<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR354438.9	1	AGATATGCTAGATCAGTTCATTTATGTTTACCTGGATGACATACTGATAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	113793	AGATATGCTAGATCAGTTCATTTATGTTTACCTGGATGACATACTGATAT	113842

CR354438.9	51	TTTCTCATTCTCTCCAGGAACATATTCAACATGTCAGGCGAGTGCTTCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	113843	TTTCTCATTCTCTCCAGGAACATATTCAACATGTCAGGCGAGTGCTTCAG	113892

CR354438.9	101	AGGCTGCTAGAGAATGGGCTTTATGTCAAGGCGGAGAAATGCGTATTCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	113893	AGGCTGCTAGAGAATGGGCTTTATGTCAAGGCGGAGAAATGCGTATTCCA	113942

CR354438.9	151	TGCACAGTCTGTTCCATTTCTGGGACATATCGTGTCGGTCAAGGGGATGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	113943	TGCACAGTCTGTTCCATTTCTGGGACATATCGTGTCGGTCAAGGGGATGC	113992

CR354438.9	201	GCATGGATCCAGAGAAAGTTCAGGCTGTGGTAAATTGGCCAACCCCAGAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	113993	GCATGGATCCAGAGAAAGTTCAGGCTGTGGTAAATTGGCCAACCCCAGAC	114042

CR354438.9	251	TCCCGCAAGGCCCTGCAGAGGTTTCTTGGTTTTGCCAATTTTTACCGGCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114043	TCCCGCAAGGCCCTGCAGAGGTTTCTTGGTTTTGCCAATTTTTACCGGCG	114092

CR354438.9	301	TTTCATTCGCAACTTCAGCCAGCTCGCCGCGCCTCTGACTGCCTTAACCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114093	TTTCATTCGCAACTTCAGCCAGCTCGCCGCGCCTCTGACTGCCTTAACCT	114142

CR354438.9	351	CCATCAAGACTCCGTTCAGGTGGTCCAATGCAGCACAAGTTGCATTCGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114143	CCATCAAGACTCCGTTCAGGTGGTCCAATGCAGCACAAGTTGCATTCGAC	114192

CR354438.9	401	CGACTGAAAAGCTGCTTTGTTTCAGCCCCCATTCTCATTGCCCCTGATCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114193	CGACTGAAAAGCTGCTTTGTTTCAGCCCCCATTCTCATTGCCCCTGATCC	114242

CR354438.9	451	ATCACGGCAGTTCGTGGTGGAGGTTGACGCATCAGAGGTGGGGGTCGGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114243	ATCACGGCAGTTCGTGGTGGAGGTTGACGCATCAGAGGTGGGGGTCGGTG	114292

CR354438.9	501	CTATCCTGTCCCAGCGCTCTTCCTCGGACAACAAGATGCATCCTTGCGCG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114293	CTATCCTGTCCCAGCGCTCTTCCTCGGACAACAAGATGCATCCTTGCGCG	114342

CR354438.9	551	TATTTTTCTCATCGTCTCAACAATGCAGAACGAAATTATGATATTGGTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114343	TATTTTTCTCATCGTCTCAACAATGCAGAACGAAATTATGATATTGGTAA	114392

CR354438.9	601	TCGAGAGCTGCCGGCTGTCAAGCTTGCGTTGGAAGAGTGGCGTCATTGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114393	TCGAGAGCTGCCGGCTGTCAAGCTTGCGTTGGAAGAGTGGCGTCATTGGC	114442

CR354438.9	651	TAGAGGGTTCGGGGGTTCCCTTTATCGTTTGGACCGATCATAAAAATCTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114443	TAGAGGGTTCGGGGGTTCCCTTTATCGTTTGGACCGATCATAAAAATCTG	114492

