<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX897746.7	2000	GAATTCAGAGGTTTTAAACTGAATTAGCAGCTCTCCTGTAAATTTTTCCC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1	GAATTCAGAGGTTTTAAACTGAATTAGCAGCTCTCCTGTAAATTTTTCCC	50

C  BX897746.7	1950	CCAATATCTGTTTAAGGAAGAGAAGATTTTTTTCAACACATTTCTAAACA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	51	CCAATATCTGTTTAAGGAAGAGAAGATTTTTTTCAACACATTTCTAAACA	100

C  BX897746.7	1900	TAATAGTTTTAATAACTAATTTCTAATAACTACATTTATTTTATCTTTGC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	101	TAATAGTTTTAATAACTAATTTCTAATAACTACATTTATTTTATCTTTGC	150

C  BX897746.7	1850	CATGATGACGGTAAATAATATTTTACTAGATATTTTTCAAGAAACTTTTA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	151	CATGATGACGGTAAATAATATTTTACTAGATATTTTTCAAGAAACTTTTA	200

C  BX897746.7	1800	TACAGCTTAAAGTGACGTTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTACTATAGGC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	201	TACAGCTTAAAGTGACGTTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTACTATAGGC	250

C  BX897746.7	1750	AGGATATGCAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGGA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	251	AGGATATGCAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGGA	300

C  BX897746.7	1700	AAAAAATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGACCTTAAATTGGTTTTTAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	301	AAAAAATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGACCTTAAATTGGTTTTTAA	350

C  BX897746.7	1650	AAAAATTCCAAACAGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATTTTATTA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	351	AAAAATTCCAAACAGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATTTTATTA	400

C  BX897746.7	1600	AACAAACTTTCTCCAGAAGACAAAATATTATCAGACACACTGTAAAAATA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	401	AACAAACTTTCTCCAGAAGACAAAATATTATCAGACACACTGTAAAAATA	450

C  BX897746.7	1550	TCCCTGCTCTGTTAAACATAATTTGGGAAATATATATATATATATATATA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	451	TCCCTGCTCTGTTAAACATAATTTGGGAAATATATATATATATATATATA	500

C  BX897746.7	1500	AAAAAAAAAGGGGGGGGCGGGGGGGGGGTTAATAATTCTGATTTCGATTG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	501	AAAAAAAAAGGGGGGGGCGGGGGGGGGGTTAATAATTCTGATTTCGATTG	550

C  BX897746.7	1450	TACAGTAATTATTGCAATCTGTTTCATAAACCCAATAATGTCTGCCTTGG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	551	TACAGTAATTATTGCAATCTGTTTCATAAACCCAATAATGTCTGCCTTGG	600

C  BX897746.7	1400	GAAAATAAAATGTAAAGTCATTAATTTATTTAATTTATTTTAATTTATTT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	601	GAAAATAAAATGTAAAGTCATTAATTTATTTAATTTATTTTAATTTATTT	650

C  BX897746.7	1350	TATTATAATTTATTTATTTTATCTCTCAATTCAGATTTTTTTTCTTGTCA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	651	TATTATAATTTATTTATTTTATCTCTCAATTCAGATTTTTTTTCTTGTCA	700

C  BX897746.7	1300	TTTCTTACTTTCGTTTATTAAGTTTGTTTCAATTATCAGTTTATGTCTTG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	701	TTTCTTACTTTCGTTTATTAAGTTTGTTTCAATTATCAGTTTATGTCTTG	750

C  BX897746.7	1250	CAATTTAGACTTTTTATTATGAGTTTACAACTAAAATACACAAGAAAACA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	751	CAATTTAGACTTTTTATTATGAGTTTACAACTAAAATACACAAGAAAACA	800

C  BX897746.7	1200	GAACTGTGATATGAATCAGAATTGTGGATTTTTTTAACACCTCCAAACAT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	801	GAACTGTGATATGAATCAGAATTGTGGATTTTTTTAACACCTCCAAACAT	850

C  BX897746.7	1150	CCTTGTTATTTGTCTTAAATAAAATTAATTACTGCGTTCATTTAACTGTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	851	CCTTGTTATTTGTCTTAAATAAAATTAATTACTGCGTTCATTTAACTGTT	900

C  BX897746.7	1100	AAACCCCCATAAGGAGCTTAAATATCACAAATTAATGTTGTATTACATAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	901	AAACCCCCATAAGGAGCTTAAATATCACAAATTAATGTTGTATTACATAA	950

C  BX897746.7	1050	GTTTATTCAGTGTTTCACAGCAGTTCAGTTTTGATTGCAGACAGAAGGGT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	951	GTTTATTCAGTGTTTCACAGCAGTTCAGTTTTGATTGCAGACAGAAGGGT	1000

C  BX897746.7	1000	AAAGGAAAAAAATATAACAATAACAATATAATTATTCATATTTAGGACTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1001	AAAGGAAAAAAATATAACAATAACAATATAATTATTCATATTTAGGACTT	1050

C  BX897746.7	950	GTAAAGGGAGGGACGTTTGAGCTATATTTGCATGAGTTAGCAATATATTA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1051	GTAAAGGGAGGGACGTTTGAGCTATATTTGCATGAGTTAGCAATATATTA	1100

C  BX897746.7	900	CTTGTAAATATGACTAATTAACTGATTATATTGATTTACGTGTAGAATGT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1101	CTTGTAAATATGACTAATTAACTGATTATATTGATTTACGTGTAGAATGT	1150

