<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL611951.11	1	GAATTCTGTTTATTGTTTTTATTCCAACACTTTCAAGCCTCAGAATTGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50120	GAATTCTGTTTATTGTTTTTATTCCAACACTTTCAAGCCTCAGAATTGGT	50169

AL611951.11	51	AGCATTTATTGAGGGAACTCTACAGTAATTTAGCAGTGAGTTGATATTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50170	AGCATTTATTGAGGGAACTCTACAGTAATTTAGCAGTGAGTTGATATTGA	50219

AL611951.11	101	ACTCTTTCCCCTTAGAAAGGGGTATTGCTGTGGAATGCATTTTTTGGAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50220	ACTCTTTCCCCTTAGAAAGGGGTATTGCTGTGGAATGCATTTTTTGGAGT	50269

AL611951.11	151	CCAGCTGTGGTTCCATGTCCTTCACTTTCTCCTTATCAGGGTGTCCAGAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50270	CCAGCTGTGGTTCCATGTCCTTCACTTTCTCCTTATCAGGGTGTCCAGAT	50319

AL611951.11	201	ACCACTGCACACCAGGTTGGAAGAATGAATCAGAATCAGAAAAGGGTGGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50320	ACCACTGCACACCAGGTTGGAAGAATGAATCAGAATCAGAAAAGGGTGGG	50369

AL611951.11	251	GTTCTACAGGATCTAGGTCTGGCTGAGAGTGAGTGCCAGAGTGTGGAGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50370	GTTCTACAGGATCTAGGTCTGGCTGAGAGTGAGTGCCAGAGTGTGGAGAA	50419

AL611951.11	301	AGGGAGAGAGGCCTTTTCTGAATATCGTCAAAGAAACCACTCTTAGAAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50420	AGGGAGAGAGGCCTTTTCTGAATATCGTCAAAGAAACCACTCTTAGAAGA	50469

AL611951.11	351	TCTTAGCTGGTGTGGATACATTTATTTGGCATAGGCTTGTTCACATACAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50470	TCTTAGCTGGTGTGGATACATTTATTTGGCATAGGCTTGTTCACATACAC	50519

AL611951.11	401	TTTATTTGGGGTGAAACAGGGGTATTATAGGGACCTAGGAGAGTGGGAAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50520	TTTATTTGGGGTGAAACAGGGGTATTATAGGGACCTAGGAGAGTGGGAAG	50569

AL611951.11	451	GAGTTTTCAGGGCAAATGAAAATCATTTGAGCTTTAAAGTTCTATGAATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50570	GAGTTTTCAGGGCAAATGAAAATCATTTGAGCTTTAAAGTTCTATGAATG	50619

AL611951.11	501	CCTCATTTGTATGGAAAGGAATTGCAGGAATGCCTTTCTGGGTAGGTTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50620	CCTCATTTGTATGGAAAGGAATTGCAGGAATGCCTTTCTGGGTAGGTTCT	50669

AL611951.11	551	TTTGGGGGCGAGGGGAAGAAAGGGGAAAAGAGGAAGTTGAACTTGTAAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50670	TTTGGGGGCGAGGGGAAGAAAGGGGAAAAGAGGAAGTTGAACTTGTAAGC	50719

AL611951.11	601	CTGCCAAGGACTACTTGACCATCCCCAGAAGGTTAGATAAGCAGGGGTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50720	CTGCCAAGGACTACTTGACCATCCCCAGAAGGTTAGATAAGCAGGGGTCT	50769

AL611951.11	651	TGCTAGTAAAGGGGGTCCTTCATTTTGAACTCAGCTCAGATGAAGTACTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50770	TGCTAGTAAAGGGGGTCCTTCATTTTGAACTCAGCTCAGATGAAGTACTG	50819

AL611951.11	701	AGTCATGACAGACTATGACCTTAATTAGCAGGACTTCCCCACAGACTTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50820	AGTCATGACAGACTATGACCTTAATTAGCAGGACTTCCCCACAGACTTCC	50869

AL611951.11	751	CTTGACCCATGTTGTAAATATGAGTTTGTGTTTAACATTCAAAGAGCCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50870	CTTGACCCATGTTGTAAATATGAGTTTGTGTTTAACATTCAAAGAGCCTC	50919

