<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1535 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  AL162415.16	168133	GAATTCTTTCTTTCACGAGATCCAAGAACCCTCTCTTGGGGTCTGTATAG	168182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202891	GAATTCTTTCTTTCACGAGATCCAAGAACCCTCTCTTGGGGTCTGTATAG	202842

  AL162415.16	168183	GGACCCCTTTCCTGTAACACTAGCAAGGAAGTCCCTTCCAGAGAGCTCTC	168232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202841	GGACCCCTTTCCTGTAACACTAGCAAGGAAGTCCCTTCCAGAGAGCTCTC	202792

  AL162415.16	168233	TCTGGTTTAGCAGCACACTTATATTGGTGTAGGATGGGAACATTCCATAA	168282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202791	TCTGGTTTAGCAGCACACTTATATTGGTGTAGGATGGGAACATTCCATAA	202742

  AL162415.16	168283	AGACATATTCACATTTGTTCAAAGTCTTCTGCATCAACTACCCCCAGATT	168332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202741	AGACATATTCACATTTGTTCAAAGTCTTCTGCATCAACTACCCCCAGATT	202692

  AL162415.16	168333	TTGATGTATTCTGCCTTTAAAATCACGCTATGTCCCAGTCACTTTTTGTT	168382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202691	TTGATGTATTCTGCCTTTAAAATCACGCTATGTCCCAGTCACTTTTTGTT	202642

  AL162415.16	168383	GCCTTCCCTTCCAATCCAGTTGAGGAATCCCTCCGGGAAAGTAAAATCTG	168432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202641	GCCTTCCCTTCCAATCCAGTTGAGGAATCCCTCCGGGAAAGTAAAATCTG	202592

  AL162415.16	168433	TCTACTTGTGCTCTCTGTCCACCTCCTGGCATCTCCTGTCAATTATTTCC	168482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202591	TCTACTTGTGCTCTCTGTCCACCTCCTGGCATCTCCTGTCAATTATTTCC	202542

  AL162415.16	168483	CTACTCTCTTGTTCTTTCAATCATTCCCATCCTACTGGAACTTTCCTATC	168532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202541	CTACTCTCTTGTTCTTTCAATCATTCCCATCCTACTGGAACTTTCCTATC	202492

  AL162415.16	168533	AACGTTTCAAGTTGTTATCTAAATGTCACTTATCTGAAAACAAATAAATC	168582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202491	AACGTTTCAAGTTGTTATCTAAATGTCACTTATCTGAAAACAAATAAATC	202442

  AL162415.16	168583	GCCTTTCATGACTCTGTTTCAAACTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGA	168632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202441	GCCTTTCATGACTCTGTTTCAAACTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGA	202392

  AL162415.16	168633	GACGGTCGGAGTCTTGCTCAGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGAT	168682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202391	GACGGTCGGAGTCTTGCTCAGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGAT	202342

  AL162415.16	168683	CTTGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCT	168732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202341	CTTGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCT	202292

  AL162415.16	168733	CAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACCTGCCACCACGCCCGCCTA	168782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202291	CAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACCTGCCACCACGCCCGCCTA	202242

  AL162415.16	168783	ATTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTA	168832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202241	ATTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTA	202192

  AL162415.16	168833	GTCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCACCTCGGCCTC	168882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202191	GTCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCACCTCGGCCTC	202142

  AL162415.16	168883	CCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCAGCCGACCCTAT	168932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202141	CCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCAGCCGACCCTAT	202092

  AL162415.16	168933	TTCAATCTTTTTAGCTTTCACTGAATGTTTCTCTACCTGTCCGTGAATGA	168982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202091	TTCAATCTTTTTAGCTTTCACTGAATGTTTCTCTACCTGTCCGTGAATGA	202042

  AL162415.16	168983	ATGGTCTCCATTTATTTTCCATTTGTCTTTCACATATTCCAGCTTAACAT	169032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	202041	ATGGTCTCCATTTATTTTCCATTTGTCTTTCACATATTCCAGCTTAACAT	201992

  AL162415.16	169033	TTATTTCCACAACTGACATTTATTTGATAAAGGTCCTTTGAATACATTTT	169082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201991	TTATTTCCACAACTGACATTTATTTGATAAAGGTCCTTTGAATACATTTT	201942

  AL162415.16	169083	AGCTCTAATATGCCTACTCTGTCTTTAATGTGTGACAATTTCACTAATGG	169132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201941	AGCTCTAATATGCCTACTCTGTCTTTAATGTGTGACAATTTCACTAATGG	201892

  AL162415.16	169133	AAATACAATCACATGTGCCCTGTAAATCTCCCAAGTTGTCTCAATTCTCC	169182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201891	AAATACAATCACATGTGCCCTGTAAATCTCCCAAGTTGTCTCAATTCTCC	201842

  AL162415.16	169183	AAAGAATTACATCATGTCTGTCCACACCCACCAAACACAAAACTGAAAAG	169232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201841	AAAGAATTACATCATGTCTGTCCACACCCACCAAACACAAAACTGAAAAG	201792

  AL162415.16	169233	TGACCAGTTCAGCTTCAGGCTAGTGTTTTTTCATTCCACCAAAGCCACAT	169282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201791	TGACCAGTTCAGCTTCAGGCTAGTGTTTTTTCATTCCACCAAAGCCACAT	201742

  AL162415.16	169283	TATATTTAATTAATGAAACTAATGCCTATAAAGTTAACAAAGGAATATAA	169332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201741	TATATTTAATTAATGAAACTAATGCCTATAAAGTTAACAAAGGAATATAA	201692

  AL162415.16	169333	CACATATACCTGAATATACCTCTATTCAAAATTATTTTCCAAGAATGAAT	169382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201691	CACATATACCTGAATATACCTCTATTCAAAATTATTTTCCAAGAATGAAT	201642

  AL162415.16	169383	AAATGTTCACATTTTATTAGAGAAAATGAAACAATCATAATATCTGAGAT	169432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201641	AAATGTTCACATTTTATTAGAGAAAATGAAACAATCATAATATCTGAGAT	201592

  AL162415.16	169433	TTATTTCAAAACTCTTTTTTTTACTGACACATGTTCTTGTCCACAGGCCA	169482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201591	TTATTTCAAAACTCTTTTTTTTACTGACACATGTTCTTGTCCACAGGCCA	201542

  AL162415.16	169483	ATGGAAACAGACATGTGTAGCATTATTTAGATGATCAACTGCATTAATTC	169532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201541	ATGGAAACAGACATGTGTAGCATTATTTAGATGATCAACTGCATTAATTC	201492

  AL162415.16	169533	TTCATATATTAGTCATTGACAATAGACCTACAAAGAGAGTATTTCTCATC	169582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201491	TTCATATATTAGTCATTGACAATAGACCTACAAAGAGAGTATTTCTCATC	201442

  AL162415.16	169583	CTTGATATAAATTACAGTTTTCATCATTGAATTTACTTACTCAACAGTTT	169632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201441	CTTGATATAAATTACAGTTTTCATCATTGAATTTACTTACTCAACAGTTT	201392

  AL162415.16	169633	TTAGACACATGCGCTTGTGGACTTATATGGAATTC	169667
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX088651.9	201391	TTAGACACATGCGCTTGTGGACTTATATGGAATTC	201357

Overview

Query
AL162415.16 - 169667 bps
Hit
BX088651.9 - 202891 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1535 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100015351681331696671201357202891-1
Short-link