CR354438.9	701	GAGTACATCCAATCCGCCAAAAGATTGAACTCTAGGCAGGCACGGTGGGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114493	GAGTACATCCAATCCGCCAAAAGATTGAACTCTAGGCAGGCACGGTGGGC	114542

CR354438.9	751	TTTATTTTTCGGACGTTTCGATTTTTCCATCTCGTACCGACCAGGTTCCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114543	TTTATTTTTCGGACGTTTCGATTTTTCCATCTCGTACCGACCAGGTTCCA	114592

CR354438.9	801	AGAATGTTAAACCTGACGCACTTTCTCGAATTTTTGATCACTTCGAGCAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114593	AGAATGTTAAACCTGACGCACTTTCTCGAATTTTTGATCACTTCGAGCAT	114642

CR354438.9	851	GCATCATCTCCTGAAGCCATTGTGCCACGCAGACTTTTTATCTCTGCTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114643	GCATCATCTCCTGAAGCCATTGTGCCACGCAGACTTTTTATCTCTGCTGT	114692

CR354438.9	901	CACCTGGGAGATCGAGTCAAGGGTCCGCATGGCCTTAGAAGGGGTAACGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114693	CACCTGGGAGATCGAGTCAAGGGTCCGCATGGCCTTAGAAGGGGTAACGC	114742

CR354438.9	951	CTCCGCCTGGATGCCTACCGGGTCGTTTATTTGTGCCAGAGGATTTACGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114743	CTCCGCCTGGATGCCTACCGGGTCGTTTATTTGTGCCAGAGGATTTACGG	114792

CR354438.9	1001	TCTGACGTCATACGTTGGGGTCACTCTTCCAAGTTGGCCTGTCATCCTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114793	TCTGACGTCATACGTTGGGGTCACTCTTCCAAGTTGGCCTGTCATCCTGG	114842

CR354438.9	1051	GGTGAGTCGTACCTTGTCTCTAGTCAAACAACGATTCTGGTGGCCACTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114843	GGTGAGTCGTACCTTGTCTCTAGTCAAACAACGATTCTGGTGGCCACTTA	114892

CR354438.9	1101	TGGCTCGTGACATAAGGGAATTTGTGTTGGCTTGCTCAGTTTGTGCTGTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114893	TGGCTCGTGACATAAGGGAATTTGTGTTGGCTTGCTCAGTTTGTGCTGTT	114942

CR354438.9	1151	TCTAAGACTTCCAATCGCCCTCCCGCTGGACTTCTTCAGCCGCTGTCAGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114943	TCTAAGACTTCCAATCGCCCTCCCGCTGGACTTCTTCAGCCGCTGTCAGT	114992

CR354438.9	1201	GCCATCGAGACCCTGGTCCCATATTGCGCTAGATTTCGTTACGGGTCTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	114993	GCCATCGAGACCCTGGTCCCATATTGCGCTAGATTTCGTTACGGGTCTCC	115042

CR354438.9	1251	CCCCCTCCAACGGGAATACGGTGATTTTGACCGTAGTGGACCGGTTTTCG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115043	CCCCCTCCAACGGGAATACGGTGATTTTGACCGTAGTGGACCGGTTTTCG	115092

CR354438.9	1301	AAAGCCACTCACTTTATCCCTCTGCCCAAATTACCATCAGCCAGAGAGAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115093	AAAGCCACTCACTTTATCCCTCTGCCCAAATTACCATCAGCCAGAGAGAC	115142

CR354438.9	1351	AGCGGCTGCTGTCATTGACCATGTCTTTCGTATTTATGGCCTCCCGACAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115143	AGCGGCTGCTGTCATTGACCATGTCTTTCGTATTTATGGCCTCCCGACAG	115192

CR354438.9	1401	ATGTGGTTTCTGACAGGGGGCCTCAGTTCATCTCTAAATTTTAGAGAGAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115193	ATGTGGTTTCTGACAGGGGGCCTCAGTTCATCTCTAAATTTTAGAGAGAG	115242

