<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX649460.11	79591	CTACTAACTTCGAAAATACAAATGCCATGGAAGTCAATGATTCTTCAAAA	79542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217383	CTACTAACTTCGAAAATACAAATGCCATGGAAGTCAATGATTCTTCAAAA	217432

C  BX649460.11	79541	TATCTTCTTTTATATTCAAAAACTTAAACAGGTTTGGAACAAGTAAAAGG	79492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217433	TATCTTCTTTTATATTCAAAAACTTAAACAGGTTTGGAACAAGTAAAAGG	217482

C  BX649460.11	79491	TGAATAAATGATGACAATTTTCAGTTTGGGTGTACTATCCCTTTAAATGC	79442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217483	TGAATAAATGATGACAATTTTCAGTTTGGGTGTACTATCCCTTTAAATGC	217532

C  BX649460.11	79441	ACTTTTTTTTTTGTCAATCATCCTCACATATGCAGGTCTTTGACCTGGAC	79392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217533	ACTTTTTTTTTTGTCAATCATCCTCACATATGCAGGTCTTTGACCTGGAC	217582

C  BX649460.11	79391	CTATATATTAAAACAGGAAGAACGGTTCCATTACCATGAAATTATTCAGA	79342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217583	CTATATATTAAAACAGGAAGAACGGTTCCATTACCATGAAATTATTCAGA	217632

C  BX649460.11	79341	TATTTTAAAATTACAAAAGAATAAAATATATCATCAAATGATAGTAACAT	79292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217633	TATTTTAAAATTACAAAAGAATAAAATATATCATCAAATGATAGTAACAT	217682

C  BX649460.11	79291	CAGTGAGTACCTCCTCAGTACATTAAGCATCTGGCTTATACTTGCAGTCT	79242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217683	CAGTGAGTACCTCCTCAGTACATTAAGCATCTGGCTTATACTTGCAGTCT	217732

C  BX649460.11	79241	CATTCATATTCTCAAATCTATTCTTTCAACAGTCTTCAAAATCAATATTT	79192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217733	CATTCATATTCTCAAATCTATTCTTTCAACAGTCTTCAAAATCAATATTT	217782

C  BX649460.11	79191	TGATCACTGAAAGCCGATTCACCAGATCCGTGATTAACTGACTGTGACAA	79142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217783	TGATCACTGAAAGCCGATTCACCAGATCCGTGATTAACTGACTGTGACAA	217832

C  BX649460.11	79141	TTATATCAGATCACAAACAGTAACTGCTCTGCAGTAAAGCCATTTAAGCC	79092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217833	TTATATCAGATCACAAACAGTAACTGCTCTGCAGTAAAGCCATTTAAGCC	217882

C  BX649460.11	79091	ATTTTAACTTCTGCATTTTGCTGATGATATTCTAGTTTTATGCCTGTGGT	79042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217883	ATTTTAACTTCTGCATTTTGCTGATGATATTCTAGTTTTATGCCTGTGGT	217932

C  BX649460.11	79041	AATTAAAAGTTAAATGTCACGCTATCATTATGTACCGGAAACTGCCATCT	78992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217933	AATTAAAAGTTAAATGTCACGCTATCATTATGTACCGGAAACTGCCATCT	217982

C  BX649460.11	78991	AGAGGTATAAGGGTGAGTTGCACACAATGAGAATTCAGATATATAATTTT	78942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	217983	AGAGGTATAAGGGTGAGTTGCACACAATGAGAATTCAGATATATAATTTT	218032

C  BX649460.11	78941	TGATCCAAAAAAAAAACCTATTTACTGACACTAATACATTACACACCCTT	78892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218033	TGATCCAAAAAAAAAACCTATTTACTGACACTAATACATTACACACCCTT	218082

C  BX649460.11	78891	ATATCAGGGGTGTCCAAACTCAGTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCATATT	78842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218083	ATATCAGGGGTGTCCAAACTCAGTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCATATT	218132

