<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR405701.20	2000	GAATTCAAATGAAGGCCTGATAAATGCAGTATGGCCTATAACAGCTGTTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1	GAATTCAAATGAAGGCCTGATAAATGCAGTATGGCCTATAACAGCTGTTT	50

C  CR405701.20	1950	CAATGGTGATAAGTACACGTTGACTCAAAAGCAGGTTGCATCATTTTTTA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	51	CAATGGTGATAAGTACACGTTGACTCAAAAGCAGGTTGCATCATTTTTTA	100

C  CR405701.20	1900	AACTTCATGGTCATCAGTTTCTAGTCAAGACTCAAGTTAAATGCCTTTCT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	101	AACTTCATGGTCATCAGTTTCTAGTCAAGACTCAAGTTAAATGCCTTTCT	150

C  CR405701.20	1850	CTTCGCTAATTTAGATGCTGATTTAGAGGCTGTTACATGCTTTATTAGGA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	151	CTTCGCTAATTTAGATGCTGATTTAGAGGCTGTTACATGCTTTATTAGGA	200

C  CR405701.20	1800	TTACATACACCTTTGAGTTTAGGTTATTGCCAAAGCATATAAATTTCTCG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	201	TTACATACACCTTTGAGTTTAGGTTATTGCCAAAGCATATAAATTTCTCG	250

C  CR405701.20	1750	CGATGGAACTTGGCATTACTGTTATGAAATTTACTTTAAGTGATTTTCAT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	251	CGATGGAACTTGGCATTACTGTTATGAAATTTACTTTAAGTGATTTTCAT	300

C  CR405701.20	1700	GGCAGTTAACACATACTTTAACCAAAGTGAAACGTTCTGCCTACACAGAT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	301	GGCAGTTAACACATACTTTAACCAAAGTGAAACGTTCTGCCTACACAGAT	350

C  CR405701.20	1650	TCCAGCTTTCAGCAAAACGAAACCTTACTGAACAAATCATGCAAAATAAA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	351	TCCAGCTTTCAGCAAAACGAAACCTTACTGAACAAATCATGCAAAATAAA	400

C  CR405701.20	1600	GGGGGGCAGCTTAAAAAAAATACAAAAGCACAGCTTTTTTATAAGTTTGG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	401	GGGGGGCAGCTTAAAAAAAATACAAAAGCACAGCTTTTTTATAAGTTTGG	450

C  CR405701.20	1550	TCTGGTATTATCTTTAATGAAAAATAAAAAGTAAATAGTAACTTTATAAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	451	TCTGGTATTATCTTTAATGAAAAATAAAAAGTAAATAGTAACTTTATAAA	500

C  CR405701.20	1500	ACAAAAAAGCAAAAGTGTAAAAATATAGTTCATCCAAAAAATAACAATGT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	501	ACAAAAAAGCAAAAGTGTAAAAATATAGTTCATCCAAAAAATAACAATGT	550

C  CR405701.20	1450	ATTCGCTATTTACTGATTGGTTCTAAATGTTTATGAGTTTCTTTTTTACG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	551	ATTCGCTATTTACTGATTGGTTCTAAATGTTTATGAGTTTCTTTTTTACG	600

C  CR405701.20	1400	ATGAACAAAAAAACAAGATATTGTGAAGAATATTGTAAACCAGCAGCCAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	601	ATGAACAAAAAAACAAGATATTGTGAAGAATATTGTAAACCAGCAGCCAT	650

C  CR405701.20	1350	TAACATAAATAAGGTCAATGGTTAAAAAAAAAGTCAACAGTTAACGGTTT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	651	TAACATAAATAAGGTCAATGGTTAAAAAAAAAGTCAACAGTTAACGGTTT	700

C  CR405701.20	1300	CTAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATCTGTTGTGTTCAACATAAAA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	701	CTAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATCTGTTGTGTTCAACATAAAA	750

C  CR405701.20	1250	AGAAACTCAAACAAGTTTGAAACAAGTAAATAATAACGGAAATGTTATTT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	751	AGAAACTCAAACAAGTTTGAAACAAGTAAATAATAACGGAAATGTTATTT	800

C  CR405701.20	1200	CTGGGGGAACTGTCCCTTTAAAGGATGATGTCAGCGGCTGTTAAGTAAAC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	801	CTGGGGGAACTGTCCCTTTAAAGGATGATGTCAGCGGCTGTTAAGTAAAC	850

C  CR405701.20	1150	TGAGAAAATAGAAGTAAAGAAAGCATCTAATTATAGAGTAGTGATATTTG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	851	TGAGAAAATAGAAGTAAAGAAAGCATCTAATTATAGAGTAGTGATATTTG	900

C  CR405701.20	1100	CACAAGCGATGTCATTTCAGCAGCATCATCATATTTACAGGCGAGGTACT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	901	CACAAGCGATGTCATTTCAGCAGCATCATCATATTTACAGGCGAGGTACT	950

C  CR405701.20	1050	TAATGCTAGATGCCAGTTTCAGTTTACAGAGCTTTGGTTTCATTTATTAC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	951	TAATGCTAGATGCCAGTTTCAGTTTACAGAGCTTTGGTTTCATTTATTAC	1000

C  CR405701.20	1000	ATTTCTTTACAAGCTCTTCACAGAAAAGTTACCAATGGAACAGATAAAAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1001	ATTTCTTTACAAGCTCTTCACAGAAAAGTTACCAATGGAACAGATAAAAT	1050

C  CR405701.20	950	ATAGAAATTCTTGCATATTATTCAATTGTAGGTCACTTTGGATAAAAGCA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1051	ATAGAAATTCTTGCATATTATTCAATTGTAGGTCACTTTGGATAAAAGCA	1100

