<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT033815.3	2000	GAATTCAATCCTCAAATGTATTTTGCATGAAGAAACAACGTCATCTTCAT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1	GAATTCAATCCTCAAATGTATTTTGCATGAAGAAACAACGTCATCTTCAT	50

C  CT033815.3	1950	CGCAAACTCTGTGAATGTCTAGGTTTTCCCTCATCAGTGTGGAGTTTTCA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	51	CGCAAACTCTGTGAATGTCTAGGTTTTCCCTCATCAGTGTGGAGTTTTCA	100

C  CT033815.3	1900	TCAATGTTTAATCAGTGGGCAACACTCGTTTTTGACTTAAGTAAAGGGTA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	101	TCAATGTTTAATCAGTGGGCAACACTCGTTTTTGACTTAAGTAAAGGGTA	150

C  CT033815.3	1850	AATTTTCTAATGTTAAAAATACCTGCATAATAATAATTCATAAAGTTAAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	151	AATTTTCTAATGTTAAAAATACCTGCATAATAATAATTCATAAAGTTAAA	200

C  CT033815.3	1800	GCAGCCGATTCTTATTGTGTGTTTGGGCTTTGTGTGTGTTGGAGTGTGCA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	201	GCAGCCGATTCTTATTGTGTGTTTGGGCTTTGTGTGTGTTGGAGTGTGCA	250

C  CT033815.3	1750	TGTGTGTGACAGTTGTTTCTGTGGTGTAAAAATGGCTTTATAGCAGCAGT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	251	TGTGTGTGACAGTTGTTTCTGTGGTGTAAAAATGGCTTTATAGCAGCAGT	300

C  CT033815.3	1700	ATTTTCACGCACAACCATCTCTAGGGTTTACAGAGAATGGTCTGAAAAAG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	301	ATTTTCACGCACAACCATCTCTAGGGTTTACAGAGAATGGTCTGAAAAAG	350

C  CT033815.3	1650	AGAAACTATCCAGTGAGCGGCAGTTCTGTGGCCGCAAATGCCTTGTTGAT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	351	AGAAACTATCCAGTGAGCGGCAGTTCTGTGGCCGCAAATGCCTTGTTGAT	400

C  CT033815.3	1600	GCCAGAAGTCAGAGGAGACTGACCAGACTGGTTCGAGCTGATTAAGGCAA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	401	GCCAGAAGTCAGAGGAGACTGACCAGACTGGTTCGAGCTGATTAAGGCAA	450

C  CT033815.3	1550	CAGCCACTCAAATAAGCACTCGTTACAACCGAGGTGTGCAGAAGAGCATC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	451	CAGCCACTCAAATAAGCACTCGTTACAACCGAGGTGTGCAGAAGAGCATC	500

C  CT033815.3	1500	TCTGAACGCACAAAACTTCCAACCTTGAGGCGGATGGGCTACAGCAGAAG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	501	TCTGAACGCACAAAACTTCCAACCTTGAGGCGGATGGGCTACAGCAGAAG	550

C  CT033815.3	1450	AAGAACACACCTGGTGCCACTCCTGTCAGCTAAGAACAGGAAACTGAGGC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	551	AAGAACACACCTGGTGCCACTCCTGTCAGCTAAGAACAGGAAACTGAGGC	600

C  CT033815.3	1400	TACGATTCTCACAGGCTCATCAAAATTGGACAACAGAAGATTGGAAAAAC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	601	TACGATTCTCACAGGCTCATCAAAATTGGACAACAGAAGATTGGAAAAAC	650

C  CT033815.3	1350	GTTGCCTGATCTGATGAGTCTCGATTTCTGCTGCGACATTTATGAAATCG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	651	GTTGCCTGATCTGATGAGTCTCGATTTCTGCTGCGACATTTATGAAATCG	700

C  CT033815.3	1300	TGGATCCATCCTGCCTTGTATTAATGGTTCAGGCTGGTGGTGGTGGTGTA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	701	TGGATCCATCCTGCCTTGTATTAATGGTTCAGGCTGGTGGTGGTGGTGTA	750

C  CT033815.3	1250	ATGGTGTGTGGAATGTTTTCTTGGCACACTATGGGCCGATTAGTACTAAT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	751	ATGGTGTGTGGAATGTTTTCTTGGCACACTATGGGCCGATTAGTACTAAT	800

C  CT033815.3	1200	TGAGCATCATGTCAACACCACAGCCTACCTGAGTATTGTTGCTGACCATG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	801	TGAGCATCATGTCAACACCACAGCCTACCTGAGTATTGTTGCTGACCATG	850

C  CT033815.3	1150	TCCAACCCTATAAGGCCCTTCAATTATCATTAGATATTTTGTATCTGTTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	851	TCCAACCCTATAAGGCCCTTCAATTATCATTAGATATTTTGTATCTGTTT	900

C  CT033815.3	1100	ATAAGTCTATCTTCTACATTTAGGGCAGTGTGGGTAATATTAACTAGTTT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	901	ATAAGTCTATCTTCTACATTTAGGGCAGTGTGGGTAATATTAACTAGTTT	950

C  CT033815.3	1050	AATAAAGTTTGCTAGGTTTATCACTTCAATAGGTACCTTTCATCACATAC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	951	AATAAAGTTTGCTAGGTTTATCACTTCAATAGGTACCTTTCATCACATAC	1000

C  CT033815.3	1000	AGTCATGTACCCTTGAAAAACTCATTTCAACATTCTACAAGGACACACAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1001	AGTCATGTACCCTTGAAAAACTCATTTCAACATTCTACAAGGACACACAT	1050