C  BX649460.11	78841	TTAATTCCAACCCCAATTAAACACACCTGAACCAGCTAATCGAGCTCTTT	78792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218133	TTAATTCCAACCCCAATTAAACACACCTGAACCAGCTAATCGAGCTCTTT	218182

C  BX649460.11	78791	CTAGGTATACTAGAAACTTCCAGACAGGTGTGTTGAAGGAAGTTGGAGTT	78742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218183	CTAGGTATACTAGAAACTTCCAGACAGGTGTGTTGAAGGAAGTTGGAGTT	218232

C  BX649460.11	78741	AAACTATGCAGGATATCGGCCCTCCAGGAATGAGTTTGGACACCCCTGGG	78692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218233	AAACTATGCAGGATATCGGCCCTCCAGGAATGAGTTTGGACACCCCTGGG	218282

C  BX649460.11	78691	TTATACACTTTAAAAAAATAGTTATTTATTGTTTTAAAAATAATTTATTT	78642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218283	TTATACACTTTAAAAAAATAGTTATTTATTGTTTTAAAAATAATTTATTT	218332

C  BX649460.11	78641	TTATTTTTAAAGCTTACTGCTGCTTCCACTTTCCTTATAGGCCCAAGCGC	78592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218333	TTATTTTTAAAGCTTACTGCTGCTTCCACTTTCCTTATAGGCCCAAGCGC	218382

C  BX649460.11	78591	AGACAGAATTTTGATTATTTTTTATTTCTCTCAATGTGGTCCAAAAGAAA	78542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218383	AGACAGAATTTTGATTATTTTTTATTTCTCTCAATGTGGTCCAAAAGAAA	218432

C  BX649460.11	78541	ACAAGGGCATATTGTATAATAACAACATCAGGATGAGTGAACTGTAGCTT	78492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218433	ACAAGGGCATATTGTATAATAACAACATCAGGATGAGTGAACTGTAGCTT	218482

C  BX649460.11	78491	TAAGGGCACTACGAGTGTCCACTTGCATAAACAACTGCGCCGTATGCCCA	78442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218483	TAAGGGCACTACGAGTGTCCACTTGCATAAACAACTGCGCCGTATGCCCA	218532

C  BX649460.11	78441	TGCAACAACTTGAAACCTCTTTGAAATGGCAAAATAAAGAGCGTAAGCTG	78392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218533	TGCAACAACTTGAAACCTCTTTGAAATGGCAAAATAAAGAGCGTAAGCTG	218582

C  BX649460.11	78391	GCTAACAGGTAGCTGCAGAGCGTGTCTGTGTGTGCGAGGCAGAGATAGCA	78342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218583	GCTAACAGGTAGCTGCAGAGCGTGTCTGTGTGTGCGAGGCAGAGATAGCA	218632

C  BX649460.11	78341	TGTGTGTGTGTGCTCGTTCTCTAGGAGGCAGCTTTTGGCTTTGGGCTGTC	78292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218633	TGTGTGTGTGTGCTCGTTCTCTAGGAGGCAGCTTTTGGCTTTGGGCTGTC	218682

C  BX649460.11	78291	ACAGTGTGTTTGATGCTCTCTCATCAGTATGCGCCATCCTGTGAACAGAC	78242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218683	ACAGTGTGTTTGATGCTCTCTCATCAGTATGCGCCATCCTGTGAACAGAC	218732

C  BX649460.11	78241	TCAGGCTTCCCTCTCTAGCTTTAACACTCCAGAATTGTTCATGCACAATT	78192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218733	TCAGGCTTCCCTCTCTAGCTTTAACACTCCAGAATTGTTCATGCACAATT	218782

C  BX649460.11	78191	TATATTCAGTGTGGGCGACAATACCATCGCAATCCAGCTCTGGCACCACT	78142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218783	TATATTCAGTGTGGGCGACAATACCATCGCAATCCAGCTCTGGCACCACT	218832

C  BX649460.11	78141	CGACTGCTCTAAAACCCTTCTCAAATTCTCTACTTCAAACTTGAAACTTG	78092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218833	CGACTGCTCTAAAACCCTTCTCAAATTCTCTACTTCAAACTTGAAACTTG	218882

