<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR853301.6	1	ATCACTTGACTCGATAATACGAAAATATCTAGTTGTCCGCCTTGCTTACA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180074	ATCACTTGACTCGATAATACGAAAATATCTAGTTGTCCGCCTTGCTTACA	180123

CR853301.6	51	CATTGCTTAATACACACAGGGTGTACAGCAATACGCAAATATCTTCACAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180124	CATTGCTTAATACACACAGGGTGTACAGCAATACGCAAATATCTTCACAA	180173

CR853301.6	101	ATAAAAAAGAATTAAAGGATTCAAATATTACAAAAATTATTATTTTTAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180174	ATAAAAAAGAATTAAAGGATTCAAATATTACAAAAATTATTATTTTTAGC	180223

CR853301.6	151	CTACAGAAATATAAAAACCCAACTTTCATGCCTTCTTCATCTTGTGGGGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180224	CTACAGAAATATAAAAACCCAACTTTCATGCCTTCTTCATCTTGTGGGGG	180273

CR853301.6	201	TTTTTCAGTTCATTCATAACAATTTGCTTTTGTATAATGTTATTATTATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180274	TTTTTCAGTTCATTCATAACAATTTGCTTTTGTATAATGTTATTATTATT	180323

CR853301.6	251	AGCAGTATTATTTATTATATGCATATTAATATTTGTTTTATTAAAAACAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180324	AGCAGTATTATTTATTATATGCATATTAATATTTGTTTTATTAAAAACAA	180373

CR853301.6	301	GCTTAGATTTGTCCACCTGTCATGTTTTGGACCATATGGGGCACAGCATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180374	GCTTAGATTTGTCCACCTGTCATGTTTTGGACCATATGGGGCACAGCATG	180423

CR853301.6	351	TGTATTTGGATATAACTACTTGGATATGCACTTAACAAACAAAAATAATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180424	TGTATTTGGATATAACTACTTGGATATGCACTTAACAAACAAAAATAATT	180473

CR853301.6	401	ATGTATAGGCTAATGGATGTCTGTGTGTACAACATGTTTCCCTATCCACG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180474	ATGTATAGGCTAATGGATGTCTGTGTGTACAACATGTTTCCCTATCCACG	180523

CR853301.6	451	AGAGTGAAAGTGAAAGTAAAGAATGAGCAGGCTCATTCTCGTGCTGCAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180524	AGAGTGAAAGTGAAAGTAAAGAATGAGCAGGCTCATTCTCGTGCTGCAGA	180573

CR853301.6	501	TGGTCTGTTTAACTGTTTTCTCGCTAGAGAAGTGTTCAGTTTTTCCACTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180574	TGGTCTGTTTAACTGTTTTCTCGCTAGAGAAGTGTTCAGTTTTTCCACTT	180623

CR853301.6	551	ACAAAGTCTGCCATGTAAATAGCAAATGCGCTATGGCGAGACGCAACTGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180624	ACAAAGTCTGCCATGTAAATAGCAAATGCGCTATGGCGAGACGCAACTGA	180673

CR853301.6	601	ATCTTAAAGGGAATGGGAGATGAGACACTGATTGGTTTATTCTCAAAATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180674	ATCTTAAAGGGAATGGGAGATGAGACACTGATTGGTTTATTCTCAAAATA	180723

CR853301.6	651	CACCTATAACTCATTAAGAAAATAAGCTCAACCCTGTTAGACCATGCGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180724	CACCTATAACTCATTAAGAAAATAAGCTCAACCCTGTTAGACCATGCGCC	180773

CR853301.6	701	ACGGCGCAAAACGCATTTTTCCATTCTTAAAATAGCAAAAGTGGAAACTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180774	ACGGCGCAAAACGCATTTTTCCATTCTTAAAATAGCAAAAGTGGAAACTG	180823

CR853301.6	751	ACACACCCTTAATGCTTTTGTGGCCTGCGCTTTGGACTTGGATCGTCAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180824	ACACACCCTTAATGCTTTTGTGGCCTGCGCTTTGGACTTGGATCGTCAAA	180873

CR853301.6	801	ATAGAGCCCAAAGTTTTCTGAGAGACTAACTGAATCATTTATTGAAAATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180874	ATAGAGCCCAAAGTTTTCTGAGAGACTAACTGAATCATTTATTGAAAATG	180923

CR853301.6	851	AAACAAAAAATAAATATGAGTACAAATTATAACCTTAGATTTCTACATTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180924	AAACAAAAAATAAATATGAGTACAAATTATAACCTTAGATTTCTACATTT	180973

CR853301.6	901	AGCGTTATCAGCAACAGTAGGAGTAACAGTGAACTTTTTTACAGTACTGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	180974	AGCGTTATCAGCAACAGTAGGAGTAACAGTGAACTTTTTTACAGTACTGA	181023

CR853301.6	951	ATATTTTACAATTTATTTTTATTCAGCTGATTATTTCCTCATTTTATTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181024	ATATTTTACAATTTATTTTTATTCAGCTGATTATTTCCTCATTTTATTTT	181073

CR853301.6	1001	TAATAAAATTACAGCTTCTAAGTTCTGTTTGTTAAAACCAAAAGTTTAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181074	TAATAAAATTACAGCTTCTAAGTTCTGTTTGTTAAAACCAAAAGTTTAGA	181123

