<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps
Full alignment
BX957312.8 1 GTAGAAATGTGAATACTGTCATCTTTTTCAAAAATTTGTTTATGCTACAT 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154488 GTAGAAATGTGAATACTGTCATCTTTTTCAAAAATTTGTTTATGCTACAT 154537 BX957312.8 51 ATGTCATGTGTATACTTATGTATATTTGATAACTGAGACGATTCCTCCCT 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154538 ATGTCATGTGTATACTTATGTATATTTGATAACTGAGACGATTCCTCCCT 154587 BX957312.8 101 TTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGGGGTGGGATGGGGCTAATGT 150 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154588 TTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GAGGGGGTGGGATGGGGCTAATGT 154636 BX957312.8 151 CAATTATTTTGTATTGTATTTATTATTATATCTGTATTATTATTAGTATT 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154637 CAATTATTTTGTATTGTATTTATTATTATATCTGTATTATTATTAGTATT 154686 BX957312.8 201 GTACTGTGTTTGTTAAAAATCTTAAAAAAATGGTAAATAAAACAAAATAT 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154687 GTACTGTGTTTGTTAAAAATCTTAAAAAAATGGTAAATAAAACAAAATAT 154736 BX957312.8 251 TTTTAAAAAATTATTTATTTTATATATGGCTATTTATATTGTTAAAAATT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154737 TTTTAAAAAATTATTTATTTTATATATGGCTATTTATATTGTTAAAAATT 154786 BX957312.8 301 TGCACAGTTAATATTGTTCTTTGATGTTCAGTTTATAAAGAGTTTTCAAA 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154787 TGCACAGTTAATATTGTTCTTTGATGTTCAGTTTATAAAGAGTTTTCAAA 154836 BX957312.8 351 TGTTATTTAATAAATTTAGTTTTAAAAATCTTTTTTCCCACACCACACGA 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154837 TGTTATTTAATAAATTTAGTTTTAAAAATCTTTTTTCCCACACCACACGA 154886 BX957312.8 401 AAAAAAAAAACGTGATACGAACCGAATCGTGGGTCAAAAATTGTGATACG 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154887 AAAAAAAAAACGTGATACGAACCGAATCGTGGGTCAAAAATTGTGATACG 154936 BX957312.8 451 AACAGAATCGTGGGTTTGGTGTATCTTTACAGCCCTAGTAATCTCATAAC 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154937 AACAGAATCGTGGGTTTGGTGTATCTTTACAGCCCTAGTAATCTCATAAC 154986 BX957312.8 501 ATAATTTCTGTTTTCTGACGTTAGCAAACACCCAATTAGACTGATCCTCC 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154987 ATAATTTCTGTTTTCTGACGTTAGCAAACACCCAATTAGACTGATCCTCC 155036 BX957312.8 551 AATCTGCTAAAGAATCTCCTGAAAAAATAAGACGAAAGATTTCACAGACA 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155037 AATCTGCTAAAGAATCTCCTGAAAAAATAAGACGAAAGATTTCACAGACA 155086 BX957312.8 601 AACTGTTGACTTTTTAAGAGGAGCTTCTTGGGTGGTCCAGACGTTCAGAT 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155087 AACTGTTGACTTTTTAAGAGGAGCTTCTTGGGTGGTCCAGACGTTCAGAT 155136 BX957312.8 651 GTTCAATCAATCATCCGTTCAACCCGTGAGTCTAAAGTTAAGCTTAACCA 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155137 GTTCAATCAATCATCCGTTCAACCCGTGAGTCTAAAGTTAAGCTTAACCA 155186 BX957312.8 701 AACACTGCTTCACTGGGATAGATTAGCGGAGCAGATTTACAGCACATTAC 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155187 AACACTGCTTCACTGGGATAGATTAGCGGAGCAGATTTACAGCACATTAC 155236 BX957312.8 751 AGAAAGGCTCTTGTGAACAGGTGAACACCTGCTCCACTGCTGAAATAACA 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155237 AGAAAGGCTCTTGTGAACAGGTGAACACCTGCTCCACTGCTGAAATAACA 155286 BX957312.8 801 CCTTCCCTGTGGATCTATAAATTACACTGAGACCGAGGAACACTGGTGTG 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155287 