAAGTTCTTATGGAAATTCATATGCCG	33333

BX247947.4	51	CAGAGGTTAAGAGAACAGATTCTGATGTCAGACAGACTTAAAGTCAAGTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33334	CAGAGGTTAAGAGAACAGATTCTGATGTCAGACAGACTTAAAGTCAAGTC	33383

BX247947.4	101	TTATTTTTTCCAGCTAGTTAGCTAAGTGATCACAGGTGAATGATATAATC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33384	TTATTTTTTCCAGCTAGTTAGCTAAGTGATCACAGGTGAATGATATAATC	33433

BX247947.4	151	TCTCTGAGCCTTAATTTTTTTAAATTTTATTTTAGATTCAAGGGTACATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33434	TCTCTGAGCCTTAATTTTTTTAAATTTTATTTTAGATTCAAGGGTACATG	33483

BX247947.4	201	TGCAGGTTTGTTATATAGGTAAATTTCACCTCACAGTGATTATTTAGTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33484	TGCAGGTTTGTTATATAGGTAAATTTCACCTCACAGTGATTATTTAGTCA	33533

BX247947.4	251	CCCAGGTAATAAGCATAGTACCTGATAAGCAGTTTATTGATCCTCACCCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33534	CCCAGGTAATAAGCATAGTACCTGATAAGCAGTTTATTGATCCTCACCCT	33583

BX247947.4	301	TCTTCTATCCTCCACCCTCAATTATGTCCTGGTATCTGTTGTTCCTTTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33584	TCTTCTATCCTCCACCCTCAATTATGTCCTGGTATCTGTTGTTCCTTTCT	33633

BX247947.4	351	TTGTGTTCATGTGTACTCAGTGTTAGGTCCCACTTTTAAGTGAGAATATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33634	TTGTGTTCATGTGTACTCAGTGTTAGGTCCCACTTTTAAGTGAGAATATA	33683

BX247947.4	401	TGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTTAGAATAATGACCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33684	TGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTTAGAATAATGACCTC	33733

BX247947.4	451	CAGTTCCATCCATGTTGCTGCAAAGGACATAATCTGTTTGTTTTTTGTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33734	CAGTTCCATCCATGTTGCTGCAAAGGACATAATCTGTTTGTTTTTTGTTT	33783

BX247947.4	501	TGTTCTGTTTTGTTTTTATGTGAGCCTTAATTTTCTTATCTATAAAGTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33784	TGTTCTGTTTTGTTTTTATGTGAGCCTTAATTTTCTTATCTATAAAGTTG	33833

BX247947.4	551	CGGTAACAACAGAGTCTAATTCATTGGGTTTTTGTGAGGATTTGTAGACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33834	CGGTAACAACAGAGTCTAATTCATTGGGTTTTTGTGAGGATTTGTAGACT	33883

BX247947.4	601	TGCAAACAATCAAGCTTAATATCTGGCACAAAATAGTATCTTGATAGATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33884	TGCAAACAATCAAGCTTAATATCTGGCACAAAATAGTATCTTGATAGATG	33933

BX247947.4	651	TTTTTGTTAGCAAGTCAGACAGGTCAGCGCAAAGGCTAATGTTTGGCTCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33934	TTTTTGTTAGCAAGTCAGACAGGTCAGCGCAAAGGCTAATGTTTGGCTCA	33983

BX247947.4	701	CATGGGGTGACTTTGCTGGGAAGAGAAGGGTATTCTTGAAATATCAGTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	33984	CATGGGGTGACTTTGCTGGGAAGAGAAGGGTATTCTTGAAATATCAGTGG	34033

BX247947.4	751	CATTGGAACCCACAAGAGACCCAGAGGAAGGTGGAAGAAGAGGCTCTATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34034	CATTGGAACCCACAAGAGACCCAGAGGAAGGTGGAAGAAGAGGCTCTATA	34083

BX247947.4	801	CATCACTGTTAACAGAAACTGCTACCCAGCACAGATATGAGCCAAAAACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34084	CATCACTGTTAACAGAAACTGCTACCCAGCACAGATATGAGCCAAAAACT	34133

BX247947.4	851	ACCAAGACACGGAAGAGCAAATATAAGGGCTATGATATGCAGGAGAGTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34134	ACCAAGACACGGAAGAGCAAATATAAGGGCTATGATATGCAGGAGAGTCA	34183

BX247947.4	901	GTGAACTGCAGAACAAATAAGTGGAATAAGCTGAGAGGGTGAATCAAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34184	GTGAACTGCAGAACAAATAAGTGGAATAAGCTGAGAGGGTGAATCAAAAA	34233

BX247947.4	951	CAGCCATCTCCAAGAGGCAAGTATTTATTAATAATTAAAAGTGCAATCTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34234	CAGCCATCTCCAAGAGGCAAGTATTTATTAATAATTAAAAGTGCAATCTA	34283

BX247947.4	1001	CATACTTTATATCATTCCAACACTTTATTCAAATGCAACAGTATTTATTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34284	CATACTTTATATCATTCCAACACTTTATTCAAATGCAACAGTATTTATTG	34333

