<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR628392.7	1	TGCAAATCTATCCACATGTCTCTACTCTGTATTTTCCATTTGATGCAGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	170960	TGCAAATCTATCCACATGTCTCTACTCTGTATTTTCCATTTGATGCAGTT	171009

CR628392.7	51	AAATATTAGCTCCAGTACTGTTATTATGCCTATACAGCATACAAGGACTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171010	AAATATTAGCTCCAGTACTGTTATTATGCCTATACAGCATACAAGGACTA	171059

CR628392.7	101	GAAAATGACACATGAGTATGAACAGATGGTGATACAAGACACAAGATTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171060	GAAAATGACACATGAGTATGAACAGATGGTGATACAAGACACAAGATTCT	171109

CR628392.7	151	TCGTAAGTGTCAAGCATGTATGAAAGTGTTTATAAATAAAGAATGGTCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171110	TCGTAAGTGTCAAGCATGTATGAAAGTGTTTATAAATAAAGAATGGTCAA	171159

CR628392.7	201	CTTAGTTTCTCCATACTGTTGAGACCATTTTTCCCCATTAGTCAATGAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171160	CTTAGTTTCTCCATACTGTTGAGACCATTTTTCCCCATTAGTCAATGAAA	171209

CR628392.7	251	AAAATACCACGGTTAAAAATAACAGTAGAGCCATATCTAAAATAATAATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171210	AAAATACCACGGTTAAAAATAACAGTAGAGCCATATCTAAAATAATAATA	171259

CR628392.7	301	ATTGTTGTTTTATTAAAGGTTTTTTAACATTATGAGAAATTATGTTCTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171260	ATTGTTGTTTTATTAAAGGTTTTTTAACATTATGAGAAATTATGTTCTGT	171309

CR628392.7	351	TAACAAAATGAATGATTGTTTTTCAGTTTTTCAGCAAAGCCAAGCCATTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171310	TAACAAAATGAATGATTGTTTTTCAGTTTTTCAGCAAAGCCAAGCCATTC	171359

CR628392.7	401	AAAGGTAATATTTCCAGAATAGACTTTTCACCGTAAATCAAGCACACACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171360	AAAGGTAATATTTCCAGAATAGACTTTTCACCGTAAATCAAGCACACACA	171409

CR628392.7	451	TTACTTTAAAATACATTCAAATAGTAATTCAAACATACTGAAATGTGAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171410	TTACTTTAAAATACATTCAAATAGTAATTCAAACATACTGAAATGTGAAA	171459

CR628392.7	501	GGAAACAGTAAGTGCTAGTTTGAACCATTTTTTGTCATTTGCCGAAATAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171460	GGAAACAGTAAGTGCTAGTTTGAACCATTTTTTGTCATTTGCCGAAATAC	171509

CR628392.7	551	ATAACAGACTTTTAACTATGCACATTTACTGTGCTTGACTTTTGGAGAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171510	ATAACAGACTTTTAACTATGCACATTTACTGTGCTTGACTTTTGGAGAGC	171559

CR628392.7	601	TCTAATGTTCTCTGCCAGCTGCATTTTGCTTGACATTTTCTTGGCATGCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171560	TCTAATGTTCTCTGCCAGCTGCATTTTGCTTGACATTTTCTTGGCATGCT	171609

CR628392.7	651	TCCTGTAATTGCTTGTCCTTCATGACACTGCATATCCAGACACAGCCTAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171610	TCCTGTAATTGCTTGTCCTTCATGACACTGCATATCCAGACACAGCCTAA	171659

CR628392.7	701	AAGCAAAGCCCTTAAAGCAAACAAAATAGACTTTGAATGTAAAACACACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171660	AAGCAAAGCCCTTAAAGCAAACAAAATAGACTTTGAATGTAAAACACACA	171709

CR628392.7	751	AAACATTTTTTTTAAAATACCAACACAATCTTTTGGACATTTGTTTCTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171710	AAACATTTTTTTTAAAATACCAACACAATCTTTTGGACATTTGTTTCTTT	171759

CR628392.7	801	TTTACATTTTGGCAAATTGGTCATTAATACTCTTATGTGCCATCACGTAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171760	TTTACATTTTGGCAAATTGGTCATTAATACTCTTATGTGCCATCACGTAG	171809

CR628392.7	851	AAGGGAATTAACAACCTACGTCACACATGACGTCACACGGGTACAATTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171810	AAGGGAATTAACAACCTACGTCACACATGACGTCACACGGGTACAATTGG	171859

CR628392.7	901	GCATAGCGGTTGCAAAAAAAAAAATCGGTTGCAATAGCAAACATGTGTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171860	GCATAGCGGTTGCAAAAAAAAAAATCGGTTGCAATAGCAAACATGTGTTG	171909

CR628392.7	951	TGCGGTAGGATGTTATATTCCAAGGGTTAAAAATAGAAAACTTTAATTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171910	TGCGGTAGGATGTTATATTCCAAGGGTTAAAAATAGAAAACTTTAATTTT	171959

CR628392.7	1001	ACCATACATTTTACCGTACACCACACTGCTTTTAATCCCAACTGAAGATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	171960	ACCATACATTTTACCGTACACCACACTGCTTTTAATCCCAACTGAAGATG	172009

CR628392.7	1051	TCTTTGGCTAACAGATATCAGAGCTGAATGGAGTGAGGACCTAATTAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172010	TCTTTGGCTAACAGATATCAGAGCTGAATGGAGTGAGGACCTAATTAAAA	172059