C  CT033815.3	950	TTTTTGTATAACATACAGCATTTATTGTTATTAATAATTATGGTGTGCAC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1051	TTTTTGTATAACATACAGCATTTATTGTTATTAATAATTATGGTGTGCAC	1100

C  CT033815.3	900	TAGTAAGTATCAATATTAGTTACAGAGTGATTAGTTACTGTAATTAATTA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1101	TAGTAAGTATCAATATTAGTTACAGAGTGATTAGTTACTGTAATTAATTA	1150

C  CT033815.3	850	GATTACTTTTCCACAGAAAAAGTAAGAGGTTACTGTTTATTGTTTAAATA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1151	GATTACTTTTCCACAGAAAAAGTAAGAGGTTACTGTTTATTGTTTAAATA	1200

C  CT033815.3	800	AGTTAATTACTTACTGTATAATGTAATGTGGTTTGTCTTAAATACTTTAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1201	AGTTAATTACTTACTGTATAATGTAATGTGGTTTGTCTTAAATACTTTAA	1250

C  CT033815.3	750	ATGAATTCAGCAGTTCTGTATAAATCAATTCAGAGATATCAGCAGAGTGA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1251	ATGAATTCAGCAGTTCTGTATAAATCAATTCAGAGATATCAGCAGAGTGA	1300

C  CT033815.3	700	CAAATCACAAATATATTTTGCTGAATAATTCTGTTTTTAGCTTAAAAAAG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1301	CAAATCACAAATATATTTTGCTGAATAATTCTGTTTTTAGCTTAAAAAAG	1350

C  CT033815.3	650	ATTTCATTTGTCAAGACAATTGCCAGTACCGTTGCAAGCTTAACTGGCAC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1351	ATTTCATTTGTCAAGACAATTGCCAGTACCGTTGCAAGCTTAACTGGCAC	1400

C  CT033815.3	600	TCTAGGCAAACATCGGTCGAGAAGAGCGAGGGGGAGCGGTGGTGTCTCCA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1401	TCTAGGCAAACATCGGTCGAGAAGAGCGAGGGGGAGCGGTGGTGTCTCCA	1450

C  CT033815.3	550	TGCCATCCAAGGCGATCACCCATGTTACCCAAATCTGCCACTGACAATTG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1451	TGCCATCCAAGGCGATCACCCATGTTACCCAAATCTGCCACTGACAATTG	1500

C  CT033815.3	500	CACATGCTTGAGAATTAATAAATTGAGTCAGAAATGAATGACCGTATATG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1501	CACATGCTTGAGAATTAATAAATTGAGTCAGAAATGAATGACCGTATATG	1550

C  CT033815.3	450	GTCAGTGGTGTAAAGTAACAGATTAGAAATACTCAAATTACTGTAATTGA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1551	GTCAGTGGTGTAAAGTAACAGATTAGAAATACTCAAATTACTGTAATTGA	1600

C  CT033815.3	400	GTAGTTTTTCTCAGGAATTCGTACTTTACCAAGTCGTTTCAAAAATGTGT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1601	GTAGTTTTTCTCAGGAATTCGTACTTTACCAAGTCGTTTCAAAAATGTGT	1650

C  CT033815.3	350	ACTTTTAACTTCCCTTGAGTAAATTTTTGGTGCAGGATCATTACTTTTAC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1651	ACTTTTAACTTCCCTTGAGTAAATTTTTGGTGCAGGATCATTACTTTTAC	1700

C  CT033815.3	300	TCCACTACTTTCCTTCCACCTGCAGTCACTACTTTATTTTTTCTTGTTTA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1701	TCCACTACTTTCCTTCCACCTGCAGTCACTACTTTATTTTTTCTTGTTTA	1750

C  CT033815.3	250	TGGGGATTGGCTGAGTAGAAATATCAGTGCAAATCATGTGCAAAAATTGC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1751	TGGGGATTGGCTGAGTAGAAATATCAGTGCAAATCATGTGCAAAAATTGC	1800

C  CT033815.3	200	ACATAGAAAGTAAATCGCATCATACTTAAGACATTGGCGCTTTATAAATG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1801	ACATAGAAAGTAAATCGCATCATACTTAAGACATTGGCGCTTTATAAATG	1850

C  CT033815.3	150	CAGCAAATCAGTGGTTCTCAAACTGTGGTACATGTACCACAAGTGGTACG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1851	CAGCAAATCAGTGGTTCTCAAACTGTGGTACATGTACCACAAGTGGTACG	1900

C  CT033815.3	100	CAGGCTTCCTTCTAGTGGTACTCAGAGGAATCGCTGAATAATACAAGTAA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1901	CAGGCTTCCTTCTAGTGGTACTCAGAGGAATCGCTGAATAATACAAGTAA	1950

C  CT033815.3	50	AAAAAAATTAACACACTTTTGATTTTAATAGGCTAAACTTTCATTTTCAT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088591.11	1951	AAAAAAATTAACACACTTTTGATTTTAATAGGCTAAACTTTCATTTTCAT	2000

Overview

Query
CT033815.3 - 9202 bps
Hit
BX088591.11 - 181336 bps
Total alignments
12
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001954200012000-1120001
296657516231697118068181421
390.7923232778398165164809651341
483.1714332778398165165553658731
587.778614013111450180504806421
687.37712611481273186078862031
787.9517128114051685186236865171
888.110716811421309-11149191150861
982.331303007864816311187161190151
1089.921702481311155811363611366081
1182.53409878097906-11442791443811
1293.8411614680208165-11575631577081
Short-link