C  CR405701.20	900	TCTGCTGAATGACTGAAGCAATGTTGGGGAAAGTTACTTTAGAAAGTAGT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1101	TCTGCTGAATGACTGAAGCAATGTTGGGGAAAGTTACTTTAGAAAGTAGT	1150

C  CR405701.20	850	TTGTTACAATATTGAGTGACTCACCAAAAAAGTAACTAGTTAAGTTACTT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1151	TTGTTACAATATTGAGTGACTCACCAAAAAAGTAACTAGTTAAGTTACTT	1200

C  CR405701.20	800	GGGTACTTTTTATAATCAGTAACTTTTAAGTTTCTTTTGTGTTTCTATTC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1201	GGGTACTTTTTATAATCAGTAACTTTTAAGTTTCTTTTGTGTTTCTATTC	1250

C  CR405701.20	750	CGTTAGAACTTGCAGGGGTTTTTTTTCTTCTTTTTTTAAATAGAAAAAAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1251	CGTTAGAACTTGCAGGGGTTTTTTTTCTTCTTTTTTTAAATAGAAAAAAA	1300

C  CR405701.20	700	TAAATAAGTAACATAGGATAATGTTATCTTCGAACAACTTCCTGAGCCCA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1301	TAAATAAGTAACATAGGATAATGTTATCTTCGAACAACTTCCTGAGCCCA	1350

C  CR405701.20	650	GACCTCTAGATGCTGTATACACAGAATAATGAATGTTTAAAGCAACGTGT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1351	GACCTCTAGATGCTGTATACACAGAATAATGAATGTTTAAAGCAACGTGT	1400

C  CR405701.20	600	TTGCCACTTTTGTACTTTTTATCTTATTAGTGAAGTAAAATCACTGTCCA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1401	TTGCCACTTTTGTACTTTTTATCTTATTAGTGAAGTAAAATCACTGTCCA	1450

C  CR405701.20	550	CTGAGACAATCCCCTTTTTATTTTCTTCCATGTGTTTAAAATAATGTGAA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1451	CTGAGACAATCCCCTTTTTATTTTCTTCCATGTGTTTAAAATAATGTGAA	1500

C  CR405701.20	500	TTTTCCATTGCAGAAATCTAAAGCCCTGCCATCTTTATTTCTGTCTGTTC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1501	TTTTCCATTGCAGAAATCTAAAGCCCTGCCATCTTTATTTCTGTCTGTTC	1550

C  CR405701.20	450	CAACATTCTCTCATTGTGTGGGATTCAATGTGTCTGTGTTCATTTTAATT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1551	CAACATTCTCTCATTGTGTGGGATTCAATGTGTCTGTGTTCATTTTAATT	1600

C  CR405701.20	400	CAGCAATTTATTTTTTTAAAGCAATTAACTAAACTAAAAAGTAACTTGCA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1601	CAGCAATTTATTTTTTTAAAGCAATTAACTAAACTAAAAAGTAACTTGCA	1650

C  CR405701.20	350	TTATTTTTTTCAAGTAACTCAAAGATTATAACTTAATTTTGAAAAGTAAT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1651	TTATTTTTTTCAAGTAACTCAAAGATTATAACTTAATTTTGAAAAGTAAT	1700

C  CR405701.20	300	GCGTTACTATACTCATTACTAAGAAAAGTCATATTATTACATAACTCGCA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1701	GCGTTACTATACTCATTACTAAGAAAAGTCATATTATTACATAACTCGCA	1750

C  CR405701.20	250	ATACTTGTAATGCAATACCCCCAACACTGGATATAACCAGTTATAATAAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1751	ATACTTGTAATGCAATACCCCCAACACTGGATATAACCAGTTATAATAAT	1800

C  CR405701.20	200	GCCAGTATTGATATCAGCAAAAATAATAACTTAAGACAATATCTTAGACA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1801	GCCAGTATTGATATCAGCAAAAATAATAACTTAAGACAATATCTTAGACA	1850

C  CR405701.20	150	GTGTAACAAACGATGCCAAAAACTAAAATTGAAAGTAAATATATTGAAAC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1851	GTGTAACAAACGATGCCAAAAACTAAAATTGAAAGTAAATATATTGAAAC	1900

C  CR405701.20	100	AATAAATACTGAACTACAACTAATGGTCACAAGTGGAAACAAATAACTGA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1901	AATAAATACTGAACTACAACTAATGGTCACAAGTGGAAACAAATAACTGA	1950

C  CR405701.20	50	AGTGAAAGGACTTGTGTGTATGTTTTCTCAGTCAAAATGGCAAATAAAGG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248083.4	1951	AGTGAAAGGACTTGTGTGTATGTTTTCTCAGTCAAAATGGCAAATAAAGG	2000

Overview

Query
CR405701.20 - 125284 bps
Hit
BX248083.4 - 148679 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001886200012000-1120001
288.751482367901579250111068112981
383.910223664976732-114272145071
486.611021985412054317114314145221
586.851262137903879250130358305701
679.11179589111638112226139040396041
782.021643927102671417-139287396811
882.861102495495555203-143778440221
986.781312387901279249-162266624921
1086.082465181151412031164204647201
1186.91913728998290353-164377647501
1286.58841481836918516191341914891
1384.57911955220352397-191341915411
1491.231061686723667403197950981201
1581.73761979540895604199069992651
1682.8977187120451120637199079992651
1784.317515646604815199088992401
1885.3177145982839842711049211050631
1989.2385132120618120749-11049351050641
2088.811802955491355207-11139601142541
2188.2784145687896893311139981141421
2282.85913146713167444-11326091329231
2387.53166372671326750311328171331931
2481.371072791679017068-11449171451951
Short-link