C  BX649460.11	78091	GTCTAACGAATAGAAAAATGAACTTGGAGACGGTTGAGCCGCATTCAATA	78042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218883	GTCTAACGAATAGAAAAATGAACTTGGAGACGGTTGAGCCGCATTCAATA	218932

C  BX649460.11	78041	CCAAATGTCAGCCGTGACGAATCATCTTATGTGTGAGAGTGTAATTTTAA	77992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218933	CCAAATGTCAGCCGTGACGAATCATCTTATGTGTGAGAGTGTAATTTTAA	218982

C  BX649460.11	77991	CTGCTTCTGTCAGTGGAAGGACGTATGTTGTTCCTGGATAATCACCACTG	77942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	218983	CTGCTTCTGTCAGTGGAAGGACGTATGTTGTTCCTGGATAATCACCACTG	219032

C  BX649460.11	77941	TCATCAGGGTACGGATTTATTTCAGGATTTCATCCAATTAAGGGATGTTA	77892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	219033	TCATCAGGGTACGGATTTATTTCAGGATTTCATCCAATTAAGGGATGTTA	219082

C  BX649460.11	77891	TTAGTAATAATGTCAGTTTGATTAGTTTCCCCAGGCTGAACGGTAGGGAT	77842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	219083	TTAGTAATAATGTCAGTTTGATTAGTTTCCCCAGGCTGAACGGTAGGGAT	219132

C  BX649460.11	77841	TTGGGAGACTTTACCTGTAAGTAGGCCTGCTGGCAGCGCTGCACGAGCTG	77792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	219133	TTGGGAGACTTTACCTGTAAGTAGGCCTGCTGGCAGCGCTGCACGAGCTG	219182

C  BX649460.11	77791	GTGGAAGGCAGGAGTGCGGAGGTGTGCGTGGATATGAGCAGGGTTTAACC	77742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	219183	GTGGAAGGCAGGAGTGCGGAGGTGTGCGTGGATATGAGCAGGGTTTAACC	219232

C  BX649460.11	77741	TCTGCAGGGCCTCCATAATGATCTCCTGCAGGACAAACGGACTAAGAACA	77692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	219233	TCTGCAGGGCCTCCATAATGATCTCCTGCAGGACAAACGGACTAAGAACA	219282

C  BX649460.11	77691	CCTTTCGCTGCCCCCACGCAAAACTGGTAGACATGGTTCACACCTGAGGA	77642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	219283	CCTTTCGCTGCCCCCACGCAAAACTGGTAGACATGGTTCACACCTGAGGA	219332

C  BX649460.11	77641	GAGATGCAGGCGGGGGAAGAGAAAAATACATCGTATTTGCATTCAAGCTT	77592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX247881.6	219333	GAGATGCAGGCGGGGGAAGAGAAAAATACATCGTATTTGCATTCAAGCTT	219382

Overview

Query
BX649460.11 - 79591 bps
Hit
BX247881.6 - 219382 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197020007759279591-12173832193821
2100336718348184141352735931
3100316418726187891353035931
410032651835018414-1353035941
510031641872618789-1353035931
681.74942442600126244-110099103501
784.8141792453924617110313103911
883.061092432600126243162071623181
980.6710035553745728176008763641
1082.8911031554145728-11026501029531
1181.57612055470567411029601031761
1297.43076540395411411579921580681
1397.6235841202212105-11579921580751
1410041841836118444-11579921580751
151004083183501843211579931580751
1697.563482120201210111579941580751
171004082187261880711579941580751
1810040821872618807-11579941580751
1998.6331725404354114-11580031580751
2010031561875418809-11647571648121
2189.483394120101210311647581648521
2298.653974187231879611648281649011
2397.373476183681844311648301649051
2497.263172540445411511648301649021
2594.9431811199612076-11648301649081
2697.435771834918425-11648301649061
2796.339821872118802-11648301649101
2810031633588035942-11648421649041
2994.6763752453924613-12099802100541
Short-link