<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR848682.9	1	GTCAAAGTTAGCAAGTTAGGCAAGACGCAAGAAAGTTTTCTCTTTAGCTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221426	GTCAAAGTTAGCAAGTTAGGCAAGACGCAAGAAAGTTTTCTCTTTAGCTC	221475

CR848682.9	51	TTTTTAGTTTGTATGTTCTCCCCGTGTTGGCGTGGATTTCCTCCGGGTGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221476	TTTTTAGTTTGTATGTTCTCCCCGTGTTGGCGTGGATTTCCTCCGGGTGC	221525

CR848682.9	101	CCCGGTTTACCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGAATAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221526	CCCGGTTTACCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGAATAA	221575

CR848682.9	151	GCTAACTTGACCGTAGTGTATGAGTGTGAATGAGAGGGGGTGTACATTAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221576	GCTAACTTGACCGTAGTGTATGAGTGTGAATGAGAGGGGGTGTACATTAC	221625

CR848682.9	201	TGGTTTGCAGCTGGAATGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGTGTTGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221626	TGGTTTGCAGCTGGAATGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGTGTTGG	221675

CR848682.9	251	CTGCCGTTGTCATACATAAGTTGTCTGTTCATTCCACTGTGGCAACCCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221676	CTGCCGTTGTCATACATAAGTTGTCTGTTCATTCCACTGTGGCAACCCCA	221725

CR848682.9	301	TGATGAATAAAAGGACTATGCCGAAGGAAAATGATTGAATTAACTCTTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221726	TGATGAATAAAAGGACTATGCCGAAGGAAAATGATTGAATTAACTCTTCA	221775

CR848682.9	351	GTGGATTCTCTTTTCTTGCACATGGTGTCTTGCATGATAATTAAAATATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221776	GTGGATTCTCTTTTCTTGCACATGGTGTCTTGCATGATAATTAAAATATT	221825

CR848682.9	401	ATCAAAAATGTTTTGGCACATCTCTGCATTGATGTATGGTTCTGATGGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221826	ATCAAAAATGTTTTGGCACATCTCTGCATTGATGTATGGTTCTGATGGAT	221875

CR848682.9	451	AACTAAAATACACTCTTTTTTTCAGTAAAGCTGCTGTAGTTTATTTGGCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221876	AACTAAAATACACTCTTTTTTTCAGTAAAGCTGCTGTAGTTTATTTGGCT	221925

CR848682.9	501	AAATTTGGATTTTTTGCTTAAATTAAGTTTAAAAAGTTTGCATGAAGTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221926	AAATTTGGATTTTTTGCTTAAATTAAGTTTAAAAAGTTTGCATGAAGTTA	221975

CR848682.9	551	AAAGGAACTCACTTTGTCATCATGCTGAACTGTGCACACACATTTTAACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	221976	AAAGGAACTCACTTTGTCATCATGCTGAACTGTGCACACACATTTTAACA	222025

CR848682.9	601	CACAAGTTCTTATGCCTTCCATTTAATAAATTTATATCATTCATTCATTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222026	CACAAGTTCTTATGCCTTCCATTTAATAAATTTATATCATTCATTCATTC	222075

CR848682.9	651	ATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222076	ATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCAT	222125

CR848682.9	701	TCAATCAGACATTTATTTGTTTATCTATTTTCTTATTTGTTTATTTATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222126	TCAATCAGACATTTATTTGTTTATCTATTTTCTTATTTGTTTATTTATTT	222175

CR848682.9	751	ATTTTTGTGATTGCCCTGTTATTGCCACCTTAAATAAATGTGAAAAAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222176	ATTTTTGTGATTGCCCTGTTATTGCCACCTTAAATAAATGTGAAAAAAAT	222225

CR848682.9	801	ACTATATGTTTTTTAAAACGATTAAAACAAAAATTGTGTTATTCTAAAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222226	ACTATATGTTTTTTAAAACGATTAAAACAAAAATTGTGTTATTCTAAAAT	222275

CR848682.9	851	AATAAACAAAACCCTAAAATACACCACATACAGTATGTATTTAAAAAACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222276	AATAAACAAAACCCTAAAATACACCACATACAGTATGTATTTAAAAAACA	222325

CR848682.9	901	GGAAAAATGATCATGCATGCCATCACTGTTTGTTAAGGGGCTTCACAGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222326	GGAAAAATGATCATGCATGCCATCACTGTTTGTTAAGGGGCTTCACAGAG	222375

CR848682.9	951	GTACAGTACTCCATACAGACAAATGTCTACACTGTGAAAGCAGAGCATAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222376	GTACAGTACTCCATACAGACAAATGTCTACACTGTGAAAGCAGAGCATAA	222425

CR848682.9	1001	AAACCATCCATCAATCTTTTCTCCCATCTCTCATTATCCATGAACATACT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222426	AAACCATCCATCAATCTTTTCTCCCATCTCTCATTATCCATGAACATACT	222475

CR848682.9	1051	GAATACTCCCCTCAGGTGTACAGTAAATACCATTGTAGATTCTTGAGTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222476	GAATACTCCCCTCAGGTGTACAGTAAATACCATTGTAGATTCTTGAGTTA	222525

CR848682.9	1101	CTTAATGCTGCCGGTGATTTAAATTTCACTACTGCGCACACACCCTTCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222526	CTTAATGCTGCCGGTGATTTAAATTTCACTACTGCGCACACACCCTTCCA	222575

CR848682.9	1151	CAATGACCTTTCACAGAGTGTAAAGTGTTTTATTTAGCAGACTCCTGCCG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222576	CAATGACCTTTCACAGAGTGTAAAGTGTTTTATTTAGCAGACTCCTGCCG	222625

