<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248389.8	1	ATACTTAGTTTGCATTGAAGAACCACTTTTCCTAGCTAAGATTCTATGCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154090	ATACTTAGTTTGCATTGAAGAACCACTTTTCCTAGCTAAGATTCTATGCT	154139

BX248389.8	51	TTGGGTGTCAAAAAAAAAAGAACCGATATGGAACCAGGCTCCGGCTCCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154140	TTGGGTGTCAAAAAAAAAAGAACCGATATGGAACCAGGCTCCGGCTCCAA	154189

BX248389.8	101	ACCTGCACTCAAACTGCCTTGGTGGAAAAGCCATATAGCCTTTTCCATTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154190	ACCTGCACTCAAACTGCCTTGGTGGAAAAGCCATATAGCCTTTTCCATTA	154239

BX248389.8	151	TGACGAAACTTTTGTCCATTGGAAACATATCATCGATTTTCAAAGTTCTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154240	TGACGAAACTTTTGTCCATTGGAAACATATCATCGATTTTCAAAGTTCTA	154289

BX248389.8	201	TGAAGCCAATAAAACCTTTTATTTTTGTAGTGTGGATACTGAGGTGCAGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154290	TGAAGCCAATAAAACCTTTTATTTTTGTAGTGTGGATACTGAGGTGCAGT	154339

BX248389.8	251	AGGACACGTCGCACACCCACAGTCTAATACTTAGAGTGATCTGAACAAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154340	AGGACACGTCGCACACCCACAGTCTAATACTTAGAGTGATCTGAACAAAA	154389

BX248389.8	301	CCCCGAACATAAATAGCAATAGCATTGCATTTGCAAGAAGGAGAAAGAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154390	CCCCGAACATAAATAGCAATAGCATTGCATTTGCAAGAAGGAGAAAGAGC	154439

BX248389.8	351	CATGCCAGAATTCTTTTACGCGGGTGTATTTCCAAAGACGGCGGCTTCAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154440	CATGCCAGAATTCTTTTACGCGGGTGTATTTCCAAAGACGGCGGCTTCAG	154489

BX248389.8	401	AGGGGCAAAAACAAAGACAAACCTTTATGTATAGCCAAAACAGACAAAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154490	AGGGGCAAAAACAAAGACAAACCTTTATGTATAGCCAAAACAGACAAAAT	154539

BX248389.8	451	TGTGGTTAAGACATCACCAAAGACCTGTAACACACCCTGTAATCCTGTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154540	TGTGGTTAAGACATCACCAAAGACCTGTAACACACCCTGTAATCCTGTAT	154589

BX248389.8	501	TCCAAAGCAGCCCAAAAGCCTTATAAGCATAGCAAGGGATTCCTGACCAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154590	TCCAAAGCAGCCCAAAAGCCTTATAAGCATAGCAAGGGATTCCTGACCAT	154639

BX248389.8	551	GTACTCACAAAGATTTTGCATAAAAAAAAAACATGTACTGCACTCATGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154640	GTACTCACAAAGATTTTGCATAAAAAAAAAACATGTACTGCACTCATGTT	154689

BX248389.8	601	ACATGTTATAGGGCTGAACAATATATAATTTGAAGGCAGTGTTATTAGCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154690	ACATGTTATAGGGCTGAACAATATATAATTTGAAGGCAGTGTTATTAGCC	154739

BX248389.8	651	TTTCTGTAAAATTTGTATTAGTTTTCAAATTCAAGTTATGTTTAATAGAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154740	TTTCTGTAAAATTTGTATTAGTTTTCAAATTCAAGTTATGTTTAATAGAG	154789

BX248389.8	701	AGAATGTAATGTTTTTCAAAGAATTTCCAATTATATTTAGTTTGCTATCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154790	AGAATGTAATGTTTTTCAAAGAATTTCCAATTATATTTAGTTTGCTATCT	154839

BX248389.8	751	GTATGTTAAGTTGTGATGTATGAAATACTGTTTCTGGGTCCAAGAAGCTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154840	GTATGTTAAGTTGTGATGTATGAAATACTGTTTCTGGGTCCAAGAAGCTA	154889

BX248389.8	801	CTCATTTGAATTGAGAAAATATTTGGTTATGACTTTTTTTTTAGTCATAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154890	CTCATTTGAATTGAGAAAATATTTGGTTATGACTTTTTTTTTAGTCATAT	154939

BX248389.8	851	TAAAGTGAATTTCATATTTTTTTTATTTTAACCAATATTTAACCAATGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154940	TAAAGTGAATTTCATATTTTTTTTATTTTAACCAATATTTAACCAATGTT	154989

BX248389.8	901	TTAACAATTTACATAAAAATGTATAACTCTGGTCATCAAATATTAGGCAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	154990	TTAACAATTTACATAAAAATGTATAACTCTGGTCATCAAATATTAGGCAT	155039

BX248389.8	951	GGATATATATAGTGCGATCGTGATTTTCGAAAAAGTATTACATCGCTTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155040	GGATATATATAGTGCGATCGTGATTTTCGAAAAAGTATTACATCGCTTTG	155089

BX248389.8	1001	TAATCGTTTATTATTACCATTTTTGAGTCTCCCCGTACAGTTTGATATAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155090	TAATCGTTTATTATTACCATTTTTGAGTCTCCCCGTACAGTTTGATATAG	155139

BX248389.8	1051	GACCCGGAAGCCACTTCGCATGACGTCACACTTAACAAGCAGATTATAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155140	GACCCGGAAGCCACTTCGCATGACGTCACACTTAACAAGCAGATTATAAG	155189