CR853301.6	1051	AAGCAAATGACATTTGTAACCTCCACTTATTGGCTGATCCGAAAAATGGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181124	AAGCAAATGACATTTGTAACCTCCACTTATTGGCTGATCCGAAAAATGGT	181173

CR853301.6	1101	TTGATACAAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTGATCTGAACCATGAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181174	TTGATACAAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTGATCTGAACCATGAC	181223

CR853301.6	1151	ATTTGTGATCCGTTACATCACTAGTAACTCATCATGACACCCAACTTTAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181224	ATTTGTGATCCGTTACATCACTAGTAACTCATCATGACACCCAACTTTAC	181273

CR853301.6	1201	AAGCGGATATGCACATTTAGTAGCGTCAGAAATCAGTGTGTCAACGTGTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181274	AAGCGGATATGCACATTTAGTAGCGTCAGAAATCAGTGTGTCAACGTGTA	181323

CR853301.6	1251	CCTCTACGTGGTGCGGAGGAGTCGGATACACTGCGGGTTCGTCCGGTGGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181324	CCTCTACGTGGTGCGGAGGAGTCGGATACACTGCGGGTTCGTCCGGTGGC	181373

CR853301.6	1301	GGGTGATTTAAGGTGTGAGTGGCTTGGTGTGGTGTCAGTGAAGACAGAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181374	GGGTGATTTAAGGTGTGAGTGGCTTGGTGTGGTGTCAGTGAAGACAGAAG	181423

CR853301.6	1351	AGGAAGGGTGTTGAGTGGTCTGACCGTCCCACGTCCTCCAGTATGCTTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181424	AGGAAGGGTGTTGAGTGGTCTGACCGTCCCACGTCCTCCAGTATGCTTTT	181473

CR853301.6	1401	CGGCTAGATTCAGGGGAAAGGTGCTGAGCGATGCTCTCTACAGAGTCTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181474	CGGCTAGATTCAGGGGAAAGGTGCTGAGCGATGCTCTCTACAGAGTCTGG	181523

CR853301.6	1451	TGTAGCAGGACCTGAGGCTACACACACATAGGATATAGCTCACCGTGTAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181524	TGTAGCAGGACCTGAGGCTACACACACATAGGATATAGCTCACCGTGTAG	181573

CR853301.6	1501	CACAGACCAAGAAAGTGCACACAATAGCAGAAGAGCAAATAACTGGTGAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181574	CACAGACCAAGAAAGTGCACACAATAGCAGAAGAGCAAATAACTGGTGAT	181623

CR853301.6	1551	TATGATAAAAATGGTTATGATTATTTTACTTTAATTTGCTGGTTTTATCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181624	TATGATAAAAATGGTTATGATTATTTTACTTTAATTTGCTGGTTTTATCT	181673

CR853301.6	1601	GTTCAGCAGGATCAATGTTCATGTTTTATTAACAGTTCAGTTTAGTAAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181674	GTTCAGCAGGATCAATGTTCATGTTTTATTAACAGTTCAGTTTAGTAAAT	181723

CR853301.6	1651	GGTAACTGAGCTTTTCCTTACCCTAACCACTGTTTAGAAGTATTCGACAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181724	GGTAACTGAGCTTTTCCTTACCCTAACCACTGTTTAGAAGTATTCGACAT	181773

CR853301.6	1701	TTTTACTTTGTAATATTTCTATAATTTGATACGTTTTGAATGACAGCTAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181774	TTTTACTTTGTAATATTTCTATAATTTGATACGTTTTGAATGACAGCTAT	181823

CR853301.6	1751	AAAGTATTGTTTATTTGTAAGTCTTGGTGAATTTCTTATAATTTATTTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181824	AAAGTATTGTTTATTTGTAAGTCTTGGTGAATTTCTTATAATTTATTTGT	181873

CR853301.6	1801	CGCTACTTGTGTATGTTAACAAATAAATACAAATGAATTATAATTCCTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181874	CGCTACTTGTGTATGTTAACAAATAAATACAAATGAATTATAATTCCTAA	181923

CR853301.6	1851	AATTAGATTATAGTTCCTAGAAATTATGGTCGCTGCTTGATGACCATGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181924	AATTAGATTATAGTTCCTAGAAATTATGGTCGCTGCTTGATGACCATGTA	181973

CR853301.6	1901	AAAATGTGGGAACCACTGCTTTAGACTGATTTTTACGTGATGGACTACAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	181974	AAAATGTGGGAACCACTGCTTTAGACTGATTTTTACGTGATGGACTACAG	182023

CR853301.6	1951	GCCTACTTTAAATATTCAATTAGAATCAAAACCAGAAAGAGCTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119973.7	182024	GCCTACTTTAAATATTCAATTAGAATCAAAACCAGAAAGAGCTGGAATTC	182073

Overview

Query
CR853301.6 - 3994 bps
Hit
BX119973.7 - 182073 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193520001200011800741820731
288.76141255113367-1796182181
3933310122642364-127433275321
494.063710022642363127442275421
5100377622652340-167073671481
6100377722832359167073671491
7100428722732359-11054341055201
810042862265235011054351055201
995.59336822642331-11447951448621
1090.43369422652358-11449231450161
1190.4336942265235811449231450161
1289.5836962263235811557931558881
1389.47359522642358-11558111559051
Short-link