CR354438.9	1451	TTTTGTCATTTAATGGGGGCGACTGTAAGTCTTTCTTCTGGTTTCCACCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115243	TTTTGTCATTTAATGGGGGCGACTGTAAGTCTTTCTTCTGGTTTCCACCC	115292

CR354438.9	1501	TCAGAGTAACGGTCAAACAGAGAAAGCCAACCAAGATCTTGAACGTATGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115293	TCAGAGTAACGGTCAAACAGAGAAAGCCAACCAAGATCTTGAACGTATGT	115342

CR354438.9	1551	TACGATGTTTAGTCTCTCAGAATCCATCCTCCTGGAGCCAGCAGCTCTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115343	TACGATGTTTAGTCTCTCAGAATCCATCCTCCTGGAGCCAGCAGCTCTCA	115392

CR354438.9	1601	TGGGTTGAGTACGCACATAACTCATTACCAGTGTCTGCCACGGGCCTCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115393	TGGGTTGAGTACGCACATAACTCATTACCAGTGTCTGCCACGGGCCTCTC	115442

CR354438.9	1651	TCCGTTTGAGTGTAGTCCAGGGTACCAGCCACCTGCATTTCCCAGTCTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115443	TCCGTTTGAGTGTAGTCCAGGGTACCAGCCACCTGCATTTCCCAGTCTGG	115492

CR354438.9	1701	AATCTGAAGTCGCGGTTCCCTCCGCCCACGCCTTTGTCCAGAGGTGTCGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115493	AATCTGAAGTCGCGGTTCCCTCCGCCCACGCCTTTGTCCAGAGGTGTCGA	115542

CR354438.9	1751	CGTACTTGGAACAGGGCCAGAGAGACCCTCCCTCAAGTAGGTTTGCGCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115543	CGTACTTGGAACAGGGCCAGAGAGACCCTCCCTCAAGTAGGTTTGCGCAC	115592

CR354438.9	1801	CAAGGCTAAAGCCGACCGCCACCGGTCTAAGCCTCCCGTTTACGTTGTCG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115593	CAAGGCTAAAGCCGACCGCCACCGGTCTAAGCCTCCCGTTTACGTTGTCG	115642

CR354438.9	1851	GTCAAAAAGTGTGGCTTTCATCTAGAAATATTCCTCTCCGCACCGTATGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115643	GTCAAAAAGTGTGGCTTTCATCTAGAAATATTCCTCTCCGCACCGTATGT	115692

CR354438.9	1901	AATAAACTTGCACCTAAATTCATTGGCCCGTTTTCTGTCACTAAAATCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115693	AATAAACTTGCACCTAAATTCATTGGCCCGTTTTCTGTCACTAAAATCAT	115742

CR354438.9	1951	TAGTCCAGTGGCAGTCCGCCTCAAACTTCCTCCAGCGTACAGGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088532.7	115743	TAGTCCAGTGGCAGTCCGCCTCAAACTTCCTCCAGCGTACAGGAGAATTC	115792

Overview

Query
CR354438.9 - 136324 bps
Hit
BX088532.7 - 115792 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199320001200011137931157921
285.711061941090471092401461748121
389.775889102659102747-122151222381
482.241182984265142948122151224541
586.31103199102000102198-122256224451
680.6694327104200104526131466317701
784.26117309104162104470-162667629711
878.111003554265143005165393657531
985.35189360109884110243165393657471
1084.6686200102004102203-165493656811
1186.071703275962459950-175723760451
1283.671332894646646754-177502777951
1382.892937204517145890-178286789921
1492.1783113109548109660-186631867451
1587.822625002102621525189773902811
1686.58152318104151104468189954902811
1780.66922645761557878-193189934621
1887.98158267117177117443199216994731
1978.815819110157710176711025431027261
2099.0548105949559505911036591037631
2198.993543962304269911113731117671
Short-link