<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR931977.8	1	AGCAAATAATAAACCACAGGGTGCGATGTCCTCTTTCAGATATGACCTTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31468	AGCAAATAATAAACCACAGGGTGCGATGTCCTCTTTCAGATATGACCTTA	31517

CR931977.8	51	AAAACACAAAACTGGTTAATGCTGCTTTAGCATGTCTGGACTCGACTGCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31518	AAAACACAAAACTGGTTAATGCTGCTTTAGCATGTCTGGACTCGACTGCT	31567

CR931977.8	101	CCCTCTAGAGGAGCGCGATAGTAATTTAAAACCTGCCTTTTGTTGGAGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31568	CCCTCTAGAGGAGCGCGATAGTAATTTAAAACCTGCCTTTTGTTGGAGGT	31617

CR931977.8	151	TTTTTTTTTTTGTTACTCATTTAGCACACACATTTTTACTGAGGCAGCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31618	TTTTTTTTTTTGTTACTCATTTAGCACACACATTTTTACTGAGGCAGCTT	31667

CR931977.8	201	ATTTATACTAGAGCTATCATTCTGCTGTGGCAGCCTGCAGTTTAATGTCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31668	ATTTATACTAGAGCTATCATTCTGCTGTGGCAGCCTGCAGTTTAATGTCG	31717

CR931977.8	251	ACCTCTAAGGAGTAATAGAGAACCTCTTACACTCCAGTTCATGGTTTCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31718	ACCTCTAAGGAGTAATAGAGAACCTCTTACACTCCAGTTCATGGTTTCTT	31767

CR931977.8	301	TGCCTGACTCAGAACTATGTCTGGAATAATAGCTATTGTATATATATAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31768	TGCCTGACTCAGAACTATGTCTGGAATAATAGCTATTGTATATATATAAT	31817

CR931977.8	351	ATTGCTGTTAGCTTAAACTATACTGTAGAAAGTAATAACATAAAACACTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31818	ATTGCTGTTAGCTTAAACTATACTGTAGAAAGTAATAACATAAAACACTG	31867

CR931977.8	401	TGTGTAAATGGATATGCATACATTTGCAGAATGTATATACATTACATTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31868	TGTGTAAATGGATATGCATACATTTGCAGAATGTATATACATTACATTAA	31917

CR931977.8	451	AAGTTGAGTTCATCAACAACTGTATAAAATGTTGTGATTTATACAAATAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31918	AAGTTGAGTTCATCAACAACTGTATAAAATGTTGTGATTTATACAAATAA	31967

CR931977.8	501	TTATACATAAATACACATAAAACACAATTGGAGCATGTTATTAAAGAAGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	31968	TTATACATAAATACACATAAAACACAATTGGAGCATGTTATTAAAGAAGT	32017

CR931977.8	551	TATGTAACAATCTAGTGGATTATTCAAATGAAAAAAATAATTATACGATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32018	TATGTAACAATCTAGTGGATTATTCAAATGAAAAAAATAATTATACGATT	32067

CR931977.8	601	ATTATTGATAAAAATATGCTATTTAGTGGTTGATACAATATATTACTAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32068	ATTATTGATAAAAATATGCTATTTAGTGGTTGATACAATATATTACTAAT	32117

CR931977.8	651	AAATTAATCATTGTTTAACAAAACGGGAGCACATTATCAACAAAACTAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32118	AAATTAATCATTGTTTAACAAAACGGGAGCACATTATCAACAAAACTAGA	32167

CR931977.8	701	CAGTTTAATGGCTTCTAGGATGATTTATAAATTTCAATATCTGACTTTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32168	CAGTTTAATGGCTTCTAGGATGATTTATAAATTTCAATATCTGACTTTCT	32217

CR931977.8	751	GTTGGGTTTGAGATTTCGCTCTAAGAGACTTTTTTGTAGGTATTGGCATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32218	GTTGGGTTTGAGATTTCGCTCTAAGAGACTTTTTTGTAGGTATTGGCATG	32267

CR931977.8	801	TTTGATGTGTATGCCAATTTTTGGACATGAGCATGAAACATAGCTCAGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32268	TTTGATGTGTATGCCAATTTTTGGACATGAGCATGAAACATAGCTCAGGG	32317

CR931977.8	851	GCAAGTCCGTCAAATGTGCATAGGTGGCGCTGTTGAGGTATTTTTGTTGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32318	GCAAGTCCGTCAAATGTGCATAGGTGGCGCTGTTGAGGTATTTTTGTTGC	32367

CR931977.8	901	ACCCAATTTCGAAACCTATAACAAACGTGAATTTTCACCACTTCTGGTGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32368	ACCCAATTTCGAAACCTATAACAAACGTGAATTTTCACCACTTCTGGTGC	32417

CR931977.8	951	ATGTGCAAACTTTTGTGAGTTTGCGAGGATGCTTAGTCTTCTTAAAATGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32418	ATGTGCAAACTTTTGTGAGTTTGCGAGGATGCTTAGTCTTCTTAAAATGG	32467

CR931977.8	1001	CGATTCAGTCTAGAGAAGAATATTAATAATAATAATAATAGTAATAATCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32468	CGATTCAGTCTAGAGAAGAATATTAATAATAATAATAATAGTAATAATCA	32517

CR931977.8	1051	ACAAAGCAATTACAATAGGGCCTATGCACAGTAATGCTTGGTCCCTAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32518	ACAAAGCAATTACAATAGGGCCTATGCACAGTAATGCTTGGTCCCTAAAA	32567