CCTTCCCTGTGGATCTATAAATTACACTGAGACCGAGGAACACTGGTGTG 155336 BX957312.8 851 GAACAATCAATTTGCGTCAGGGAAACATAAGGGAATTAGGTTAACTCATT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155337 GAACAATCAATTTGCGTCAGGGAAACATAAGGGAATTAGGTTAACTCATT 155386 BX957312.8 901 AGTTTTTACAAATTTAAGTTGATGGAACATGAAACAATTAAGTTGTCCTC 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155387 AGTTTTTACAAATTTAAGTTGATGGAACATGAAACAATTAAGTTGTCCTC 155436 BX957312.8 951 CCACAAAACTCTAGAATTGTGTTGTTTCAGCTCATTTTAAATAAGTAGTT 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155437 CCACAAAACTCTAGAATTGTGTTGTTTCAGCTCATTTTAAATAAGTAGTT 155486 BX957312.8 1001 TAAACAAACAGAGGCATTTTTGAGTGAACAAAACTACTTTTAATAGGTCT 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155487 TAAACAAACAGAGGCATTTTTGAGTGAACAAAACTACTTTTAATAGGTCT 155536 BX957312.8 1051 GTTGTACAATACATTTCACCAAAATATATTGTGATGAATGACATAGTTGT 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155537 GTTGTACAATACATTTCACCAAAATATATTGTGATGAATGACATAGTTGT 155586 BX957312.8 1101 CATTTTAAGGCCATGTTATGCCACTCATTATTATATAATGCCAGAACGAC 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155587 CATTTTAAGGCCATGTTATGCCACTCATTATTATATAATGCCAGAACGAC 155636 BX957312.8 1151 AATATAATATCATCACGATGCTTGAAGTACACTCTTCCAAAGAGCACATC 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155637 AATATAATATCATCACGATGCTTGAAGTACACTCTTCCAAAGAGCACATC 155686 BX957312.8 1201 ATATTTCATTATTAAGAATATTTCATTTAATTATAGTAATTTTAATAATC 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155687 ATATTTCATTATTAAGAATATTTCATTTAATTATAGTAATTTTAATAATC 155736 BX957312.8 1251 AGGCATTGGAATCGGGATGTGAAAGTGCAAATCCTAAATAAATAATAATA 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155737 AGGCATTGGAATCGGGATGTGAAAGTGCAAATCCTAAATAAATAATAATA 155786 BX957312.8 1301 AATGTTAACAAAAAAAGTGCAAGGTAAAGAGTAACAGAGGCTGCGATATC 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155787 AATGTTAACAAAAAAAGTGCAAGGTAAAGAGTAACAGAGGCTGCGATATC 155836 BX957312.8 1351 TGCTATCAGATCTGTTTTCTGTTGTCAGACAGCCACATGAAAATATACTA 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155837 TGCTATCAGATCTGTTTTCTGTTGTCAGACAGCCACATGAAAATATACTA 155886 BX957312.8 1401 TAGCAATAATTTATAGCAAATACTTTAGTGTTTTATTGACCAGATAGAGA 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155887 TAGCAATAATTTATAGCAAATACTTTAGTGTTTTATTGACCAGATAGAGA 155936 BX957312.8 1451 TGTTGCACAATCAGCTCAAACGTTGCTAGAATTGGTTTTTATGTATGGGC 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155937 TGTTGCACAATCAGCTCAAACGTTGCTAGAATTGGTTTTTATGTATGGGC 155986 BX957312.8 1501 GATATATACTGCATCACCAAAGATGACTGAGGTCATGTCCATGCTTTGTG 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 155987 GATATATACTGCATCACCAAAGATGACTGAGGTCATGTCCATGCTTTGTG 156036 BX957312.8 1551 CGATAAAGTCATATATTGATTATTGTGACAGGCCTAATTATAAATAGCCC 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 156037 CGATAAAGTCATATATTGATTATTGTGACAGGCCTAATTATAAATAGCCC 156086 BX957312.8 1601 ATTTGGGCTATTTAAAAATCCACGTTTTAATTAAACGTTAAGTTTTTAGG 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 156087 ATTTGGGCTATTTAAAAATCCACGTTTTAATTAAACGTTAAGTTTTTAGG 156136 BX957312.8 1651 CTTATATTTATTTATGTTTACACTGTAAAAAAGTATATAGAAAAAAAGTC 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 156137 CTTATATTTATTTATGTTTACACTGTAAAAAAGTATATAGAAAAAAAGTC 156186 BX957312.8 1701 