BX247947.4	1051	CAAACTTTCTATGTGCCTATTGCTCTTTGGCACTGTGGAGAATATCAAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34334	CAAACTTTCTATGTGCCTATTGCTCTTTGGCACTGTGGAGAATATCAAGT	34383

BX247947.4	1101	ACATACAGGGTGGTGATTCTGTCCAGAGAGCACTTGCTGTCCTGTTAAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34384	ACATACAGGGTGGTGATTCTGTCCAGAGAGCACTTGCTGTCCTGTTAAGA	34433

BX247947.4	1151	AAGCACTGATTCTCATGAAACTATCAGAGAACAGTTTGCAAAGTAAGAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34434	AAGCACTGATTCTCATGAAACTATCAGAGAACAGTTTGCAAAGTAAGAAA	34483

BX247947.4	1201	ACACTCAAAATGTAAAGCGAAAAGACAAAGGTGTTACTCCCTGTCCCCAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34484	ACACTCAAAATGTAAAGCGAAAAGACAAAGGTGTTACTCCCTGTCCCCAC	34533

BX247947.4	1251	CCCCCAAAAGGGGTTGTGTGGCCTTCCTCAAACTCATTTTATCAATGTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34534	CCCCCAAAAGGGGTTGTGTGGCCTTCCTCAAACTCATTTTATCAATGTGG	34583

BX247947.4	1301	AAAACCTCACAACTACTGCTCTTCAATTGAACAAAACTGCAATAGCGAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34584	AAAACCTCACAACTACTGCTCTTCAATTGAACAAAACTGCAATAGCGAGG	34633

BX247947.4	1351	AACAGCATTTAAGAAGGGTTGCCTAAAGGATTGTCAAAACAGCTTTTCCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34634	AACAGCATTTAAGAAGGGTTGCCTAAAGGATTGTCAAAACAGCTTTTCCT	34683

BX247947.4	1401	CTGATAATTTAAAATCTAAATCTTATCCCCAAGCTAAAGCAGATGAGCAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34684	CTGATAATTTAAAATCTAAATCTTATCCCCAAGCTAAAGCAGATGAGCAC	34733

BX247947.4	1451	AGAGCTACACATTTAAAATGCTGAAATATTTCCACTTCCTACATATCTCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34734	AGAGCTACACATTTAAAATGCTGAAATATTTCCACTTCCTACATATCTCC	34783

BX247947.4	1501	ATCAACTCATCTTTCCTAGAACTGGTCTTGCTAAAGAGTGTTTTGGCATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34784	ATCAACTCATCTTTCCTAGAACTGGTCTTGCTAAAGAGTGTTTTGGCATT	34833

BX247947.4	1551	AAGCCATTGGTTTACATTGAGAAAGATTACAAGAAGCAACATTATGAAAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34834	AAGCCATTGGTTTACATTGAGAAAGATTACAAGAAGCAACATTATGAAAC	34883

BX247947.4	1601	TCTCAGAGGGATCATTTTTCTCATATCTCAGTGATAGGAATCACTGTATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34884	TCTCAGAGGGATCATTTTTCTCATATCTCAGTGATAGGAATCACTGTATT	34933

BX247947.4	1651	TTTCCTGTCATATAAGCAATAACATTTCCTCACAGTTTTATGGAAGTACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34934	TTTCCTGTCATATAAGCAATAACATTTCCTCACAGTTTTATGGAAGTACA	34983

BX247947.4	1701	ATTGGCATATGACAAATTGTACATGTTTAAGTGTGCAATTTGATAAGTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	34984	ATTGGCATATGACAAATTGTACATGTTTAAGTGTGCAATTTGATAAGTTT	35033

BX247947.4	1751	TGACCCATGTATGCACCATGACATTATAGGCGCAATCACGAAATGAACAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	35034	TGACCCATGTATGCACCATGACATTATAGGCGCAATCACGAAATGAACAT	35083

BX247947.4	1801	ATCCAGCCCCCGTGCTCCCTCACACTCCATTGTAATCTCTCTCTTTCACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	35084	ATCCAGCCCCCGTGCTCCCTCACACTCCATTGTAATCTCTCTCTTTCACC	35133

BX247947.4	1851	CCTCCCTGCACTCCTCATTCCCAAGCAACCTCTGATCTGCTTCCCAGCAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	35134	CCTCCCTGCACTCCTCATTCCCAAGCAACCTCTGATCTGCTTCCCAGCAC	35183

BX247947.4	1901	TATATTTTTCTTTTTTCAGAGTTTTATATAAATGAAATTATAAAATATGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	35184	TATATTTTTCTTTTTTCAGAGTTTTATATAAATGAAATTATAAAATATGT	35233

BX247947.4	1951	ACTCTTTTTAGTCTGACTTATATTTGGAGATTTGGCCATGTTGTGGTGTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248400.3	35234	ACTCTTTTTAGTCTGACTTATATTTGGAGATTTGGCCATGTTGTGGTGTG	35283

Overview

Query
BX247947.4 - 112061 bps
Hit
BX248400.3 - 35283 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link