CR931977.8	1101	TTAGATTTTAAGATAAAAAATAAAGTATTTGATTTTAAATATCTAAAAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32568	TTAGATTTTAAGATAAAAAATAAAGTATTTGATTTTAAATATCTAAAAGC	32617

CR931977.8	1151	ATATGAAACCGAGACTAATAAAGACTTACTTTACCAAAAATAAACTTAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32618	ATATGAAACCGAGACTAATAAAGACTTACTTTACCAAAAATAAACTTAGG	32667

CR931977.8	1201	ATCTCTATGAACATTCAGAGCAAAATATTTCACCTGAAGCAAGTGCTACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32668	ATCTCTATGAACATTCAGAGCAAAATATTTCACCTGAAGCAAGTGCTACC	32717

CR931977.8	1251	TCAATATTTAGAAAATTTAAGACCTAATTTTAAAGTTTATTTGAGTAAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32718	TCAATATTTAGAAAATTTAAGACCTAATTTTAAAGTTTATTTGAGTAAAT	32767

CR931977.8	1301	GTGGCATCACCAGTAGTATTGACTATTTGATAAACATGATCTCTACAACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32768	GTGGCATCACCAGTAGTATTGACTATTTGATAAACATGATCTCTACAACA	32817

CR931977.8	1351	GCACTATTGATGATGCAATGCAGACCTACTTAAAGCACTTCAACTGCTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32818	GCACTATTGATGATGCAATGCAGACCTACTTAAAGCACTTCAACTGCTGG	32867

CR931977.8	1401	GTGTTATTAGCCCAAACTGCTATAGGCCACCATAACCTTGCTGAGCAGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32868	GTGTTATTAGCCCAAACTGCTATAGGCCACCATAACCTTGCTGAGCAGCA	32917

CR931977.8	1451	CTAGGATATGGCGAATTGATCTTTCACAGGATTAAGCAGAGCGGGGATAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32918	CTAGGATATGGCGAATTGATCTTTCACAGGATTAAGCAGAGCGGGGATAT	32967

CR931977.8	1501	GAAAAAGGGACAGACAGCAGAGAGAGAGAGGACTCTCCATTGGGTCTTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	32968	GAAAAAGGGACAGACAGCAGAGAGAGAGAGGACTCTCCATTGGGTCTTTG	33017

CR931977.8	1551	TGCTGCCCAGCACTACAGAGCAGCTGCCTCCAGCGTGAGCTCTTTTCAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	33018	TGCTGCCCAGCACTACAGAGCAGCTGCCTCCAGCGTGAGCTCTTTTCAGA	33067

CR931977.8	1601	TGCGCACAAGCCTATTGATAAAACACCATGTAATTATATACACACTTCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	33068	TGCGCACAAGCCTATTGATAAAACACCATGTAATTATATACACACTTCTT	33117

CR931977.8	1651	ATAGAACGGCTTAACCGCTACTTCTTAATAGTCACAACATAATTATACAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	33118	ATAGAACGGCTTAACCGCTACTTCTTAATAGTCACAACATAATTATACAG	33167

CR931977.8	1701	TCCCATTTATCAAGCTCGCTAATCATATGGAAAGATCCTGGCCCACATAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	33168	TCCCATTTATCAAGCTCGCTAATCATATGGAAAGATCCTGGCCCACATAG	33217

CR931977.8	1751	TAAAGCTCTCCACAGAGAGCGCATTCACGAGCACAAATCTGAAATGAGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	33218	TAAAGCTCTCCACAGAGAGCGCATTCACGAGCACAAATCTGAAATGAGGA	33267

CR931977.8	1801	GCTCAGAAGGAGGAAAATGTGAATGTGAGCCCATTTCTGTCTCCGGTGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	33268	GCTCAGAAGGAGGAAAATGTGAATGTGAGCCCATTTCTGTCTCCGGTGGA	33317

CR931977.8	1851	GGGCGTCTGAGATGCTGGATCTGATCGCTCTTCAATAAAAACAGTGCTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	33318	GGGCGTCTGAGATGCTGGATCTGATCGCTCTTCAATAAAAACAGTGCTGT	33367

CR931977.8	1901	GCAGGTAAGTGATGTTTTGCTGCGCTCCTGAAGGATTATCTTCAAGTAAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	33368	GCAGGTAAGTGATGTTTTGCTGCGCTCCTGAAGGATTATCTTCAAGTAAC	33417

CR931977.8	1951	CAGGTACAAAACCAAGCAGCGGAACCAGGTAAGAAAAGGTCACAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088601.12	33418	CAGGTACAAAACCAAGCAGCGGAACCAGGTAAGAAAAGGTCACAAAGCTT	33467

Overview

Query
CR931977.8 - 83211 bps
Hit
BX088601.12 - 33467 bps
Total alignments
18
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001942200012000131468334671
283.2514337874615749921317735461
375.58632743610436377-1680770681
497.539801682316902125117251961
510036731683016902-125125251971
696.5141866449564580-125125252101
710036736450964581125125251971
896.5942886450864595-125196252831
910040751683016904-125205252791
1098.7238781682516902125205252821
1110037766450864583125208252831
1298.4432641684116904-127379274421
1397.18931446360163744-128130282711
1497.338741683016903-129535296081
1510030621682916890-130402304631
1610030616450864568-130402304621
1710030611683116891130402304621
1810034636452364585130402304641
Short-link