AL611951.11	801	ACTTAATACCAGTCATGATTTAGTGATTGTTTTTTACAACAAAATTGATC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50920	ACTTAATACCAGTCATGATTTAGTGATTGTTTTTTACAACAAAATTGATC	50969

AL611951.11	851	CTAAATAAAGTGCCTTGGATGAAAGAATCTGCTTTATAGAAAAGGAAGTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	50970	CTAAATAAAGTGCCTTGGATGAAAGAATCTGCTTTATAGAAAAGGAAGTA	51019

AL611951.11	901	GGGCAGTGGACAGCTGATCTTGTGGACTACTGCTTCTGGTACACAGCACG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51020	GGGCAGTGGACAGCTGATCTTGTGGACTACTGCTTCTGGTACACAGCACG	51069

AL611951.11	951	GGCACTGGGAGCAAGTTGTCTGGCAGGATGTAATGGCAGCTTGAATGTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51070	GGCACTGGGAGCAAGTTGTCTGGCAGGATGTAATGGCAGCTTGAATGTGT	51119

AL611951.11	1001	ACTTTAGATGGAATGATGGCCAGATCGTGAGAGGATATGAGAGAGAGCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51120	ACTTTAGATGGAATGATGGCCAGATCGTGAGAGGATATGAGAGAGAGCTG	51169

AL611951.11	1051	TGTTCTCAGTGGACTGGATGAGTCCGTGAATCCGGAGTCAGAAGTAGATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51170	TGTTCTCAGTGGACTGGATGAGTCCGTGAATCCGGAGTCAGAAGTAGATG	51219

AL611951.11	1101	ACCTTGTTTAGTATCTGTTTTAGTGATACACTTGAGGAATTCATACTTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51220	ACCTTGTTTAGTATCTGTTTTAGTGATACACTTGAGGAATTCATACTTCC	51269

AL611951.11	1151	CATTCAAGTCCCCAGAATGATTTCTTCTAAATTTAGTCACTTCCTCCTGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51270	CATTCAAGTCCCCAGAATGATTTCTTCTAAATTTAGTCACTTCCTCCTGA	51319

AL611951.11	1201	AGGAGGAAGAACCATAAGAATCAGGAAGCTCAGGACAGTTGTAGCATTCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51320	AGGAGGAAGAACCATAAGAATCAGGAAGCTCAGGACAGTTGTAGCATTCA	51369

AL611951.11	1251	TAAGCTACTTCCCCAAGGTCGTAAATACAGTTAAACAATTGCTGGGTCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51370	TAAGCTACTTCCCCAAGGTCGTAAATACAGTTAAACAATTGCTGGGTCAA	51419

AL611951.11	1301	GGTCCTCCTGTGGAATGGAGCAACTTGCAAGGCATGCTGGGAGCGCCAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51420	GGTCCTCCTGTGGAATGGAGCAACTTGCAAGGCATGCTGGGAGCGCCAAT	51469

AL611951.11	1351	GCTATAGCACTGAATTCATCACCAGTGAATGTTTGAGAGCTGCTTCTGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51470	GCTATAGCACTGAATTCATCACCAGTGAATGTTTGAGAGCTGCTTCTGCC	51519

AL611951.11	1401	TCTTGCTTCTCCAAGCAACTCTAATAAACTCACTGTCCTACCAAGCTCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51520	TCTTGCTTCTCCAAGCAACTCTAATAAACTCACTGTCCTACCAAGCTCAG	51569

AL611951.11	1451	TAGGAGGGCATTGTAAGGGTCCCTGATACCCAGATTCAAACAGTACGTAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51570	TAGGAGGGCATTGTAAGGGTCCCTGATACCCAGATTCAAACAGTACGTAA	51619

AL611951.11	1501	ATGCAAAGAGTGTTTTACTGTAGGAGTCTAGCACGCTGAGGTCTCCCATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51620	ATGCAAAGAGTGTTTTACTGTAGGAGTCTAGCACGCTGAGGTCTCCCATT	51669

AL611951.11	1551	ACCAAGATAGACAACCAAGTAAGCTGACAAGCCTGATTTAAAGCACATTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51670	ACCAAGATAGACAACCAAGTAAGCTGACAAGCCTGATTTAAAGCACATTA	51719

