<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

BX957312.8	1	GTAGAAATGTGAATACTGTCATCTTTTTCAAAAATTTGTTTATGCTACAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154488	GTAGAAATGTGAATACTGTCATCTTTTTCAAAAATTTGTTTATGCTACAT	154537

BX957312.8	51	ATGTCATGTGTATACTTATGTATATTTGATAACTGAGACGATTCCTCCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154538	ATGTCATGTGTATACTTATGTATATTTGATAACTGAGACGATTCCTCCCT	154587

BX957312.8	101	TTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGGGGTGGGATGGGGCTAATGT	150
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154588	TTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GAGGGGGTGGGATGGGGCTAATGT	154636

BX957312.8	151	CAATTATTTTGTATTGTATTTATTATTATATCTGTATTATTATTAGTATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154637	CAATTATTTTGTATTGTATTTATTATTATATCTGTATTATTATTAGTATT	154686

BX957312.8	201	GTACTGTGTTTGTTAAAAATCTTAAAAAAATGGTAAATAAAACAAAATAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154687	GTACTGTGTTTGTTAAAAATCTTAAAAAAATGGTAAATAAAACAAAATAT	154736

BX957312.8	251	TTTTAAAAAATTATTTATTTTATATATGGCTATTTATATTGTTAAAAATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154737	TTTTAAAAAATTATTTATTTTATATATGGCTATTTATATTGTTAAAAATT	154786

BX957312.8	301	TGCACAGTTAATATTGTTCTTTGATGTTCAGTTTATAAAGAGTTTTCAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154787	TGCACAGTTAATATTGTTCTTTGATGTTCAGTTTATAAAGAGTTTTCAAA	154836

BX957312.8	351	TGTTATTTAATAAATTTAGTTTTAAAAATCTTTTTTCCCACACCACACGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154837	TGTTATTTAATAAATTTAGTTTTAAAAATCTTTTTTCCCACACCACACGA	154886

BX957312.8	401	AAAAAAAAAACGTGATACGAACCGAATCGTGGGTCAAAAATTGTGATACG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154887	AAAAAAAAAACGTGATACGAACCGAATCGTGGGTCAAAAATTGTGATACG	154936

BX957312.8	451	AACAGAATCGTGGGTTTGGTGTATCTTTACAGCCCTAGTAATCTCATAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154937	AACAGAATCGTGGGTTTGGTGTATCTTTACAGCCCTAGTAATCTCATAAC	154986

BX957312.8	501	ATAATTTCTGTTTTCTGACGTTAGCAAACACCCAATTAGACTGATCCTCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154987	ATAATTTCTGTTTTCTGACGTTAGCAAACACCCAATTAGACTGATCCTCC	155036

BX957312.8	551	AATCTGCTAAAGAATCTCCTGAAAAAATAAGACGAAAGATTTCACAGACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155037	AATCTGCTAAAGAATCTCCTGAAAAAATAAGACGAAAGATTTCACAGACA	155086

BX957312.8	601	AACTGTTGACTTTTTAAGAGGAGCTTCTTGGGTGGTCCAGACGTTCAGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155087	AACTGTTGACTTTTTAAGAGGAGCTTCTTGGGTGGTCCAGACGTTCAGAT	155136

BX957312.8	651	GTTCAATCAATCATCCGTTCAACCCGTGAGTCTAAAGTTAAGCTTAACCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155137	GTTCAATCAATCATCCGTTCAACCCGTGAGTCTAAAGTTAAGCTTAACCA	155186

BX957312.8	701	AACACTGCTTCACTGGGATAGATTAGCGGAGCAGATTTACAGCACATTAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155187	AACACTGCTTCACTGGGATAGATTAGCGGAGCAGATTTACAGCACATTAC	155236

BX957312.8	751	AGAAAGGCTCTTGTGAACAGGTGAACACCTGCTCCACTGCTGAAATAACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155237	AGAAAGGCTCTTGTGAACAGGTGAACACCTGCTCCACTGCTGAAATAACA	155286

BX957312.8	801	CCTTCCCTGTGGATCTATAAATTACACTGAGACCGAGGAACACTGGTGTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155287	CCTTCCCTGTGGATCTATAAATTACACTGAGACCGAGGAACACTGGTGTG	155336

BX957312.8	851	GAACAATCAATTTGCGTCAGGGAAACATAAGGGAATTAGGTTAACTCATT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155337	GAACAATCAATTTGCGTCAGGGAAACATAAGGGAATTAGGTTAACTCATT	155386

BX957312.8	901	AGTTTTTACAAATTTAAGTTGATGGAACATGAAACAATTAAGTTGTCCTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155387	AGTTTTTACAAATTTAAGTTGATGGAACATGAAACAATTAAGTTGTCCTC	155436

BX957312.8	951	CCACAAAACTCTAGAATTGTGTTGTTTCAGCTCATTTTAAATAAGTAGTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155437	CCACAAAACTCTAGAATTGTGTTGTTTCAGCTCATTTTAAATAAGTAGTT	155486

BX957312.8	1001	TAAACAAACAGAGGCATTTTTGAGTGAACAAAACTACTTTTAATAGGTCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155487	TAAACAAACAGAGGCATTTTTGAGTGAACAAAACTACTTTTAATAGGTCT	155536

BX957312.8	1051	GTTGTACAATACATTTCACCAAAATATATTGTGATGAATGACATAGTTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155537	GTTGTACAATACATTTCACCAAAATATATTGTGATGAATGACATAGTTGT	155586

BX957312.8	1101	CATTTTAAGGCCATGTTATGCCACTCATTATTATATAATGCCAGAACGAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155587	CATTTTAAGGCCATGTTATGCCACTCATTATTATATAATGCCAGAACGAC	155636