CR628392.7	1101	ATGCTGGACTCTTCATATTTCATACTCTGTATATTTTATATCAGGTAAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172060	ATGCTGGACTCTTCATATTTCATACTCTGTATATTTTATATCAGGTAAGT	172109

CR628392.7	1151	TCACGCTATGTTGAATCATGCACATTACTTGTTTTGATTGCAGCAATGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172110	TCACGCTATGTTGAATCATGCACATTACTTGTTTTGATTGCAGCAATGAT	172159

CR628392.7	1201	TTCAGCAAAAACAGTTAAATATGGTTAATTATTCTGTGGACACTGAATGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172160	TTCAGCAAAAACAGTTAAATATGGTTAATTATTCTGTGGACACTGAATGC	172209

CR628392.7	1251	TGAAAATGAAACGTGAAAGTGTAAATTCACATTCCCTGCCGTACAGGTGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172210	TGAAAATGAAACGTGAAAGTGTAAATTCACATTCCCTGCCGTACAGGTGC	172259

CR628392.7	1301	AGTTCGCTGTCAGAGTGCAGTTTTGCTTGTTGATGATTTCCCAGGCCTTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172260	AGTTCGCTGTCAGAGTGCAGTTTTGCTTGTTGATGATTTCCCAGGCCTTG	172309

CR628392.7	1351	TACAGTTCTGTCTTCTTTCCTTGTATTTGGCTAGGCAGAATCTCAGTTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172310	TACAGTTCTGTCTTCTTTCCTTGTATTTGGCTAGGCAGAATCTCAGTTTT	172359

CR628392.7	1401	TAGCACTACAAAGTTTTGAATCAGGAAATCATGGAGCATTATTTCTTGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172360	TAGCACTACAAAGTTTTGAATCAGGAAATCATGGAGCATTATTTCTTGGA	172409

CR628392.7	1451	CATGTCCAAATAATTTATTTATACTATGTAATCAATATAACTTATTTCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172410	CATGTCCAAATAATTTATTTATACTATGTAATCAATATAACTTATTTCTA	172459

CR628392.7	1501	AGACAACAACAAACTCTGTGCTGCATAGGATGTCATTACCTTGCAATAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172460	AGACAACAACAAACTCTGTGCTGCATAGGATGTCATTACCTTGCAATAAA	172509

CR628392.7	1551	TGCTAGCGCTCCAGCATTTTTGCTGCTATCTCGTTTGCATGCATCCTGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172510	TGCTAGCGCTCCAGCATTTTTGCTGCTATCTCGTTTGCATGCATCCTGAA	172559

CR628392.7	1601	TGTTTACAAACTGGTAATTTGTCTAATGCTTATTTATGTTTGTATTATGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172560	TGTTTACAAACTGGTAATTTGTCTAATGCTTATTTATGTTTGTATTATGT	172609

CR628392.7	1651	GTCTCATTATGTTTTTCTTTCTATCACTCTAGTTCACTTTCTTATTTTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172610	GTCTCATTATGTTTTTCTTTCTATCACTCTAGTTCACTTTCTTATTTTTG	172659

CR628392.7	1701	TCTACTGCTTTTCCTGATTGGCTGGTTCACCTACATTTAGTACAACCAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172660	TCTACTGCTTTTCCTGATTGGCTGGTTCACCTACATTTAGTACAACCAAT	172709

CR628392.7	1751	CCTAACACTGGCTTATGCATATTGGTTGCTGAATTACAACTTATTCCTGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172710	CCTAACACTGGCTTATGCATATTGGTTGCTGAATTACAACTTATTCCTGG	172759

CR628392.7	1801	GCTGCGTCCGAAATCGCCTACTACTCAGTAGGTAATGCATTTGAATTTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172760	GCTGCGTCCGAAATCGCCTACTACTCAGTAGGTAATGCATTTGAATTTAA	172809

CR628392.7	1851	ACGTACTACTCGGCCGTTAGAAAAGTACATTCTATATAGTATGAATTTGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172810	ACGTACTACTCGGCCGTTAGAAAAGTACATTCTATATAGTATGAATTTGA	172859

CR628392.7	1901	AAAGTATGAATGGAATTCGGACGTACTAAATCCGCCATTTTGTCATGGTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172860	AAAGTATGAATGGAATTCGGACGTACTAAATCCGCCATTTTGTCATGGTC	172909

CR628392.7	1951	ACGTGACCTACCTGCGTCAGTTGCGTCGCCTCACTTCCATTCATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119985.7	172910	ACGTGACCTACCTGCGTCAGTTGCGTCGCCTCACTTCCATTCATGAATTC	172959

Overview

Query
CR628392.7 - 147269 bps
Hit
BX119985.7 - 172959 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193020001200011709601729591
284.171994318701987449-118062184781
388131246120643120888130044302931
49084139120810120948130583307221
586.1573131111093111223-132318324471
691.54951303071030839132318324471
786.67971744275642929-153857540361
882.091183223046930790170685709911
989.4496142113807113948188436885771
1083.3721254712051212105811066981072381
1191.7399133307103084211130501131821
1286.43146289329443323211236501239291
1394.212993649313293495-11457511461131
1490.041972929275693047-11461241464141
1588.94139208375393774611532891534961
1688.81163265840848434811570611573281
1781.5669183952379541911662111663891
1895.863724345027546011675161679501
1990.812713915467585711683621687641
2084.78189442120551120992-11698911703371
Short-link