<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL935027.13	1	GAATTCTCCCGGTCCTCCCGATTAGCCAATCCGGGCCTGATGAGAGTAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	119803	GAATTCTCCCGGTCCTCCCGATTAGCCAATCCGGGCCTGATGAGAGTAGA	119852

AL935027.13	51	TGAAATTACACTGTCTTTTTGGTAAGTGCAGCTTTTTTACATGTTTAAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	119853	TGAAATTACACTGTCTTTTTGGTAAGTGCAGCTTTTTTACATGTTTAAAG	119902

AL935027.13	101	TGTGTTTCTGGAAAAACTAATCTTTTAAAGTTCCCATGAAATCAAAATGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	119903	TGTGTTTCTGGAAAAACTAATCTTTTAAAGTTCCCATGAAATCAAAATGT	119952

AL935027.13	151	TCTCTTCTTCTTTGCATATGTATATAGTAGTTCTTGTTATAAGCAATGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	119953	TCTCTTCTTCTTTGCATATGTATATAGTAGTTCTTGTTATAAGCAATGCA	120002

AL935027.13	201	TCTGTGCACATGGCATTTAAATGAATTTGCCCTCATAAACTTTAATCAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120003	TCTGTGCACATGGCATTTAAATGAATTTGCCCTCATAAACTTTAATCAAG	120052

AL935027.13	251	TATCATAACCTTCCCTCCTCCTTGAAATGACGTTCTTCTTTCTTTCTTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120053	TATCATAACCTTCCCTCCTCCTTGAAATGACGTTCTTCTTTCTTTCTTCT	120102

AL935027.13	301	TTTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTTGCCACAGCAGAATGAACC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120103	TTTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTTGCCACAGCAGAATGAACC	120152

AL935027.13	351	GCCAACTTATCCAGCACATTTTTACGCAGGTGACGCCCTTCCAGCTGCAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120153	GCCAACTTATCCAGCACATTTTTACGCAGGTGACGCCCTTCCAGCTGCAA	120202

AL935027.13	401	CCCATCTTTGGGAAACATCCACACACACTCATTCACACTCATACACTACG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120203	CCCATCTTTGGGAAACATCCACACACACTCATTCACACTCATACACTACG	120252

AL935027.13	451	GACAATTTTAGCCTACCCATTTCACCTGTACCACATGTCTTTGGACTGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120253	GACAATTTTAGCCTACCCATTTCACCTGTACCACATGTCTTTGGACTGTG	120302

AL935027.13	501	GGGGAAACCCGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCAAATGCAGGGAGAACAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120303	GGGGAAACCCGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCAAATGCAGGGAGAACAT	120352

AL935027.13	551	GCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGACCCATCCGAGGTTTGAACTAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120353	GCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGACCCATCCGAGGTTTGAACTAGC	120402

AL935027.13	601	GACCTTCTTGCTGTAAGGCGACAACACTGCCTACTGCGCCACTTCGTCGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120403	GACCTTCTTGCTGTAAGGCGACAACACTGCCTACTGCGCCACTTCGTCGC	120452

AL935027.13	651	CCTCTTTACTTTCTGGTTACATAGAACTCCTTTAAGGCGGATTTATACTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120453	CCTCTTTACTTTCTGGTTACATAGAACTCCTTTAAGGCGGATTTATACTT	120502

AL935027.13	701	CTGCGTCAAACGCCGGTGTATGCTACGGCGATGATGCATAGCCCTTCGCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120503	CTGCGTCAAACGCCGGTGTATGCTACGGCGATGATGCATAGCCCTTCGCC	120552

AL935027.13	751	GTGGCCGTCAGCGTCGCTGACGTACACCTCTCAAAAAATGTAAGTACACG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120553	GTGGCCGTCAGCGTCGCTGACGTACACCTCTCAAAAAATGTAAGTACACG	120602

AL935027.13	801	TCGCAACGACACATAGCGCAAGCTCTGTGATTGGTCGGCTTGGTAGCGCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120603	TCGCAACGACACATAGCGCAAGCTCTGTGATTGGTCGGCTTGGTAGCGCT	120652

AL935027.13	851	GACGAGTCTGGGCGGGACCGAGAGCCGCGTGAATGGTGCGAGCCCAATGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120653	GACGAGTCTGGGCGGGACCGAGAGCCGCGTGAATGGTGCGAGCCCAATGA	120702

AL935027.13	901	AGCGATTGTTTACAAGTGTGGAGTCCCGTAAAGGAGCTCTGGATGGAAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120703	AGCGATTGTTTACAAGTGTGGAGTCCCGTAAAGGAGCTCTGGATGGAAAG	120752