BX957312.8	1151	AATATAATATCATCACGATGCTTGAAGTACACTCTTCCAAAGAGCACATC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155637	AATATAATATCATCACGATGCTTGAAGTACACTCTTCCAAAGAGCACATC	155686

BX957312.8	1201	ATATTTCATTATTAAGAATATTTCATTTAATTATAGTAATTTTAATAATC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155687	ATATTTCATTATTAAGAATATTTCATTTAATTATAGTAATTTTAATAATC	155736

BX957312.8	1251	AGGCATTGGAATCGGGATGTGAAAGTGCAAATCCTAAATAAATAATAATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155737	AGGCATTGGAATCGGGATGTGAAAGTGCAAATCCTAAATAAATAATAATA	155786

BX957312.8	1301	AATGTTAACAAAAAAAGTGCAAGGTAAAGAGTAACAGAGGCTGCGATATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155787	AATGTTAACAAAAAAAGTGCAAGGTAAAGAGTAACAGAGGCTGCGATATC	155836

BX957312.8	1351	TGCTATCAGATCTGTTTTCTGTTGTCAGACAGCCACATGAAAATATACTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155837	TGCTATCAGATCTGTTTTCTGTTGTCAGACAGCCACATGAAAATATACTA	155886

BX957312.8	1401	TAGCAATAATTTATAGCAAATACTTTAGTGTTTTATTGACCAGATAGAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155887	TAGCAATAATTTATAGCAAATACTTTAGTGTTTTATTGACCAGATAGAGA	155936

BX957312.8	1451	TGTTGCACAATCAGCTCAAACGTTGCTAGAATTGGTTTTTATGTATGGGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155937	TGTTGCACAATCAGCTCAAACGTTGCTAGAATTGGTTTTTATGTATGGGC	155986

BX957312.8	1501	GATATATACTGCATCACCAAAGATGACTGAGGTCATGTCCATGCTTTGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	155987	GATATATACTGCATCACCAAAGATGACTGAGGTCATGTCCATGCTTTGTG	156036

BX957312.8	1551	CGATAAAGTCATATATTGATTATTGTGACAGGCCTAATTATAAATAGCCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	156037	CGATAAAGTCATATATTGATTATTGTGACAGGCCTAATTATAAATAGCCC	156086

BX957312.8	1601	ATTTGGGCTATTTAAAAATCCACGTTTTAATTAAACGTTAAGTTTTTAGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	156087	ATTTGGGCTATTTAAAAATCCACGTTTTAATTAAACGTTAAGTTTTTAGG	156136

BX957312.8	1651	CTTATATTTATTTATGTTTACACTGTAAAAAAGTATATAGAAAAAAAGTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	156137	CTTATATTTATTTATGTTTACACTGTAAAAAAGTATATAGAAAAAAAGTC	156186

BX957312.8	1701	CTGATAACAAATGTTTTTATGTTGCTTTTTATATTGTTTTATGTAACTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	156187	CTGATAACAAATGTTTTTATGTTGCTTTTTATATTGTTTTATGTAACTTA	156236

BX957312.8	1751	TTTTAATTTTTTTACTTTTTGTTTACTTATTTTTTTTTTTTTTACAGAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	156237	TTTTAATTTTTTTACTTTTTGTTTACTTATTTTTTTTTTTTTTACAGAAC	156286

BX957312.8	1801	AACCCCTTCCCCAAAAGTTTAACCCCTTACAGATGAGGGAAAAAAGAATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	156287	AACCCCTTCCCCAAAAGTTTAACCCCTTACAGATGAGGGAAAAAAGAATA	156336

BX957312.8	1851	CATAAATAATGCAAAATAAATCATTATTGTCATTATAAATTCTTTTCAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	156337	CATAAATAATGCAAAATAAATCATTATTGTCATTATAAATTCTTTTCAGG	156386

BX957312.8	1901	GGGATAGAAAAAATTTTTTAGATCAACTTAGATTGTGCTACATTGTAGTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	156387	GGGATAGAAAAAATTTTTTAGATCAACTTAGATTGTGCTACATTGTAGTT	156436

BX957312.8	1951	ACCTCAAGTTAATGAGGTTGCAAATATGTTGTCTGCGTTATACAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	156437	ACCTCAAGTTAATGAGGTTGCAAATATGTTGTCTGCGTTATACAAAGCTT	156486

Compact alignment

skip 100 bps 100% identity alignment

BX957312.8	101	TTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGGGGTGGGATGGGGCTAATGT	150
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
BX088560.7	154588	TTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GAGGGGGTGGGATGGGGCTAATGT	154636

skip 1850 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX957312.8 - 96069 bps
Hit
BX088560.7 - 156486 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95188020001200011544881564861
289.392013286638966716-1586161901
389.392013286841668743-1586161901
487.138269250962516531681175001
590.11181271482150911770179831
693.262222824223642517-1770279831
795.6723527680118803931770779831
893.362072836642166703118070183551
993.362072836844868730118070183551
1093.771922566642166676-130112303681
1193.771922566844868703-130112303681
1295.63343865126851653-132668330531
1395.252502966725767552142799430931
1487.722594836642166903146863473341
1588.142624836844868930146863473341
1683.182285042345023953-179437799531
1790.482353448014880491-182462827971
1888.353465517084971399-197916984821
1987.582774727943779908-197916984061
2087.972133688011880485-11038011041491
2191.0285012737510676378-11396791409361
2297.01328366532635362811511971515631
2390.63955567084671401-11516161521681
2488.293044817943079910-11516161521021
Short-link