<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  CR627500.4	2000	AAGCTTTTTTTTTTTGACTGTCTACAGAACAAACCATTGTTATACAATAA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1	AAGCTTTTTTTTTTTGACTGTCTACAGAACAAACCATTGTTATACAATAA	50

C  CR627500.4	1950	CTTGCCTAATTACCCTAACCTGCTTAGTTAACCTAATTACCCTAGTTAAG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	51	CTTGCCTAATTACCCTAACCTGCTTAGTTAACCTAATTACCCTAGTTAAG	100

C  CR627500.4	1900	CCTTTAAATGTCACTTTAAGCTAATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTGAT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	101	CCTTTAAATGTCACTTTAAGCTAATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTGAT	150

C  CR627500.4	1850	CAAATATTATTTACTGTCATCATAGCAAAGATAAAATACATCAGTTATTA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	151	CAAATATTATTTACTGTCATCATAGCAAAGATAAAATACATCAGTTATTA	200

C  CR627500.4	1800	GAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTG--AAAAAAAA	1753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
  BX088545.7	201	GAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAAAAAAA	250

C  CR627500.4	1752	AAACTTTTCTCCGTTAAACAGAAATTGGGGGAAAAAATAAACAGAGGGGT	1703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	251	AAACTTTTCTCCGTTAAACAGAAATTGGGGGAAAAAATAAACAGAGGGGT	300

C  CR627500.4	1702	GAATAATTCTGACCTCAACTTCAGATATAAATCATTTAACAATATTAAAC	1653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	301	GAATAATTCTGACCTCAACTTCAGATATAAATCATTTAACAATATTAAAC	350

C  CR627500.4	1652	TGGGACTTCTAAAAAAAAGTCCTTATTTATTTGATTTGTTATGCTTTTTT	1603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	351	TGGGACTTCTAAAAAAAAGTCCTTATTTATTTGATTTGTTATGCTTTTTT	400

C  CR627500.4	1602	TATCATTGAAATGACAAAAATGTCTTTAGTACTTTTATATAAGGGTGTTT	1553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	401	TATCATTGAAATGACAAAAATGTCTTTAGTACTTTTATATAAGGGTGTTT	450

C  CR627500.4	1552	GGGGCAGGTTGTCCCCCACTGGCGAGCACATCGCTCTTCCTTTCGATGCT	1503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	451	GGGGCAGGTTGTCCCCCACTGGCGAGCACATCGCTCTTCCTTTCGATGCT	500

C  CR627500.4	1502	CGTAGAACTCAGGGTTGCGCAAGATGGCGATGGGTTTTTCCTGGTACTTC	1453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	501	CGTAGAACTCAGGGTTGCGCAAGATGGCGATGGGTTTTTCCTGGTACTTC	550

C  CR627500.4	1452	AGAGCCACAGCTGCGGTGCCTTGCAGACGCTCTTTAATCTCAGTGGCAAC	1403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	551	AGAGCCACAGCTGCGGTGCCTTGCAGACGCTCTTTAATCTCAGTGGCAAC	600

C  CR627500.4	1402	AGGAAGGACAATGGGCACCGAGAGATTAATGGCACAACCTACATTTAAAG	1353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	601	AGGAAGGACAATGGGCACCGAGAGATTAATGGCACAACCTACATTTAAAG	650

C  CR627500.4	1352	AGAAGCCGATTAATCTATACTATTAGGAATAACTATAAAGAGATCGCTGA	1303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	651	AGAAGCCGATTAATCTATACTATTAGGAATAACTATAAAGAGATCGCTGA	700

C  CR627500.4	1302	AAACGCTTACGTATTATTTACAATTAGAATATTTATTATTGATATTTCTG	1253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	701	AAACGCTTACGTATTATTTACAATTAGAATATTTATTATTGATATTTCTG	750

C  CR627500.4	1252	TTCATTTATAAATCATCATTTACTCTTCATTTACTTGTCGCAAACATGTT	1203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	751	TTCATTTATAAATCATCATTTACTCTTCATTTACTTGTCGCAAACATGTT	800

C  CR627500.4	1202	TGAGTTTCTTTTGTTTAACACAAAATAAGACATTTTGATAAATGTTGTAA	1153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	801	TGAGTTTCTTTTGTTTAACACAAAATAAGACATTTTGATAAATGTTGTAA	850

C  CR627500.4	1152	AACCTGCAACCATTGACTTCTATAGTATGTGGTTTTATGGATGTCAATGC	1103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	851	AACCTGCAACCATTGACTTCTATAGTATGTGGTTTTATGGATGTCAATGC	900

C  CR627500.4	1102	TTATAAGTATTCAGCTTTCTTCAAAATATCTTTTTTTGTGTGAGAAGAAA	1053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	901	TTATAAGTATTCAGCTTTCTTCAAAATATCTTTTTTTGTGTGAGAAGAAA	950

C  CR627500.4	1052	GAAAGTATAAAGGTTTCAGGCCTGTAGCCAGCCTATTAAAATAGGTGGTT	1003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	951	GAAAGTATAAAGGTTTCAGGCCTGTAGCCAGCCTATTAAAATAGGTGGTT	1000

C  CR627500.4	1002	CTTTTTTTCTCAAAAAGTGAATCTTTTTGCAGATATTCGAGGTTCAAATA	953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1001	CTTTTTTTCTCAAAAAGTGAATCTTTTTGCAGATATTCGAGGTTCAAATA	1050

