<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX548245.14	2000	CATCCCTCCCTGTCCTCCCCACCCTCCCGGGCTGGACCCCGGGCGTGTTG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1	CATCCCTCCCTGTCCTCCCCACCCTCCCGGGCTGGACCCCGGGCGTGTTG	50

C  BX548245.14	1950	GCTGGCGGCGGGGTAGGATTGGTGTGCCGGGTAGGTGTGCGCGGCATCTC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	51	GCTGGCGGCGGGGTAGGATTGGTGTGCCGGGTAGGTGTGCGCGGCATCTC	100

C  BX548245.14	1900	TGGCGCAGTTGTTCCCGTTACGAAGCACGAACCTTCCTGGTGATGGCCTC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	101	TGGCGCAGTTGTTCCCGTTACGAAGCACGAACCTTCCTGGTGATGGCCTC	150

C  BX548245.14	1850	GATTAGAAGCCATGCCCGTTCGCGGCATACCCCAACCCCCCTTCTGCGTG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	151	GATTAGAAGCCATGCCCGTTCGCGGCATACCCCAACCCCCCTTCTGCGTG	200

C  BX548245.14	1800	AAGGCCGGATGGGTGGCGGGTAGGCAGTGGGTAACCGCCGCCTCTCCCCC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	201	AAGGCCGGATGGGTGGCGGGTAGGCAGTGGGTAACCGCCGCCTCTCCCCC	250

C  BX548245.14	1750	CCTCTCCCTCTGGCATTTTACCTGATGTGTGAGGGGCTACCTGGTTGATC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	251	CCTCTCCCTCTGGCATTTTACCTGATGTGTGAGGGGCTACCTGGTTGATC	300

C  BX548245.14	1700	CTGCCAGTAATATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCAAGTCTAAGT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	301	CTGCCAGTAATATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCAAGTCTAAGT	350

C  BX548245.14	1650	GCACACGGACGGTACAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	351	GCACACGGACGGTACAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATG	400

C  BX548245.14	1600	GTTCCTTTGATCGCTCCTCCCGGTTACTTGGATAACTGTGGCAATTCCAG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	401	GTTCCTTTGATCGCTCCTCCCGGTTACTTGGATAACTGTGGCAATTCCAG	450

C  BX548245.14	1550	AGCTAATACATGCCAACGAGCGCCGACCTGGGCCGCCCTTCTCCCCCTAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	451	AGCTAATACATGCCAACGAGCGCCGACCTGGGCCGCCCTTCTCCCCCTAT	500

C  BX548245.14	1500	GTGGCGGGGTGGGGTGGGTCCCCGGGGACGCGTGCATTTATCAGATCCAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	501	GTGGCGGGGTGGGGTGGGTCCCCGGGGACGCGTGCATTTATCAGATCCAA	550

C  BX548245.14	1450	AACCCATGCGGGTGCGCGGGCGGTGGAGAGGGGGGCCTCGCGCCTACCCG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	551	AACCCATGCGGGTGCGCGGGCGGTGGAGAGGGGGGCCTCGCGCCTACCCG	600

C  BX548245.14	1400	CCGCCGTCCGCCCCCGGCCTCGCTTTGGTGACTCTAGATAACCTCGGGCC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	601	CCGCCGTCCGCCCCCGGCCTCGCTTTGGTGACTCTAGATAACCTCGGGCC	650

C  BX548245.14	1350	GATCGCACGCCCTCGCGGCGGCGACGGTTCATTCGAATGTCTGCCCTATC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	651	GATCGCACGCCCTCGCGGCGGCGACGGTTCATTCGAATGTCTGCCCTATC	700

C  BX548245.14	1300	AACTTTCGATGGTAGGTCCGTCGCCTACCATGGTGACCACGGGTGACGGG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	701	AACTTTCGATGGTAGGTCCGTCGCCTACCATGGTGACCACGGGTGACGGG	750

C  BX548245.14	1250	GAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	751	GAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATC	800

C  BX548245.14	1200	CAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCATTTCCGACACGGAGAGGTA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	801	CAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCATTTCCGACACGGAGAGGTA	850

C  BX548245.14	1150	GTGACGAAAAATAACAATGCAGGTCTCCTTCGAGGCCCTGTAATTGGAAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	851	GTGACGAAAAATAACAATGCAGGTCTCCTTCGAGGCCCTGTAATTGGAAT	900

C  BX548245.14	1100	GAGCGTATCCTAAACCCATGGGCGAGGACCCATTGGAGGGCAAGTCTGGT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	901	GAGCGTATCCTAAACCCATGGGCGAGGACCCATTGGAGGGCAAGTCTGGT	950

C  BX548245.14	1050	GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATGCTAACGTTGCTG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	951	GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATGCTAACGTTGCTG	1000

C  BX548245.14	1000	CAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCGGGGACCGGGCCGCGCGGTCCGC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1001	CAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCGGGGACCGGGCCGCGCGGTCCGC	1050