AL611951.11	1601	GAGTAATCTGAGGGGAGGTGACGTTTATCTCCCTCCATATCTAGGGACAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51720	GAGTAATCTGAGGGGAGGTGACGTTTATCTCCCTCCATATCTAGGGACAT	51769

AL611951.11	1651	TCTATTATAGGAATTGGGAGCTGGGAACTATTGCTGAGAAAGTAGCTGAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51770	TCTATTATAGGAATTGGGAGCTGGGAACTATTGCTGAGAAAGTAGCTGAG	51819

AL611951.11	1701	GAAGTCTGGAAACTGCTGCTGATTCATTGTTCTTGCCTCAGGCCAGGTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51820	GAAGTCTGGAAACTGCTGCTGATTCATTGTTCTTGCCTCAGGCCAGGTTG	51869

AL611951.11	1751	GGGGTCTGGGGTGGATGCAGTTCTGAGGCCTGGTCTTGCCCAGTTCTTAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51870	GGGGTCTGGGGTGGATGCAGTTCTGAGGCCTGGTCTTGCCCAGTTCTTAG	51919

AL611951.11	1801	AAACAGAGATGTAGGCTTGTCTCCTGAACTGTCAGTTGGAAGCCTGTCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51920	AAACAGAGATGTAGGCTTGTCTCCTGAACTGTCAGTTGGAAGCCTGTCAT	51969

AL611951.11	1851	GGCATCAGTCTAGCCTTCTCAGAGATGCTTGTTTATATCTTCCTGAGAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	51970	GGCATCAGTCTAGCCTTCTCAGAGATGCTTGTTTATATCTTCCTGAGAAA	52019

AL611951.11	1901	AGTCATACTACATCAGAGTATACTGAAGTGAATAAACTGAGTGCAGTTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	52020	AGTCATACTACATCAGAGTATACTGAAGTGAATAAACTGAGTGCAGTTGT	52069

AL611951.11	1951	GTCTTTCCTAATTTTTGGTGTCCTTCTAGGGATATTTAGCATTCTAAAAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119969.4	52070	GTCTTTCCTAATTTTTGGTGTCCTTCTAGGGATATTTAGCATTCTAAAAT	52119

Overview

Query
AL611951.11 - 191715 bps
Hit
BX119969.4 - 52119 bps
Total alignments
50
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001979200012000150120521191
287.989615988725888831105312101
395346025762635-115906159651
4953460149594149653-115906159651
51003648135159135206-115918159651
61003547161838161884115918159641
710031417428174321115919159591
889.449714249545095118233183741
983.191904268030780732-119093195261
1091.45180264136723136986119094193621
1185.75219427171687172113119095195291
1296.0835519437894428-119102191521
1388.15254417176792177208119108195291
1488.292073476287463220-119109194581
1584.57193394185081185474-119109195101
1690.542063128890389214119109194251
1788.592524159529895712119109195291
1889.052584125985060261-119110195291
1977.1331299420494332-119185193151
2089.531261925489755088-119191193811
2189.612263409717897517-119193195291
2289.52183231491515237-119203195261
2391.021191685491955086-125633257991
2492.211251688047480641-125633257991
2593.41131168185232185399-125633257991
2697.22383433185078185510-131770322011
2798.814765068024480749-131772322771
2889.3264610109660797616-131777327871
2982.55437989171687172675131791327871
3079.5267782176781177562131793325771
3184.891743496287463222-131803321461
3291.141912685489255159-131804320741
3387.821903158890289216131804321151
3491.72226312116989117300131804321171
3586.93104177136810136986131872320471
3690.22633861485215237-131890322771
3775.61597015065251352132017327211
3883.372104576241962875-132188326501
3999.03981038014180243132294323961
4081.961353193163731955132462327771
4187.971442389353293769-132467327071
4289.12093215935459674132468327881
4387.01891609598296141-132510326631
4495.583243858034980733-145854462381
4595.84327385185107185491-145854462381
4681.89155380171687172066145856462361
4791.511932685489255159-145870461401
4887.51873158890289216145870461811
4991.51227316116989117304145870461871
5088.381722821495615237-145956462391
Short-link