AL935027.13	951	TTTTGTTTTGTGTTTACCTCATAGTTAAAGTTATTGCACATCCGCCGGTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120753	TTTTGTTTTGTGTTTACCTCATAGTTAAAGTTATTGCACATCCGCCGGTT	120802

AL935027.13	1001	CCTGCCTCAAAATGAGCGAGTTTGAGCCACTTGTACATCCCGGAAGTGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120803	CCTGCCTCAAAATGAGCGAGTTTGAGCCACTTGTACATCCCGGAAGTGTT	120852

AL935027.13	1051	CAGGAAAAGCAAAACAGCAGCGAAGAAACTCGACACAGAGGAACATTTAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120853	CAGGAAAAGCAAAACAGCAGCGAAGAAACTCGACACAGAGGAACATTTAC	120902

AL935027.13	1101	ACCTCACTGCCAACTAGCGTTTCGGAAGTGTAAATGCAGAGCATCAGAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120903	ACCTCACTGCCAACTAGCGTTTCGGAAGTGTAAATGCAGAGCATCAGAGA	120952

AL935027.13	1151	CAGCGCGCAGAAGTATAAATGCACAGCTATGTGCGTTGCATGTGCCGTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	120953	CAGCGCGCAGAAGTATAAATGCACAGCTATGTGCGTTGCATGTGCCGTGG	121002

AL935027.13	1201	GTTACGCCGGTCACTTGACGCAGAAGTATAAACCAGGCTTTAGGGCAGAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121003	GTTACGCCGGTCACTTGACGCAGAAGTATAAACCAGGCTTTAGGGCAGAC	121052

AL935027.13	1251	CTATTCCTCTCTCGTCACTTACTCTATCGTATACATCCGCTCCTCCAGGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121053	CTATTCCTCTCTCGTCACTTACTCTATCGTATACATCCGCTCCTCCAGGT	121102

AL935027.13	1301	GGCAGACACAGGTAATGCTCATCAGGCACTTCTGTTCCCACGACTATTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121103	GGCAGACACAGGTAATGCTCATCAGGCACTTCTGTTCCCACGACTATTGA	121152

AL935027.13	1351	ACACGCCCCCTTGGTGACACACACACACACACACACACACAAAAAAAAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121153	ACACGCCCCCTTGGTGACACACACACACACACACACACACAAAAAAAAAC	121202

AL935027.13	1401	GTTTTCTGTATTTTATATCCCAGGTCCCCTTTTCAAGTCATATGACAATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121203	GTTTTCTGTATTTTATATCCCAGGTCCCCTTTTCAAGTCATATGACAATT	121252

AL935027.13	1451	TCCTGCAAGATATCACTCTTGTAATCTTTAGCCTTAACCTCCAGCAGCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121253	TCCTGCAAGATATCACTCTTGTAATCTTTAGCCTTAACCTCCAGCAGCCT	121302

AL935027.13	1501	CAGTAATGTTATTAGAGGCTGGGTGTGTCTCGGTTATCACTACACAGTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121303	CAGTAATGTTATTAGAGGCTGGGTGTGTCTCGGTTATCACTACACAGTTC	121352

AL935027.13	1551	TGGGTCCCAGACCTCAAAGGCTTTTAAACTGCACCACAGCTTTTATGAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121353	TGGGTCCCAGACCTCAAAGGCTTTTAAACTGCACCACAGCTTTTATGAGC	121402

AL935027.13	1601	GTGTCACTAAGGACAGTCAGAATCTCATCAGCTCAGTCTGAGAACTCGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121403	GTGTCACTAAGGACAGTCAGAATCTCATCAGCTCAGTCTGAGAACTCGAG	121452

AL935027.13	1651	ATGGAATCTACTGATAAGTTTTATAACCCTTCCCTAAGGAATATGGCCCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121453	ATGGAATCTACTGATAAGTTTTATAACCCTTCCCTAAGGAATATGGCCCC	121502

AL935027.13	1701	AGAAATCCAACAAGAGGTGAGCAAGAGTGCTTTTTTCCTCAAAGAAAGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121503	AGAAATCCAACAAGAGGTGAGCAAGAGTGCTTTTTTCCTCAAAGAAAGTG	121552

AL935027.13	1751	ACTTCAAGTTTGCTTTGGCCACGTTCCTTTACAAGAGTAATTAATTATAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121553	ACTTCAAGTTTGCTTTGGCCACGTTCCTTTACAAGAGTAATTAATTATAG	121602