CR848682.9	1201	GCAAGAGCTCTCACTCTATAAAGAGCTGTGTGTGTGTGCTGTGTGTGTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222626	GCAAGAGCTCTCACTCTATAAAGAGCTGTGTGTGTGTGCTGTGTGTGTGT	222675

CR848682.9	1251	GATCCACTCAGGAGGTTTCTGTCCTCTGCTTTCCTCCACAGCGCATGCGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222676	GATCCACTCAGGAGGTTTCTGTCCTCTGCTTTCCTCCACAGCGCATGCGA	222725

CR848682.9	1301	TATAATGCTGTGGTGTGTGTTTATACTCACCGGGTGATACACAGCACCAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222726	TATAATGCTGTGGTGTGTGTTTATACTCACCGGGTGATACACAGCACCAC	222775

CR848682.9	1351	TACACATATGATGGCCACCTGCAGAGCACCAATGACGGACGCGATGAGGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222776	TACACATATGATGGCCACCTGCAGAGCACCAATGACGGACGCGATGAGGA	222825

CR848682.9	1401	CATAGCGGAGCTTTCCAGAGCCTGGCACCACATATAGCACATTATACTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222826	CATAGCGGAGCTTTCCAGAGCCTGGCACCACATATAGCACATTATACTCC	222875

CR848682.9	1451	TTAGTGTCACACTGCGGCCCGCTGAATCCTGAGTGACAGCTGAAGAAAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222876	TTAGTGTCACACTGCGGCCCGCTGAATCCTGAGTGACAGCTGAAGAAAGA	222925

CR848682.9	1501	GGAAACACTCCCTTATATCCTTGTTTGATTGCATGGGTGTCTATTACTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222926	GGAAACACTCCCTTATATCCTTGTTTGATTGCATGGGTGTCTATTACTTG	222975

CR848682.9	1551	TTTTTAAACAGTCTACACTCTCTGTAATATACACACACTCACTGCAGTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	222976	TTTTTAAACAGTCTACACTCTCTGTAATATACACACACTCACTGCAGTGT	223025

CR848682.9	1601	TTCCTCAAAGGCTTTCCTCAAAAACACCTGCTGTTTTACTGCAGCAACTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	223026	TTCCTCAAAGGCTTTCCTCAAAAACACCTGCTGTTTTACTGCAGCAACTG	223075

CR848682.9	1651	CTCAAGATGATTTTTTCTGTCTTATTATTTCTCTTTTCTTTTACTTTTCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	223076	CTCAAGATGATTTTTTCTGTCTTATTATTTCTCTTTTCTTTTACTTTTCT	223125

CR848682.9	1701	GTGACTTTAATATGAGATTCACAACCTGAATAGCCAATTATATTTTATTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	223126	GTGACTTTAATATGAGATTCACAACCTGAATAGCCAATTATATTTTATTA	223175

CR848682.9	1751	GGCTGATGTGTGCAGCTTTGCAGTAAAAAAAAAACTTGGTGGCAGCTTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	223176	GGCTGATGTGTGCAGCTTTGCAGTAAAAAAAAAACTTGGTGGCAGCTTGA	223225

CR848682.9	1801	TCTGCAGAAATGATTTGTGTAATGTTTTCTCTAAACAATGTACAAATCAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	223226	TCTGCAGAAATGATTTGTGTAATGTTTTCTCTAAACAATGTACAAATCAA	223275

CR848682.9	1851	GCAATAATATATATATATAATTTTTTTAAAATTTATTTATTTATTTTTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	223276	GCAATAATATATATATATAATTTTTTTAAAATTTATTTATTTATTTTTTT	223325

CR848682.9	1901	TAATTTTTAATTATTGCATTTAACACATTTTTTGAACTAACTAATAACTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	223326	TAATTTTTAATTATTGCATTTAACACATTTTTTGAACTAACTAATAACTA	223375

CR848682.9	1951	AAGATATTTTTAAAGGGTTCACACTTAGCTGATCATTGATAATAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX247888.10	223376	AAGATATTTTTAAAGGGTTCACACTTAGCTGATCATTGATAATAAAGCTT	223425

Overview

Query
CR848682.9 - 84943 bps
Hit
BX247888.10 - 223425 bps
Total alignments
44
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193720001200012214262234251
2100347044367444361219322621
310034704436744436-1220922781
498.5334684437144438113826138931
510037777618376259113891139671
697.3734765126851343113894139691
710034694436844436114083141511
810034704436744436-114086141551
910031645127651339119656197191
1010031647618276245119656197191
1110034694436844436125950260181
1210034704436744436-125951260201
1310035714436644436139260393301
1410034704436744436-139265393341
1589.631171914972049910-139780399721
1692.37301185122451341-146759468761
1710034694436844436150419504871
1810034704436744436-150424504931
1980.82872238001180233-156220564381
2089.3660945452654619159287593801
219441505634556394-160485605341
2290.28881424976449905-175948760911
2310034694436844436194836949041
2410034704436744436-194851949201
2583.96541065452154626-11010851011901
26100415563769111066901067441
2710034694436844436-11079001079681
281003469443684443611079011079691
291003667512755134111259161259821
3096.433584761827626511259171260001
3195.77521407612976268-11267491268901
321003469443684443611364331365011
3396.593488512335132011829961830831
341004287761827626811829971830831
3594.253387512355132111858661859521
3697.674286761837626811858661859511
3782.11323844952549908-11880691884591
381003674761837625612168542169271
3997.333775512725134612168552169291
4083.1165362799868034712175082178681
4110030377382873864-12183062183421
4284.651182724962049891-12208352211011
431003470443674443612213162213851
4410034694436844436-12213362214041
Short-link