CTGATAACAAATGTTTTTATGTTGCTTTTTATATTGTTTTATGTAACTTA 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 156187 CTGATAACAAATGTTTTTATGTTGCTTTTTATATTGTTTTATGTAACTTA 156236 BX957312.8 1751 TTTTAATTTTTTTACTTTTTGTTTACTTATTTTTTTTTTTTTTACAGAAC 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 156237 TTTTAATTTTTTTACTTTTTGTTTACTTATTTTTTTTTTTTTTACAGAAC 156286 BX957312.8 1801 AACCCCTTCCCCAAAAGTTTAACCCCTTACAGATGAGGGAAAAAAGAATA 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 156287 AACCCCTTCCCCAAAAGTTTAACCCCTTACAGATGAGGGAAAAAAGAATA 156336 BX957312.8 1851 CATAAATAATGCAAAATAAATCATTATTGTCATTATAAATTCTTTTCAGG 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 156337 CATAAATAATGCAAAATAAATCATTATTGTCATTATAAATTCTTTTCAGG 156386 BX957312.8 1901 GGGATAGAAAAAATTTTTTAGATCAACTTAGATTGTGCTACATTGTAGTT 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 156387 GGGATAGAAAAAATTTTTTAGATCAACTTAGATTGTGCTACATTGTAGTT 156436 BX957312.8 1951 ACCTCAAGTTAATGAGGTTGCAAATATGTTGTCTGCGTTATACAAAGCTT 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX088560.7 156437 ACCTCAAGTTAATGAGGTTGCAAATATGTTGTCTGCGTTATACAAAGCTT 156486
Compact alignment
skip 100 bps 100% identity alignment BX957312.8 101 TTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGGGGTGGGATGGGGCTAATGT 150 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| BX088560.7 154588 TTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GAGGGGGTGGGATGGGGCTAATGT 154636 skip 1850 bps 100% identity alignment
Overview
- Query
- BX957312.8 - 96069 bps
- Hit
- BX088560.7 - 156486 bps
- Total alignments
- 24
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 99.95 | 1880 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 154488 | 156486 | 1 |
| 2 | 89.39 | 201 | 328 | 66389 | 66716 | -1 | 5861 | 6190 | 1 |
| 3 | 89.39 | 201 | 328 | 68416 | 68743 | -1 | 5861 | 6190 | 1 |
| 4 | 87.1 | 382 | 692 | 50962 | 51653 | 1 | 6811 | 7500 | 1 |
| 5 | 90.11 | 181 | 271 | 4821 | 5091 | 1 | 7701 | 7983 | 1 |
| 6 | 93.26 | 222 | 282 | 42236 | 42517 | -1 | 7702 | 7983 | 1 |
| 7 | 95.67 | 235 | 276 | 80118 | 80393 | 1 | 7707 | 7983 | 1 |
| 8 | 93.36 | 207 | 283 | 66421 | 66703 | 1 | 18070 | 18355 | 1 |
| 9 | 93.36 | 207 | 283 | 68448 | 68730 | 1 | 18070 | 18355 | 1 |
| 10 | 93.77 | 192 | 256 | 66421 | 66676 | -1 | 30112 | 30368 | 1 |
| 11 | 93.77 | 192 | 256 | 68448 | 68703 | -1 | 30112 | 30368 | 1 |
| 12 | 95.6 | 334 | 386 | 51268 | 51653 | -1 | 32668 | 33053 | 1 |
| 13 | 95.25 | 250 | 296 | 67257 | 67552 | 1 | 42799 | 43093 | 1 |
| 14 | 87.72 | 259 | 483 | 66421 | 66903 | 1 | 46863 | 47334 | 1 |
| 15 | 88.14 | 262 | 483 | 68448 | 68930 | 1 | 46863 | 47334 | 1 |
| 16 | 83.18 | 228 | 504 | 23450 | 23953 | -1 | 79437 | 79953 | 1 |
| 17 | 90.48 | 235 | 344 | 80148 | 80491 | -1 | 82462 | 82797 | 1 |
| 18 | 88.35 | 346 | 551 | 70849 | 71399 | -1 | 97916 | 98482 | 1 |
| 19 | 87.58 | 277 | 472 | 79437 | 79908 | -1 | 97916 | 98406 | 1 |
| 20 | 87.97 | 213 | 368 | 80118 | 80485 | -1 | 103801 | 104149 | 1 |
| 21 | 91.02 | 850 | 1273 | 75106 | 76378 | -1 | 139679 | 140936 | 1 |
| 22 | 97.01 | 328 | 366 | 53263 | 53628 | 1 | 151197 | 151563 | 1 |
| 23 | 90.6 | 395 | 556 | 70846 | 71401 | -1 | 151616 | 152168 | 1 |
| 24 | 88.29 | 304 | 481 | 79430 | 79910 | -1 | 151616 | 152102 | 1 |