AL935027.13	1801	TTACTAGTTACTTCTCACAAATGAGTTAAAGTAACTATTTACCAGGGAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121603	TTACTAGTTACTTCTCACAAATGAGTTAAAGTAACTATTTACCAGGGAAA	121652

AL935027.13	1851	GGAACTATTGCTTGACGTTTAAATTATTATTTTTTTTTTTAATGAGTATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121653	GGAACTATTGCTTGACGTTTAAATTATTATTTTTTTTTTTAATGAGTATA	121702

AL935027.13	1901	AAATAAATTGTACACTAAGCTGGGCAGCATGGTGGCTCAATGGTTAGCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121703	AAATAAATTGTACACTAAGCTGGGCAGCATGGTGGCTCAATGGTTAGCAT	121752

AL935027.13	1951	TGTCACCTCACAGCAAGAGGGTCGCTGTTTCGAGTACCGGCTGGGCCAGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119908.8	121753	TGTCACCTCACAGCAAGAGGGTCGCTGTTTCGAGTACCGGCTGGGCCAGT	121802

Overview

Query
AL935027.13 - 53993 bps
Hit
BX119908.8 - 121802 bps
Total alignments
95
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199120001200011198031218021
294.56118146196941983911362821
393.2329338618325187101153419171
487.424840510342107461878591891
597.9242481092610973126665267121
682.881212911766817958128737290281
790.261231872781928005128737289311
883.48521141176211875128814289281
994.8582972804328139128932290281
1088.7610617020922261-136224363921
1184.721252027123231141952424481
1280.73832543476635019-149469497121
1397.443539139-152496525341
1484.26192406993810343-154146545391
1581.196819395729764-154716549011
1686.82751324355243683156515566431
1787.11202356297652156526568741
1888.23941611779817958-156549567011
1991.392303212781928139-156549568731
2096.7444913710537195157180572711
2195.5638894012940217157182572711
2296.55388678137898157186572721
2394.74389478037896-157186572801
2496.5137853711237196-157186572711
2594.4533894012040208-157186572751
2688.8126846627113176-162498629621
2710035653710937173162958630221
2810030614012340183162960630201
29100316378127874-162960630221
3010031633711237174-162960630221
3110030614012340183-162961630211
3296.7754621766717728163871639321
3388.51933222781828139163871641831
3488.893554598651-163872639251
3589.1331464383443879-163881639261
3688.33169281297577-163933642061
3784.351292581177512032163945642061
3894.22951191784017958164063641831
3988.62781224356543686-164084642061
4082.63822134012240334165637658491
41100336878137880165638657051
4210033683711137178165638657051
43100336878137880-165638657051
4498.6844763710337178-165638657131
4598.5330684012340190-165638657051
4688.132083472781928165167445678061
4785.52741441176211905167514676581
4893.291101471779817944167615677631
4989.2955854360243686-167680677631
5095.7433471200412050167763678091
5192.31961301766817797172102722311
5288.032033432781928161172102724521
5378.09501974360143797-172205724141
5490.39691051784017944172310724131
5586.37751354355243686176720768511
5692.48951311782817958-176754768861
5794.3961212801928139-176754768761
58905991420510176906769951
5993.5542622788327944-176988770491
6085.124512170677187-177508776281
6187.3628052127113231-180607811281
6296.7442924011840209193435935261
6397.8946953710737201193436935301
6498.8543873711237198-193440935261
6599.125311378127924193441935531
6698.85438778117897-193441935271
6797.6739864012440209-193441935261
6884.4830583838938446193545936021
6987.86851424355343694193887940261
7088.279516229113072196800969611
7187.81164273278672813911031811034591
7287.64210357297653-11043581047211
7389.38203321278192813911043601046981
7476.93311144368443797-11044631045791
7595.03132161177981795811045381046981
7678.523713428652998-11047691049031
7785.8224952127113231-11073421078701
7894.4441541092110974-11094891095421
7993.713334121341913830-11095541099661
8083.57198407134211382711095571099641
8189.73270398390593945611095571099651
8279.411313973905939455-11095571099641
8379.531022901060310892-11099801102721
8498.6739753712937203-11178071178811
8598.6336734013940211-11178091178811
8610035717812788211178111178811
871003571371123718211178111178811
8898.593271401244019411178111178811
89100357178137883-11178111178811
9091.87112158177981795511180001181591
911003134281332816611181711182041
9293.6952111370893719911182551183651
9391.5244117401044022011182571183741
9487.051833212781928139-11201221204531
9576.4440196436844387911202371204441
Short-link