C  BX548245.14	950	CGTGAGGCGAGCCACCGCCGGTCCCGGACCCCCAGGCCTCCCGGCGCCCC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1051	CGTGAGGCGAGCCACCGCCGGTCCCGGACCCCCAGGCCTCCCGGCGCCCC	1100

C  BX548245.14	900	CCGGATGCCCTTGACTGGGTGTCCTCGGCTTGGGGCCCGGAGCGTTTACT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1101	CCGGATGCCCTTGACTGGGTGTCCTCGGCTTGGGGCCCGGAGCGTTTACT	1150

C  BX548245.14	850	TTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAGGCAGGGCCGACTGCGCCCTTATGAATA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1151	TTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAGGCAGGGCCGACTGCGCCCTTATGAATA	1200

C  BX548245.14	800	CCCCAGCTAGGAATAATGGAATAGGACCCCGGTTCTATTTTCTGTGGGTT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1201	CCCCAGCTAGGAATAATGGAATAGGACCCCGGTTCTATTTTCTGTGGGTT	1250

C  BX548245.14	750	TCCGGAACCCGGGGCCATGATTGAGAGGGACGGCCGGGGGCATTCGTATT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1251	TCCGGAACCCGGGGCCATGATTGAGAGGGACGGCCGGGGGCATTCGTATT	1300

C  BX548245.14	700	GCGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGGACTGGAGCGA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1301	GCGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGGACTGGAGCGA	1350

C  BX548245.14	650	AAGCGTTTGCCAAGAACGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1351	AAGCGTTTGCCAAGAACGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTT	1400

C  BX548245.14	600	CGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTTCCGACCGTAAACGATGCCGACCC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1401	CGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTTCCGACCGTAAACGATGCCGACCC	1450

C  BX548245.14	550	GCGATCCGGCGGCGTTACTACCACAATGACCCGCCGGGCAGCGTGTGGGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1451	GCGATCCGGCGGCGTTACTACCACAATGACCCGCCGGGCAGCGTGTGGGA	1500

C  BX548245.14	500	AACCACGAGTCTCTGGGCTCTGGGGGGAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1501	AACCACGAGTCTCTGGGCTCTGGGGGGAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACT	1550

C  BX548245.14	450	TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1551	TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAAT	1600

C  BX548245.14	400	TTGACTCAACACGGGGAACCTCACCCGGCCCGGACACGGAAAGGATTGAC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1601	TTGACTCAACACGGGGAACCTCACCCGGCCCGGACACGGAAAGGATTGAC	1650

C  BX548245.14	350	AGATTGATAGCTCTTTCTCGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1651	AGATTGATAGCTCTTTCTCGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCG	1700

C  BX548245.14	300	TGGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTGATTCCGATAACGAACGAGACTCT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1701	TGGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTGATTCCGATAACGAACGAGACTCT	1750

C  BX548245.14	250	GGCATGCTAACTAGTTACGCGGCCCCGCGCGGTCAGCGTCTGCAACTTCT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1751	GGCATGCTAACTAGTTACGCGGCCCCGCGCGGTCAGCGTCTGCAACTTCT	1800

C  BX548245.14	200	TAGAGGGACAAGTGGCGTTCAGCCACGCGAGACTGAGCAATAACAGGTCT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1801	TAGAGGGACAAGTGGCGTTCAGCCACGCGAGACTGAGCAATAACAGGTCT	1850

C  BX548245.14	150	GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCCACAATGGGCGGATC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1851	GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCCACAATGGGCGGATC	1900

C  BX548245.14	100	AACGTGTGCCTACCCTGCGCCGAGAGGCGCGGGTAATCCGTTGAAACCCG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1901	AACGTGTGCCTACCCTGCGCCGAGAGGCGCGGGTAATCCGTTGAAACCCG	1950

C  BX548245.14	50	CTCGTGATTGGGACCGGGGATTGCAACTATTTCCCTTGAACGAGGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088714.18	1951	CTCGTGATTGGGACCGGGGATTGCAACTATTTCCCTTGAACGAGGAATTC	2000

Overview

Query
BX548245.14 - 179938 bps
Hit
BX088714.18 - 167148 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001976200012000-1120001
287.381292156356963783-126013262261
387.411722973009230388126834271191
485.94108197123222123418126928271191
585.561532776685967135132048323241
686.182003743009730470-135479358471
783.56126283123222123504-135479357581
884.59205413140397140809140641410361
986.231653123015930470141624419351
1087.97199316166979167294148936492511
1193.312213084589946206-149866501791
1289.941091798930489482-159425596031
1384.77106249160669160917-159451596931
1483.961052691341913687-180131803981
1584.412244636331963781182466829141
1684.421202722662426895-185991862661
1791.281431969097091165192291924851
1887.761201966358863783-11008021009971
1985.511823567539675751-11163041166551
2089.7235363301053046711615771619351
2184.46157335351963553011615951619351
Short-link