C  CR627500.4	952	CTGCATATTAGTGACATTTTAAGCACTAGTTTGTGCTGGACTAGCTTGTC	903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1051	CTGCATATTAGTGACATTTTAAGCACTAGTTTGTGCTGGACTAGCTTGTC	1100

C  CR627500.4	902	AGATGGTTATCATTACCACACTTTTTGATGCAACAAAAATACCTCCTACA	853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1101	AGATGGTTATCATTACCACACTTTTTGATGCAACAAAAATACCTCCTACA	1150

C  CR627500.4	852	TTTTTATTAAAGTGCTTATCTTACTATTTTTTGTTTACAAAATTATTTAC	803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1151	TTTTTATTAAAGTGCTTATCTTACTATTTTTTGTTTACAAAATTATTTAC	1200

C  CR627500.4	802	AAATGCGCATTTAAACTGTAAGTTATTACAGTTTTATGTATACTGTAATG	753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1201	AAATGCGCATTTAAACTGTAAGTTATTACAGTTTTATGTATACTGTAATG	1250

C  CR627500.4	752	AGACTAGAATTTTAGAAATATAAAAAAGTTCTTTTACATGCTAATTTATT	703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1251	AGACTAGAATTTTAGAAATATAAAAAAGTTCTTTTACATGCTAATTTATT	1300

C  CR627500.4	702	ATCATCCATCATAAAAACACAAACAAACACAATACAAAGAAAAATTGGGA	653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1301	ATCATCCATCATAAAAACACAAACAAACACAATACAAAGAAAAATTGGGA	1350

C  CR627500.4	652	ATCTGTTAAAACTTGTTTTAAATAAAAACTGTACTCTATAGGCAAATAAT	603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1351	ATCTGTTAAAACTTGTTTTAAATAAAAACTGTACTCTATAGGCAAATAAT	1400

C  CR627500.4	602	AAACTAGCCAGCTCATTTGCTAGGTCAGAATTTGTCCATTTAAATCAGGG	553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1401	AAACTAGCCAGCTCATTTGCTAGGTCAGAATTTGTCCATTTAAATCAGGG	1450

C  CR627500.4	552	GTCACCAAACTTGTTCCAGGAGGGCTGGTGTTCTGCAGATTTTAGCTCCA	503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1451	GTCACCAAACTTGTTCCAGGAGGGCTGGTGTTCTGCAGATTTTAGCTCCA	1500

C  CR627500.4	502	ACCTCCAACAAGCTTATCAAGGTCTTACTAGGTACACTTGGAAAAACTGA	453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1501	ACCTCCAACAAGCTTATCAAGGTCTTACTAGGTACACTTGGAAAAACTGA	1550

C  CR627500.4	452	GGCAGGTTTGTTGAGGCAAGTTGGAGCTAAACCCTGCATGGACACCAGCC	403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1551	GGCAGGTTTGTTGAGGCAAGTTGGAGCTAAACCCTGCATGGACACCAGCC	1600

C  CR627500.4	402	CTCCAGGACAGAGTTTGGTGCCCCCTGATTTAAATAATAAAAGCCTTCTT	353
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  BX088545.7	1601	CTCCAGGACAGAGTTTGGTGCCCCCTGATTTAAATAATAAAAGCCTTCTT	1650

C  CR627500.4	352	TTATTGGTTATTTTATTGGTTATTCTTCTTAAAGTCTTCTTCTATTGGTT	303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1651	TTATTGGTTATTTTATTGGTTATTCTTCTTAAAGTCTTCTTCTATTGGTT	1700

C  CR627500.4	302	GTTTTCACAATTTATGATGGCATACTATCAAAAATGAGACAAATATGCTA	253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1701	GTTTTCACAATTTATGATGGCATACTATCAAAAATGAGACAAATATGCTA	1750

C  CR627500.4	252	ATATAGGGGCCAAATTCTGGACTTTGTCAAAAGGGGGTGGCTCTGGGCCT	203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1751	ATATAGGGGCCAAATTCTGGACTTTGTCAAAAGGGGGTGGCTCTGGGCCT	1800

C  CR627500.4	202	AGGATTATAATCACTTGATGGTGAGTAAATAGTGGGTTATTTTTCTTGTT	153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1801	AGGATTATAATCACTTGATGGTGAGTAAATAGTGGGTTATTTTTCTTGTT	1850

C  CR627500.4	152	TGGCTGAACTATACCTTTACGAGAAAAAAACAACAGTTTTTTTTTTATGT	103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1851	TGGCTGAACTATACCTTTACGAGAAAAAAACAACAGTTTTTTTTTTATGT	1900

C  CR627500.4	102	ACGAGTAGCTATTAATACAATTTATCTAAATCCGTTACAATGTTAAATAA	53
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1901	ACGAGTAGCTATTAATACAATTTATCTAAATCCGTTACAATGTTAAATAA	1950

C  CR627500.4	52	ATTAAGTGAAGCTAATATTCCAATTTCCAACTCACTTTCATTGTAATCGC	3
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088545.7	1951	ATTAAGTGAAGCTAATATTCCAATTTCCAACTCACTTTCATTGTAATCGC	2000

C  CR627500.4	2	TT	1
			||
  BX088545.7	2001	TT	2002

Compact alignment

skip 200 bps 100% identity alignment

C  CR627500.4	1800	GAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTG--AAAAAAAA	1753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
  BX088545.7	201	GAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAAAAAAA	250

skip 1752 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR627500.4 - 10891 bps
Hit
BX088545.7 - 156881 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.91903200012000-1120021
289.36539420862179-169910700031
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886.262054191709212711509511513651
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