BX248389.8	1101	TCTTTTAAATAAAAACAGTTTTGATTTATTTTAAATATATCCTGTGTATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155190	TCTTTTAAATAAAAACAGTTTTGATTTATTTTAAATATATCCTGTGTATT	155239

BX248389.8	1151	TGAACTATTATATCTTAACCACTCTTGTCCAATGATTACTCTAATTAGCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155240	TGAACTATTATATCTTAACCACTCTTGTCCAATGATTACTCTAATTAGCC	155289

BX248389.8	1201	TAATGCAAAGTTCAGACTGCACAATTTTCAAAGTAGTTCACACTACATGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155290	TAATGCAAAGTTCAGACTGCACAATTTTCAAAGTAGTTCACACTACATGT	155339

BX248389.8	1251	CTATCTGGGGTAGCTTTTCGCTGCTGATGTGTTCATACAGCAAGATGTAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155340	CTATCTGGGGTAGCTTTTCGCTGCTGATGTGTTCATACAGCAAGATGTAT	155389

BX248389.8	1301	CGGCGGCAGAGGGTTTCACACTGCATGACTTTATAATAGGCCGACAACTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155390	CGGCGGCAGAGGGTTTCACACTGCATGACTTTATAATAGGCCGACAACTT	155439

BX248389.8	1351	TGTATCTGCCAGCAAATTACGTCTTACAACGAAACATCTGCAAAAAGTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155440	TGTATCTGCCAGCAAATTACGTCTTACAACGAAACATCTGCAAAAAGTGA	155489

BX248389.8	1401	CAAGGAAACAACGCGACGTCATGTAGTTTATATTTTGATATTAAAAACAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155490	CAAGGAAACAACGCGACGTCATGTAGTTTATATTTTGATATTAAAAACAT	155539

BX248389.8	1451	AATAGGAAATAGTGATGGGAAGTTCGGATCATTTTACTGACTCGGATCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155540	AATAGGAAATAGTGATGGGAAGTTCGGATCATTTTACTGACTCGGATCTT	155589

BX248389.8	1501	TGAGTCTCGTTCATCGAGATGAACAAATCTTTTTTCAAATCATTTCGTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155590	TGAGTCTCGTTCATCGAGATGAACAAATCTTTTTTCAAATCATTTCGTTC	155639

BX248389.8	1551	ATTTGGTTCAATTCGCCAAAATATTATTAAAATGTAACGAATTGCTTCCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155640	ATTTGGTTCAATTCGCCAAAATATTATTAAAATGTAACGAATTGCTTCCA	155689

BX248389.8	1601	AACACATCTACAACTAGCCCAAAAGGTTGATCACACGATAAATAGGTTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155690	AACACATCTACAACTAGCCCAAAAGGTTGATCACACGATAAATAGGTTAT	155739

BX248389.8	1651	AAATAGAATACTATTAGAAGGAGAAAATAATAATTCAATGTTTACCTGCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155740	AAATAGAATACTATTAGAAGGAGAAAATAATAATTCAATGTTTACCTGCT	155789

BX248389.8	1701	CTTTTGTCTATGAAGGTATTGTTGTCTCTTTGCTCAGCTCACCTTTTCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155790	CTTTTGTCTATGAAGGTATTGTTGTCTCTTTGCTCAGCTCACCTTTTCAT	155839

BX248389.8	1751	GTCTTCAAATGTCAGTGGTTCGTTCACGTTACACTGACAATCACATATAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155840	GTCTTCAAATGTCAGTGGTTCGTTCACGTTACACTGACAATCACATATAA	155889

BX248389.8	1801	TCTTAACGAAAGTACACAGTCTGAGATCTTCTGATTCTTGAGTCATTCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155890	TCTTAACGAAAGTACACAGTCTGAGATCTTCTGATTCTTGAGTCATTCAT	155939

BX248389.8	1851	TCATCACGTGACAGAATGACTCAGACCCAATAGAGGACTCAAGAGATGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155940	TCATCACGTGACAGAATGACTCAGACCCAATAGAGGACTCAAGAGATGAA	155989

BX248389.8	1901	CGGTTCAATTTTTTTTCCGGCTCTAAATGCATATGATTGGCCCGTGATGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	155990	CGGTTCAATTTTTTTTCCGGCTCTAAATGCATATGATTGGCCCGTGATGA	156039

BX248389.8	1951	ACGAATGACTCAGACCCGATAGAGGACTCGAGAGGTGAACGGATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX120015.12	156040	ACGAATGACTCAGACCCGATAGAGGACTCGAGAGGTGAACGGATGAATTC	156089

Overview

Query
BX248389.8 - 134182 bps
Hit
BX120015.12 - 156089 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193620001200011540901560891
285.812134579641296868-112256127201
389.11552672648926755112256125211
488.652374175325253668-112334127471
590.95332473113094113566-114678151521
685.21803632994830310-116389167461
785.76167316114234114549-116412167341
880.352498309742698255-120711215501
986.832264554654747001-121111215501
1087.621673056847468778-121252215501
1188.03199325131068131392136429367541
1285.722315019638396883-137513380231
1384.131804622647426935137513379971
1488.82324015325353653-137625380261
1583.48164354126528126881155156555061
1685.971783313242032750160608609421
1784.27173351126532126882-165049654041
1886.2520737018362205-168941693111
1983.041674479641196857177861783141
2084.642835661173112296-190208907671
2188.56186310179331824211007651010701
2295.412943684044740814-11112181115871
2394.38148178100591100768-11121811123581
2488.52186310179331824211142331145371
Short-link