C  BX897746.7	850	GTAGAAGAAAACACTGGCATAGAAATTCCCATTTTTTAAAAATGTGATCA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1151	GTAGAAGAAAACACTGGCATAGAAATTCCCATTTTTTAAAAATGTGATCA	1200

C  BX897746.7	800	AAGATTATAAATTTATTTATTCTTTCTCTTTTTTTAAGCCATGATTATAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1201	AAGATTATAAATTTATTTATTCTTTCTCTTTTTTTAAGCCATGATTATAA	1250

C  BX897746.7	750	CAAATTCATCATAAAAAACATTTTCCCTACTGAACCTGCACAATTTGCTG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1251	CAAATTCATCATAAAAAACATTTTCCCTACTGAACCTGCACAATTTGCTG	1300

C  BX897746.7	700	TAATTTCTTCAGTCACCTTTTTTGTGTGCCTTGACAGTATCTCTTCGATT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1301	TAATTTCTTCAGTCACCTTTTTTGTGTGCCTTGACAGTATCTCTTCGATT	1350

C  BX897746.7	650	TAAGCTCAATTTAAGGGAGATTGCGGTGCTCCAGTAACAATGAGCGAGCT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1351	TAAGCTCAATTTAAGGGAGATTGCGGTGCTCCAGTAACAATGAGCGAGCT	1400

C  BX897746.7	600	TGTATTAGGTCACCTTTTCTCCATTTCAAAGATGTGTGCAGATTGGATGG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1401	TGTATTAGGTCACCTTTTCTCCATTTCAAAGATGTGTGCAGATTGGATGG	1450

C  BX897746.7	550	GTGAAGCCCCAGGTGACACATGTCATAACACTAACTGCATTATTCTGTTA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1451	GTGAAGCCCCAGGTGACACATGTCATAACACTAACTGCATTATTCTGTTA	1500

C  BX897746.7	500	AACTGAATCATCAAGACCTCAGAGACCCAGAGGAATCCAAGAGGGAGAAT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1501	AACTGAATCATCAAGACCTCAGAGACCCAGAGGAATCCAAGAGGGAGAAT	1550

C  BX897746.7	450	TGACAATAGTGTGAAGCAGAATAACAGCTGATACTGGCTGTTTATTAGTA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1551	TGACAATAGTGTGAAGCAGAATAACAGCTGATACTGGCTGTTTATTAGTA	1600

C  BX897746.7	400	GAGGAAACCATCTGATCATCTCTCGGAGGGGCTTAACCTGCATTCTGTCC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1601	GAGGAAACCATCTGATCATCTCTCGGAGGGGCTTAACCTGCATTCTGTCC	1650

C  BX897746.7	350	TCTTTAATTATGTTTTGATAGGCTCTTTTTGTTTATTTTAATTATTTTTA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1651	TCTTTAATTATGTTTTGATAGGCTCTTTTTGTTTATTTTAATTATTTTTA	1700

C  BX897746.7	300	ATGTAAAAATGAATCATGCCGCAAAACTGATTTGATAAATGCAAAGATAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1701	ATGTAAAAATGAATCATGCCGCAAAACTGATTTGATAAATGCAAAGATAA	1750

C  BX897746.7	250	AAACCGGATGTGTTTGAGTCATTTAAAGGTAATGACTCAAACTTTGTTTA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1751	AAACCGGATGTGTTTGAGTCATTTAAAGGTAATGACTCAAACTTTGTTTA	1800

C  BX897746.7	200	TTTCTTTGCTGTGAATGAAAGGCTCTTAATGGCATCAAACGTTATTTTTG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1801	TTTCTTTGCTGTGAATGAAAGGCTCTTAATGGCATCAAACGTTATTTTTG	1850

C  BX897746.7	150	TCCCTCTATTGGCAGTGAAAAGGACTAAAATAAAATGATTTGTCAGAGAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1851	TCCCTCTATTGGCAGTGAAAAGGACTAAAATAAAATGATTTGTCAGAGAT	1900

C  BX897746.7	100	ATGGCAGAATGCTGGTCACGTCCCTCCAGGTCTGCATGTGCCAGCCAAGA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1901	ATGGCAGAATGCTGGTCACGTCCCTCCAGGTCTGCATGTGCCAGCCAAGA	1950

C  BX897746.7	50	AACTGCCTTTGAGATAAATGGGAATGTTAACAGATATTTCTTTAAGAGTA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248327.7	1951	AACTGCCTTTGAGATAAATGGGAATGTTAACAGATATTTCTTTAAGAGTA	2000

Overview

Query
BX897746.7 - 98532 bps
Hit
BX248327.7 - 163307 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001884200012000-1120001
282.41323948394084333-1193931
381.732105546804168594-1354340951
480.87431137953879650118457185711
585.441322529693197182118457187171
679.47802422214522386-118788190161
790.3657833346733549118916189981
879.47802422214522386121216214441
990.3657833346733549-121234213161
1085.061292529693197182-121515217751
1110039749650196574-135418354911
1210035729650296573135419354901
1396.058599895090251890-153092541041
1490.993104435999160433153094535591
1590.55891279692197047172102722281
1610035729650296573198757988281
1710036739650196573-198757988291
1876.11562689692597192199357996281
1998.6336739650196573199665997371
2098.6336739650196573-199666997381
2187.13118202681736837411031431033441
2284.2165135687576889111037401038721
2381.01192526132661379111360561365871
2486.45190388271402752711420471424151
2581.68741968601586210-11567641569651
Short-link